vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2022-05-12T10:24:46+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5015Axes : pouvoir filtrer les clones en fonction de l'axe de leur couleur, avec ...2022-05-12T10:24:46+02:00Mikaël SalsonAxes : pouvoir filtrer les clones en fonction de l'axe de leur couleur, avec un axe continuQuand on sélectionne une couleur, on a des possibilités de filtrage lorsque la valeur est discrète (par ex. tag, productivité). Mais lorsque la valeur est continue, on pourrait aussi vouloir filtrer par valeur (par exemple uniquement les...Quand on sélectionne une couleur, on a des possibilités de filtrage lorsque la valeur est discrète (par ex. tag, productivité). Mais lorsque la valeur est continue, on pourrait aussi vouloir filtrer par valeur (par exemple uniquement les clones qui n'apparaissent que dans 1 sample ou uniquement les clones avec tel % d'identité, etc).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3828Soustraire les clones communs à deux échantillons / comparaison de répertoires2022-06-29T16:05:18+02:00Mathieu GiraudSoustraire les clones communs à deux échantillons / comparaison de répertoiresDemande de ~"Amiens\-Nordine" : avoir un moyen d'enlever les clones communs : créer un nouveau sample virtuel ? Modifier un sample existant ?
But: voir les clones matures / immatures séparément, (CD19-/CD34- triés)
On peut déjà faire u...Demande de ~"Amiens\-Nordine" : avoir un moyen d'enlever les clones communs : créer un nouveau sample virtuel ? Modifier un sample existant ?
But: voir les clones matures / immatures séparément, (CD19-/CD34- triés)
On peut déjà faire un `hide`, mais un vrai sample permettrait plus de choses, afficher les clones d'intérêt suivant les V ou tout axe... et de refiltrer ensuite.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5022Afficher le nombre des clonotypes non filtrés2022-05-18T10:08:54+02:00Thonier FlorianAfficher le nombre des clonotypes non filtrésLors du TP, on demande de filtrer avec une séquence donnée et de dire combien il reste de clonotype.
Il n'y a en réalité pars de moyen simple de la faire. Il faut sélectionner un à un les clonotype restant dans la liste, ou bien faire ...Lors du TP, on demande de filtrer avec une séquence donnée et de dire combien il reste de clonotype.
Il n'y a en réalité pars de moyen simple de la faire. Il faut sélectionner un à un les clonotype restant dans la liste, ou bien faire un drag sur le scatterplot (mais qui n'affiche que ceux qui ont une valeur pour la sample courant).
Je propose que l'on fasse dans ce cas un affichage flash avec ces 2 informations distinctes. Quoique l'on ne saura pas dans ce cas la donnée sample par sample...
On pourrait imaginer une zone pour l'afficher, mais ça me semble discutable d'y dédié une zone, et où ? dans le panel info ?
En écrivant ces lignes, je me demande si avoir dans la liste des samples depuis le menu du graph un nombre en bout de ligne avec le nombre de clonotypes restants qu'importe le nombre de filtre mis en place.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5004Le filtre par locus doit-il être rappelé depuis le menu filter ?2022-05-03T15:19:02+02:00Thonier FlorianLe filtre par locus doit-il être rappelé depuis le menu filter ?Je m'aperçois que l'on a plusieurs affichage des filtres depuis le menu, mais le filtre par locus n'est pas présent.
Il fait peut-être doublon avec ce que l'on voit dans le panel info, mais j'ai la sensation que ce serait plus clair et ...Je m'aperçois que l'on a plusieurs affichage des filtres depuis le menu, mais le filtre par locus n'est pas présent.
Il fait peut-être doublon avec ce que l'on voit dans le panel info, mais j'ai la sensation que ce serait plus clair et explicite.
A discuter et possiblement fermer sans traiter.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5003Desactiver le filtre textuel depuis le menu ne remet pas à zero le champ de r...2022-05-03T15:16:31+02:00Thonier FlorianDesactiver le filtre textuel depuis le menu ne remet pas à zero le champ de rechercheDe même, si on veut réactiver le filtre en réappuyant sur entré, le filtre ne s'applique pas.De même, si on veut réactiver le filtre en réappuyant sur entré, le filtre ne s'applique pas.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4783focus on selected clones modifie l'ordre des samples2021-07-27T09:02:57+02:00Mikaël Salsonfocus on selected clones modifie l'ordre des samplesSur [cet exemple](https://app.vidjil.org/3241-25?clone=4,30), faire « focus on selected clones », fait passer le sample 4 avant le sample 2.
cc @flothoniSur [cet exemple](https://app.vidjil.org/3241-25?clone=4,30), faire « focus on selected clones », fait passer le sample 4 avant le sample 2.
cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4450Pouvoir masquer les clones peu sûrs sur toutes les vues2020-08-04T14:13:17+02:00Mathieu GiraudPouvoir masquer les clones peu sûrs sur toutes les vuesAvoir une option pour que le `getSize` des clones peu sûrs (zone grise, < 5 reads) passe à 0 reads.
Ou filtre/slider là-dessus ?
Mais est-ce que cela influe sur le total des clones ? Sur les clones de distribution ?Avoir une option pour que le `getSize` des clones peu sûrs (zone grise, < 5 reads) passe à 0 reads.
Ou filtre/slider là-dessus ?
Mais est-ce que cela influe sur le total des clones ? Sur les clones de distribution ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4406avoir un filtre supprimer les clones partagés2020-07-10T15:51:25+02:00Thonier Florianavoir un filtre supprimer les clones partagésTout comme nous avons maintenant un bouton `focus on clone of samples`, nous pourrions avoir un bouton qui fait l'effet inverse et permettre de cacher les clones qui sont présent dans ce sample. On aurait ainsi une vision facile des nouv...Tout comme nous avons maintenant un bouton `focus on clone of samples`, nous pourrions avoir un bouton qui fait l'effet inverse et permettre de cacher les clones qui sont présent dans ce sample. On aurait ainsi une vision facile des nouveaux clones qui sont apparut ensuite.
Je ne sais pas si il faudrait imaginer d'autres modalités, comme laissé les clones avec un tag par exemple.
L'une des idées pratiques est de faire ressortir les clones qui apparaissent après vaccination, sans le bruit de fond. Faut-il dans ce cas utiliser le premier sample comme support pour ce filtre ?
Encore de la réflexion nécessaire...https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4377Focus des clones : les clones supérieurs au top sont également focus2020-06-25T17:04:58+02:00Mikaël SalsonFocus des clones : les clones supérieurs au top sont également focushttp://app.vidjil.org/?set=3241&config=32&plot=clone%20average%20read%20length,J/3%27%20gene,bar
* Sélectionner les clones entre 200 et 250nt
* Focus
* Pousser le filter à fond (top 100)
→ on voit des clones apparaître ce qui n'est pas...http://app.vidjil.org/?set=3241&config=32&plot=clone%20average%20read%20length,J/3%27%20gene,bar
* Sélectionner les clones entre 200 et 250nt
* Focus
* Pousser le filter à fond (top 100)
→ on voit des clones apparaître ce qui n'est pas logique : on a focus sur les clones visibles uniquement, il n'y a pas de raison que d'autres clones apparaissent quand on augmente le top.
Ce bug gêne pour avoir une bonne adaptation de l'axe des X en fonction des clones sélectionnés (cf. #4376).
Il faudra ajouter des tests pour vérifier que le comportement est correct.
cc @duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4376Adaptation de l'axe des X pour les histogrammes2021-09-15T19:33:09+02:00Mikaël SalsonAdaptation de l'axe des X pour les histogrammesDepuis !301 quand on focusait sur des clones dans un histogramme, l'axe des abscisses s'adaptait pour ne concerner que les clones affichés.
Ce n'est plus le cas maintenant. @duez est-ce que cela peut être en lien avec des modifications ...Depuis !301 quand on focusait sur des clones dans un histogramme, l'axe des abscisses s'adaptait pour ne concerner que les clones affichés.
Ce n'est plus le cas maintenant. @duez est-ce que cela peut être en lien avec des modifications que tu as faites sur le client ?
C'est d'autant plus utile maintenant qu'on a les clones de distribution qui s'affichent dans l'histogramme. L'histogramme porte donc sur un intervalle plus large et les vrais clones sont sur une plage plus écrasée.
Voici ce que donne l'histogramme chez moi par défaut pour L3 par exemple : http://app.vidjil.org/?set=25736&config=56&plot=clone%20average%20read%20length,size,bar
Ne serait-ce que sélectionner est difficile sans pouvoir focus sur certains clones.
![Demo_LIL-L3__tutorial___25736___default_+_distribution_](/uploads/e69a369f979f5e1dc3429c35f32bf3fb/Demo_LIL-L3__tutorial___25736___default_+_distribution_.png)
Voir aussi #2431 #3503https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4375Pouvoir cacher les clones de distribution2020-07-28T13:26:08+02:00Mikaël SalsonPouvoir cacher les clones de distributionOn peut filtrer les clones en fonction de leur tag. On peut par exemple cliquer sur le carré gris pour retirer tous les clones qui n'ont pas de tag, mais cela laisse les clones de distribution. C'est peut-être souhaitable (car ils n'ont ...On peut filtrer les clones en fonction de leur tag. On peut par exemple cliquer sur le carré gris pour retirer tous les clones qui n'ont pas de tag, mais cela laisse les clones de distribution. C'est peut-être souhaitable (car ils n'ont pas cette même couleur) mais en tout cas il faut un moyen de les filtrer.
Souvent les clones de distribution ont pour effet d'élargir l'intervalle du genescan, ce qui peut le rendre moins lisible sur de petits écrans. Dans ces cas j'aimerais parfois pouvoir désativer les clones de distribution pour ne voir que les « vrais » clones.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4257Pouvoir diminuer le menu filter jusqu'à 12020-04-21T12:25:48+02:00Mikaël SalsonPouvoir diminuer le menu filter jusqu'à 1Le menu filter ne permet de descendre que jusqu'au top 5 mais quand on a beaucoup de samples, ça fait encore beaucoup de lignes dans tous les sens.Le menu filter ne permet de descendre que jusqu'au top 5 mais quand on a beaucoup de samples, ça fait encore beaucoup de lignes dans tous les sens.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4176Filtrer des clones en sélectionnant un span sur un dégradé de couleur2020-02-12T16:38:33+01:00Mathieu GiraudFiltrer des clones en sélectionnant un span sur un dégradé de couleurÉvoqué avec @duez
Cas particulier de #2059 et #2370, bonus, rien d'urgentÉvoqué avec @duez
Cas particulier de #2059 et #2370, bonus, rien d'urgenthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4073Clones de distribution : cacher par tag a-t-il le comportement voulu2022-03-08T11:42:14+01:00Mikaël SalsonClones de distribution : cacher par tag a-t-il le comportement vouluSe rendre ici : http://app.vidjil.org/?set=25736&config=56&plot=averageLength,size,bar et cacher tous les clones en cliquant sur le carré gris, permettant de filtrer les tags.
La distribution reste parfaitement identique : les clones gr...Se rendre ici : http://app.vidjil.org/?set=25736&config=56&plot=averageLength,size,bar et cacher tous les clones en cliquant sur le carré gris, permettant de filtrer les tags.
La distribution reste parfaitement identique : les clones gris ont été remplacés par des clones de distribution. Est-ce vraiment ce que nous souhaitons ?
Mon avis c'est que c'est perturbant puisque d'autres filtrages (comme hide) n'ont pas cet effet-là.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4072Clones de distribution : le filtrage par locus ne fonctionne pas2022-03-08T11:42:14+01:00Mikaël SalsonClones de distribution : le filtrage par locus ne fonctionne pasSe rendre ici : http://app.vidjil.org/?set=25736&config=56&plot=averageLength,size,bar et choisir le 3è sample. Dans la distribution on a 2 jolies bosses : une due aux TRG et une aux IGH. En désactivant un des locus, la distribution ne s...Se rendre ici : http://app.vidjil.org/?set=25736&config=56&plot=averageLength,size,bar et choisir le 3è sample. Dans la distribution on a 2 jolies bosses : une due aux TRG et une aux IGH. En désactivant un des locus, la distribution ne se modifie pas : les clones de distribution sont rassemblées à partir d'une longueur partagée, mais sans égard pour leur locus.
Mais quand on filtre par locus, le nombre de reads change et, du coup, les pourcentages affichés pour les clones de distribution ne sont plus corrects (par exemple n'afficher que les TRG et tous les sélectionner), j'arrive à 167%.
/cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4018clones virtuels, filter/focus/hide2019-11-28T17:15:44+01:00Thonier Florianclones virtuels, filter/focus/hideJe suis en train de réfléchir au comportement et l'implémentation des actions de focus sur les clones de distributions. Si je fais une sélection de 3 clones de distributions et que je fais un focus sur eux, que dois-je voir ?
Je me dem...Je suis en train de réfléchir au comportement et l'implémentation des actions de focus sur les clones de distributions. Si je fais une sélection de 3 clones de distributions et que je fais un focus sur eux, que dois-je voir ?
Je me demande si je dois ne voir plus qu'eux à taille constante, c'est à dire la même, qu'ils soient focus ou non, ou bien si leur taille doit refléter les clones qui ont été cachés par le focus.
Dans un second temps, je me demande si on ne devrais pas rajouter des actions dans le `menu filter`:
* Hide distributions clones: explicite
* Show only distribution clones: dans ce cas, cacher tous les clones réels pour ne plus qu'afficher les clones de distributions. Ce comportement n'est pas possible avec le slider du top car il restera toujours, à la marge, des clones que le slider empêche de cacher (à moins de réduire sa valeur minimum à 0). Un bouton me semble plus explicite dans ce cas.
cc @magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4009Quelle devrait être la position par défaut du slider top ?2019-10-24T13:02:19+02:00Mathieu GiraudQuelle devrait être la position par défaut du slider top ?Évoqué hier: on montre depuis longtemps aux utilisateurs qu'ils peuvent avoir plus de clones avec le slider. Est-ce qu'il est encore pertinent d'avoir un slider top par défaut non au maximum ? Lien avec !515 ?
cc @flothoniÉvoqué hier: on montre depuis longtemps aux utilisateurs qu'ils peuvent avoir plus de clones avec le slider. Est-ce qu'il est encore pertinent d'avoir un slider top par défaut non au maximum ? Lien avec !515 ?
cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3912Normalized ratios and hiding a locus2019-06-12T14:21:10+02:00Mathieu GiraudNormalized ratios and hiding a locusDiscussed with @meidanis : how does the normalization works when we (un)hide some loci from the top left panel (or when we do other filterings) ? Is it coherent to the main behavior ? Is it properly explained or documented ?
cc @flothon...Discussed with @meidanis : how does the normalization works when we (un)hide some loci from the top left panel (or when we do other filterings) ? Is it coherent to the main behavior ? Is it properly explained or documented ?
cc @flothoni @mikael\-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3860Tailles des clones uniquement sur les clones focus ?2019-03-21T17:08:30+01:00Mathieu GiraudTailles des clones uniquement sur les clones focus ?Quand on cache/affiche les locus, les tailles se mettent à jour.
Quand on focus/hide les clones, les tailles ne se mettent pas à jour. C'est normal si on veut "zoomer" sur des choses (background en dessous de clone majoritaire), mais pe...Quand on cache/affiche les locus, les tailles se mettent à jour.
Quand on focus/hide les clones, les tailles ne se mettent pas à jour. C'est normal si on veut "zoomer" sur des choses (background en dessous de clone majoritaire), mais peut-être pas dans d'autres applications.
Un paramètre pour dire par rapport à quoi la taille devrait être calculée ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3859Boîte search et focus/hide2019-10-24T12:58:05+02:00Mathieu GiraudBoîte search et focus/hideQuelle avait été la raison pour laquelle le `(focus on filtered clones)` était mis dans la boîte search ? Peut-être était-ce juste pour être à côté de la croix de fermeture ?
Séparer cela (avec un endroit où on indique clairement qu'on ...Quelle avait été la raison pour laquelle le `(focus on filtered clones)` était mis dans la boîte search ? Peut-être était-ce juste pour être à côté de la croix de fermeture ?
Séparer cela (avec un endroit où on indique clairement qu'on est en focus) permettrait de libérer la boîte search quand on est en focus.
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