vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2024-01-22T15:22:21+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5141Read length distribution shows wrong sizes2024-01-22T15:22:21+01:00Mikaël SalsonRead length distribution shows wrong sizesOn these samples, I find that the read length distribution plot starts at -10% (!): https://app.vidjil.org/57056-25?plot=Reads%20length,Size,bar
It seems that the labels are not at their correct place. Even the main clone which is at 36...On these samples, I find that the read length distribution plot starts at -10% (!): https://app.vidjil.org/57056-25?plot=Reads%20length,Size,bar
It seems that the labels are not at their correct place. Even the main clone which is at 36%, only reaches 20% on the plot.Web 2024.04https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5142Huge lengths in the read length distribution2023-06-21T15:20:21+02:00Mikaël SalsonHuge lengths in the read length distributionIn those samples, the read length distribution plot ranges from 0 to 6,500, which seems quite a lot: https://app.vidjil.org/57055-2?plot=Reads%20length,J/3%27%20gene,bar
The data doesn't look like 3rd generation sequencing.In those samples, the read length distribution plot ranges from 0 to 6,500, which seems quite a lot: https://app.vidjil.org/57055-2?plot=Reads%20length,J/3%27%20gene,bar
The data doesn't look like 3rd generation sequencing.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2060Afficher la documentation des axes2023-03-01T18:19:49+01:00Mathieu GiraudAfficher la documentation des axesDans `available_axis` (pour l’instant dans `scatterplot.js`), avoir pour chaque axe, une documentation / commentaire en ~1 ligne. Cela aiderait en particulier pour les choses obscures comme « coverage » et autres :-)
Cette doc serait vi...Dans `available_axis` (pour l’instant dans `scatterplot.js`), avoir pour chaque axe, une documentation / commentaire en ~1 ligne. Cela aiderait en particulier pour les choses obscures comme « coverage » et autres :-)
Cette doc serait visible en ` :hover` :
- dans le choix des axes x/y dans le sous-menu plot
- sur la grid, sur la légende
- et potentiellement à d'autres endroits une fois qu'on aura #1471
@mikael-s @RyanHerb
* [x] Rajouter un champ `.doc` dans certains axes
* [ ] Implémenter le `:hover`, déjà sur la grid, dans la légendehttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2421Scatterplot responsive : supprimer les labels2023-03-01T17:10:54+01:00Mathieu GiraudScatterplot responsive : supprimer les labelsVoir #2420.
Quand il y a peu de place, il pourrait être judicieux de même supprimer les labels, pour conserver la place utile pour le grid/bar.
cc @heto @RyanHerbVoir #2420.
Quand il y a peu de place, il pourrait être judicieux de même supprimer les labels, pour conserver la place utile pour le grid/bar.
cc @heto @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2845Un focus sur un clone mergé ne permet plus de voir ces sous-clone dans le grid2022-06-21T18:22:20+02:00Thonier FlorianUn focus sur un clone mergé ne permet plus de voir ces sous-clone dans le gridUne histoire de comportement a trancher avant de le corriger :
Un utilisateur a pris plusieurs clones qui ont été mergés. Dans un second temps, l'utilisateur a fait un focus/hide pour n'afficher que celui-ci. Cependant, l'utilisateur s...Une histoire de comportement a trancher avant de le corriger :
Un utilisateur a pris plusieurs clones qui ont été mergés. Dans un second temps, l'utilisateur a fait un focus/hide pour n'afficher que celui-ci. Cependant, l'utilisateur s'attend à pouvoir cliquer sur le clone et montrer tous ces sous-clones comme dans le grid classique.
J'imagine que l'on fait un filtre sur les clones lors d'un `hide`/`focus` qui empêche l'affichage de ces sous-clones non ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2464Dead code scatterPlot.js, retirer les mention active_move2022-06-21T13:22:16+02:00Mathieu GiraudDead code scatterPlot.js, retirer les mention active_moveUniquement si `sp.reinit` (qui ne devrait pas arriver ?)
Le retirer ?Uniquement si `sp.reinit` (qui ne devrait pas arriver ?)
Le retirer ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3158Pouvoir afficher tsne sur une distance arbitraire venant du json ou d'ailleurs2022-06-17T12:39:29+02:00Mathieu GiraudPouvoir afficher tsne sur une distance arbitraire venant du json ou d'ailleurshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2378Axes: ne pas afficher "?" s'il n'y a pas de clones concernés2021-11-23T15:58:18+01:00Mathieu GiraudAxes: ne pas afficher "?" s'il n'y a pas de clones concernésMais peut-être faudrait-il prendre en compte *tous* les clones, y compris ceux possiblement filtrés ?
Voir aussi #2364.Mais peut-être faudrait-il prendre en compte *tous* les clones, y compris ceux possiblement filtrés ?
Voir aussi #2364.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2113Moteur physique : on peut bloquer un petit clone derrière un ensemble de gros...2021-11-08T16:13:30+01:00Mathieu GiraudMoteur physique : on peut bloquer un petit clone derrière un ensemble de gros cloneshttp://app.vidjil.org/browser/index.html?patient=4022&config=35
Plot x `by productivity`, color `by productivity`. Prendre un petit clone vert et le mettre à gauche du gros clone rose. Il peut tenir chez moi (facilement) à la mauvaise...http://app.vidjil.org/browser/index.html?patient=4022&config=35
Plot x `by productivity`, color `by productivity`. Prendre un petit clone vert et le mettre à gauche du gros clone rose. Il peut tenir chez moi (facilement) à la mauvaise place. Je m'en suis rendu compte car, en changeant des axes, cette situation est arrivée toute seule.
![bloc](/uploads/e4641c8043323d1bb547783209fea946/bloc.png)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4794Plus de redimensionnement de la grille/graph2021-09-10T11:44:29+02:00Mikaël SalsonPlus de redimensionnement de la grille/graphJ'avais constaté il y a quelques semaines qu'on ne peut plus redimensionner la grille ou le graphique (ce qui était possible en déplaçant l'axe horizontal qui les sépare).
Si c'est volontaire, j'ai loupé cela, car c'est très gênant sur u...J'avais constaté il y a quelques semaines qu'on ne peut plus redimensionner la grille ou le graphique (ce qui était possible en déplaçant l'axe horizontal qui les sépare).
Si c'est volontaire, j'ai loupé cela, car c'est très gênant sur un petit écran, a fortiori maintenant que l'aligneur prend plus de place.
cc @flothoni @duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4513Mise en prod de vmi / WIDE et visu3/sp22021-08-10T16:40:51+02:00Mathieu GiraudMise en prod de vmi / WIDE et visu3/sp2Suite à !624/#4195 (et indépendant de #4512)
> - Pour NORMAL et WIDE, pour l'instant le `visu3` ne semble pas fonctionner et/ou est lent.
Vérifier d'ailleurs aussi que cela fonctionne avec un graphe (> 1 sample) ou sans.
#2810 toujou...Suite à !624/#4195 (et indépendant de #4512)
> - Pour NORMAL et WIDE, pour l'instant le `visu3` ne semble pas fonctionner et/ou est lent.
Vérifier d'ailleurs aussi que cela fonctionne avec un graphe (> 1 sample) ou sans.
#2810 toujours d'actualité ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3476L'échelle utilisée pour les graphs peut être trop large2021-06-11T15:06:53+02:00Mikaël SalsonL'échelle utilisée pour les graphs peut être trop largeExemple ici : http://app.vidjil.org/?set=28977&config=25&plot=coverage,GCContent,grid
On a le coverage qui est plotté en x. Il va de 77% à un peu plus de 100% or l'échelle commence à 0% et va au delà de 150% ce qui ne permet pas du tout ...Exemple ici : http://app.vidjil.org/?set=28977&config=25&plot=coverage,GCContent,grid
On a le coverage qui est plotté en x. Il va de 77% à un peu plus de 100% or l'échelle commence à 0% et va au delà de 150% ce qui ne permet pas du tout de voir finement la répartition des clones selon leur couverture.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4779Sélection rectangulaire de clone undefined sélectionne trop de clones2021-04-29T09:53:08+02:00Mikaël SalsonSélection rectangulaire de clone undefined sélectionne trop de clonesIci : https://health.vidjil.org/2518-2?clone=1220
Quand on sélectionne le clone 1220 via une sélection rectangulaire (en ne prenant que celui-ci), on se retrouve avec 1+58273 clones (!). En le sélectionnant en cliquant uniquement sur lu...Ici : https://health.vidjil.org/2518-2?clone=1220
Quand on sélectionne le clone 1220 via une sélection rectangulaire (en ne prenant que celui-ci), on se retrouve avec 1+58273 clones (!). En le sélectionnant en cliquant uniquement sur lui on a bien qu'un seul clone.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4671Erreurs Javascript sur le scatterplot : Cannot set property 's' of undefined2021-04-23T14:02:53+02:00Mikaël SalsonErreurs Javascript sur le scatterplot : Cannot set property 's' of undefinedDe nombreux utilisateurs ont eu ces derniers temps l'erreur suivante :
```
/client/: TypeError: Cannot set property 's' of undefined
at ScatterPlot.updateCloneSize (https://app.vidjil.org/js/scatterPlot.js:890:16)
at ScatterPlo...De nombreux utilisateurs ont eu ces derniers temps l'erreur suivante :
```
/client/: TypeError: Cannot set property 's' of undefined
at ScatterPlot.updateCloneSize (https://app.vidjil.org/js/scatterPlot.js:890:16)
at ScatterPlot.updateClone (https://app.vidjil.org/js/scatterPlot.js:914:22)
at ScatterPlot.updateClones (https://app.vidjil.org/js/scatterPlot.js:827:18)
at ScatterPlot.update (https://app.vidjil.org/js/scatterPlot.js:791:18)
at ScatterPlot.resize (https://app.vidjil.org/js/scatterPlot.js:567:14)
at https://app.vidjil.org/js/view.js:318:22
```
Première occurrence du message le 13/10 (peut-être existait-il avant sous une forme légèrement différente). Elle est survenue chez 14 utilisateurs différents de différents labos.
/cc @duezmarc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1654Ne proposer que des presets qui ont du sens2020-12-11T13:17:40+01:00Vidjil TeamNe proposer que des presets qui ont du sensClone length a un sens pour les séquençages avec des reads à longueur variable, mais pas des reads à longueur fixe. Si tous les clones ont quasiment la même longueur moyenne de read, on devrait désactiver la fonctionnalité
***
Discuté ce...Clone length a un sens pour les séquençages avec des reads à longueur variable, mais pas des reads à longueur fixe. Si tous les clones ont quasiment la même longueur moyenne de read, on devrait désactiver la fonctionnalité
***
Discuté ce matin. On peut laisser les axes, mais au moins les presets doivent faire sens.
Le preset "Clone length distribution" pourrait ainsi être plutôt "Coverage distribution".
(Il y a aussi un souci que "clone length" est relativement universel (longeur des séquences), alors que "coverage" est une spécificité du calcul de Vidjil.)
***
@magiraud @mikael-s @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1887Nouvelle vue, grid avec tous les locus / résumé2020-12-04T14:17:28+01:00Vidjil TeamNouvelle vue, grid avec tous les locus / résuméProposition pour une vue "Summary, by locus" où on voit tous les locus, fichier ci-dessous.
Cliquer sur un locus fait basculer dans la vue grid normale avec ce locus.
Dans un premier temps, on peut voir toutes les bulles juste en vrac.
...Proposition pour une vue "Summary, by locus" où on voit tous les locus, fichier ci-dessous.
Cliquer sur un locus fait basculer dans la vue grid normale avec ce locus.
Dans un premier temps, on peut voir toutes les bulles juste en vrac.
Mais on pourrait aussi voir un "mini-scatterplot", comme sur le `TRA` (on ne voit pas les axes, mais on se doute qu'il y a deux paquets).
Les rectangles ne doivent pas être visible, ils montrent juste ce qui peut être regroupé pour que cela tienne tout seul sur 1 ligne ou 2.
Enfin, on verra ce qu'on mettra dans la liste des valeurs (reads, clone, ...). On n'est pas obligé d'avoir la légende, un tooltip pourrait suffire ?
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Il y a beaucoup de nombres, ce n'est pas parsable très facilement. Avoir la vue en histo pour montrer le nombre de reads, clones par système ? Plus une courbe pour montrer un indice de diversité ?
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On peut déjà faire une vue plot (ou bar): `x` = locus, `y` = autre chose (comme size ou...) Mais ce n'est pas très sexy.
L'idée est d'avoir un endroit avec une vue globale. Et de limiter effectivement les nombres à ce qu'on pense le plus important (voire à remplacer les nombres par un truc visuel). Mais peut-être que certaines personnes voudraient voir d'autres informations (par ex le % de productif). Autres propositions bienvenues.
courbe + indice de diversité : voir #1783. Par contre, une courbe avec l'axe `x` qui serait les locus serait confus (pour l'instant on ne fait que des courbes sur le time graph, voir nouvelle tâche)
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@RyanHerb @Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4520visu3/sp2 : quels presets ?2020-10-13T18:51:49+02:00Mathieu Giraudvisu3/sp2 : quels presets ?Fait partie de #4513.
On a actuellement les mêmes presets... mais entre une vue plutôt "horizontale" pour sp1 (2x1 ou 3x1), ici c'est franchement "vertical" (1x2 ?).
Ne pas proposer `MODE_BAR` pour visu3/sp2 ? Vu le faible espace x dis...Fait partie de #4513.
On a actuellement les mêmes presets... mais entre une vue plutôt "horizontale" pour sp1 (2x1 ou 3x1), ici c'est franchement "vertical" (1x2 ?).
Ne pas proposer `MODE_BAR` pour visu3/sp2 ? Vu le faible espace x disponible, c'est plus dur d'avoir des choses pertinentes ?
Ou prévoir des presets adaptés ? (Ou d'autres vues :imp:)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4516visu3/sp2 : cliquer sur les locus en preset 0/1 ne change pas les axes du bo...2020-10-13T18:40:31+02:00Mathieu Giraudvisu3/sp2 : cliquer sur les locus en preset 0/1 ne change pas les axes du bon spFait partie de #4513Fait partie de #4513https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2810Multiple scatterplot : créer une seule fois sp22020-10-13T17:40:36+02:00Mathieu GiraudMultiple scatterplot : créer une seule fois sp2On devrait avoir une seule création de `sp2` (comme c'est le cas `graph` d'ailleurs).
Mais en faisant #2698, je n'y suis pas arrivé et j'ai laissé tomber. C'est maintenant dans !114.On devrait avoir une seule création de `sp2` (comme c'est le cas `graph` d'ailleurs).
Mais en faisant #2698, je n'y suis pas arrivé et j'ai laissé tomber. C'est maintenant dans !114.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4400Cacher les clones de distribution dans un "compare two samples"2020-07-27T10:40:38+02:00Mathieu GiraudCacher les clones de distribution dans un "compare two samples"Le preset "compare two samples" permet de mettre en valeur des clones communs à la fois dans l'échantillon A et l'échantillon B,
Il semble que les clones de distribution apparaissent, mais donnent une image faussée de la comparaison: le...Le preset "compare two samples" permet de mettre en valeur des clones communs à la fois dans l'échantillon A et l'échantillon B,
Il semble que les clones de distribution apparaissent, mais donnent une image faussée de la comparaison: les clones communs sont alors juste ceux qui ont la même longueur... c'est trompeur.
#4375 est une possibilité, mais les cacher par défaut dans ce mode ?
Y a-t-il d'autres plots où ces clones pourraient être trompeurs ?
cc @flothoni