vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2019-06-20T18:22:40+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3936Rapports monitor : que sont les graphs « normalization » ?2019-06-20T18:22:40+02:00Mikaël SalsonRapports monitor : que sont les graphs « normalization » ?Aller sur un sample set avec plusieurs samples ([exemple](http://app.vidjil.org/?set=3241&config=32)) et faire un export monitor.
En tête du rapport on a deux graphs **identiques** côte à côte sous une en-tête « Normalization ». D'où ça...Aller sur un sample set avec plusieurs samples ([exemple](http://app.vidjil.org/?set=3241&config=32)) et faire un export monitor.
En tête du rapport on a deux graphs **identiques** côte à côte sous une en-tête « Normalization ». D'où ça vient ? Qu'est-ce que ça fait là ?
Au passage attention à #2944https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3925No spike normalization and disconnected lines2019-07-15T11:33:22+02:00Mathieu GiraudNo spike normalization and disconnected lines@meidanis has situations where the diagnosis point was not normalized (when there is no / a few spike-ins, this is the good way to go).
In this case, there were no lines between the clones in the ~"client-graph". He will send us the `.v...@meidanis has situations where the diagnosis point was not normalized (when there is no / a few spike-ins, this is the good way to go).
In this case, there were no lines between the clones in the ~"client-graph". He will send us the `.vidjil` files before and after normalization.
cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2944Rapport monitor et NORM_EXTERNAL2019-06-20T18:22:23+02:00Mikaël SalsonRapport monitor et NORM_EXTERNALSuite aux modifications sur la normalisation, il y a des choses qui auraient dû être modifiées au niveau de la génération de rapport (en lien avec #2669 mais peut-être plus) :
dans la fonction `normalizeInfo` de `export.js`, on a
```js
...Suite aux modifications sur la normalisation, il y a des choses qui auraient dû être modifiées au niveau de la génération de rapport (en lien avec #2669 mais peut-être plus) :
dans la fonction `normalizeInfo` de `export.js`, on a
```js
var norm_value = this.m.normalization.B
```
Vérifier et tester plus globalement cette fonction.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2897Normalisation : dans le menu settings le choix actuel n'est pas sélectionné2022-04-25T16:44:26+02:00Mikaël SalsonNormalisation : dans le menu settings le choix actuel n'est pas sélectionnéCe n'est pas gravissime, mais cela serait mieux de voir quel est le réglage courant.Ce n'est pas gravissime, mais cela serait mieux de voir quel est le réglage courant.prod-client-nexthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2681Normalisation : des clones disparaissent2017-11-29T14:45:55+01:00Mikaël SalsonNormalisation : des clones disparaissentTous les clones dont l'abondance est supérieure au clone normalisé disparaissent (au point concerné).
Peut-être ajouter un test pour s'assurer que le bug ne revienne pas ?Tous les clones dont l'abondance est supérieure au clone normalisé disparaissent (au point concerné).
Peut-être ajouter un test pour s'assurer que le bug ne revienne pas ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2565time out en cas de normalisation2019-02-01T21:13:32+01:00Ghost Usertime out en cas de normalisationpour quelque normalisation que je tente de réaliser , aussi bien sur la branche dev et que sur ma branche perso il se produit un time out avec le message:
Error: Script terminated by timeout at:
initOrdinateClones@http://localhost/js/g...pour quelque normalisation que je tente de réaliser , aussi bien sur la branche dev et que sur ma branche perso il se produit un time out avec le message:
Error: Script terminated by timeout at:
initOrdinateClones@http://localhost/js/graph.js:1000:21
initAxis@http://localhost/js/graph.js:851:9
update@http://localhost/js/graph.js:338:9
update@http://localhost/js/model.js:983:13
openTagSelector/this.norm_button.onclick@http://localhost/js/model.js:1865:17https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1355Axes lors de la normalisation2017-04-03T16:41:11+02:00Vidjil TeamAxes lors de la normalisationJ'ai toujours du mal à comprendre les axes de la normalisation par data.
http://rbx.vidjil.org/browser/?data=demo/external-data-test.vidjil&analysis=demo/external-data-test.analysis
Choisir qPCR (il n'y a en qu'un), normalize to 0.01 (o...J'ai toujours du mal à comprendre les axes de la normalisation par data.
http://rbx.vidjil.org/browser/?data=demo/external-data-test.vidjil&analysis=demo/external-data-test.analysis
Choisir qPCR (il n'y a en qu'un), normalize to 0.01 (ou 1, ou n'importe quoi)... le calcul est bien fait mais l'axe de gauche monte très haut (alors que les données ne vont "que" jusqu'à 1000% ou environ)
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e34f85b, merci Marc !
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1302Bouton de normalisation non cohérent avec l'affichage dans le graphique2017-05-11T17:25:19+02:00Vidjil TeamBouton de normalisation non cohérent avec l'affichage dans le graphiqueExemple avec le patient Leu où les courbes ne sont pas normalisées mais le radio button est sélectionné.
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@DuezExemple avec le patient Leu où les courbes ne sont pas normalisées mais le radio button est sélectionné.
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1199Normalisation dans le browser ne fonctionne pas sur le serveur (aucun changem...2017-04-03T16:41:11+02:00Vidjil TeamNormalisation dans le browser ne fonctionne pas sur le serveur (aucun changement visible)
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@Duez
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/993Label de la checkbox normalization pas mis à jour lorsqu'on change de jeu de ...2017-04-03T16:41:12+02:00Vidjil TeamLabel de la checkbox normalization pas mis à jour lorsqu'on change de jeu de données
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@Duez
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1351Chargement d'analysis avec champ "data"2018-02-23T10:04:51+01:00Vidjil TeamChargement d'analysis avec champ "data"(priorité haute, envoi mail à Nikos)
(voir les fichiers browser/demo/* sur rbx)
Même sans résoudre la tache API analysis, l'URL suivante devrait fonctionner :
http://rbx.vidjil.org/browser/?data=demo/external-data-test.vidjil&analysis...(priorité haute, envoi mail à Nikos)
(voir les fichiers browser/demo/* sur rbx)
Même sans résoudre la tache API analysis, l'URL suivante devrait fonctionner :
http://rbx.vidjil.org/browser/?data=demo/external-data-test.vidjil&analysis=demo/external-data-test.analysis
La seule différence entre le external-data-test.analysis et le LIL-L3 analysis est ce bloc :
"data": {
"qPCR" : [0.95, 0.00003, 0.002, 0.1, 0.95],
"dataTest2" : [ 5, 400, 0.1, 0.02, 1]
},
Et on obtient, dans model.js :
undefined is not an object (evaluating 'this.data[key] = this.analysis.data[key]')
Me suis-je trompé dans le format, ai-je oublié quelque chose ?
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merci
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1068menu filter > normalize2017-04-03T16:41:12+02:00Vidjil Teammenu filter > normalize
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#1063
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#1063https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1065On peut aussi normaliser2017-04-03T16:41:12+02:00Vidjil TeamOn peut aussi normaliser
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#1063
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#1063https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1063Données externes, par time point, dans le fichier analysis : affichage / norm...2017-04-03T16:41:12+02:00Vidjil TeamDonnées externes, par time point, dans le fichier analysis : affichage / normalisationVive Excel !
Le but est d'afficher et de normaliser les données type "qPCR" ou "spike" (voir doc/format-analysis.org)
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On y est presque...
1) il se passe des choses curieuses dans la légende lorsqu'on normalise (leu.data → dataTest1...Vive Excel !
Le but est d'afficher et de normaliser les données type "qPCR" ou "spike" (voir doc/format-analysis.org)
***
On y est presque...
1) il se passe des choses curieuses dans la légende lorsqu'on normalise (leu.data → dataTest1 → normalize → 0.1).
2) Le menu "filter > normalise" ne se met pas bien à jour.
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3) La légende ne devrait pas apparaitre si aucun point data n'est sélectionné
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#1064, #1065, #1066, #1067, #1068
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3943Implement null for normalized_reads2019-07-15T11:11:54+02:00Mathieu GiraudImplement null for normalized_readsFrom #3925 :
> Should we have `null` instead of 0 to denote that fact that there is no normalization for this sample?
Yes, `null` seems to be a very good option.
```
"normalized_reads": [
null,
107.91,
0
...From #3925 :
> Should we have `null` instead of 0 to denote that fact that there is no normalization for this sample?
Yes, `null` seems to be a very good option.
```
"normalized_reads": [
null,
107.91,
0
],
```
Here the first sample has no normalization information, and the value of `reads` should be taken into account. But the third sample has a `0` value.
cc @mikael-s @flothoni @meidanis https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3666Réparer une normalization_list affichant la liste des derniers clones normali...2019-01-16T12:33:03+01:00Mathieu GiraudRéparer une normalization_list affichant la liste des derniers clones normalisés en NORM_EXPECTEDSuite à !379, la liste de clones normalisés en `NORM_EXPECTED` a disparu.
cc @flothoni
Je pensais que cela ne fonctionnait plus depuis longtemps... mais si, cela fonctionne sur app.
![norm](/uploads/29b597fc089d9776876bb7fc73983766/no...Suite à !379, la liste de clones normalisés en `NORM_EXPECTED` a disparu.
cc @flothoni
Je pensais que cela ne fonctionnait plus depuis longtemps... mais si, cela fonctionne sur app.
![norm](/uploads/29b597fc089d9776876bb7fc73983766/norm.png)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3644Refactor normalisation2018-12-28T08:13:43+01:00Mathieu GiraudRefactor normalisationTalked with @mikael\-s et @flothoni
Proposed solution:
- model.js: normalize() looks directly to `m.norm`
- clone.js: a new `getNormalizedReads()` *always* calls `m.normalize()`
- clone.js: all `get*Size()` functions call `getNormalize...Talked with @mikael\-s et @flothoni
Proposed solution:
- model.js: normalize() looks directly to `m.norm`
- clone.js: a new `getNormalizedReads()` *always* calls `m.normalize()`
- clone.js: all `get*Size()` functions call `getNormalizedReads()`
Thonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2670Normalisation : garder la trace de la dernière (voire plus…)2017-11-29T21:27:22+01:00Mikaël SalsonNormalisation : garder la trace de la dernière (voire plus…)On a envie de pouvoir facilement retirer la normalisation et la remettre. Il faut donc se souvenir de la dernière normalisation (voire plus si on transforme `model.normalization` en liste).
Vu rapidement avec @aurelBZH et @RyanHerb : `m...On a envie de pouvoir facilement retirer la normalisation et la remettre. Il faut donc se souvenir de la dernière normalisation (voire plus si on transforme `model.normalization` en liste).
Vu rapidement avec @aurelBZH et @RyanHerb : `model.norm` permet de savoir si on est en mode normalisation ou non. Quand on quitte la normalisation `model.normalization.id` passe à -1, ce qui n'a pas de raison d'être, c'est redondant avec `model.norm` (sauf si quelque chose nous a échappé).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2669Normalisation : renommer les variables A et B2017-12-08T10:03:35+01:00Mikaël SalsonNormalisation : renommer les variables A et BSuggéré par @RyanHerb : renommer les variables `model.normalization.A` et `model.normalization.B` utilisées pour la normalisation pour quelque chose de plus parlant.Suggéré par @RyanHerb : renommer les variables `model.normalization.A` et `model.normalization.B` utilisées pour la normalisation pour quelque chose de plus parlant.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2668Normalisation : retirer la méthode « to 100% »2017-11-29T21:27:22+01:00Mikaël SalsonNormalisation : retirer la méthode « to 100% »Je crois que cela fait l'unanimité qu'elle ne présente pas un intérêt fou.
Si c'est bien le cas on peut la retirer.Je crois que cela fait l'unanimité qu'elle ne présente pas un intérêt fou.
Si c'est bien le cas on peut la retirer.