vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2017-12-04T09:17:32+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2928Un composant pour des infos login / serveur / uploads / ... toujours visibles2017-12-04T09:17:32+01:00Mathieu GiraudUn composant pour des infos login / serveur / uploads / ... toujours visiblesEssai pour #2848 et #2927.
- regrouper toutes les interactions au serveur quelque part. Certes, `open patient` est aussi de l'interaction serveur, mais là on parle d'infos plutôt de connexion / debug / monitor
- réfléchir sur une ou p...Essai pour #2848 et #2927.
- regrouper toutes les interactions au serveur quelque part. Certes, `open patient` est aussi de l'interaction serveur, mais là on parle d'infos plutôt de connexion / debug / monitor
- réfléchir sur une ou plusieurs icônes. Avoir un moyen d'indiquer qu'on est connecté et que le serveur répond. Regroupe-t-on ce qui dépend de l'upload, de requêtes en cours au même endroit ?
- quelle intégration au menu ? Vidjil(beta) ne prend-il pas trop de place ? comment faire des menus propres alignés à droite ? Ou bien ne pas trop passer du temps sur ces questions, tout risquant d'être chamboulé bientôt par ~"vmi-responsive" (et on aura alors une vue "serveur" ?)
- mis aucune couleur ici, bien que ce soit très tentant sur plusieurs éléments... garder la couleur pour les clones ?
![server-menu](/uploads/70736279d6d690ab0f6b7bb008fc5590/server-menu.png)
![server-menu.svg](/uploads/5e558e6a9551d88616ec3ee3bb7b95e8/server-menu.svg)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2886Le menu help n'est pas accessible en mode serveur2019-02-28T12:40:31+01:00Mikaël SalsonLe menu help n'est pas accessible en mode serveurSi on a la fenêtre modale du serveur qui est affichée, on ne peut pas accéder à l'aide, ce qui est dommage. Le menu d'aide devrait avoir un z-index plus élevé.Si on a la fenêtre modale du serveur qui est affichée, on ne peut pas accéder à l'aide, ce qui est dommage. Le menu d'aide devrait avoir un z-index plus élevé.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2868Mapper la touche "echap" pour fermer le menu patient2020-11-13T19:34:33+01:00Tatiana RocherMapper la touche "echap" pour fermer le menu patienthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2753use_database = false devrait déconnecter la db2017-10-24T18:07:43+02:00Mathieu Girauduse_database = false devrait déconnecter la dbQuand `config.use_database = false`, on cache les menus "open/save patient", mais il semble que `config.db_address` se définit quand même. Et donc, par derrière, c'est come si la `db` existe, et des requêtes sont lancées.
(et probableme...Quand `config.use_database = false`, on cache les menus "open/save patient", mais il semble que `config.db_address` se définit quand même. Et donc, par derrière, c'est come si la `db` existe, et des requêtes sont lancées.
(et probablement `tools.sendErrorToDb` fait la même chose)
Confirmé par @aurelBZH : "je vois les requêtes de `loadNotifications`, et plein d'autres (à confirmer), en local"
Est-ce souhaitable de déconnecter cela ? Dans `request()` ?
(Mais notons qu'on ne voudra pas déconnecter le mécanisme de #2152).
cc @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2735Patients dont on n'a pas le droit d'accès : affectation, autocomplete2017-11-17T12:11:13+01:00Mathieu GiraudPatients dont on n'a pas le droit d'accès : affectation, autocompleteDiscuté avec @RyanHerb et @mikael-s :
- Est-ce qu'un utilisateur lambda peut rééditer un sample et l'affecter à `Demo L3` ? On souhaite que non :-)
- Dans l'upload ou l'édition de sample, est-ce qu'on peut autocompléter vers ce type de...Discuté avec @RyanHerb et @mikael-s :
- Est-ce qu'un utilisateur lambda peut rééditer un sample et l'affecter à `Demo L3` ? On souhaite que non :-)
- Dans l'upload ou l'édition de sample, est-ce qu'on peut autocompléter vers ce type de patient ? Idem, a priori ce n'est pas souhaitable.
- Et que se passe-t-il si on a les droits, mais pas `anon` ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2727Onglet "samples" / Un sample doit-il nécessairement appartenir à un set ?2021-02-17T11:42:18+01:00Mathieu GiraudOnglet "samples" / Un sample doit-il nécessairement appartenir à un set ?Lien surprenant entre #2726 et #2591.
#2591 :
> > @RyanHerb : et fournir une vue des sequence_file "orphelins"
>
> @magiraud : Oui, pour les admins
Ou bien pour les utilisateurs aussi ? Pourquoi un sample devrait-il appartenir à un set...Lien surprenant entre #2726 et #2591.
#2591 :
> > @RyanHerb : et fournir une vue des sequence_file "orphelins"
>
> @magiraud : Oui, pour les admins
Ou bien pour les utilisateurs aussi ? Pourquoi un sample devrait-il appartenir à un set ? Est-ce que quelque chose de plus générique ne serait pas qu'un sample puisse appartenir à 0, 1, 2, 3, ... n sets ?
Dans ce cas, on voit #2726 sous un autre angle : on devrait pouvoir visualiser un seul sample (qu'il soit ou pas dans un ou plusieurs sets). Et on pourrait faire des recherches sur les samples (typiquement de leurs infos), indépendamment de leur sets. Actuellement, c'est un peu difficile de chercher un sample si on ne sait pas dans quel patient/run/set il se trouve.
Le menu "runs / patients / sets" pourrait être alors "runs / patients / sets / samples", l'entrée "samples" remplaçant le "Compare samples", montrant tous les samples (et éventuellement, en option, uniquement les orphelins)... mais cela devrait être clair que la vue "samples" n'est pas du même niveau que les autres.
Confusion ou clarification ?
cc @RyanHerb @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2718Savoir dans quel onglet on se trouve2022-06-21T14:43:10+02:00Mathieu GiraudSavoir dans quel onglet on se trouveAvec `patient`, `runs` et `sets`, on oublie vite dans quel onglet on se trouve et on peut avoir l'impression qu'on ne voit pas des données. Pour les admins c'est pire.
On pourrait marquer par css "l'onglet" actuellement sélectionné.
c...Avec `patient`, `runs` et `sets`, on oublie vite dans quel onglet on se trouve et on peut avoir l'impression qu'on ne voit pas des données. Pour les admins c'est pire.
On pourrait marquer par css "l'onglet" actuellement sélectionné.
cc @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2663statement inaccessible database.js2017-09-26T15:53:23+02:00Thonier Florianstatement inaccessible database.jsDans le fichier `database.js` (branch dev, ligne 431):
```
return res
if (this.url.length == 1) $("#db_back").addClass("inactive");
```
La second ligne n'est pas accessible (obvious).
Apparait lors d'un click sur un tag d'un fichi...Dans le fichier `database.js` (branch dev, ligne 431):
```
return res
if (this.url.length == 1) $("#db_back").addClass("inactive");
```
La second ligne n'est pas accessible (obvious).
Apparait lors d'un click sur un tag d'un fichier
@RyanHerbRyan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2268Compare patients : checkbox pour n'afficher que les analyses les plus récente...2019-02-28T14:30:15+01:00Thonier FlorianCompare patients : checkbox pour n'afficher que les analyses les plus récentes par configSeconde partie du mail d'Aurélie ~"LIL-Lille" du jour :
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2 . Du coup, pour avoir quand même la comparaison avec ce 17ème échantillon, nous sommes passés par le Compare sample. Et là surprise, tous les échantillons sont dupliqués ...Seconde partie du mail d'Aurélie ~"LIL-Lille" du jour :
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2 . Du coup, pour avoir quand même la comparaison avec ce 17ème échantillon, nous sommes passés par le Compare sample. Et là surprise, tous les échantillons sont dupliqués voire en 3 exemplaires. Nous avons effectivement relancé les analyses ce matin car nous avons fait des modifications dans les attributions fichiers FastQ-patients mais je n’avais pas remarqué les fois précédentes que Vidjil conservait les analyses précédentes. Est-ce normal ? N’alourdissons nous pas inutilement l’espace disque ? Nous avons volontairement écrasés l’analyse précédente et je trouve du coup que cela est plutôt source de confusion.
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Pour ce point, à savoir le fait d'avoir plusieurs entrées lors d'un compare sample pour un même point, c'est exacte aussi.
Je ne sais pas si c'est un comportement souhaité ou non. En regardant dans la doc, il y a bien une mention d'un tel comportement, mais je ne sais pas si ça rentre dans cette catégorie, sachant que lorsque une nouvelle analyse est effectuée, l'ancienne reste.
> Note that even when the input sequences are deleted, the server is still able to display the results of previous analyses
Si c'est un comportement souhaité, ne peut-on pas imaginé un bouton filtre pour n'afficher que la dernière analyse pour un set de données et rendre la selection plsu aisé dans la majorité des cas ?
Dans le cas contraire, je n'ai pas encore cherché l'origine du bug.
cc @RyanHerb @magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2036Afficher sur la page patient/sample_set les résultats/configs lancés2023-11-09T11:04:57+01:00Mathieu GiraudAfficher sur la page patient/sample_set les résultats/configs lancésSuite à #2035, @flothoni propose :
Ajouter une valeur dans la colonne si une analyse est en cours ou programmé (ex : "clonalité (computing)" ou "waiting" ) Cette valeur devrait etre grisée ou formattée pour la mettre en évidence par rap...Suite à #2035, @flothoni propose :
Ajouter une valeur dans la colonne si une analyse est en cours ou programmé (ex : "clonalité (computing)" ou "waiting" ) Cette valeur devrait etre grisée ou formattée pour la mettre en évidence par rapport aux autres, de plus, ne pas etre cliquable.
Faire coucou à Aurélie si on fait cela.
@mikael-s @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1701Dans la table "config", afficher le nombre de runs lancés avec chaque config2021-10-19T11:26:21+02:00Vidjil TeamDans la table "config", afficher le nombre de runs lancés avec chaque configCe serait utile. On a beaucoup de configs sur rbx, cela aiderait à faire le ménage.
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@RyanHerbCe serait utile. On a beaucoup de configs sur rbx, cela aiderait à faire le ménage.
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@RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1587Signature / Geler une analyse2022-05-19T08:03:41+02:00Vidjil TeamSignature / Geler une analyseIl faut pouvoir geler une analyse et marquer dans le rapport qui l'a gelée (ou validée) et quand. Il n'est plus possible de sauvegarder par dessus.
Permet-on de lancer de nouveaux runs sur ce fichier ? De toute façon on garde toujours...Il faut pouvoir geler une analyse et marquer dans le rapport qui l'a gelée (ou validée) et quand. Il n'est plus possible de sauvegarder par dessus.
Permet-on de lancer de nouveaux runs sur ce fichier ? De toute façon on garde toujours les résultats. Mais il faut pouvoir revenir facilement aux résultats sauvegardés.
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Typiquement, en situation Diag puis MRD, on valide le Diag, et plus tard il y a un nouveau point. On est appelé à re-merger / colorer / .... (On a peut-être le droit de relancer le prog sur le Diag). Mais on a sauvegardé le fichier résultat comme le fichier analysis du Diag.
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Mis en projet étudiant "tracabalité", sinon en reparler en 2016
https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1577db_layout.html: avoir des onglets avec les derniers sets consultés ?2019-02-28T12:39:27+01:00Vidjil Teamdb_layout.html: avoir des onglets avec les derniers sets consultés ?On se ballade dans certains onglets (liste des patients, et pour les admins, les autres onglets), mais ce n'est pas facile de revenir sur le patient en cours.
Ce serait pratique d'avoir quelque chose type "patients John Doe (578) ...On se ballade dans certains onglets (liste des patients, et pour les admins, les autres onglets), mais ce n'est pas facile de revenir sur le patient en cours.
Ce serait pratique d'avoir quelque chose type "patients John Doe (578) - - - configs"
(et cela éviterait souvent d'avoir une requête 'liste des patients' :)
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D'ailleurs, il n'y a pas de notion de "patient en cours" vu de la database, mais bon, on va dire que c'est le dernier pour lequel on a fait afficher un .vidjil.
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@RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1522database.js: centraliser tous les appels AJAX dans une fonction commune ?2020-12-11T13:09:49+01:00Vidjil Teamdatabase.js: centraliser tous les appels AJAX dans une fonction commune ?Y a-t-il une raison pour laquel il y a plusieurs requêtes AJAX dans database.js ? Elles se ressemblent beaucoup. Ne pourrait-on pas factoriser cela dans une méthode db.call() (qui prendrait éventuellement des options de timeout ou autres...Y a-t-il une raison pour laquel il y a plusieurs requêtes AJAX dans database.js ? Elles se ressemblent beaucoup. Ne pourrait-on pas factoriser cela dans une méthode db.call() (qui prendrait éventuellement des options de timeout ou autres, et une fonction de success) ?
Cela permettrait de gérer de manière rationnelle les timeouts et d'autres trucs.
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1386Sauvegarder la position de l'ascenseur sur chaque liste patient/run/set2019-02-28T12:39:27+01:00Vidjil TeamSauvegarder la position de l'ascenseur sur chaque liste patient/run/setQuand on a beaucoup de patients (que ce soit pour l'admin, ou déjà maintenant pour Lille), on est souvent "en bas" de la liste. On visualise un patient, on revient à la liste... et il faut revenir en bas.
Est-ce possible de se souvenir ...Quand on a beaucoup de patients (que ce soit pour l'admin, ou déjà maintenant pour Lille), on est souvent "en bas" de la liste. On visualise un patient, on revient à la liste... et il faut revenir en bas.
Est-ce possible de se souvenir de la position de l'ascenseur ?
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moins important, avec patients récents en hauthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1253Se souvenir des amorces/primers utilisées : comment ?2023-03-28T16:11:50+02:00Vidjil TeamSe souvenir des amorces/primers utilisées : comment ?On pourrait gérer plus proprement les amorces, avec
- des listes d'amorces (Biomed ? nouvelles EC ? d'autres ?)
- en fonction des amorces sélectionnées, les confisg (ou les stats) sont différents, ou d'autres features
- et certains...On pourrait gérer plus proprement les amorces, avec
- des listes d'amorces (Biomed ? nouvelles EC ? d'autres ?)
- en fonction des amorces sélectionnées, les confisg (ou les stats) sont différents, ou d'autres features
- et certains réglages permettraient de chosir directement un "kit" d'amorces
Ce n'est pas facile, que cela soit au niveau de la db, du browser derrière, et même de la conception / de ce qu'on veut. Vraiment pas la priorité pour l'instant.
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mis dans la demande d'ADT, 2016Web 2023.10https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1138Identifiant patient de l'hôpital dans le #info2017-10-23T11:33:42+02:00Vidjil TeamIdentifiant patient de l'hôpital dans le #infoIl faudrait dans la table patient un champ (facultatif) "hospital_id_patient", chaîne de caractères libre, pour que les cliniciens puissent retrouver leurs patients. A remplir lors de la création du patient et à afficher/exporter ensuite...Il faudrait dans la table patient un champ (facultatif) "hospital_id_patient", chaîne de caractères libre, pour que les cliniciens puissent retrouver leurs patients. A remplir lors de la création du patient et à afficher/exporter ensuite...
(Oui, on a déjà du "info" libre, mais là c'est en plus.)
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ajout du champ dans la base de données et les formulaires(create/edit)
TODO
l'exporter dans le json
l'afficher dans le browser/pdf
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ok pour rapport, on doit l'avoir aussi dans le browser
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1114Login customisé2023-03-02T11:53:28+01:00Vidjil TeamLogin customiséApparament c'est pas évident... serait-ce possible de ne pas toucher à la BD mais uniquement changer le formulaire, pour avoir le controle dessus ?
http://nasko7.blogspot.fr/2011/09/web2py-tips-change-upload-folder.html
http://www.web2py...Apparament c'est pas évident... serait-ce possible de ne pas toucher à la BD mais uniquement changer le formulaire, pour avoir le controle dessus ?
http://nasko7.blogspot.fr/2011/09/web2py-tips-change-upload-folder.html
http://www.web2py.com/book/default/chapter/09#Customizing-Auth
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1113Login ne met pas d'erreur si mauvais login/mot de passe2020-09-24T15:02:03+02:00Vidjil TeamLogin ne met pas d'erreur si mauvais login/mot de passe
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@Duez
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1104http://app.vidjil.org/browser/lille pourrait remplir le champ de login par dé...2017-10-23T11:33:43+02:00Vidjil Teamhttp://app.vidjil.org/browser/lille pourrait remplir le champ de login par défaut***
@Duez***
@Duez