vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2024-02-01T06:04:02+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5129Provide information when marked_pos (CDR3) is not found2024-02-01T06:04:02+01:00Mikaël SalsonProvide information when marked_pos (CDR3) is not foundIt may happen that we don't find the CDR3 because there are too many deletions either in the V or the J genes that go beyond the marked_pos.
In such a case the CDR3 will not be found and no reason will be provided for that.
More generall...It may happen that we don't find the CDR3 because there are too many deletions either in the V or the J genes that go beyond the marked_pos.
In such a case the CDR3 will not be found and no reason will be provided for that.
More generally if the marked_pos is not set in the germline, the user doesn't have that information. The user can only see that no CDR3 was found with no reason given for that (which is not the case for productivity).
We should give some information about it.
Here is an example where the marked_pos is deleted (appears in position 277/290 of the V gene but we have 16 deletions in the V).
```
GCTGTCATCTCTCAAAAGCCAAGCAGGGATATCTGTCAACGTGGAACCTCCCTGACGATCCAGTGTCAAGTCGATAGCCAAGTCACCATGATGTTCTGGTACCGTCAGCAACCTGGACAGAGCCTGACACTGATCGCAACTGCAAATCAGGGCTCTGAGGCCACATATGAGAGTGGATTTGTCATTGACAAGTTTCCCATCAGCCGCCCAAACCTAACATTCTCAACTCTGACTGTGAGCAACATGAGCCCTGAAGACAGCAGCATAAATCCCCTTGGGGGTCCCTATAATTCACCCCTCCACTTTGGGAACGGGACCAGGCTCACTGTGACAGGTATGGGGGCTCCACTCTTGACTCGGGGGTGCCTGGGTTTGACTG
```Algo 2024.04https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5117artifact sequence; be able to substract them from number of reads2023-01-25T17:30:48+01:00THONIER Florianartifact sequence; be able to substract them from number of readsWhen a clone is tagged as noise/artifact, we should offer the possiblity to subsrat is value from what is proportion of reads shown.
ex: IGH D7-27//J1. If it is seen at 50% and hidden or tagged as noise, other clone still at the same s...When a clone is tagged as noise/artifact, we should offer the possiblity to subsrat is value from what is proportion of reads shown.
ex: IGH D7-27//J1. If it is seen at 50% and hidden or tagged as noise, other clone still at the same size.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4911Pouvoir exporter les données du log du sample (et son preprocess).2021-11-19T17:39:12+01:00Thonier FlorianPouvoir exporter les données du log du sample (et son preprocess).C'est un tableau que l'on devrait pouvoir exporter assez simplement ne format csv. Mais il faudrait aussi pouvoir convertir le log du sample en données structurées et non plus en simple format texte.C'est un tableau que l'on devrait pouvoir exporter assez simplement ne format csv. Mais il faudrait aussi pouvoir convertir le log du sample en données structurées et non plus en simple format texte.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4555Fenêtre info ne s'ouvre pas sur d'anciens samples (avec un custom)2020-11-06T10:59:26+01:00Mikaël SalsonFenêtre info ne s'ouvre pas sur d'anciens samples (avec un custom)Ici https://app.vidjil.org/browser/?custom=2909 la fenêtre info ne s'ouvre pas avec l'erreur :
```
TypeError: this.diversity[key][time].toFixed is not a function
```Ici https://app.vidjil.org/browser/?custom=2909 la fenêtre info ne s'ouvre pas avec l'erreur :
```
TypeError: this.diversity[key][time].toFixed is not a function
```https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4439Pouvoir donner un meilleur nom sur les labels de graph2020-07-30T19:42:17+02:00Thonier FlorianPouvoir donner un meilleur nom sur les labels de graphOn charge les données et généralement on laisse le nom du fichier inchangé en sorti de run pour permettre un meilleur suivit au besoin et ne pas faire d'erreur d'identité. Ce nom est parfois non spécifique. Pourtant, des fois on aimerai ...On charge les données et généralement on laisse le nom du fichier inchangé en sorti de run pour permettre un meilleur suivit au besoin et ne pas faire d'erreur d'identité. Ce nom est parfois non spécifique. Pourtant, des fois on aimerai pouvoir indiquer un nom plus spécifique.
J'ai un autre cas en tête. J'ai manipulé des fichiers en lot pour tester des preprocess. J'ai sorti les fichiers dans différents sous-dossiers en fonction des paramètres pour ne pas inonder le dossier hôte. Mais je n'ai pas répliqué l'information sur les noms de fichiers pour rester lisible. Donc que le fichier soit passer par le preprocess A ou B, il aura à la fin de même nom. Une fois chargé sur le serveur, je me retrouve alors avec une comparaison de fichier qui ont tous le même nom. Pour faire les choses correctement, j'ai préciser lors du chargement des données les paramètres via les champs info et le tags. Mais sur la timeline, cette information n’apparaît pas.
J'ai peut-être tort de ne pas changer les noms des fichiers en fct des paramètres, masi il y aurait de totues façon un moment ou ça risque de devenir illisible. Je n'ai pas de solution pour le moment.
Possibilités:
* On permet de renommer le fichier tel qu'affiché dans un nouveau champs (tout en conservant le nom original pour l'identitovigilance)
* Avec le nouveau tooltip visible sur le graph, on permet de voir les informations du champs info, ou a minima des tags de ce champs pour ne pas encombrer.
* Je renomme les fichiers avant de les charger
Dans le même genre, il y aurait aussi l'option d'afficher les nom des patients en label si j'ouvre un run, (ou des runs si j'ouvre un patient)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4309Afficher la sequence colorée d'un clone dans le getHTMLinfo2020-06-23T12:14:51+02:00Thonier FlorianAfficher la sequence colorée d'un clone dans le getHTMLinfoPour le moment, la méthode pour le faire passe par l'objet `Sequence`, qui est très fortement imbriqué avec le `Segmenter`.
Il faudrait donc modifier celui-ci pour y ajouter des bypass en cas de besoin et juste afficher l'information sa...Pour le moment, la méthode pour le faire passe par l'objet `Sequence`, qui est très fortement imbriqué avec le `Segmenter`.
Il faudrait donc modifier celui-ci pour y ajouter des bypass en cas de besoin et juste afficher l'information sans les parties permettant d'ajouter des espaces, gaps, mutations,...
Il y a quelques fois ou un simple `if semgenter != undefined` suffit, mais d'autre ou ce n'est pas possible.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4294getHTMLInfo et distribution; avoir le nombre de clone non nul du sample2020-05-19T13:38:59+02:00Thonier FloriangetHTMLInfo et distribution; avoir le nombre de clone non nul du sampleJe m'aperçois que lorsque l'on ouvre un clone de distribution, nous avons le nombre de clone non nul recouvert par cet agrégat de clone (ligne `clone name`). Nous n'avons en revanche pas les informations pour les autres échantillons.
A...Je m'aperçois que lorsque l'on ouvre un clone de distribution, nous avons le nombre de clone non nul recouvert par cet agrégat de clone (ligne `clone name`). Nous n'avons en revanche pas les informations pour les autres échantillons.
Ainsi , si nous changeons de sample, nous n'avons pas de mis à jour de cette valeur, nu même si nous changeons le slider de filtre. Une solution serait d'avoir une ligne en plus pour ces clones qui indiquerait cette valeur pour chacun d'entre eux.
En revanche je n'ai pas de solution à par un update du gethtml si on modifie la valeur du slider de filtre.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4212Afficher le top d'un clone2020-06-10T19:19:52+02:00Mikaël SalsonAfficher le top d'un cloneEn regardant un clone qui apparait dans plusieurs échantillons au cours du temps je voulais connaitre son "top" (son rang) parmi les clones d'un échantillon donné… et on ne l'a pas (même dans la fenêtre info). C'est dommage.En regardant un clone qui apparait dans plusieurs échantillons au cours du temps je voulais connaitre son "top" (son rang) parmi les clones d'un échantillon donné… et on ne l'a pas (même dans la fenêtre info). C'est dommage.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4126Panneau clone info, afficher les size 0 avec un fond gris ?2020-01-17T17:12:07+01:00Thonier FlorianPanneau clone info, afficher les size 0 avec un fond gris ?Je repense à l'utilisation lorsque l'on ouvre un clone et que nous avons beaucoup de samples. Quand on cherche à lire la contamination, il y aurait un moyen d'améliorer la lecture de sa présence. Pour ce faire, il faudrait mettre une cou...Je repense à l'utilisation lorsque l'on ouvre un clone et que nous avons beaucoup de samples. Quand on cherche à lire la contamination, il y aurait un moyen d'améliorer la lecture de sa présence. Pour ce faire, il faudrait mettre une couleur dans la case associée à sa taille si il a une valeur nulle (ou inversement suivant ce qui est la plus lisible, mais je préfère la première pour une utilisation plus courante).
De même, on pourrait imaginer avoir un bouton qui cache les colonnes des samples dans lesquels il n'est pas présent pour plus de lisibilité. Version hard: avoir même un seuil modulable par l'utilisateur pour cacher ces samples.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4125Fermer le panneau clone info lors de l'ouverture d'un nouveau sample2020-01-15T09:27:46+01:00Thonier FlorianFermer le panneau clone info lors de l'ouverture d'un nouveau sampleJ'ai remarqué que lorsque l'on change de sample, le panneau clone info ne se ferme pas, et affiche donc des informations relative à un ancien clone, d'un ancien sample.
Il faudrait s'assurer qu'il soit fermé à l'ouverture d'un (nouveau)...J'ai remarqué que lorsque l'on change de sample, le panneau clone info ne se ferme pas, et affiche donc des informations relative à un ancien clone, d'un ancien sample.
Il faudrait s'assurer qu'il soit fermé à l'ouverture d'un (nouveau) samplehttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3721Mécanisme plus souple d'affichage dans getHtmlInfo de clone.js2020-12-04T14:13:40+01:00Mikaël SalsonMécanisme plus souple d'affichage dans getHtmlInfo de clone.jsDans #3717 on a un problème pour afficher les résultats de CloneDB dans l'ordre qu'on souhaiterait (et même, plus généralement, les afficher de manière peut-être plus souple).
Le code qui gère cela dans `getHtmlInfo` est :
```javascript...Dans #3717 on a un problème pour afficher les résultats de CloneDB dans l'ordre qu'on souhaiterait (et même, plus généralement, les afficher de manière peut-être plus souple).
Le code qui gère cela dans `getHtmlInfo` est :
```javascript
html += header("Results of "+other_infos[external_tool])
for (var item in this.seg[external_tool]) {
if (! (this.seg[external_tool][item] instanceof Object) &&
! (this.seg[external_tool][item] instanceof Array)) {
html += row_1(item, this.seg[external_tool][item])
}
}
```
On itère sur les propriétés de l'objet `this.seg[external_tool]`, et il n'y a pas de garantie sur l'ordre de l'itération.
Avant de faire le `for` on pourrait tester si l'objet possède une méthode `toHTML()` et le cas échéant y faire appel.
Dans ce cas pour les résultats de CloneDB on pourrait faire une méthode `toHTML` qui s'occupe de trier les résultats en fonction de leur sample sets.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3717CloneDB : les sample sets peuvent être redondants2019-02-11T19:20:59+01:00Mikaël SalsonCloneDB : les sample sets peuvent être redondantsUn échantillon d'un patient peut être présent dans un run également. Forcément l'échantillon apparaîtra à travers son patient et son run. Il n'y a pas vraiment de solution à cela : il n'y a pas vraiment de raison de privilégier un type d...Un échantillon d'un patient peut être présent dans un run également. Forcément l'échantillon apparaîtra à travers son patient et son run. Il n'y a pas vraiment de solution à cela : il n'y a pas vraiment de raison de privilégier un type de sample set par rapport à un autre mais on pourrait montrer les résultats par sample set, ce qui laisse l'utilisateur la possibilité d'aller voir ce qui les intéresse.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3716CloneDB : afficher les tags2019-12-03T17:48:36+01:00Mikaël SalsonCloneDB : afficher les tagsIls sont récupérés et envoyés au client mais pour l'instant non affichés.Ils sont récupérés et envoyés au client mais pour l'instant non affichés.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3505CloneDB : trier la liste des résultats par pourcentage décroissant2018-10-04T07:53:36+02:00Mikaël SalsonCloneDB : trier la liste des résultats par pourcentage décroissantPour l'instant tout est mélangé et qu'on a de longues listes on a envie de trouver rapidement les plus fortes occurrences.Pour l'instant tout est mélangé et qu'on a de longues listes on a envie de trouver rapidement les plus fortes occurrences.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3440repetition d'un warning de clone présent sur plusieurs sample : simplifier, f...2020-12-04T14:10:31+01:00Thonier Florianrepetition d'un warning de clone présent sur plusieurs sample : simplifier, factoriserCas ici: https://app.vidjil.org/browser/?set=28565&config=25
On peux voir qu'un clone a un warning `w61: non recombiné...`. Mais comme le clone est présent sur chaque sample, on a une répétion de celui-ci de multiple fois, au survol de ...Cas ici: https://app.vidjil.org/browser/?set=28565&config=25
On peux voir qu'un clone a un warning `w61: non recombiné...`. Mais comme le clone est présent sur chaque sample, on a une répétion de celui-ci de multiple fois, au survol de l’icône, ou bien aussi lors de l'affichage détaillé du clone.
Je ne sais pas si tous les warning devrait être concerné, mais une tel répétition dans ce cas présent est inutile.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3179incohérence du champ "sets" en mode modification d'échantillon2018-06-13T17:40:07+02:00Thonier Florianincohérence du champ "sets" en mode modification d'échantillonA l'usage et suite à une demande de ~"LIL-Lille" , je me rend compte que nous avons un comportement contre-intuitive lors de la modification d'un échantillon.
![Screenshot_20180417_100607](/uploads/a34ad91fcbb112260b29de3935e7943b/Scree...A l'usage et suite à une demande de ~"LIL-Lille" , je me rend compte que nous avons un comportement contre-intuitive lors de la modification d'un échantillon.
![Screenshot_20180417_100607](/uploads/a34ad91fcbb112260b29de3935e7943b/Screenshot_20180417_100607.png)
Sur l'image présente, on peux voir l'ajout multiple d'échantillons. Pour spécifier les sets, nous avons deux champs: le premier en haut permet de spécifier les champs communs à tous les échantillons; le second, en bout de chaque ligne d'échantillon, permet d'ajouter une donnée spécifique à cet échantillon.
Lorsque l'on passe en modification d'un échantillon, on retrouve la même disposition. En revanche, celui qui est tout en haut devient le champ `sets` (pour un seul échantillon, nous n'avons plus besoin du champ `common sets`). Celui en bout de ligne (précédemment `sets`) est désactivé.
Je pense que l'on peux intervertir les deux dans cette vue.
Ps: prévenir ~"LIL-Lille"https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2826Pouvoir scroller le dialogue info2019-02-27T18:04:02+01:00Ryan HerbertPouvoir scroller le dialogue infoSi la résolution est trop basse le dialogue info (clones et samples) est trop petit, mais il n'est pas possible de scroller de manière horizontale.Si la résolution est trop basse le dialogue info (clones et samples) est trop petit, mais il n'est pas possible de scroller de manière horizontale.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2541L'infobox peut être trop large en mode utilisateur2017-11-29T09:16:25+01:00Mikaël SalsonL'infobox peut être trop large en mode utilisateurQuand on va [à cette adresse](http://app.vidjil.org/?custom=26319&custom=26320&custom=26321&custom=26322) en tant qu'administrateur, l'infobox est normale.
![Screenshot_20170628_091558](/uploads/688b31b2f2953832e443a67e5e63f4a1/Screensh...Quand on va [à cette adresse](http://app.vidjil.org/?custom=26319&custom=26320&custom=26321&custom=26322) en tant qu'administrateur, l'infobox est normale.
![Screenshot_20170628_091558](/uploads/688b31b2f2953832e443a67e5e63f4a1/Screenshot_20170628_091558.png)
En revanche quand on y va en tant qu'utilisateur (102), celle-ci est trop large car le nom du fichier est trop long.
![Screenshot_20170628_091544](/uploads/366e00505e28aa6f0eae0496eb5300fd/Screenshot_20170628_091544.png)
La différence s'explique probablement par le fait qu'on ajoute l'identifiant dans le nom du fichier, quand on est admin. Mais le nom du fichier ne devrait pas prendre autant de place en mode utilisateur. Ici cela prend quasiment la moitié de mon écran.Web 2018.01https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1936Véracité des causes de non segmentation (et implications du -t ou -2)2016-12-06T10:22:13+01:00Vidjil TeamVéracité des causes de non segmentation (et implications du -t ou -2)Les causes de non segmentation varient grandement en fonction des paramètres utilisés, ce qui induit en erreur.
Par exemple sur des données de LLC, ajouter un -t 0 (par défaut -t 100), conduit à considérer le V dans toute sa longueur et ...Les causes de non segmentation varient grandement en fonction des paramètres utilisés, ce qui induit en erreur.
Par exemple sur des données de LLC, ajouter un -t 0 (par défaut -t 100), conduit à considérer le V dans toute sa longueur et donc le UNSEG too few V/J passe de ~10^5 à ~10^3, les séquences passant en fait en « UNSEG only V/5' ». Cela amène d'ailleurs à se poser la question de la pertinence de -t 100 : il y a des séquences qui contiennent vraiment du V mais dont on pense qu'elles n'en ont pas à cause du -t 100.
Par ailleurs sur ces mêmes données, utiliser un -2 fait passer une très grosse partie des séquences de « UNSEG only V/5' » à « UNSEG only J/3' » pour une raison que je n'explique pas.
Les données en question : patient 1803 et 1806 (Lille).
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1700Statistiques sur le sens de la segmentation de chaque clone2017-11-29T13:41:45+01:00Vidjil TeamStatistiques sur le sens de la segmentation de chaque cloneIl faudrait afficher dans le browser le strand ratio pour chaque clone (avec un warning quand c'est très biaisé).
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Et donc avant, le stocker dans le cpp et l'exporter
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@magiraud @mikael-sIl faudrait afficher dans le browser le strand ratio pour chaque clone (avec un warning quand c'est très biaisé).
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Et donc avant, le stocker dans le cpp et l'exporter
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@magiraud @mikael-s