vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2020-06-12T20:08:49+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4345Suggérer de recharger le client2020-06-12T20:08:49+02:00Mikaël SalsonSuggérer de recharger le clientLe client devrait détecter qu'il n'est plus à jour et suggérer à l'utilisateur de recharger la page. Mattermost le fait par exemple.
Cela éviterait qu'une utilisatrice se retrouve avec un client vieux de 4 mois car n'ayant pas eu à rech...Le client devrait détecter qu'il n'est plus à jour et suggérer à l'utilisateur de recharger la page. Mattermost le fait par exemple.
Cela éviterait qu'une utilisatrice se retrouve avec un client vieux de 4 mois car n'ayant pas eu à recharger la page depuis (https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4265#note_350767).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4337Warning si version très ancienne de l'algorithme (et vue database)2020-06-11T09:52:07+02:00Thonier FlorianWarning si version très ancienne de l'algorithme (et vue database)Hier une utilisatrice qui n'avait pas utilisé vidjil depuis des années m'a demandé de réactiver son compte.
Dans le cas présent, il n'y avait pas de données. Mais si elle avait voulu rajouter un ou plusieurs samples dans ses run/sets, el...Hier une utilisatrice qui n'avait pas utilisé vidjil depuis des années m'a demandé de réactiver son compte.
Dans le cas présent, il n'y avait pas de données. Mais si elle avait voulu rajouter un ou plusieurs samples dans ses run/sets, elle aurait potentiellement voulu relancer les analyses avec la dernière version de l'algorithme.
Pour ce faire, il faudrait avoir l'information en base pour ne pas avoir a reparcourir le fichier de résultat, et l'information de la version courante du logiciel (le tag release à minima).
On a un warning potentiel non encore implémenté `W0x` qui indique si l'algo utilisé est outdated. Mais on pourrait aussi indiqué l'alerte en amont, dans la page patient/run.
De la même manière, on pourrait aussi imaginer que le bouton permettant de relancer toutes les analyses permette de relancer différentiellement en fonction de ce paramètre (une idée en l'air, dans la pratique l'option de tout relancer indifféremment me semble en réalité plus pertinente, mais je le mentionne au cas ou).
D'une manière générale, y-a-t-il d'autre informations/warnings qu'il serait pertinent de faire remonter avant l'ouverture ? Cela recoupe aussi des informations que l'on pourrait avoir potentiellement dans la vue statshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4303Waiting for server reply / still waiting alors que le .vidjil est chargé2020-06-12T20:44:03+02:00Mathieu GiraudWaiting for server reply / still waiting alors que le .vidjil est chargé
J'ai un message "still waiting...", sur deux navigateurs différents, sur Demo : https://app.vidjil.org/browser/?set=3241&config=25
Ce qui est curieux est que je pense déjà avoir récupéré le `.vidjil`, quasi tout s'affiche, je peux util...
J'ai un message "still waiting...", sur deux navigateurs différents, sur Demo : https://app.vidjil.org/browser/?set=3241&config=25
Ce qui est curieux est que je pense déjà avoir récupéré le `.vidjil`, quasi tout s'affiche, je peux utiliser certaines fonctionnalités... de toute manière, tant qu'on n'a pas tout récupéré le `.vidjil`, rien ne se passe ?
Cela vient peut-être de ma machine/connexion, mais, même dans ce cas, il faudrait comprendre ce qu'il se passe.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4295avoir la première colonne d'information de clone fixée2020-05-19T13:44:27+02:00Thonier Florianavoir la première colonne d'information de clone fixéeMaintenant que nous avons des runs avec 80 échantillons, on s'y perd pour retrouver parfois une ligne précise ou son intitulé dans la vue d'information d'un clone.
Une solution est de modifier le html de cette table pour avoir cette co...Maintenant que nous avons des runs avec 80 échantillons, on s'y perd pour retrouver parfois une ligne précise ou son intitulé dans la vue d'information d'un clone.
Une solution est de modifier le html de cette table pour avoir cette colonne fixée.
J'ai regardé, il n'y a pas l'air d'y avoir de solution facile pour le faire. Il s'agit le plus souvent de petits hacks html/css.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4204Faire correspondre les noms des samples dans le graph et dans le menu de séle...2022-01-05T18:12:07+01:00Mikaël SalsonFaire correspondre les noms des samples dans le graph et dans le menu de sélectionSuite à #4105 (!565) on a maintenant un menu qui permet de (dé)sélectionner des échantillons. Mais le mode de nommage ne correspond pas forcément car les noms dans le menu ne prennent pas en compte le choix du menu settings.Suite à #4105 (!565) on a maintenant un menu qui permet de (dé)sélectionner des échantillons. Mais le mode de nommage ne correspond pas forcément car les noms dans le menu ne prennent pas en compte le choix du menu settings.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4192Les clones bougent à chaque clic2020-02-20T16:19:05+01:00Mikaël SalsonLes clones bougent à chaque clicDepuis D3V5 (?) les clones bougent beaucoup plus à chaque clic sur un clone.
Voici un exemple maintenant (sur [L3](http://app.vidjil.org/?set=25736&config=25)).
Notez comme le paquet de clones TRG à droite bouge beaucoup alors que je cl...Depuis D3V5 (?) les clones bougent beaucoup plus à chaque clic sur un clone.
Voici un exemple maintenant (sur [L3](http://app.vidjil.org/?set=25736&config=25)).
Notez comme le paquet de clones TRG à droite bouge beaucoup alors que je clique sur un autre clone.
![vidjil2](/uploads/17d53c760f25d8cb0c5fe75343084f4b/vidjil2.ogv)
Et la situation l'année dernière, plus stable :
![vidjil1](/uploads/cf82756c7a9118828b1eb4585a640625/vidjil1.ogv)marc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4191ne pas mettre de bouton "download reads" sur des clones de distributions2020-04-17T18:47:51+02:00Thonier Florianne pas mettre de bouton "download reads" sur des clones de distributionsEn parlant avec ~"PAN-Necker", je me suis aperçu qu'ils ont tenté de télécharger les données sur des clones de distributions.
Or ce n'est pas possible. Il faut donc cacher ce bouton qui parait trompeur dans cette situation.En parlant avec ~"PAN-Necker", je me suis aperçu qu'ils ont tenté de télécharger les données sur des clones de distributions.
Or ce n'est pas possible. Il faut donc cacher ce bouton qui parait trompeur dans cette situation.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4135N'avoir qu'un sample ouvert par shift+clic sur la nouvelle graph-list2020-06-08T11:23:22+02:00Thonier FlorianN'avoir qu'un sample ouvert par shift+clic sur la nouvelle graph-listCertain utilisateurs aimerait n'afficher qu'un sample à la fois. On peux maintenant le faire avec le travaille sur #4105.
Une fonction intéressante à rajouter est de pouvoir restreindre l'affichage à un seul sample.
Pour le moment, il ...Certain utilisateurs aimerait n'afficher qu'un sample à la fois. On peux maintenant le faire avec le travaille sur #4105.
Une fonction intéressante à rajouter est de pouvoir restreindre l'affichage à un seul sample.
Pour le moment, il faudrait faire hide all, puis ajouté le sample d'intérêt, puis cahcer le sample qui a du rester actif lors du hide all (long et fastidieux).
Je pense que l'une des solutions est de détecter lors du clic/dblclick l'appui sur la touche `shift` pour conserver le même comportement que sur les locus.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4129réflexion sur les intéractions sur la liste, renommage des clones2020-06-23T09:35:04+02:00Thonier Florianréflexion sur les intéractions sur la liste, renommage des clonesA l'usage, je me demande si nous pourrions pas modifier des interactions avec la liste des clones.
Par exemple, un double clic actuellement passe en mode édition le nom du clone. Je me demande si cette action de devrait pas être réalis...A l'usage, je me demande si nous pourrions pas modifier des interactions avec la liste des clones.
Par exemple, un double clic actuellement passe en mode édition le nom du clone. Je me demande si cette action de devrait pas être réalisée depuis la fenêtre info. Via un bouton édition par exemple, que ce soit directement dans la liste ou bien dans le panneau info.
Dans ce cas en plus, on libère le double clic qui permettrait de switcher ce panneau show/hide. Je pense que les utilisateurs utilise bien plus souvent cette action que le renommage et que ça simplifierait son appel.
De plus, le mode édition ne se ferme que si l'on click sur le bouton save. Nous pourrions aussi détecter l'appui sur la touche echap ou bien un clic en dehors de cette zone pour fermer celle-ciÉhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4128Afficher le nombre de sample affichés depuis la nouvelle graphlist2021-11-22T14:28:46+01:00Thonier FlorianAfficher le nombre de sample affichés depuis la nouvelle graphlistMaintenant que nous avons des gens qui utilisent les runs, et qu'ils contiennent beaucoup de samples en même temps, et qu'ils les cachent parfois, il serait bon d'avoir un indicateur qui rappelle le nombre de samples actuellement affiché...Maintenant que nous avons des gens qui utilisent les runs, et qu'ils contiennent beaucoup de samples en même temps, et qu'ils les cachent parfois, il serait bon d'avoir un indicateur qui rappelle le nombre de samples actuellement affichés et le nombre total de ceux-ci.
Où ? Dans une ligne de la graphlist, dans le champ info ?Thonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4127Avoir un bouton de filtre sur un clone depuis la nouvelle graphlist2020-06-10T13:30:22+02:00Thonier FlorianAvoir un bouton de filtre sur un clone depuis la nouvelle graphlistA voir après #4105.
Pour l'instant il y a deux boutons de filtre générique : cahcer tous ou montrer tous les samples. On pourrait imaginer un bouton qui permette de ne retenir que les sample ou le(s) clone(s) séléctionné(s) est présent....A voir après #4105.
Pour l'instant il y a deux boutons de filtre générique : cahcer tous ou montrer tous les samples. On pourrait imaginer un bouton qui permette de ne retenir que les sample ou le(s) clone(s) séléctionné(s) est présent.
Pour une vue contamination, ça devrait je pense fortement augmenter la lisibilité et faire un gain de temps non négligeable.
Un même comportement devrait-il pouvoir se faire depuis le panneau info d'un clone ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4126Panneau clone info, afficher les size 0 avec un fond gris ?2020-01-17T17:12:07+01:00Thonier FlorianPanneau clone info, afficher les size 0 avec un fond gris ?Je repense à l'utilisation lorsque l'on ouvre un clone et que nous avons beaucoup de samples. Quand on cherche à lire la contamination, il y aurait un moyen d'améliorer la lecture de sa présence. Pour ce faire, il faudrait mettre une cou...Je repense à l'utilisation lorsque l'on ouvre un clone et que nous avons beaucoup de samples. Quand on cherche à lire la contamination, il y aurait un moyen d'améliorer la lecture de sa présence. Pour ce faire, il faudrait mettre une couleur dans la case associée à sa taille si il a une valeur nulle (ou inversement suivant ce qui est la plus lisible, mais je préfère la première pour une utilisation plus courante).
De même, on pourrait imaginer avoir un bouton qui cache les colonnes des samples dans lesquels il n'est pas présent pour plus de lisibilité. Version hard: avoir même un seuil modulable par l'utilisateur pour cacher ces samples.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4125Fermer le panneau clone info lors de l'ouverture d'un nouveau sample2020-01-15T09:27:46+01:00Thonier FlorianFermer le panneau clone info lors de l'ouverture d'un nouveau sampleJ'ai remarqué que lorsque l'on change de sample, le panneau clone info ne se ferme pas, et affiche donc des informations relative à un ancien clone, d'un ancien sample.
Il faudrait s'assurer qu'il soit fermé à l'ouverture d'un (nouveau)...J'ai remarqué que lorsque l'on change de sample, le panneau clone info ne se ferme pas, et affiche donc des informations relative à un ancien clone, d'un ancien sample.
Il faudrait s'assurer qu'il soit fermé à l'ouverture d'un (nouveau) samplehttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4124Mise en évidence du clone dans le paneau info2020-01-17T17:17:47+01:00Thonier FlorianMise en évidence du clone dans le paneau infoSi nous avons une fenêtre info de clone ouverte, nous ne savons pas le clone auquel il est rattaché. On pourrait imaginer que le clone rattaché à cette fenêtre soit mis en évidence, par du texte en gras dans la liste par exemple.Si nous avons une fenêtre info de clone ouverte, nous ne savons pas le clone auquel il est rattaché. On pourrait imaginer que le clone rattaché à cette fenêtre soit mis en évidence, par du texte en gras dans la liste par exemple.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4112Initialisation "Vidjil is loading" / splash screen2020-08-04T09:28:11+02:00Mathieu GiraudInitialisation "Vidjil is loading" / splash screenÉvoqué avec @duez : pour l'instant, rien de vraiment propre à l'init, cela peut prendre du temps, entre la latence du serveur et l'initialisation de l'ensemble. Faire patienter joliment nos usagers.Évoqué avec @duez : pour l'instant, rien de vraiment propre à l'init, cela peut prendre du temps, entre la latence du serveur et l'initialisation de l'ensemble. Faire patienter joliment nos usagers.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4104N'afficher dans le graph que les clones du sample courant2020-03-18T08:40:50+01:00Mikaël SalsonN'afficher dans le graph que les clones du sample courantSolution pour éviter ce type de graph : https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/3889#note_187960
À activer automatiquement au delà d'un certain nombre de samples (mais doit être désactivable/activable à la main aussi).Solution pour éviter ce type de graph : https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/3889#note_187960
À activer automatiquement au delà d'un certain nombre de samples (mais doit être désactivable/activable à la main aussi).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4095avoir une description des colorby au hover2019-12-10T10:56:36+01:00Thonier Florianavoir une description des colorby au hoverNous n'avons pas au hover de description des méthodes sous-jacentes de coloration, des limites.
Des fois le nom ne se suffit pas; exemple pour le CDR3, qui a une coloration aléatoire pour chaque CDR3 en acides aminés strictement identiq...Nous n'avons pas au hover de description des méthodes sous-jacentes de coloration, des limites.
Des fois le nom ne se suffit pas; exemple pour le CDR3, qui a une coloration aléatoire pour chaque CDR3 en acides aminés strictement identiques (et non pas en fonction de sa longueur).
De même, nous pourrions avoir cette description sur la liste des axes. En plus, dans ce cas, la doc existe déjà dans `axes.js`https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4071Coloration en fonction de la fluctuation d'un clone2021-11-19T11:06:56+01:00Thonier FlorianColoration en fonction de la fluctuation d'un cloneAjouter une coloration en fonction de la fluctuation d'un clone à travers les samples ? Si il augmente (et qu'il a déjà atteint un seuil de X% pour restreindre possiblement aux clones d'intérêts), il a une couleur dédiée. Celle-ci serait...Ajouter une coloration en fonction de la fluctuation d'un clone à travers les samples ? Si il augmente (et qu'il a déjà atteint un seuil de X% pour restreindre possiblement aux clones d'intérêts), il a une couleur dédiée. Celle-ci serait plus ou moins marquée suivant sa valeur courante et/ou s'il augmente de manière régulière sur les 3 derniers points ou si il explose sur le dernier. Idem si il diminue.
Possiblement compliqué sur les critères, cela permettrait de voir facilement un sous clone qui apparaît.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4066Couleur par nombre de samples2022-05-12T10:25:04+02:00Mikaël SalsonCouleur par nombre de samplesL'information du nombre de samples dans lesquel est présent un clone est calculée : #1974 (et commits 3c3ee70, 11f0afa05).
On peut donc en faire facilement une couleur ([voir la documentation](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/blob/...L'information du nombre de samples dans lesquel est présent un clone est calculée : #1974 (et commits 3c3ee70, 11f0afa05).
On peut donc en faire facilement une couleur ([voir la documentation](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/blob/dev/doc/dev-client.md#how-to-add-something-to-be-plotted)).
@pduroux nous a montré une coloration discrète pour les clones présents dans tous les samples et pour les clones présents dans un seul sample.
Parmi ce que nous demandent les utilisateurs il y a le contrôle de la contamination (#1744) et même si un clone n'est pas présent dans tous les échantillons, ça les intéresse.
L'intérêt d'une coloration discrète c'est qu'on peut facilement filtrer en cliquant sur la couleur qu'on ne veut pas voir. On pourrait donc avoir une coloration discrète :
* tous les samples
* plusieurs samples (mais pas tous)
* un seul sample
Si je m'intéresse à la contamination, je clique sur la couleur qui correspond à un seul sample et je vois directement tous les clones qui sont partagés par plusieurs samples.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4055Copier (coller) un clone dans le presse-papier2020-05-06T16:44:30+02:00Mathieu GiraudCopier (coller) un clone dans le presse-papierJ'écris un mail (ou une issue; ou autre chose) concernant un sample. J'aimerais pouvoir facilemet copier un clone. Actuellement, on peut sélectionner, faire un export fasta, ou bien un getInfoHtml, puis faire du sélection/copier dedans.
...J'écris un mail (ou une issue; ou autre chose) concernant un sample. J'aimerais pouvoir facilemet copier un clone. Actuellement, on peut sélectionner, faire un export fasta, ou bien un getInfoHtml, puis faire du sélection/copier dedans.
On pourrait peut-être remplir le presse-papiers, soit tout seul, soit avec raccourci clavier Ctrl+C ?
Et/ou faire que le texte dans ~"client-cloneList" et ~"client-segmenter" soit sélectionnable (peut-être mauvaise idée, entre en conflit avec d'autres choses ~"client-ergonomy") ?
cc @duez