vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2020-12-04T22:17:28+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4600Réflexion sur l'ensemble du client, page blanche, nouvelles vues2020-12-04T22:17:28+01:00Mathieu GiraudRéflexion sur l'ensemble du client, page blanche, nouvelles vuesDiscuté lors de la réunion ~"+-roadmap" cc @flothoni @duez.
Si Vidjil n'exisitait pas, que faudrait-il concevoir pour répondre aux besoins des usagers en hémato et en client ?
En partant d'une page blanche, que pourrions-nous imaginer ?
...Discuté lors de la réunion ~"+-roadmap" cc @flothoni @duez.
Si Vidjil n'exisitait pas, que faudrait-il concevoir pour répondre aux besoins des usagers en hémato et en client ?
En partant d'une page blanche, que pourrions-nous imaginer ?
Au final, cette réflexion *pourrait* donner lieu à de nouvelles vues
(comparaison répertoires, beaucoup échantillons, tables...) ou à d'autres changements.
Voir #2245, #4139, #1975, #4165, #2589, #4180, #1887...
Brainstorming à faire, par exemple en février ou mars 2021.2021-03-04https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4165Nouvelle vue pour l'affichage des warnings2023-01-13T16:47:09+01:00Mikaël SalsonNouvelle vue pour l'affichage des warningsUne manière d'améliorer l'affichage (car maintenant trop de warnings partout #4049) cela serait de proposer un panneau où tous les warning présents seraient listés (dans l'ordre de leur priorité).
Pour chaque warning on aurait la liste ...Une manière d'améliorer l'affichage (car maintenant trop de warnings partout #4049) cela serait de proposer un panneau où tous les warning présents seraient listés (dans l'ordre de leur priorité).
Pour chaque warning on aurait la liste des clones concernés (dans une sorte de segmenteur ?). Parmi le lot de warnings, l'utilisatrice peut ainsi voir rapidement lesquels lui semblent les plus pertinents.
On n'aurait plus besoin d'inonder l'interface de petits :warning:, on pourrait se contenter d'afficher ceux vraiment importants. Et, dans le menu par exemple, on pourrait avoir une icône indiquant le nombre de warnings total, cliquer dessus permettrait d'accéder au panneau que je propose.Web 2022.122021-05-17https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5125scatterplot; Add grahp update after a click on a scatterplot label2023-06-15T10:58:14+02:00THONIER Florianscatterplot; Add grahp update after a click on a scatterplot labelFor the moment, when we made a click on a scatterplot label, a selection is made on clonotype and an update of multiple view is done (at least scatterplot, clonotype list and aliger).
But the timeline graphic is seem to be not updated. ...For the moment, when we made a click on a scatterplot label, a selection is made on clonotype and an update of multiple view is done (at least scatterplot, clonotype list and aliger).
But the timeline graphic is seem to be not updated. Clonotype line is not shown as selected and a simple `m.update()` in console fix the issue.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4521vmi : supprimer/adapter switch_visu2 ?2020-10-13T19:12:03+02:00Mathieu Giraudvmi : supprimer/adapter switch_visu2 ?
`menu.js:switch_visu2` (qui au passage fait un `new ScatterPlot` probablement indésirable) pourrait probablement être supprimé/adapté (et déplacé dans `vidjil_vmi.js`) pour quelque chose de plus régulier avec ~"vmi-responsive" : la vue ...
`menu.js:switch_visu2` (qui au passage fait un `new ScatterPlot` probablement indésirable) pourrait probablement être supprimé/adapté (et déplacé dans `vidjil_vmi.js`) pour quelque chose de plus régulier avec ~"vmi-responsive" : la vue sp2 comme la vue graphe sont toujours disponibles, c'est juste la bonne qui vient au bon endroit quand on en a besoin.
cc @duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4422Afficher les index d'overlap2020-09-15T11:11:53+02:00Mathieu GiraudAfficher les index d'overlapFait partie de #3857.
Suite à #3830, un simple tableau dans `getHTML` ? Une nouvelle vue ?
voir aussi #4139Fait partie de #3857.
Suite à #3830, un simple tableau dans `getHTML` ? Une nouvelle vue ?
voir aussi #4139Thonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4366Verifier les resets lors du chargement d'une nouvelle analyse2022-05-10T10:22:21+02:00Thonier FlorianVerifier les resets lors du chargement d'une nouvelle analyseAprès avoir ouvert une première analyse et changer la coloration (productive), puis ouvert une seconde analyse, la liste indique encore `color by productive`, mais ce n'est pas la coloration effective.
Il me semble que l'erreur est aus...Après avoir ouvert une première analyse et changer la coloration (productive), puis ouvert une seconde analyse, la liste indique encore `color by productive`, mais ce n'est pas la coloration effective.
Il me semble que l'erreur est aussi présente sur les choix de settings (verifier à l'instant avec le choix fait de `sample key`).
Il s'agit de répercuter des resets fait sur le modèle lors du chargement d'une nouvelle analyse avec les choix correspondant sur le html.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4194Séparer le visu2 en deux vues vmi2020-11-13T19:37:07+01:00Mathieu GiraudSéparer le visu2 en deux vues vmiActuellement le div `visu2` est utilisé à la fois pour `graph` et pour `sp2` (toggle visible en dev-mode quand plusieurs samples).
Mettre `graph` et `sp2` comme deux vues vmi indépendantes, et supprimer le ~"dev-dead-code" de ce toggle.Actuellement le div `visu2` est utilisé à la fois pour `graph` et pour `sp2` (toggle visible en dev-mode quand plusieurs samples).
Mettre `graph` et `sp2` comme deux vues vmi indépendantes, et supprimer le ~"dev-dead-code" de ce toggle.Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4180Nouvelle vue dessinant les chromosomes et les locus2020-12-04T14:19:03+01:00Mathieu GiraudNouvelle vue dessinant les chromosomes et les locusÉvoqué avec @mikael-s et @duez
Probablement mauvaise idée ~"wont-fix": avoir une vue où serait dessinés les locus sur les chromosome, type figures des publis Biomed 2, pour mieux réaliser d'un coup d'oeil sur quels chromosomes/locus se ...Évoqué avec @mikael-s et @duez
Probablement mauvaise idée ~"wont-fix": avoir une vue où serait dessinés les locus sur les chromosome, type figures des publis Biomed 2, pour mieux réaliser d'un coup d'oeil sur quels chromosomes/locus se sont passés les recombinaisons.
(En utilisant les dessins qui auraient du être fait il y a quelques temps par un graphiste ?)
Mais comment représenter les recombinaisons ? Des points/bars à des positions ?
#3192 (et #1887) sont probablement plus réalisables.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4139Nouvelle vue dédiée à l'affichage de beaucoup de samples2020-12-04T13:51:17+01:00Mathieu GiraudNouvelle vue dédiée à l'affichage de beaucoup de samplesDepuis #4105 :
> À terme, il faudra une autre ~"client-views" dédiée à cela.
On fait pour l'instant des choses pour améliorer le ~"client-graph" actuel, mais se poser les questions de ce que l'on veut si on a 50, 100, 500+ échantillons...Depuis #4105 :
> À terme, il faudra une autre ~"client-views" dédiée à cela.
On fait pour l'instant des choses pour améliorer le ~"client-graph" actuel, mais se poser les questions de ce que l'on veut si on a 50, 100, 500+ échantillons, ce qui pourrait arriver avec single cell #3233 ou autres. Ne pas recréer ~"app-stats" non plus :)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4084Simplifier les smartUpdate()2019-12-04T15:35:20+01:00Mathieu GiraudSimplifier les smartUpdate()@duez : "les trois fonctions, il pourrait y en avoir déjà deux. Demande du ~"dev-refactor" à plusieurs endroits"@duez : "les trois fonctions, il pourrait y en avoir déjà deux. Demande du ~"dev-refactor" à plusieurs endroits"https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4083Pouvoir identifier les vues2019-12-04T15:33:23+01:00Mathieu GiraudPouvoir identifier les vuesSouhaité par @duez
- plusieurs sp ou autres
- debug, important d'afficher des choses
Un type ? Un id ?Souhaité par @duez
- plusieurs sp ou autres
- debug, important d'afficher des choses
Un type ? Un id ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3960clones virtuels : présence d'une séquence et affichage dans le segmenteur2020-10-14T11:29:53+02:00Thonier Florianclones virtuels : présence d'une séquence et affichage dans le segmenteurUn clone qui ne possède pas de séquences ne pourra pas afficher toutes les informations normalement demandées.
On ne s'attend alors pas à le voir apparaître dans la vue segmenter.
Pour l'instant, nous avons 2 cas pratiques: les clones v...Un clone qui ne possède pas de séquences ne pourra pas afficher toutes les informations normalement demandées.
On ne s'attend alors pas à le voir apparaître dans la vue segmenter.
Pour l'instant, nous avons 2 cas pratiques: les clones virtuels (other) et les clones de distributions.
Une solution envisageable est que pour chaque clones que nous devrions afficher dans une vue, nous lui fassions passer un test de compatibilité avec celle-ci. Pour le cas de la séquence, son absence bloquerait l'utilisation de ce clone avec la vue segmenter.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3896Ameliorer l'interaction avec des sample dans la vue timeline2021-11-22T14:34:47+01:00Thonier FlorianAmeliorer l'interaction avec des sample dans la vue timelinePour le moment, nous avons seulement moyen de cacher les samples en les déplaçant par drag n drop. Ce n'est pas optimal, surtout quand on arrive à de grands nombres de samples tel que nous en avons maintenant dans les runs.
Du coup, je...Pour le moment, nous avons seulement moyen de cacher les samples en les déplaçant par drag n drop. Ce n'est pas optimal, surtout quand on arrive à de grands nombres de samples tel que nous en avons maintenant dans les runs.
Du coup, je pense qu'il faut rajouter une interaction sur les noms de samples pour que l'on puisse les cacher par des clics directement dessus.
* Quelle combinaison ? juste un double clic, ctrl+clic ?
* Pouvoir cacher tous les autres par un shift+clic comme sur les locus (que l'on pourrait d’ailleurs implémenter aussi sur les tags).
* Afficher le nombre de samples cachés au lieu des points de suspension.
cc @magiraud @mikael\-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3895Comparer dans le client beaucoup de samples d'un coup2019-12-13T12:26:11+01:00Mathieu GiraudComparer dans le client beaucoup de samples d'un coup@Anne, dans https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/3889#note_187960 :
> la visualisation par run est aussi un peu longue à ouvrir et pas très facile à manier (65 samples dans mon dernier run)
Oui ! C'est dommage. Nous avons des c...@Anne, dans https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/3889#note_187960 :
> la visualisation par run est aussi un peu longue à ouvrir et pas très facile à manier (65 samples dans mon dernier run)
Oui ! C'est dommage. Nous avons des choses en cours de développement pour avoir une vue d'ensemble sur un run via une page du ~server (~"server\-qc\-stats"), mais on pourrait se demander ce qu'on pourrait voir depuis le ~client.
L'axe `number of samples sharing each clone` peut être utile. Voir par exemple http://app.vidjil.org/?set=30982&config=2&plot=v,nbSamples,grid&clone=7,25,166 , ici au moins trois clones se trouvent dans au moins 10 samples.
Y aurait-il un moyen de mieux voir cela ?
- limiter le ~"client\-graph" ? À un moment, on n'affichait qu'au plus 20 samples (mais c'était ~"server\-fuse"). Cela pourrait être une limitation soft, ou les données sont présentes et on se contente de cacher (dans l'épingle à droite) des choses (serait-ce plus rapide ?)
- enlever complètement le ~"client\-graph" ? (mais comment indiquer clairement qu'on visualise alors un sample ? mettre en valeur le nom du sample en haut à gauche ?)
- avoir par défaut une vue ~"client\-grid" avec l'axe `nbSamples` ? (~"!\-easy") Si on enlève le ~"client\-graph", on pourrait avoir cette vue en plus de la ~"client\-grid" habituelle.
- avoir une autre vue faite pour cela, qui remplace le ~client-graph et qui donne un "résumé" lisible (type #1887) ? (~"!\-hard")
cc @flothoni @mikael\-s
~"client\-axis"https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2926Camemberts flexibles2017-12-04T11:26:27+01:00Mathieu GiraudCamemberts flexiblesActuellement, nous avons des camemberts dans le ~"client-rapport", montrant les locus par échantillon, peu configurables. Si cela n'apporte rien, on les retire ? Ou bien est-ce une information à mettre aussi dans nos vues princicpales ?
...Actuellement, nous avons des camemberts dans le ~"client-rapport", montrant les locus par échantillon, peu configurables. Si cela n'apporte rien, on les retire ? Ou bien est-ce une information à mettre aussi dans nos vues princicpales ?
Si oui, devrait-on 1) juste mettre la même vue dans l'appli principale ? Alors plutôt comme vue alternative du ~"client-graph" ?
2) ou bien dans le scatterplot, un `MODE_PIE` qui serait complémentaire de `MODE_BAR` et `MODE_GRID` ? L'axe `x` répartirait en camemberts différents (par exemple les locus), l'axe `y` serait la clé de répartition au sein d'un camembert. Les camemberts pourraient avoir tous le même rayon, soit avoir un rayon reflétant la taille des clones.
On pourrait avoir l'impression que cela permette d'afficher une information assez similaire de `MODE_BAR`. La pertinence bio serait surtout quand l'axe `x` n'est pas vraiment continu. Typiquement, les locus: souvent on ne veut pas comparer le nombre de reads par locus mais les étudier séparément (voir aussi #1887)...
Bof bof...
https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2844Les clones en hide sont toujours affichés dans le segmenter2019-01-17T13:20:53+01:00Thonier FlorianLes clones en hide sont toujours affichés dans le segmenterUn bug vu par ~"LIL-Lille" :
Si on séléctionne quelques clones que l'on met en hide (via le bouton), on continue a montrer ces clones dans le segmenter. Il s'agit peut-être d'un simple refresh a afficher pour ne plus les montrer.Un bug vu par ~"LIL-Lille" :
Si on séléctionne quelques clones que l'on met en hide (via le bouton), on continue a montrer ces clones dans le segmenter. Il s'agit peut-être d'un simple refresh a afficher pour ne plus les montrer.Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2608N'afficher que les patients avec des mise à jours non encore visualisées par ...2017-10-17T16:49:57+02:00Thonier FlorianN'afficher que les patients avec des mise à jours non encore visualisées par l'utilisateurOriginalement dans #2607 :
> - toutes les analyses non encore visualisées.
>
> - un mix des trois (au choix les XXX dernier jobs ou bien si ca dépasse les jobs depuis XXX jours, avec e nplus une colonne qui indique si il reste un jobs ...Originalement dans #2607 :
> - toutes les analyses non encore visualisées.
>
> - un mix des trois (au choix les XXX dernier jobs ou bien si ca dépasse les jobs depuis XXX jours, avec e nplus une colonne qui indique si il reste un jobs en attente sur ce patient.
Je me demande si il ne serait aps possible de filtrer la liste des patients avec uniquement les patients (ou runs/sets, comme d'hab) qui ont reçu une update non encore vue par l'utilisateur.
@RyanHerb @magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2607ajouter une colonne statut dans le vue patient2022-06-21T13:56:48+02:00Thonier Florianajouter une colonne statut dans le vue patientUne idée saugrenue serait d’afficher dans la liste des patients (ou runs/sets) une colonne avec une petite gomette qui indiquerait l'état d'analyse du patient.
Par exemple :
* rond blanc : patient crée mais pas de données dispo
* gris,...Une idée saugrenue serait d’afficher dans la liste des patients (ou runs/sets) une colonne avec une petite gomette qui indiquerait l'état d'analyse du patient.
Par exemple :
* rond blanc : patient crée mais pas de données dispo
* gris, pas d'analyse lancée, mais des fichiers déposés
* orange : des jobs sont en attente/cours
* vert : tous les jobs du patient sont terminées.
* autre couleur (sur la ligne cette fois) : le patient a été ouvert par l'utilisateur depuis les dernières analyses. Permettrait de faire ressortir directement les patients ayant été récemment mis à jours.
Ps: comme pour l'autre nécessiterait un ajout dans la DB.
@magiraud @mikael-s @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2589Nouvelle vue pour remplacer getHTMLinfo(), information d'un clone responsif2020-12-04T14:18:26+01:00Mathieu GiraudNouvelle vue pour remplacer getHTMLinfo(), information d'un clone responsifVu à Douai : la boîte info d'un clone (`.info-container`) n'est pas responsive, en particulier si on enlève les bandeaux de gauche. Mettre directement cela comme une vue de ~"vmi-responsive" ?
Discussion : cela pourrait être même une v...Vu à Douai : la boîte info d'un clone (`.info-container`) n'est pas responsive, en particulier si on enlève les bandeaux de gauche. Mettre directement cela comme une vue de ~"vmi-responsive" ?
Discussion : cela pourrait être même une vue au sens Vidjil. À voir ce que cela pourrait être si plusieurs clones sont sélectionnés.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2586la dernière coloration appliquée reste selectionnée lorsqe l'on ouvre un nouv...2021-11-23T15:19:47+01:00Thonier Florianla dernière coloration appliquée reste selectionnée lorsqe l'on ouvre un nouveau patientSi on colore un fichier par prod (et peut-être d'autre), que l'on le réouvre une seconde fois (ou que l'on en ouvre un autre), la liste déroulante reste sur la dernière coloration sélectionnée sans l'appliquer.
Il faudrait que la liste ...Si on colore un fichier par prod (et peut-être d'autre), que l'on le réouvre une seconde fois (ou que l'on en ouvre un autre), la liste déroulante reste sur la dernière coloration sélectionnée sans l'appliquer.
Il faudrait que la liste déroulante revienne à la coloration initiale.