vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2022-04-25T16:50:41+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5000La normalisation n'est pas rechargée lors de l'ouverture d'une analyse.2022-04-25T16:50:41+02:00Thonier FlorianLa normalisation n'est pas rechargée lors de l'ouverture d'une analyse.On sauvegarde bien des informations relatives aux normalisations dans le fichier analysis, pourtant, nous ne le rechargeons pas à la réouverture.
Il n'y a pas d'erreur lors du chargement. Je ne sais pas si l'option avait été implémenté...On sauvegarde bien des informations relatives aux normalisations dans le fichier analysis, pourtant, nous ne le rechargeons pas à la réouverture.
Il n'y a pas d'erreur lors du chargement. Je ne sais pas si l'option avait été implémentée ou si elle a été perdue au cours du temps...https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4409Afficher dans l'aligneur les résultats d'IMGT s'ils sont présents2021-04-08T08:28:24+02:00Mikaël SalsonAfficher dans l'aligneur les résultats d'IMGT s'ils sont présentsLorsqu'on récupère les résultats depuis IMGT et qu'on sauve une analyse, ceux-ci sont sauvegardés avec l'analyse.
Pourtant au rechargement de la page, les résultats d'IMGT n'apparaissent plus dans l'aligneur quand on sélectionne un clon...Lorsqu'on récupère les résultats depuis IMGT et qu'on sauve une analyse, ceux-ci sont sauvegardés avec l'analyse.
Pourtant au rechargement de la page, les résultats d'IMGT n'apparaissent plus dans l'aligneur quand on sélectionne un clone pour lequel on avait rappatrié les infos d'IMGT.
Exemple avec ce clone : http://app.vidjil.org/?set=3241&config=25&clone=1 (les infos d'IMGT sont bien présentes quand on ouvre la fenêtre d'info du clone).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4407Imposible 'ouvrir un run analyser en deux temps avec deux configs différentes2020-07-24T14:28:49+02:00Thonier FlorianImposible 'ouvrir un run analyser en deux temps avec deux configs différentesLe run concerné: https://app.vidjil.org/index.html?set=38736&config=35; de ~"REN-Rennes", même problème [ici](https://app.vidjil.org/index.html?set=38736&config=35) aussi.
Le run comporte une vingtaine de samples. La première moitié est...Le run concerné: https://app.vidjil.org/index.html?set=38736&config=35; de ~"REN-Rennes", même problème [ici](https://app.vidjil.org/index.html?set=38736&config=35) aussi.
Le run comporte une vingtaine de samples. La première moitié est analysé en multi, et la seconde en IGH. Le souci est que le fichier analysis est maintenant partagé, qu'importe les configurations.
Plus concrètement, il y a un souci si on ouvre la première configuration `(no delta time can be computed)`.
Dans un tel cas, je ne sais pas si nous devons avoir deux fichiers d'analyse, ou bien si nous devons être résilient à ce genre de données dans le fichier analysis (qui de toute façon devrait être le cas pour corriger les cas précédents).
Une solution est de passer par les noms des samples pour permettre de détecter que l'on ne regarde pas exactement les mêmes données, et remanier les champs `order` et `stock_order` en fonction.
Une autre solution est de connaître à l'ouverture d'une analyse l'ensemble des sample présent (donc augmenté par le serveur)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4162Analysis valable pour tous les accès au sample2020-02-05T16:13:14+01:00Thonier FlorianAnalysis valable pour tous les accès au sampleJe pense qu'il y a une issue la dessus, mais je n'en retrouve pas de trace.
Maintenant que nous avons des utilisateurs qui regardent par run, nous nous retrouvons avec des annotations qui finissent dans le `.analysis` du run. Le souci e...Je pense qu'il y a une issue la dessus, mais je n'en retrouve pas de trace.
Maintenant que nous avons des utilisateurs qui regardent par run, nous nous retrouvons avec des annotations qui finissent dans le `.analysis` du run. Le souci est que ces informations ne sont pas disponible lorsque nous ouvrons les données par patient.
Les utilisateurs sont alors tentés de continuer à ouvrir le sample par l'accès au run.
Une solution naîve serait d'avoir un `.analysis` propre à chaque sample, accessible aussi bien lorsque l'on adccède au run qu'au patient. Mais nous avons alors un souci si un clone XXX du sample A est renommé xxx dans le sample B d'un run et yyy dans le sample C d'un patient. Ce n'est là qu'un exemple des nombreux effet de bords.