vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2021-04-15T21:14:40+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2784Police de caractères2021-04-15T21:14:40+02:00Mathieu GiraudPolice de caractèresNos choix de polices/fontes (Ubuntu Medium, Ubuntu Light, Ubuntu Condensed) datent d'il y a plus de 3 ans : fd048819, 6382ead5. Voir aussi #1015.
À l'occasion d'un renouvellement de l'interface (#2245, #1740), ce serait l'occasion de ra...Nos choix de polices/fontes (Ubuntu Medium, Ubuntu Light, Ubuntu Condensed) datent d'il y a plus de 3 ans : fd048819, 6382ead5. Voir aussi #1015.
À l'occasion d'un renouvellement de l'interface (#2245, #1740), ce serait l'occasion de rafraichir l'ensemble et de choisir une (ou deux, mais plutôt une) famille de polices, libre, moderne, et avec suffisament de variantes.
Nouvelle contrainte par rapport à il y a trois ans : être aussi assez riche pour des scripts non-latins (ou avoir au moins une police complète en fallback pour ces scripts).
- https://blog.spoongraphics.co.uk/articles/the-best-free-alternatives-to-the-most-popular-fonts
- http://joelcrawfordsmith.com/closest-font/content/sans-serif
- https://www.fontsquirrel.comhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2441Changer un axe du scatterplot en cliquant dessus2017-11-29T15:11:35+01:00Mathieu GiraudChanger un axe du scatterplot en cliquant dessusSans aller dans le menu plot, on pourrait souhaiter changer les axes X/Y juste en cliquant sur l'axe. À discuter.Sans aller dans le menu plot, on pourrait souhaiter changer les axes X/Y juste en cliquant sur l'axe. À discuter.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2928Un composant pour des infos login / serveur / uploads / ... toujours visibles2017-12-04T09:17:32+01:00Mathieu GiraudUn composant pour des infos login / serveur / uploads / ... toujours visiblesEssai pour #2848 et #2927.
- regrouper toutes les interactions au serveur quelque part. Certes, `open patient` est aussi de l'interaction serveur, mais là on parle d'infos plutôt de connexion / debug / monitor
- réfléchir sur une ou p...Essai pour #2848 et #2927.
- regrouper toutes les interactions au serveur quelque part. Certes, `open patient` est aussi de l'interaction serveur, mais là on parle d'infos plutôt de connexion / debug / monitor
- réfléchir sur une ou plusieurs icônes. Avoir un moyen d'indiquer qu'on est connecté et que le serveur répond. Regroupe-t-on ce qui dépend de l'upload, de requêtes en cours au même endroit ?
- quelle intégration au menu ? Vidjil(beta) ne prend-il pas trop de place ? comment faire des menus propres alignés à droite ? Ou bien ne pas trop passer du temps sur ces questions, tout risquant d'être chamboulé bientôt par ~"vmi-responsive" (et on aura alors une vue "serveur" ?)
- mis aucune couleur ici, bien que ce soit très tentant sur plusieurs éléments... garder la couleur pour les clones ?
![server-menu](/uploads/70736279d6d690ab0f6b7bb008fc5590/server-menu.png)
![server-menu.svg](/uploads/5e558e6a9551d88616ec3ee3bb7b95e8/server-menu.svg)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2980Couleurs patients/run/sets dans l'autocomplete et ailleurs2018-03-13T15:55:37+01:00Mathieu GiraudCouleurs patients/run/sets dans l'autocomplete et ailleursSuite à #2895, on peut réfléchir aux couleurs (peut-être un chouia moins saturées)... mais surtout trouver comment utiliser de manière homogène ces couleurs, par exemple dans les onglets "patients", "runs", "sets" (au passage, ping #2727...Suite à #2895, on peut réfléchir aux couleurs (peut-être un chouia moins saturées)... mais surtout trouver comment utiliser de manière homogène ces couleurs, par exemple dans les onglets "patients", "runs", "sets" (au passage, ping #2727).
Faire déjà une proposition graphique.
cc @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3090Refaire/adapter/homogénéiser nos formulaires admin2018-03-20T14:27:33+01:00Mathieu GiraudRefaire/adapter/homogénéiser nos formulaires admin@RyanHerb : "Avoir des formulaires plus homogènes, les anciens ne sont plus très jolis"@RyanHerb : "Avoir des formulaires plus homogènes, les anciens ne sont plus très jolis"https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3182Aligner "Common sets" sur "Other sets"2018-04-17T12:42:51+02:00Mathieu GiraudAligner "Common sets" sur "Other sets"Suite à #3178, faire comme sur http://www.vidjil.org/z/2018-multi-upload.png (ou même encore mieux aligné), ce sera plus parlant que les objets sont similaires.Suite à #3178, faire comme sur http://www.vidjil.org/z/2018-multi-upload.png (ou même encore mieux aligné), ce sera plus parlant que les objets sont similaires.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3324L'icône "run" n'est pas assez claire2019-02-28T12:39:27+01:00Mathieu GiraudL'icône "run" n'est pas assez claireJe me suis encore fait avoir en pensant que je n'avais pas accès au "run" alors que c'est juste le bouton qui a changé.
Le bouton engrenage fait plus penser à "paramètres". Un bouton "play" serait peut-être plus adapté, avec un texte cl...Je me suis encore fait avoir en pensant que je n'avais pas accès au "run" alors que c'est juste le bouton qui a changé.
Le bouton engrenage fait plus penser à "paramètres". Un bouton "play" serait peut-être plus adapté, avec un texte clair ("go", "process" car on ne veut pas "run"...).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1461mettre une rangée d'étoiles dans le .info_color et dans le menu "filter" pour...2018-07-12T10:07:54+02:00Vidjil Teammettre une rangée d'étoiles dans le .info_color et dans le menu "filter" pour les tagsLes carrés des tags se confondent trop avec ceux des locus (oui je sais, c'est ma faute, j'ai réduit leur taille).
Mettre des étoiles partout serait cohérent.
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@DuezLes carrés des tags se confondent trop avec ceux des locus (oui je sais, c'est ma faute, j'ai réduit leur taille).
Mettre des étoiles partout serait cohérent.
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3712Débordement en dehors des div sur les listes patients/runs2019-02-28T12:38:04+01:00Thonier FlorianDébordement en dehors des div sur les listes patients/runsSur la page patients, je remarque que les boutons pour changer de page sont coupé car ils sortent/débordent.
![Screenshot_20190207_173802](/uploads/0eced809ff645a2ea9e4fae8333ae1ed/Screenshot_20190207_173802.png)Sur la page patients, je remarque que les boutons pour changer de page sont coupé car ils sortent/débordent.
![Screenshot_20190207_173802](/uploads/0eced809ff645a2ea9e4fae8333ae1ed/Screenshot_20190207_173802.png)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3737Afficher dans la grid des clones en carrés ou autre2019-02-14T20:14:03+01:00Mathieu GiraudAfficher dans la grid des clones en carrés ou autreExtrait de #3735 et #2603. Pas de discussion bio ici, uniquement graphique.
Saurait-on afficher des clones différemment dans le ~"client\-grid" ? En gardant la couleur mais en changeant la forme ?
Par exemple :
- carré pivoté à 45°
- c...Extrait de #3735 et #2603. Pas de discussion bio ici, uniquement graphique.
Saurait-on afficher des clones différemment dans le ~"client\-grid" ? En gardant la couleur mais en changeant la forme ?
Par exemple :
- carré pivoté à 45°
- carré
- rond évidé
- triangle
- hexagone
- étoile avec beaucoup de branches
Pas sûr qu'on voie toutes ces choses quand les clones sont petits...
Et que pourrait-on imaginer de similaire lorsqu'on est en ~"client\-bar", voire sur le ~"client\-graph" ?
Utilisation des pointillés dans un trait ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3796Les icones du IGH n'apparaissent pas sur ce sample/patient2019-03-14T11:06:55+01:00Thonier FlorianLes icones du IGH n'apparaissent pas sur ce sample/patientJe ne sais pas pourquoi, mais quand j'ouvre ce [patient](https://app.vidjil.org/browser/?set=29207&config=2), je ne vois pas l'icône `H` correspondant aux IGH.
Si j'ouvre n'importe quel autre échantillon, je peux les voir.
Pas d'idée...Je ne sais pas pourquoi, mais quand j'ouvre ce [patient](https://app.vidjil.org/browser/?set=29207&config=2), je ne vois pas l'icône `H` correspondant aux IGH.
Si j'ouvre n'importe quel autre échantillon, je peux les voir.
Pas d'idée sur la raison pour le moment.
Pas d'urgence, mais observez-vous le même comportement ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3802Quelques problèmes de CSS - div tronquée/cachée2019-03-15T10:49:57+01:00Thonier FlorianQuelques problèmes de CSS - div tronquée/cachée![Screenshot_20190315_104429](/uploads/f0260c5a04481625b6782b62a2190f4f/Screenshot_20190315_104429.png)
On a plusieurs div qui me semble être mal placées et qui se retrouvent tronquées. Ici l'exemple concerne la pagination, mais je croi...![Screenshot_20190315_104429](/uploads/f0260c5a04481625b6782b62a2190f4f/Screenshot_20190315_104429.png)
On a plusieurs div qui me semble être mal placées et qui se retrouvent tronquées. Ici l'exemple concerne la pagination, mais je crois qu'il y a plusieurs endroits ou l'on peut retrouver ce problème.
Faire une passe sur ces petits points d'aspect HTLM/CSS.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3896Ameliorer l'interaction avec des sample dans la vue timeline2021-11-22T14:34:47+01:00Thonier FlorianAmeliorer l'interaction avec des sample dans la vue timelinePour le moment, nous avons seulement moyen de cacher les samples en les déplaçant par drag n drop. Ce n'est pas optimal, surtout quand on arrive à de grands nombres de samples tel que nous en avons maintenant dans les runs.
Du coup, je...Pour le moment, nous avons seulement moyen de cacher les samples en les déplaçant par drag n drop. Ce n'est pas optimal, surtout quand on arrive à de grands nombres de samples tel que nous en avons maintenant dans les runs.
Du coup, je pense qu'il faut rajouter une interaction sur les noms de samples pour que l'on puisse les cacher par des clics directement dessus.
* Quelle combinaison ? juste un double clic, ctrl+clic ?
* Pouvoir cacher tous les autres par un shift+clic comme sur les locus (que l'on pourrait d’ailleurs implémenter aussi sur les tags).
* Afficher le nombre de samples cachés au lieu des points de suspension.
cc @magiraud @mikael\-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4040Distributions : color by clone par défaut, autre mode de couleur ?2020-01-08T15:59:52+01:00Mathieu GiraudDistributions : color by clone par défaut, autre mode de couleur ?Avec les distributions, souhaite-t-on avoir par défaut "color by clone" ? C'est ce qui donne d'un coup d'oeil des infos sur le genescan.
Ou reste-t-on au fonctionnement actuel, notamment pour profiter des tags ?
Ou bien... essaie-t-on u...Avec les distributions, souhaite-t-on avoir par défaut "color by clone" ? C'est ce qui donne d'un coup d'oeil des infos sur le genescan.
Ou reste-t-on au fonctionnement actuel, notamment pour profiter des tags ?
Ou bien... essaie-t-on un autre mode de couleur, ou on aurait à la fois un "color by clone" léger, toujours actif par défaut et qui permettrait quand même de voir les tags (quitte à avoir le "color by clone" actuel, plus visible, toujours possible)
vdj#921https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4196Scatterplots "plutôt carrés" ?2020-02-20T17:53:24+01:00Mathieu GiraudScatterplots "plutôt carrés" ?En discutant sur #4195, on a refait le constat que nos vues ~"client-grid", ~"client-bar" (et ~"client-graph") sont plutôt pensées "rectangulaires". On a habituellement un ratio x:y de 4:1 à 3:1, rarement vers 2:1 (sauf quand on fait bo...En discutant sur #4195, on a refait le constat que nos vues ~"client-grid", ~"client-bar" (et ~"client-graph") sont plutôt pensées "rectangulaires". On a habituellement un ratio x:y de 4:1 à 3:1, rarement vers 2:1 (sauf quand on fait bouger le séparateur) ou moins. Le choix des axes V/J par défaut va dans ce sens (très peu de J).
Pourrait-on afficher des ~"client-grid" 1:1 (voire 1:1,5) ? A priori rien ne l'empêche (et @duez: "quand elle existe, la barre de locus pourrait être horizontale"). Certaines combinaisons d'axes devraient déjà faire quelque chose de joli (similarity, compare, ...).
À voir si il faudra trouver un joli `sp2` par défaut pour le panel C de #4195. Rien d'urgent pour l'instant.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4473Courbes trop courbes pour identifier les contaminations2021-04-29T18:27:57+02:00Mathieu GiraudCourbes trop courbes pour identifier les contaminations
> Au lieu de faire un graphique en points avec des droites, nous avons des courbes. Si c'est plus doux à l'oeil, en analyse c'est moins facile surtout quand on recherche les contaminations éventuelles dans un run. Est-il possible de mod...
> Au lieu de faire un graphique en points avec des droites, nous avons des courbes. Si c'est plus doux à l'oeil, en analyse c'est moins facile surtout quand on recherche les contaminations éventuelles dans un run. Est-il possible de modifier cette visualisation et revenir au système précédent?
Préciser ce qui est difficile actuellement, s'il faut une option ou bien si un autre ajustement pourrait convenir
cc @duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4514Mise en prod de vmi / joli menu2020-10-13T17:43:31+02:00Mathieu GiraudMise en prod de vmi / joli menuSuite à !624/#4195.
Quel design du menu ? Icônes ?
Indispensable en TABLET, facultatif en NORMAL/WIDE.Suite à !624/#4195.
Quel design du menu ? Icônes ?
Indispensable en TABLET, facultatif en NORMAL/WIDE.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/924Améliorer l'affichage des multi-systèmes dans la boîte d'info2023-03-02T08:38:15+01:00Vidjil TeamAméliorer l'affichage des multi-systèmes dans la boîte d'info-afficher TRG (40%) IGH (10%) ?
-barre façon github ?
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@Duez-afficher TRG (40%) IGH (10%) ?
-barre façon github ?
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1739Jeu de couleurs visibles par tous (ou presque)2021-11-22T13:02:45+01:00Vidjil TeamJeu de couleurs visibles par tous (ou presque)Utiliser une palette de couleurs qui soit color blind-compliant. http://paletton.com est un exemple pour simuler différentes formes de daltonisme. Voir cette palette 16 couleurs qui semble compatible : http://www.somersault1824.com/wp-co...Utiliser une palette de couleurs qui soit color blind-compliant. http://paletton.com est un exemple pour simuler différentes formes de daltonisme. Voir cette palette 16 couleurs qui semble compatible : http://www.somersault1824.com/wp-content/uploads/2015/02/color-blindness-palette.png ou encore : http://www.cookbook-r.com/Graphs/Colors_%28ggplot2%29/#a-colorblind-friendly-palette
Des recommandations plus globales : http://jfly.iam.u-tokyo.ac.jp/color/
Voir aussi cette tâche : https://www.producteev.com/workspace/t/553f873ab0fa091c6b00000c
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Plus complet ici : http://mkweb.bcgsc.ca/colorblind/
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cf. branche colorblind
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- Faut-il que a) notre jeu de couleurs soit color-blind par défaut, ou bien b) avoir une palette color-blind proof ?
a) peut être le but, b) peut permettre d'avoir déjà *tout de suite* quelque chose d'accessible sans enlever au confort des non-color-blind
- Sur la palettre proposée (tags, pas vu les locus) : oui, clone-1/2/3 sont bien plus distinctifs que sur la palette actuelle ! Par contre, j'aurais bien inversé clone 1 et clone 2 (le clone 2 est plus lumineux, plus clair que pathologique). Cependant, je vois bien que l'ordre est mieux en achromatopsia
- Au passage, on n'utilise pas assez le vert (sauf pour locus).
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https://addons.mozilla.org/fr/firefox/addon/colorblind-design/
Extension Firefox pour tester facilement.
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Avoir une palette séparée n'est, dans l'état actuel, pas user-friendly : la palette par défaut est toujours la même. Donc si on veut utiliser la palette colorblind, il faudra changer la palette utilisée à chaque chargement de Vidjil.
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Cela fait écho à une autre tâche, "sauvegarder les paramètres par défaut" ou quelque chose comme cela.
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@magiraud @RyanHerb @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1981Le left-container a une largeur qui n'est pas toujours la même2018-04-16T15:48:23+02:00Vidjil TeamLe left-container a une largeur qui n'est pas toujours la mêmeSur ce patient, la largeur réelle du left-container est de 475px : http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=3508&config=25
alors que sur cet autre patient, la taille réelle est de 503px : http://rbx.vidjil.org/browser/?patient=32...Sur ce patient, la largeur réelle du left-container est de 475px : http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=3508&config=25
alors que sur cet autre patient, la taille réelle est de 503px : http://rbx.vidjil.org/browser/?patient=3220&config=35
Pourtant les règles CSS disent 475px. Qui comprend le problème ?
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Je dirais l'ellipsis. Sans le ellipsis le nom du sample est cassé deux caractères plus tôt. Donc les caractères plus le '...' du ellipsis ~= 28px ?
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2125Afficher l'organisme dans le client2024-01-19T18:49:19+01:00Mathieu GiraudAfficher l'organisme dans le clientAprès #1987, on pourra afficher l'organisme quelque part dans le client. Mais où donc ?
@mikael-sAprès #1987, on pourra afficher l'organisme quelque part dans le client. Mais où donc ?
@mikael-sWeb 2024.04https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2137À quoi doit ressembler l'aligneur, inspirations externes2020-10-14T13:31:07+02:00Mathieu GiraudÀ quoi doit ressembler l'aligneur, inspirations externes#2135, #1925, #2056 et #2138 amènent beaucop de modifs dans le segmenteur.
Il faudrait un jour faire des maquettes papier ou autre de ce vers quoi on aimerait tendre.
@mikael-s @RyanHerb#2135, #1925, #2056 et #2138 amènent beaucop de modifs dans le segmenteur.
Il faudrait un jour faire des maquettes papier ou autre de ce vers quoi on aimerait tendre.
@mikael-s @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2245Réflexion sur les zones dans le client et l'indépendance des vues2020-12-04T13:51:16+01:00Mathieu GiraudRéflexion sur les zones dans le client et l'indépendance des vuesRegardons les différentes zones du client.
![layout-current](/uploads/e68cc06e63c6e47c5144104fb3cfefb9/layout-current.jpg)
- Il y a un mélange des genres en haut de la liste : `+/-` et `sort` concernent la liste, `search` et `x` co...Regardons les différentes zones du client.
![layout-current](/uploads/e68cc06e63c6e47c5144104fb3cfefb9/layout-current.jpg)
- Il y a un mélange des genres en haut de la liste : `+/-` et `sort` concernent la liste, `search` et `x` concernent le modèle
- `(focus)` et `(hide)` sont très liés à `search` et `x`
- La barre d’état / zone `:hover` est finalement peu utilisée
- `merge` est une des rares actions qui a un effet permanent sur le modèle. Ce n'est pas lié au segmenteur, mais on fait quand même très souvent `align` puis `merge`
- En tout cas tous les boutons `align` / `merge` / `> to *` concernent tous les clones sélectionnés (et même `▼` pour IMGT n'est pas vraiment lié au segmenteur mais complète le modèle)
- Le `plot` du scatterplot est bien placé, dans sa vue (et permet #2244), tout comme aussi le `...` du graphe.
Réfléchir à une indépendance des différentes vues ? Avoir #1740 en tête ?
cc @aurelBZH @RyanHerb @flothoni @mikael-s @tydaxWeb 2018.01Mathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2420Réduire l'espace perdu dans le scatterplot à proximité des labels2018-08-09T14:19:30+02:00Mathieu GiraudRéduire l'espace perdu dans le scatterplot à proximité des labelsDiscuté avec @heto et @RyanHerb hier à propos de #2244, mais pertinent aussi pour un seul scatterplot ou bien pour #1740.
Il y a beaucoup d'espace blanc dans certaines configurations du scatterplot (Voir lesquelles ?). Cela dépend en ...Discuté avec @heto et @RyanHerb hier à propos de #2244, mais pertinent aussi pour un seul scatterplot ou bien pour #1740.
Il y a beaucoup d'espace blanc dans certaines configurations du scatterplot (Voir lesquelles ?). Cela dépend en particulier de l'orientation des labels et de leur longueur. À réfléchir, probablement sur des captures d'écran/mockups avant tout code.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4871Design des annotations dans l'aligneur2021-10-01T11:59:34+02:00Mathieu GiraudDesign des annotations dans l'aligneurRéflexion globale sur couleurs/formes/...
- primers [discussion](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/1013#note_570430)
- qualité #2313Réflexion globale sur couleurs/formes/...
- primers [discussion](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/1013#note_570430)
- qualité #2313