vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2019-10-08T10:35:13+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2246En mode histogramme, afficher aussi, de manière globale, les smaller clones p...2019-10-08T10:35:13+02:00Mathieu GiraudEn mode histogramme, afficher aussi, de manière globale, les smaller clones pas top / filtrés ?Pourquoi a-t-on un réglage `filter / top` ? C'est en particulier pour que cela ne rame pas (voir #2236), mais aussi pour que, dans sur un ~"client-grid" , ce soit lisible.
Sur un ~"client-bar" , la question est différente. On avait év...Pourquoi a-t-on un réglage `filter / top` ? C'est en particulier pour que cela ne rame pas (voir #2236), mais aussi pour que, dans sur un ~"client-grid" , ce soit lisible.
Sur un ~"client-bar" , la question est différente. On avait évoqué, à un moment, d'afficher en gris des boites "smaller clones" qui seraient non sélectionnables. Voir #1048, mais aussi on pourrait le faire dès maintenant, sur les clones cachés par `filter / top`.
Le souci, si on fait cela sans #1048, est qu'on va afficher qu'une partie des smaller clones, ce qui est peu compréhensible. Et comment interagir entre les smaller clones et les clones filtrés (on ne veut pas afficher les clones filtrés dans l'histogramme !) ? C'est peut-être donc une mauvaise idée tant qu'on n'a pas #1048.
cc @mikael-s @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2754Histogramme et axe y2018-08-14T22:21:53+02:00Mathieu GiraudHistogramme et axe yVu par @flothoni.
L'axe `y` ne change pas la taille des barres des histogrammes.
En théorie il change juste l'ordre des clones dans chaque barre... mais cela ne fonctionne plus.
Et, même dans ce cas, il faudrait mieux le documenter.
Br...Vu par @flothoni.
L'axe `y` ne change pas la taille des barres des histogrammes.
En théorie il change juste l'ordre des clones dans chaque barre... mais cela ne fonctionne plus.
Et, même dans ce cas, il faudrait mieux le documenter.
Bref, on pourrait enlever la légende "axe y", elle est plus trompeuse qu'autre chose.
Enlever/cacher aussi la boîte "axe y" ou autre ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2441Changer un axe du scatterplot en cliquant dessus2017-11-29T15:11:35+01:00Mathieu GiraudChanger un axe du scatterplot en cliquant dessusSans aller dans le menu plot, on pourrait souhaiter changer les axes X/Y juste en cliquant sur l'axe. À discuter.Sans aller dans le menu plot, on pourrait souhaiter changer les axes X/Y juste en cliquant sur l'axe. À discuter.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2931Coloration Genescan par locus2017-12-04T11:18:47+01:00Mathieu GiraudColoration Genescan par locus@mikael-s, dans #1887 :
> (...) un Genescan ? Surtout si on le colore par locus ?
La coloration par locus est en effet jolie sur un Genescan. Aurait-on envie de la mettre par défaut (mais voir #1706) ? Tout dépend ce qu'on voit au-dess...@mikael-s, dans #1887 :
> (...) un Genescan ? Surtout si on le colore par locus ?
La coloration par locus est en effet jolie sur un Genescan. Aurait-on envie de la mettre par défaut (mais voir #1706) ? Tout dépend ce qu'on voit au-dessous dans la ~"client-grid" : actuellement, on voit bien les différents locus (et ce serait encore plus clair avec #1887).
Ou faire déjà un preset Genescan avec les couleurs #2930 ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3439L'animation BAR > GRID fait parfois "sauter" temporairement les clones hors d...2018-08-13T18:09:32+02:00Mathieu GiraudL'animation BAR > GRID fait parfois "sauter" temporairement les clones hors du sp?patient=146&config=26 -> alterner entre grid et bar?patient=146&config=26 -> alterner entre grid et barhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3503Adaptation des axes GRID à un sous-ensemble de valeurs2020-06-23T15:27:51+02:00Mathieu GiraudAdaptation des axes GRID à un sous-ensemble de valeursComment faire que, quand on le souhaite (`.adapt` dans !301), l'axe X en `BAR` et `GRID`, et potentiellement l'axe Y en `GRID`, s'adapte à un sous-ensemble de valeurs (probablement les clones visibles ?). Ici on ne parle que de ce point ...Comment faire que, quand on le souhaite (`.adapt` dans !301), l'axe X en `BAR` et `GRID`, et potentiellement l'axe Y en `GRID`, s'adapte à un sous-ensemble de valeurs (probablement les clones visibles ?). Ici on ne parle que de ce point technique, les discussions sur cet ensemble, les usages ou autres solutions sont dans #2431.
Ce n'est pas facile vu #2700.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3888"to CloneDB" fait disparaître l'affichage dans le panneau supérieur2020-06-09T11:19:14+02:00Anne de Septenville"to CloneDB" fait disparaître l'affichage dans le panneau supérieurQuand je sélectionne un clone et que je l'envoie sur CloneDB, la visualisation de clones dans les 2 panneaux de droite (clone average read length et V/J) disparaît, puis seule la visualisation du panneau inférieur V/J réapparaît.Quand je sélectionne un clone et que je l'envoie sur CloneDB, la visualisation de clones dans les 2 panneaux de droite (clone average read length et V/J) disparaît, puis seule la visualisation du panneau inférieur V/J réapparaît.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3986Arrondis et distributions2019-11-26T14:37:30+01:00Mathieu GiraudArrondis et distributionsÉvoqué plusieurs fois ces derniers temps à propos de #3902/!515 avec @flothoni et @mikael-s.
Pour l'instant, `average length` est arrondi à 1.0 (mais des valeurs telles que 0.1 pourraient être envisageables).
`GC content` pourrait l'êtr...Évoqué plusieurs fois ces derniers temps à propos de #3902/!515 avec @flothoni et @mikael-s.
Pour l'instant, `average length` est arrondi à 1.0 (mais des valeurs telles que 0.1 pourraient être envisageables).
`GC content` pourrait l'être par exemple à 0.001 / 0.1%.
Si on a arrondi un axe à 1.0, il manque des infos pour l'afficher à 0.5 dans le client.
Mais est-ce bien le scatterplot / ~"client-responsive" qui choisit la largeur des barres ? Et en cas de zoom/focus ?
On peut déjà faire !515 en prenant 1.0 pour `average length`, et y réfléchir plus en détail après.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4016Clones chevauchants sur certaines représentation bar (arrondir ?)2019-10-24T14:38:08+02:00Thonier FlorianClones chevauchants sur certaines représentation bar (arrondir ?)Il arrive que certains axes génèrent des valeurs qui rendent mal à l'affichage.
Par exemple, sur le fichier de test doc/fused_distribution_multiple.vidjil. Si on se met en preset 4, nous avons un clone à 162.15, d'autres à 162.0, et d'a...Il arrive que certains axes génèrent des valeurs qui rendent mal à l'affichage.
Par exemple, sur le fichier de test doc/fused_distribution_multiple.vidjil. Si on se met en preset 4, nous avons un clone à 162.15, d'autres à 162.0, et d'autres à diverses tailles. Le rendu n'est pas toujours parfait, notamment à cause de la largeur des barres et du comportement que l'on souhaiterait attendre lorsque celles-ci sont chevauchantes.
Exemple:
![Screenshot_20191023_141816](/uploads/d9491a0e84ca3ec1db2df2c4c8512b69/Screenshot_20191023_141816.png)
Je me suis aperçu de l'effet avec !515, mais il existe aussi sur le serveur de prod courant.
https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4029Bar plot en multi-sample, verrouillage de l'axe y size ?2019-11-26T16:47:54+01:00Mathieu GiraudBar plot en multi-sample, verrouillage de l'axe y size ?Discuté avec @flothoni vdj#921
Quand on compare des samples, le changement d'axe y peut être bizarre, typiquement si un sample est mono-clonal 50% et les autres poly-clonaux, top à ~1%. Évidemment on ne peut pas faire de log ici.
Mais....Discuté avec @flothoni vdj#921
Quand on compare des samples, le changement d'axe y peut être bizarre, typiquement si un sample est mono-clonal 50% et les autres poly-clonaux, top à ~1%. Évidemment on ne peut pas faire de log ici.
Mais... si on verrouille pour que tout soit visble, la distribution poly-clonale est écrasée.
Verrouiller plutôt à l'échelle minimale, et donc des gros clones sortiraient par le haut ?
Pas par défaut, mais une option pour cela ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4041Sélection sur histogramme2019-11-08T09:54:32+01:00Mathieu GiraudSélection sur histogramme
Je trouve que la sélection sur un ~"client-bar" type Genescan est peu élégante, surtout par rapport à la finesse des barres. Pas trop d'idées sur ce qu'on pourrait faire...
Je trouve que la sélection sur un ~"client-bar" type Genescan est peu élégante, surtout par rapport à la finesse des barres. Pas trop d'idées sur ce qu'on pourrait faire...https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4081Largeur pour germline en axis2019-12-04T15:29:25+01:00Mathieu GiraudLargeur pour germline en axisVu par @duez : le dénominateur est incorrect, barres trop fines quand l'axe est germlineVu par @duez : le dénominateur est incorrect, barres trop fines quand l'axe est germlinehttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4175Chevauchement des barres de l'histogramme2020-02-11T15:47:24+01:00Mikaël SalsonChevauchement des barres de l'histogrammeLes barres de l'histogramme se chevauchent. Depuis D3V5 ?
Exemple : http://app.vidjil.org/?set=36119&config=2
![bar](/uploads/d7dc3c614222dc119b5c29d22cdb5014/bar.png)
/cc @duezLes barres de l'histogramme se chevauchent. Depuis D3V5 ?
Exemple : http://app.vidjil.org/?set=36119&config=2
![bar](/uploads/d7dc3c614222dc119b5c29d22cdb5014/bar.png)
/cc @duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4179Rupture de l'axe des Y / broken Y-axis2020-02-12T16:48:49+01:00Mathieu GiraudRupture de l'axe des Y / broken Y-axisDiscuté avec @mikael-s et @duez : devrait-on couper l'axe des Y pour voir un fond polyclonal sous un clone majoritaire (au lieu de la technique habituelle avec ~"client-filter") ?
Le soucis est qu'on veut toujours voir "l'écrasement". P...Discuté avec @mikael-s et @duez : devrait-on couper l'axe des Y pour voir un fond polyclonal sous un clone majoritaire (au lieu de la technique habituelle avec ~"client-filter") ?
Le soucis est qu'on veut toujours voir "l'écrasement". Par exemple, si le clone 1 est > 3-4 fois le clone 2, couper l'axe pour qu'il soit toujours au moins 2x plus gros que le clone 2. Ces cas peuvent cependant être très fréquents pour des échantillons de diag.
(Au passage, pas exactement sur le même sujet, https://www.data-to-viz.com/caveat/cut_y_axis.html)
@duez : "si on fait un truc automatique, il faudra avoir une préférence pour l'enlever"https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4200En mode histo, nous n'avons plus l'axe Y représenté2021-02-19T08:16:10+01:00Thonier FlorianEn mode histo, nous n'avons plus l'axe Y représentéVu ajourd'hui sur une demo, et reproduit sur 2 pc séparés.
Si nous changons la représentation du scatterplot en mode histo, nous n'avons plus automatiquement l'axe Y qui se met en mode size et indique ainsi la somme des barres.
![Scre...Vu ajourd'hui sur une demo, et reproduit sur 2 pc séparés.
Si nous changons la représentation du scatterplot en mode histo, nous n'avons plus automatiquement l'axe Y qui se met en mode size et indique ainsi la somme des barres.
![Screenshot_20200225_150650](/uploads/a8be0d27e1075ae843985c9ad5d7f0dd/Screenshot_20200225_150650.png)
Si on change dans la liste l'axe Y pour choisir size, nous avons de nouveau un axe Y.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2324Bar plots en replicate2019-04-17T14:28:41+02:00Mathieu GiraudBar plots en replicateDans Arrest ~"repseq-Nikos", on peut voir un bar plot de deux expériences (au lieu d'une barre, il y a deux barres côte à côte). On peut même soustraire, comme Nikos le montre à ~"ec-ngs".
Faire cela de notre côté remettrait en cause no...Dans Arrest ~"repseq-Nikos", on peut voir un bar plot de deux expériences (au lieu d'une barre, il y a deux barres côte à côte). On peut même soustraire, comme Nikos le montre à ~"ec-ngs".
Faire cela de notre côté remettrait en cause notre modèle "un sample sélectionné" (mais #2299 aussi), mais surtout, afficherait un clone à deux endroits dans la même vue, ce qui changerait encore plus notre manière de naviguer. Bref, je mettrais bien ~"wont-fix".
cc @flothoni @aurelBZH @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2421Scatterplot responsive : supprimer les labels2023-03-01T17:10:54+01:00Mathieu GiraudScatterplot responsive : supprimer les labelsVoir #2420.
Quand il y a peu de place, il pourrait être judicieux de même supprimer les labels, pour conserver la place utile pour le grid/bar.
cc @heto @RyanHerbVoir #2420.
Quand il y a peu de place, il pourrait être judicieux de même supprimer les labels, pour conserver la place utile pour le grid/bar.
cc @heto @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2450Scatterplot responsive : adapter l'axe et le nombre de labels2018-10-16T09:58:29+02:00Mathieu GiraudScatterplot responsive : adapter l'axe et le nombre de labelsQuand on a peu de place en largeur, on devrait afficher moins de labels.
Voir aussi #2421.
cc @heto @RyanHerbQuand on a peu de place en largeur, on devrait afficher moins de labels.
Voir aussi #2421.
cc @heto @RyanHerb