vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2022-06-15T11:15:57+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5038Bookmark clonotypes2022-06-15T11:15:57+02:00Mathieu GiraudBookmark clonotypesIdée de @duez sur #1547:
> Même hue (rouge/chaud), mécanisme standard, on clique et il affecte le premier de disponible. En allant dans le menu, on peut avoir plus de choix, sémantique.
Vu ce qui a été fait dans !1199, on va déjà voir ...Idée de @duez sur #1547:
> Même hue (rouge/chaud), mécanisme standard, on clique et il affecte le premier de disponible. En allant dans le menu, on peut avoir plus de choix, sémantique.
Vu ce qui a été fait dans !1199, on va déjà voir à l'usage comment réagissent les usagers, et on se repose la question dans quelques mois voir si un autre mécansime est nécessaire.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5036Avoir un système plus générique pour séparer les blocs de tags2022-06-02T20:33:40+02:00Mathieu GiraudAvoir un système plus générique pour séparer les blocs de tagshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4982Color by sample : mettre en gris les clones taggués "standard" et autres ?2022-04-07T09:22:10+02:00Mathieu GiraudColor by sample : mettre en gris les clones taggués "standard" et autres ?Discuté hier avec @flothoni. Voir sur L3.
Après, on peut aussi les cacher...Discuté hier avec @flothoni. Voir sur L3.
Après, on peut aussi les cacher...https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4974colorGeneratorIndex() et color-blind2022-04-01T11:29:21+02:00Mathieu GiraudcolorGeneratorIndex() et color-blindraised by @duezraised by @duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4899Couleurs : légende manquante pour les axes IMGT2021-11-09T10:49:02+01:00Mikaël SalsonCouleurs : légende manquante pour les axes IMGTOn a deux axes de couleur pour IMGT (productivité et % identité) mais il n'y a pas de légende, on ne sait donc pas à quoi correspondent les couleurs.
Testé sur : https://app.vidjil.org/3241-32? après avoir récupéré les infos d'IMGT pour...On a deux axes de couleur pour IMGT (productivité et % identité) mais il n'y a pas de légende, on ne sait donc pas à quoi correspondent les couleurs.
Testé sur : https://app.vidjil.org/3241-32? après avoir récupéré les infos d'IMGT pour ces clones : https://app.vidjil.org/3241-32?clone=1,3,26,33,89,132,140,170,200marc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4795Avoir plusieurs nuances de pink pour la non-productivité2023-03-28T16:24:46+02:00Mathieu GiraudAvoir plusieurs nuances de pink pour la non-productivitéPermettrait de voir d'un coup d'oeil certaines choses type non-pattern.Permettrait de voir d'un coup d'oeil certaines choses type non-pattern.Web 2023.10Mathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4568Stocker 'color_by' dans les préférences2021-04-14T17:28:21+02:00Mathieu GiraudStocker 'color_by' dans les préférencesÉvoqué ce matin, serait utile pour ~"Paris-Pitié".Évoqué ce matin, serait utile pour ~"Paris-Pitié".Web 2021.05marc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4519visu3/sp2 devrait réagir au "color by" et à la sélection2020-10-13T18:57:05+02:00Mathieu Giraudvisu3/sp2 devrait réagir au "color by" et à la sélectionBloquant pour #4513.
Pour l'instant, changer le "color by" n'a pas d'impact immédiat sur visu3/sp2. L'impact n'arrive que par exemple on change les axes sur visu3/sp2.
cc @duezBloquant pour #4513.
Pour l'instant, changer le "color by" n'a pas d'impact immédiat sur visu3/sp2. L'impact n'arrive que par exemple on change les axes sur visu3/sp2.
cc @duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4410La légende des couleurs ne se met pas à jour2020-07-22T12:19:26+02:00Mikaël SalsonLa légende des couleurs ne se met pas à jourhttp://app.vidjil.org/?set=3241&config=25
Lorsqu'on change de couleur (par exemple productivity), la légende ne se met pas immédiatement à jour, il faut changer de sample pour que cela soit effectif.
Un problème d'update ? cc @duezhttp://app.vidjil.org/?set=3241&config=25
Lorsqu'on change de couleur (par exemple productivity), la légende ne se met pas immédiatement à jour, il faut changer de sample pour que cela soit effectif.
Un problème d'update ? cc @duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4221Indication sur le graphe quand on affiche uniquement les clones d'un sample2020-03-25T17:35:19+01:00Mathieu GiraudIndication sur le graphe quand on affiche uniquement les clones d'un sample
https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/564#note_311084, @mikael-s et @flothoni:
> > > ~bikeshedding on pourrait avoir une petite indication visuelle dans le graph pour indiquer qu'on ne voit que les clones du sample co...
https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/564#note_311084, @mikael-s et @flothoni:
> > > ~bikeshedding on pourrait avoir une petite indication visuelle dans le graph pour indiquer qu'on ne voit que les clones du sample courant ?
> > Je ne sais pas ce qui est le mieux pour être parlant en fait. Un changement dans la coloration de la barre ou du label dans ce cas ? Je réfléchit à ce qui est le mieux dans ce cas, et ce qui ressort facilement visuellement.
> Tu remarqueras que je ne me suis pas avancé :)
> Si on reprend le principe du focus (c'est un peu le cas ici : un focus sur les clones du sample courant) il y a une indication dans la barre de recherche. Avantage : il y a une certaine cohérence. Inconvénients : on ne peut plus faire un focus en plus, et ce n'est pas très visuel.
![Screenshot_20200312_102137](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/uploads/2ec122445ae2047097875f069f1ef039/Screenshot_20200312_102137.png)
Je viens de tester une petite modif css. Quelque chose du genre serait-il parlant ? J'ai aussi voulu mettre une valeur `title`, mais ça n'a pas marché. Il faudrait probablement passer par d3js pour mettre un tooltip en place, mais ça me semble être compliqué. Un petit astérisque à la suite du nom ?
En tout cas, là on ne risque pas d'oublier que l'on a activé l'option. Comment ensuite lier la couleur à l'option ? Si on adopte cette méthode, y a-t-il d'autres options ou une coloration du genre serait pratique ?Déploiement 2020.06Thonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4178La légende ne s'affiche que pour les tags2020-07-24T12:26:40+02:00Mikaël SalsonLa légende ne s'affiche que pour les tagsLorsqu'on sélectionne le productivité comme mode de coloration, la légende ne s'affiche plus dans la boite d'info.
Un git bisect me donne ce commit : 85345d1dfeab638ddab2304b68e4df460365a243.
Mais sera probablement rectifié avec !601 (...Lorsqu'on sélectionne le productivité comme mode de coloration, la légende ne s'affiche plus dans la boite d'info.
Un git bisect me donne ce commit : 85345d1dfeab638ddab2304b68e4df460365a243.
Mais sera probablement rectifié avec !601 (cc @duez).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4176Filtrer des clones en sélectionnant un span sur un dégradé de couleur2020-02-12T16:38:33+01:00Mathieu GiraudFiltrer des clones en sélectionnant un span sur un dégradé de couleurÉvoqué avec @duez
Cas particulier de #2059 et #2370, bonus, rien d'urgentÉvoqué avec @duez
Cas particulier de #2059 et #2370, bonus, rien d'urgenthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4095avoir une description des colorby au hover2019-12-10T10:56:36+01:00Thonier Florianavoir une description des colorby au hoverNous n'avons pas au hover de description des méthodes sous-jacentes de coloration, des limites.
Des fois le nom ne se suffit pas; exemple pour le CDR3, qui a une coloration aléatoire pour chaque CDR3 en acides aminés strictement identiq...Nous n'avons pas au hover de description des méthodes sous-jacentes de coloration, des limites.
Des fois le nom ne se suffit pas; exemple pour le CDR3, qui a une coloration aléatoire pour chaque CDR3 en acides aminés strictement identiques (et non pas en fonction de sa longueur).
De même, nous pourrions avoir cette description sur la liste des axes. En plus, dans ce cas, la doc existe déjà dans `axes.js`https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4092Doc "color by CDR3"2019-12-10T10:56:36+01:00Mathieu GiraudDoc "color by CDR3"Rajouter dans la doc : "Each cdr3 has a unique color". (Pas de gradient, de distance...)Rajouter dans la doc : "Each cdr3 has a unique color". (Pas de gradient, de distance...)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4091Color by abundance total2019-12-13T11:37:14+01:00Mathieu GiraudColor by abundance total
Avoir un mode de coloration (un axe ?) par la somme de l'abondance dans tous les samples
cc @pduroux
Voir #4089.
Avoir un mode de coloration (un axe ?) par la somme de l'abondance dans tous les samples
cc @pduroux
Voir #4089.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4090"Color by" custom ou axes custom2021-09-15T23:18:35+02:00Mathieu Giraud"Color by" custom ou axes custom
Vu par @pduroux : un `updateModel()` (cc @duez) ou équivalent efface la couleur placée à la main. Ce serait bien d'avoir un champ `customColor` avec un mode de coloration.
Plus généralement, ajouter des modes de coloration par le add-o...
Vu par @pduroux : un `updateModel()` (cc @duez) ou équivalent efface la couleur placée à la main. Ce serait bien d'avoir un champ `customColor` avec un mode de coloration.
Plus généralement, ajouter des modes de coloration par le add-on.
On en discute en interne et on revient vers vous.2019-12-20https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4089Color by abundance at this sample2021-08-23T11:16:13+02:00Mathieu GiraudColor by abundance at this sampleDiscussion pour @pduroux.
D'habitude, les "color by" concernent *tous* les clones.
Indiquer plutôt "by abundance at this sample"Discussion pour @pduroux.
D'habitude, les "color by" concernent *tous* les clones.
Indiquer plutôt "by abundance at this sample"https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4088Que renseigner dans le .vidjil pour que le "color by N" soit fonctionnel ?2019-12-10T10:56:36+01:00Mathieu GiraudQue renseigner dans le .vidjil pour que le "color by N" soit fonctionnel ?Question de @pduroux.
Dans `clone.js` :
```
getNlength: function () {
if (this.hasSeg('3', '5')){
return this.seg['3'].start-this.seg['5'].stop-1
```Question de @pduroux.
Dans `clone.js` :
```
getNlength: function () {
if (this.hasSeg('3', '5')){
return this.seg['3'].start-this.seg['5'].stop-1
```https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4087Perte de coloration si uniquement le cdr3 et pas junction2019-12-10T10:56:36+01:00Mathieu GiraudPerte de coloration si uniquement le cdr3 et pas junctionVu par @pduroux : il doit actuellement y avoir `junction` et `AA`.
De plus, la ~doc n'est pas évidente à ce sujet.Vu par @pduroux : il doit actuellement y avoir `junction` et `AA`.
De plus, la ~doc n'est pas évidente à ce sujet.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4071Coloration en fonction de la fluctuation d'un clone2021-11-19T11:06:56+01:00Thonier FlorianColoration en fonction de la fluctuation d'un cloneAjouter une coloration en fonction de la fluctuation d'un clone à travers les samples ? Si il augmente (et qu'il a déjà atteint un seuil de X% pour restreindre possiblement aux clones d'intérêts), il a une couleur dédiée. Celle-ci serait...Ajouter une coloration en fonction de la fluctuation d'un clone à travers les samples ? Si il augmente (et qu'il a déjà atteint un seuil de X% pour restreindre possiblement aux clones d'intérêts), il a une couleur dédiée. Celle-ci serait plus ou moins marquée suivant sa valeur courante et/ou s'il augmente de manière régulière sur les 3 derniers points ou si il explose sur le dernier. Idem si il diminue.
Possiblement compliqué sur les critères, cela permettrait de voir facilement un sous clone qui apparaît.