vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2021-02-24T17:52:55+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4070Les valeurs de diversité sont parfois null2021-02-24T17:52:55+01:00Thonier FlorianLes valeurs de diversité sont parfois nullEn cherchant des valeurs dans les logs de quelques analyses ([ici](http://app.vidjil.org/index.html?set=33779&config=53)), je me suis aperçu que la valeurs pour certains indices de diversité pouvait être `null`. Dans ce cas, nous ne pouv...En cherchant des valeurs dans les logs de quelques analyses ([ici](http://app.vidjil.org/index.html?set=33779&config=53)), je me suis aperçu que la valeurs pour certains indices de diversité pouvait être `null`. Dans ce cas, nous ne pouvons pas ouvrir le log du sample.
```
TypeError: this.diversity[key][time] is null model.js:583:3
```
Je ne sais pas pourquoi la valeur ici est `null`. Il s'agit de capture, donc des valeurs avec très très peu de clones. On peut imaginer que les formules ne soient pas toutes adaptées, mais il n'y a pas d'erreur sur les autres samples qui ont les mêmes critères.
2 points à corriger:
* rendre le client résilient à des valeurs `null`
* comprendre pourquoi avoir une valeur nullhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3857Comparaison / overlap de répertoires via le client vidjil2020-07-29T18:36:20+02:00Mathieu GiraudComparaison / overlap de répertoires via le client vidjil(séparé depuis #3855)
@mikael-s : "savoir les clones qu'on retrouve, mais aussi les gènes V".
Très clairement certaines des réponses pourraient être via app-stats, dès qu'on est plus sur des distributions. stats#242.
Ici on parle des ...(séparé depuis #3855)
@mikael-s : "savoir les clones qu'on retrouve, mais aussi les gènes V".
Très clairement certaines des réponses pourraient être via app-stats, dès qu'on est plus sur des distributions. stats#242.
Ici on parle des possibilités du client, donc des comparaisons basées sur un nombre raisonnable de clones (mais attention à #2506 : discussion dans #3855). Nos solutions actuelles sont l'observation du ~client-graph et le préset ~client-log-log #998.
- Créer des samples virtuels ? `A\B` et `B\A`, `A or B`, `A and B`, voire `A xor B` ? Permet ensuite d'étudier pleinement ce sample virtuel selon des axes au choix.
- Modifier des samples existants ? (hum)
- Avoir un filtre pour, sans toucher aux samples, n'afficher que les clones avec une certaine relation avec un sample particulier ? ~"client-filter"
- autres idées ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1778Diagramme de Venn et log-log2021-11-19T11:06:56+01:00Vidjil TeamDiagramme de Venn et log-logDiagramme de Venn, éventuellement avec slider pour raffiner le top (euh, non, on a déjà ce slider). A deux samples, voire à trois ou quatre ?
Voir aussi #998
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@nobodyDiagramme de Venn, éventuellement avec slider pour raffiner le top (euh, non, on a déjà ce slider). A deux samples, voire à trois ou quatre ?
Voir aussi #998
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/998Comparer plusieurs samples : log-log2019-03-21T15:11:35+01:00Vidjil TeamComparer plusieurs samples : log-logScénarios :
- labos différents (qc)
- logiciels différents
- patients différents
- barcodes différents
- même patient, système différent (ok, fait, généraliser ou pas ?)
3d ? axe générique ?
visualisation +, de manière ...Scénarios :
- labos différents (qc)
- logiciels différents
- patients différents
- barcodes différents
- même patient, système différent (ok, fait, généraliser ou pas ?)
3d ? axe générique ?
visualisation +, de manière plus quantitative, commun / *absents*
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Point à discuter tous ensemble
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- Liste avec le diff (genre TP/FP/FN)
- Scatterplot en courbe log/log ? (Et on peut cliquer et comparer les points)
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Le scatterplot serait déjà très utile pour comparer deux timepoints
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Quoique... le graphe est très bien pour cela, et permet de faire plein de points en même temps
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Th. Linggner suggérait (mail 14 déc) :
"- a venn diagram showing the overlap of clones in two genotypes (based on the top 100 clones) and the proportion of reads for the top 20 clones (we merged the samples of the genotypes)"
On pourrait effectivement rajouter un Venn.
(Et cela donne envie d'avoir le Venn pour *tous* les clones, mais cela demanderait un lancement particulier de fuse avec une sortie particulière pour pas qu'elle soit trop grosse)
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Proposition, sans faire de Venn (trop binaire) : avoir une courbe log-log.
Pour cela, il suffirait d'avoir un axe "size" d'un *autre point* que le point sélectionné, et donc de faire un graphe "size" (le point sélectionné) / "size" (l'autre).
Aïe, comment référencer un autre point ?
- facile : en statique, on pourrait créer autant d'axes "size at point 0 / point 1 / ... / "
- plus difficile, en dynamique, faut-il avoir un moyen de (shift-)cliquer sur le graphe pour sélectionner un autre point ? Bof/bof, encore une interaction.
- ou bien faire que l'autre point soit l'avant-dernier sélectionné (et, quand un axe "size at other point" est sélectionné, ce point est mis en évidence dans le graphe ?)
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8d3917f..8e87d0a
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@mikael-s @Duez @magiraud