vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2022-05-03T15:16:31+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5003Desactiver le filtre textuel depuis le menu ne remet pas à zero le champ de r...2022-05-03T15:16:31+02:00Thonier FlorianDesactiver le filtre textuel depuis le menu ne remet pas à zero le champ de rechercheDe même, si on veut réactiver le filtre en réappuyant sur entré, le filtre ne s'applique pas.De même, si on veut réactiver le filtre en réappuyant sur entré, le filtre ne s'applique pas.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4903Smaller clones; les cacher quand le locus est filtrer2021-11-18T10:05:12+01:00Thonier FlorianSmaller clones; les cacher quand le locus est filtrerJ'y pensais pour !1078, et en plus @x-YLeBri pointe que ça le dérange dans son analyse.
Ça vous va si on les caches par défaut quand le locus est filtré ?
Je l’inclus aussi dans la MR 1078 ou pas ?
Dans la MR !1078, l'idée serait au...J'y pensais pour !1078, et en plus @x-YLeBri pointe que ça le dérange dans son analyse.
Ça vous va si on les caches par défaut quand le locus est filtré ?
Je l’inclus aussi dans la MR 1078 ou pas ?
Dans la MR !1078, l'idée serait aussi de cacher les clones de distributions "vides" dans la liste.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4424Changement de tag et "smaller clones"2020-07-28T12:45:49+02:00Mathieu GiraudChangement de tag et "smaller clones"Actuellement, on voit le panneau de changement de tag même sur les "smaller clones", alors qu'on ne peut pas changer leur tag
Voir aussi ce que cela devient avec !755
cc @flothoniActuellement, on voit le panneau de changement de tag même sur les "smaller clones", alors qu'on ne peut pas changer leur tag
Voir aussi ce que cela devient avec !755
cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4129réflexion sur les intéractions sur la liste, renommage des clones2020-06-23T09:35:04+02:00Thonier Florianréflexion sur les intéractions sur la liste, renommage des clonesA l'usage, je me demande si nous pourrions pas modifier des interactions avec la liste des clones.
Par exemple, un double clic actuellement passe en mode édition le nom du clone. Je me demande si cette action de devrait pas être réalis...A l'usage, je me demande si nous pourrions pas modifier des interactions avec la liste des clones.
Par exemple, un double clic actuellement passe en mode édition le nom du clone. Je me demande si cette action de devrait pas être réalisée depuis la fenêtre info. Via un bouton édition par exemple, que ce soit directement dans la liste ou bien dans le panneau info.
Dans ce cas en plus, on libère le double clic qui permettrait de switcher ce panneau show/hide. Je pense que les utilisateurs utilise bien plus souvent cette action que le renommage et que ça simplifierait son appel.
De plus, le mode édition ne se ferme que si l'on click sur le bouton save. Nous pourrions aussi détecter l'appui sur la touche echap ou bien un clic en dehors de cette zone pour fermer celle-ciÉhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4124Mise en évidence du clone dans le paneau info2020-01-17T17:17:47+01:00Thonier FlorianMise en évidence du clone dans le paneau infoSi nous avons une fenêtre info de clone ouverte, nous ne savons pas le clone auquel il est rattaché. On pourrait imaginer que le clone rattaché à cette fenêtre soit mis en évidence, par du texte en gras dans la liste par exemple.Si nous avons une fenêtre info de clone ouverte, nous ne savons pas le clone auquel il est rattaché. On pourrait imaginer que le clone rattaché à cette fenêtre soit mis en évidence, par du texte en gras dans la liste par exemple.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4013clone virtuels: gestion du tag2019-10-24T14:32:01+02:00Thonier Florianclone virtuels: gestion du tagDepuis la mise en place des clones virtuels, je ne suis pas certains du comportement attendu sur les tags.
Pour le moment, nous affichons toujours la petite étoile qui permet d'ouvrir le menu des tags.
Dans ce menu, il y a les tuiles q...Depuis la mise en place des clones virtuels, je ne suis pas certains du comportement attendu sur les tags.
Pour le moment, nous affichons toujours la petite étoile qui permet d'ouvrir le menu des tags.
Dans ce menu, il y a les tuiles qui sont sans effet, mais pourtant cliquable (les mettre en disable ?). Ensuite, la gestion du normalize n'est semble-t-il pas correcte non plus.
Pas d'effet provoqué par ces clones sur le `multitag` (qui permet d'inférer un tag à l'ensemble des clones sélectionnés). Pour l'instant, ils ne semblent pas être pris en compte et seuls les clones réels sont taggés. J'ai vérifié en jouant sur le filtre des tags).
Une solution temporaire serait de retirer le bouton tag dans un premier temps tant que nous n'avons pas trancher sur ces points, ou bien de mettre le contenu en disable (comme la normalisation lors d'un multitag).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3969Clones virtuel et liste2019-10-29T09:09:11+01:00Mathieu GiraudClones virtuel et listeSoulevé par @mikael-s à propos de #3945 : à terme, les clones de distribution ne devraient peut-être pas tous apparaître dans la liste... mais les gros sont tout de même très intéressants. Peut-être les mettre sous un "smaller clones" ? ...Soulevé par @mikael-s à propos de #3945 : à terme, les clones de distribution ne devraient peut-être pas tous apparaître dans la liste... mais les gros sont tout de même très intéressants. Peut-être les mettre sous un "smaller clones" ? Uniquement certains ? À voir plus tard, voir déjà ce que cela donne.
cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3946Show normalized_reads field into getHTMLinfo2020-03-23T13:17:44+01:00Thonier FlorianShow normalized_reads field into getHTMLinfoLink to #3943: For the moment, we didn't show this info inti HTMLinfo. We could set it, into `representative sequence`. We also should show thatr a sample have not been computed for normalization. A text field ? "not computed" ?
@magir...Link to #3943: For the moment, we didn't show this info inti HTMLinfo. We could set it, into `representative sequence`. We also should show thatr a sample have not been computed for normalization. A text field ? "not computed" ?
@magiraud @mikael-s @meidanishttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3876Ajouter une colonne pourcentage par locus dans la liste des clones2019-03-28T13:38:28+01:00Thonier FlorianAjouter une colonne pourcentage par locus dans la liste des clonesIl semble que cela rentre dans les règles de définition de la clonalité. On pourrait imaginer affichier l'information aisément en rajoutant une colonne avec cette information. Cependant, je ne sais pas si cela ne surchargera pas trop cet...Il semble que cela rentre dans les règles de définition de la clonalité. On pourrait imaginer affichier l'information aisément en rajoutant une colonne avec cette information. Cependant, je ne sais pas si cela ne surchargera pas trop cette liste.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3721Mécanisme plus souple d'affichage dans getHtmlInfo de clone.js2020-12-04T14:13:40+01:00Mikaël SalsonMécanisme plus souple d'affichage dans getHtmlInfo de clone.jsDans #3717 on a un problème pour afficher les résultats de CloneDB dans l'ordre qu'on souhaiterait (et même, plus généralement, les afficher de manière peut-être plus souple).
Le code qui gère cela dans `getHtmlInfo` est :
```javascript...Dans #3717 on a un problème pour afficher les résultats de CloneDB dans l'ordre qu'on souhaiterait (et même, plus généralement, les afficher de manière peut-être plus souple).
Le code qui gère cela dans `getHtmlInfo` est :
```javascript
html += header("Results of "+other_infos[external_tool])
for (var item in this.seg[external_tool]) {
if (! (this.seg[external_tool][item] instanceof Object) &&
! (this.seg[external_tool][item] instanceof Array)) {
html += row_1(item, this.seg[external_tool][item])
}
}
```
On itère sur les propriétés de l'objet `this.seg[external_tool]`, et il n'y a pas de garantie sur l'ordre de l'itération.
Avant de faire le `for` on pourrait tester si l'objet possède une méthode `toHTML()` et le cas échéant y faire appel.
Dans ce cas pour les résultats de CloneDB on pourrait faire une méthode `toHTML` qui s'occupe de trier les résultats en fonction de leur sample sets.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3710Ascenseur de la liste des clones curieux sous FF2019-02-05T19:09:49+01:00Mathieu GiraudAscenseur de la liste des clones curieux sous FFJ'ai un léger liseré rouge au lieu de l'ascenseur sous FF. Mais on le voit tout de même, et au `:hover` on le voit normalement. Je ne suis même pas sûr que ce soit un bug, c'est peut-être juste le style de FF.J'ai un léger liseré rouge au lieu de l'ascenseur sous FF. Mais on le voit tout de même, et au `:hover` on le voit normalement. Je ne suis même pas sûr que ce soit un bug, c'est peut-être juste le style de FF.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3440repetition d'un warning de clone présent sur plusieurs sample : simplifier, f...2020-12-04T14:10:31+01:00Thonier Florianrepetition d'un warning de clone présent sur plusieurs sample : simplifier, factoriserCas ici: https://app.vidjil.org/browser/?set=28565&config=25
On peux voir qu'un clone a un warning `w61: non recombiné...`. Mais comme le clone est présent sur chaque sample, on a une répétion de celui-ci de multiple fois, au survol de ...Cas ici: https://app.vidjil.org/browser/?set=28565&config=25
On peux voir qu'un clone a un warning `w61: non recombiné...`. Mais comme le clone est présent sur chaque sample, on a une répétion de celui-ci de multiple fois, au survol de l’icône, ou bien aussi lors de l'affichage détaillé du clone.
Je ne sais pas si tous les warning devrait être concerné, mais une tel répétition dans ce cas présent est inutile.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2885Changement de désignation d'un clone et nom du clone2017-11-23T16:32:19+01:00Tatiana RocherChangement de désignation d'un clone et nom du cloneLorsqu'on passe par le bouton information "i" d'un clone et qu'on change le nom d'un des gènes :
- le nom n'est pas bien affiché dans l'aligneur
- mauvais affichage dans le rapport
Vu par Aurélie lors du tuto. Je n'ai pas réussi à repro...Lorsqu'on passe par le bouton information "i" d'un clone et qu'on change le nom d'un des gènes :
- le nom n'est pas bien affiché dans l'aligneur
- mauvais affichage dans le rapport
Vu par Aurélie lors du tuto. Je n'ai pas réussi à reproduire l'erreur aujourd'hui, problème de connexion ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2879Pouvoir changer la couleur affectée à chaque tag2019-12-10T13:51:47+01:00Mathieu GiraudPouvoir changer la couleur affectée à chaque tagPas sûr que ce soit demandé ou utile.Pas sûr que ce soit demandé ou utile.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2862Tags et couleurs2019-10-21T15:05:46+02:00Tatiana RocherTags et couleursPourquoi nommer les couleurs `clone 1`, `clone 2`, ... ?
Cela fait poser des questions lors du tuto.Pourquoi nommer les couleurs `clone 1`, `clone 2`, ... ?
Cela fait poser des questions lors du tuto.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2407Compléter feature-c/flexible_axis_display2017-11-22T12:49:04+01:00Ghost UserCompléter feature-c/flexible_axis_displayLa nouvelle fonctionnalité est opérationnelle (-> !22), présente en dev mode pour l'instant.
Il reste cependant plusieurs choses à régler avant de la rendre 'publique'.
Problèmes connus :
- le plus important, les `.fct` (et `.prett...La nouvelle fonctionnalité est opérationnelle (-> !22), présente en dev mode pour l'instant.
Il reste cependant plusieurs choses à régler avant de la rendre 'publique'.
Problèmes connus :
- le plus important, les `.fct` (et `.pretty` selon le besoin) manquants dans `Axes`
-> comme discuté plusieurs fois, tous les axes doivent pouvoir être utilisés ; dans certains cas la `fct` voulue existe déjà mais se trouve ailleurs ; enfin cela mènera sans doute à supprimer l'utilisation `clone.axisOptions`
- déroulement de haut en bas du `segmenter_axis_menu`, dû à l'utilisation du fonctionnement du menu du haut de page (`menu-container`, classe `.selector` et fonctions associées)
-> sans doute plutôt l'inverse puisqu'ici le menu part du bas
- beaucoup de divs, parfois 'vides', pour reproduire la structure du menu et pouvoir utiliser les fonctions liées à `.selector`
- `#segmenter_axis_select.style.top` fixé arbitrairement, dans l'attente d'une solution meilleure et surtout fonctionnelle
-> j'avais essayé plusieurs choses pour obtenir `top = -height`, sans réussite
- alignement des 'colonnes' dans le segmenteur
-> en bonne partie résolu mais la solution en place mène dans certains cas à des 'rognages' de caractères (`overflow : hidden`), notamment avec Chromium
- 'disparition' de `.getPrintabeSize`
-> lire #2399, #2400
- besoin potentiel de nouveaux tests, dédiés aux modifications apportées
- valeur 'undefined' renvoyée par certains axes, transformée en '?' par `.pretty`
-> le string 'undefined' débordait dans les spans d'axisBox, mais '?' n'est pas forcément le plus pertinent ; p-ê mieux à choisir, notamment pour uniformiser si besoin
- espace pris par `list_axis_select`
-> p-ê une solution à trouver pour éviter d'augmenter la hauteur de `list_menu`
Globalement, tout ce qui concerne les contrôleurs/menus peut tout à fait bouger, il s'agissait surtout pour le moment d'avoir quelque chose d'utilisable.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2392Stockage des préférences : axes/colonnes de list.js/segmenter.js2020-10-14T11:29:53+02:00Ghost UserStockage des préférences : axes/colonnes de list.js/segmenter.jsUne idée me vient : une fois #2175 en place, il peut être intéressant d'enregistrer dans analysis les axes 'sélectionnés' pour l'affichage (pour commencer l'affichage par défaut sera sans doute celui de la taille, pour correspondre au fo...Une idée me vient : une fois #2175 en place, il peut être intéressant d'enregistrer dans analysis les axes 'sélectionnés' pour l'affichage (pour commencer l'affichage par défaut sera sans doute celui de la taille, pour correspondre au fonctionnement actuel).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2388Code similaire dans list.div_elem et segmenter.div_elem2020-10-14T11:29:53+02:00Ghost UserCode similaire dans list.div_elem et segmenter.div_elemLes éléments identiques ont été factorisés et rassemblés avec la création de `clone.div_elem` (!21).
Il reste cependant quelques éléments communs mais qui n'ont pas pu être déplacés tout de suite, car ils sont traités de manières diff...Les éléments identiques ont été factorisés et rassemblés avec la création de `clone.div_elem` (!21).
Il reste cependant quelques éléments communs mais qui n'ont pas pu être déplacés tout de suite, car ils sont traités de manières différentes. C'est par exemple le cas de `nameBox`, qui a a priori la même utilité et la même place dans les deux cas mais qui n'est pas construit et mis à jour de la même façon.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2369axes: pouvoir trier la liste des clones suivant n'importe quel axe2021-09-15T19:20:36+02:00Mathieu Giraudaxes: pouvoir trier la liste des clones suivant n'importe quel axeExtrait de #1471.Extrait de #1471.marc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2329app/analyze : conserver lien entre séquence et dénomination2018-10-18T14:36:34+02:00Thonier Florianapp/analyze : conserver lien entre séquence et dénominationRemarque de Véronique :
> peux-t-on retrouver à partir d'une séquence retournée par l'app analysis la séquence d'origine ?
L'idée est de savoir si l'on met trois séquences sen même temps laquelle est laquelle dans le segmenteur.Remarque de Véronique :
> peux-t-on retrouver à partir d'une séquence retournée par l'app analysis la séquence d'origine ?
L'idée est de savoir si l'on met trois séquences sen même temps laquelle est laquelle dans le segmenteur.