vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2022-04-25T16:50:41+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5000La normalisation n'est pas rechargée lors de l'ouverture d'une analyse.2022-04-25T16:50:41+02:00Thonier FlorianLa normalisation n'est pas rechargée lors de l'ouverture d'une analyse.On sauvegarde bien des informations relatives aux normalisations dans le fichier analysis, pourtant, nous ne le rechargeons pas à la réouverture.
Il n'y a pas d'erreur lors du chargement. Je ne sais pas si l'option avait été implémenté...On sauvegarde bien des informations relatives aux normalisations dans le fichier analysis, pourtant, nous ne le rechargeons pas à la réouverture.
Il n'y a pas d'erreur lors du chargement. Je ne sais pas si l'option avait été implémentée ou si elle a été perdue au cours du temps...https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4019Clones virtuels et normalisation2019-10-31T18:46:29+01:00Mathieu GiraudClones virtuels et normalisationVoir déjà ce [thread dans !515](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/merge_requests/515?diff_id=34485&start_sha=f509f0c7502df6f172c788ed8850df01134d707b#note_266941).Voir déjà ce [thread dans !515](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/merge_requests/515?diff_id=34485&start_sha=f509f0c7502df6f172c788ed8850df01134d707b#note_266941).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3946Show normalized_reads field into getHTMLinfo2020-03-23T13:17:44+01:00Thonier FlorianShow normalized_reads field into getHTMLinfoLink to #3943: For the moment, we didn't show this info inti HTMLinfo. We could set it, into `representative sequence`. We also should show thatr a sample have not been computed for normalization. A text field ? "not computed" ?
@magir...Link to #3943: For the moment, we didn't show this info inti HTMLinfo. We could set it, into `representative sequence`. We also should show thatr a sample have not been computed for normalization. A text field ? "not computed" ?
@magiraud @mikael-s @meidanishttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3936Rapports monitor : que sont les graphs « normalization » ?2019-06-20T18:22:40+02:00Mikaël SalsonRapports monitor : que sont les graphs « normalization » ?Aller sur un sample set avec plusieurs samples ([exemple](http://app.vidjil.org/?set=3241&config=32)) et faire un export monitor.
En tête du rapport on a deux graphs **identiques** côte à côte sous une en-tête « Normalization ». D'où ça...Aller sur un sample set avec plusieurs samples ([exemple](http://app.vidjil.org/?set=3241&config=32)) et faire un export monitor.
En tête du rapport on a deux graphs **identiques** côte à côte sous une en-tête « Normalization ». D'où ça vient ? Qu'est-ce que ça fait là ?
Au passage attention à #2944https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3925No spike normalization and disconnected lines2019-07-15T11:33:22+02:00Mathieu GiraudNo spike normalization and disconnected lines@meidanis has situations where the diagnosis point was not normalized (when there is no / a few spike-ins, this is the good way to go).
In this case, there were no lines between the clones in the ~"client-graph". He will send us the `.v...@meidanis has situations where the diagnosis point was not normalized (when there is no / a few spike-ins, this is the good way to go).
In this case, there were no lines between the clones in the ~"client-graph". He will send us the `.vidjil` files before and after normalization.
cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3923Documenter / déployer la nouvelle normalisation2021-01-19T10:53:05+01:00Mathieu GiraudDocumenter / déployer la nouvelle normalisationAu VW, il y avait une grosse attente de labos quand ils ont vu la présentation de Joao.
Suite à #3838, propose-t-on quelque chose à l'ensemble de nos utilisateurs, au moins pour une normalisation simple/codée en dur ? Des ~"server-confi...Au VW, il y avait une grosse attente de labos quand ils ont vu la présentation de Joao.
Suite à #3838, propose-t-on quelque chose à l'ensemble de nos utilisateurs, au moins pour une normalisation simple/codée en dur ? Des ~"server-config" #3901 ?
Au moins de la ~doc ?
cc @flothoniThonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3912Normalized ratios and hiding a locus2019-06-12T14:21:10+02:00Mathieu GiraudNormalized ratios and hiding a locusDiscussed with @meidanis : how does the normalization works when we (un)hide some loci from the top left panel (or when we do other filterings) ? Is it coherent to the main behavior ? Is it properly explained or documented ?
cc @flothon...Discussed with @meidanis : how does the normalization works when we (un)hide some loci from the top left panel (or when we do other filterings) ? Is it coherent to the main behavior ? Is it properly explained or documented ?
cc @flothoni @mikael\-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3664Deux réglages distincts de normalisation2019-01-08T13:29:48+01:00Mathieu GiraudDeux réglages distincts de normalisationEn poussant https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/3645#note_141056, on pourrait avoir deux réglages distincts : l'un qui active ou non `normalized_reads` (un préprocess externe a normalisé certaines familles), l'autre qui permet d...En poussant https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/3645#note_141056, on pourrait avoir deux réglages distincts : l'un qui active ou non `normalized_reads` (un préprocess externe a normalisé certaines familles), l'autre qui permet de fixer un "expected".
Cela pourrait être en particulier utile si le préprocess n'a touché qu'à certains clones et qu'on souhaite re-normaliser derrière.
cc @flothoni https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3663Bikeshedding normalisation2022-04-25T16:58:09+02:00Mathieu GiraudBikeshedding normalisationAprès !378 :
- libellé exact des menus
- icône
Je m'en occuperai la semaine prochaineAprès !378 :
- libellé exact des menus
- icône
Je m'en occuperai la semaine prochainehttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3650How does the user see the normalized_reads field?2019-01-10T15:21:23+01:00Mathieu GiraudHow does the user see the normalized_reads field?Raised by @meidanis on #3645.
(We do not directly display `normalized_reads`, but ratios computed with this number, and depending on what is selected)
We could have something like `(17 reads (0.19%), 18.5 normalized (0.23%))` that coul...Raised by @meidanis on #3645.
(We do not directly display `normalized_reads`, but ratios computed with this number, and depending on what is selected)
We could have something like `(17 reads (0.19%), 18.5 normalized (0.23%))` that could be shown on the detailed information window, but we definitely need a short version.
It could be (17 reads is the actual number of reads, 0.23% is the ratio computed with `normalized_reads`):
- `17 reads (0.23%)`
- `17 reads (0.23%N)`
- `17 reads (0.23)`
Note that most of the people that will use this feature will probabibly always have normalized reads (even with #3648). It's probably better not to disturb them with too many information and to show them something simple.
cc @mikael\-s @flothoni https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2944Rapport monitor et NORM_EXTERNAL2019-06-20T18:22:23+02:00Mikaël SalsonRapport monitor et NORM_EXTERNALSuite aux modifications sur la normalisation, il y a des choses qui auraient dû être modifiées au niveau de la génération de rapport (en lien avec #2669 mais peut-être plus) :
dans la fonction `normalizeInfo` de `export.js`, on a
```js
...Suite aux modifications sur la normalisation, il y a des choses qui auraient dû être modifiées au niveau de la génération de rapport (en lien avec #2669 mais peut-être plus) :
dans la fonction `normalizeInfo` de `export.js`, on a
```js
var norm_value = this.m.normalization.B
```
Vérifier et tester plus globalement cette fonction.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2877normalisation2022-04-25T16:46:03+02:00Ghost UsernormalisationDiscussion à propos de la normalisation. Il nous a parlé d'amplification préférentielle (a priori Kiel a présenté des choses la dessus) et suggéré de normaliser à partir de la quantité d'ADN dans l'échantillon.Discussion à propos de la normalisation. Il nous a parlé d'amplification préférentielle (a priori Kiel a présenté des choses la dessus) et suggéré de normaliser à partir de la quantité d'ADN dans l'échantillon.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2830Faire une médiane sur une normalisation multiple2018-12-28T10:10:31+01:00Ryan HerbertFaire une médiane sur une normalisation multipleSi j'ai bien compris, Marlène à trois sortes de spike-ins sur lesquels elle voudrais pouvoir normaliser avec une médiane des trois.Si j'ai bien compris, Marlène à trois sortes de spike-ins sur lesquels elle voudrais pouvoir normaliser avec une médiane des trois.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2696limiter la taille des points représentant les clone dans le scatterplot2017-11-29T15:11:34+01:00Ghost Userlimiter la taille des points représentant les clone dans le scatterplotsuite a la normalisation l'abondance des clones devient superieur a 100% ce qui fait que la taille des clones dans le scatterplot devient énorme.suite a la normalisation l'abondance des clones devient superieur a 100% ce qui fait que la taille des clones dans le scatterplot devient énorme.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1375Raccourci clavier : shift-N pour normalisation2017-10-23T11:33:42+02:00Vidjil TeamRaccourci clavier : shift-N pour normalisationShift-N devrait pouvoir activer/désactiver la normalisation (ou cycler entre les normalisations s'il y en a plusieurs)
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@CyanaelShift-N devrait pouvoir activer/désactiver la normalisation (ou cycler entre les normalisations s'il y en a plusieurs)
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@Cyanaelhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1348Warnings pour les normalisations2018-02-16T17:49:32+01:00Vidjil TeamWarnings pour les normalisationsWarning sur certains points :
1) pour les deux méthodes, quand le standard diffère de + d’un log de son expected value
« Before normalization, the size of the normalizing clone (NAME) was Xxx%. This size was very far from his expected v...Warning sur certains points :
1) pour les deux méthodes, quand le standard diffère de + d’un log de son expected value
« Before normalization, the size of the normalizing clone (NAME) was Xxx%. This size was very far from his expected value of Xxx%. »
2) et pour "to-100%", warning si la quantité non-100% aurait été bcp plus grande (disons un log, > 1000%) « Before normalization, the size of the dominant clone (NAME) was Xxx%. A constant normalization would have yield a size of Xxxx%. »
Dans les deux cas, icône warning à côté du time point + tooltip/balloon help pour le message de warning (comme pour les too few segmented)
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1283Normalisation pour le multi-système2023-06-28T18:04:26+02:00Vidjil TeamNormalisation pour le multi-systèmeSi on a plusieurs systèmes (ou, plus généralement, plusieurs PCRs)... on peut avoir plusieurs normalisations différentes :-(
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Sur Leu-multi, on dirait que le clone TRG principal normalisé (vs standard TRG) et le clone IGH normalisé (v...Si on a plusieurs systèmes (ou, plus généralement, plusieurs PCRs)... on peut avoir plusieurs normalisations différentes :-(
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Sur Leu-multi, on dirait que le clone TRG principal normalisé (vs standard TRG) et le clone IGH normalisé (vs standard IGH) sont d'ailleurs très proches, beaucoup plus que si on normalise tout de la même manière. Quelque part c'est une bonne nouvelle, cela montre l'intérêt de la normalisation.
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C'est rigolo, on en a donc parlé tout à l'heure.
Avant de coder, on en parlera, ce n'est pas si évident que cela et cela ajoutera peut-être trop de complexité.
Pour l'article, on fera à la main ou même, deux courbes à côté, ce sera plus lisible.
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On ne peut pas comparer les courbes des clones IGH et TRG, ce sont des % sur le total de reads segmentés.
Un clone IGH à 1% (1% des reads segmentés) sur le graphique peut tres bien représenter 50% des IGH ou seulement 2% suivant la proportion d'IGH dans les reads segmentés.
C'est ce qui se passe pour leu entre les timepoints 4 et 5, la proportion d'IGH chute
(console javascript >> `m.clusterBy(function(id){return m.clone(id).getSystem()});`)
Il faudrait un mode qui sépare chaque système et calcul la taille d'un clone en fonction des reads segmentés dans son système (mais ca veut dire qu l'on risque de voir des clones avec tres peu de reads se retrouver avec un % élevé si leurs systèmes sont peu ou pas segmentés (bref du bruit au milieux des clones patho ... ))2023-11-01