vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2024-02-07T14:09:31+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1368Gaps affines pour le align.cgi et le FineSegmenter2024-02-07T14:09:31+01:00Vidjil TeamGaps affines pour le align.cgi et le FineSegmenterPar exemple sur ce patient : http://rbx.vidjil.org/browser/?patient=99&config=1 un alignement entre les deux clones majoritaires donne un alignement assez spécial : normalement on a une insertion de 6 au niveau de la jonction entre les d...Par exemple sur ce patient : http://rbx.vidjil.org/browser/?patient=99&config=1 un alignement entre les deux clones majoritaires donne un alignement assez spécial : normalement on a une insertion de 6 au niveau de la jonction entre les deux séquences mais à la place on a des insertions éparses. Le coût d'extension semble trop élevé.
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Ah ben non je suis bête, on n'a pas de gap affine… du coup il faudrait la gestion des gap affines : ça peut induire les biologistes en erreur sur les réelles différences entre deux séquences.
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Sans les gars affines, on peut au moins mieux régler les paramètres Semi-Global de début et de fin (en fait il n'y en pas, zéro pour l'instant)
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18616d4 et 2d59131, reste à trouver les bons paramètres...
tools/align peut servir à cela
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un point à régler pour la qualité du FineSegmenter. Tout est en place, il ne reste qu'à trouver les bons paramètres...
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Oui par exemple ici : http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=805&config=25
Le clone majoritaire en IGH et en IGH+ sont probablement les mêmes (sauf que l'un est coupé) mais l'alignement produit est très foireux (avec des gaps partout).
Cela peut aider à régler les paramètres :)
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Vidjil Survey, Patrick : "Can you improve the aligment's tools. We observe some errors."
Vérifier ce que cela donne actuellement. Mettre en prod les gaps affines, tester sur des séquences. Re-déployer align.cgi.
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Évoqué par Martin, et d'autres, vendredi dernier au CHR
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Problème de Patrick sur des séquences de longueur différentes : les gap affines sont-ils mis ?
A priori non ajouté dans lazy_msa, je teste
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Dans LazyMSA remplacer
Cost dpCost = VDJ;
par
Cost dpCost = VDJaffine;
Permet de passer de cet alignement :
ATGATCAGCCTGAGAGATAC
---------ATGA-TCA-GC
à :
ATGATCAGCCTGAGAGATAC
ATGATCAG-----------C
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Ping.
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ping
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j'ai l'impression qu'en affine on force à ce que les deux premières et dernières lettres soient alignées entre elles (cf. cgi-align2.should-get)
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Pour tester plus facilement, on peut aussi utiliser, dans tools,
./align -c 9 ../../data/msa2.fa -i 0 -j 1
En tout cas celui qui a fait 2d59131 n'avait pas mis de tests à côté, c'est mal.
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Et -m 6 -x est éclairant.
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Déjà fc0297a, mais cela n'explique pas tout. La fin serait aussi à faire.
./align -c 9 ../../data/msa3.fa -i 0 -j 1 -x
segmente-faute de temps en temps. Cela vient peut-être du debug que j'ai rajouté, mais en tout cas ce n'est pas normal.
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Perso le align ne compile pas (pleins d'erreurs liées à docopt).
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Quand on voit mieux les mutations, on voit mieux quand l'aligneur fait n'importe quoi...
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Hum. En fait, il semblerait que le backtrack Gotoh n'ait tout simplement pas été implémenté.
dp.backtrack() se ballade dans B, mais pas dans Bins / Bdel. C'est fâcheux.
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En fait si, mais il y a autre chose.
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8e8c46c. Corrige des choses, et plus de segfault.
Mais il y a toujours la première lettre, je regarde.
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e2a453c. Nettoyage et merge de l'ensemble bientôt.
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Nov 2016: non, les gaps affines ne sont pas utilisés pour le FineSegmenter (mais bien pour l'alignement). Mais on n'en veut pas nécessairement : le FineSegmenter fait déjà les gaps de délétion à la fin.
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5227CGI error on align2024-01-31T14:30:03+01:00CHESNIN ClementCGI error on alignNous avions un premier souci avec des erreurs cgi quand on appelait align sur app, dues à des erreurs cors lors de l'appel vers vdb. Ca a été contourné en appelant les cgi côté front dans la conf. Cependant, on a maintenant une erreur su...Nous avions un premier souci avec des erreurs cgi quand on appelait align sur app, dues à des erreurs cors lors de l'appel vers vdb. Ca a été contourné en appelant les cgi côté front dans la conf. Cependant, on a maintenant une erreur sur le front vdbWeb hotfix 2024.01CHESNIN ClementCHESNIN Clementhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2353segmenteur, gènes VDJ : pas qu’un seul VDJ par séquence2024-01-19T18:33:56+01:00Mathieu Giraudsegmenteur, gènes VDJ : pas qu’un seul VDJ par séquencePour #1925/#2137, on veut déjà afficher les V/D/J le plus proches.
Mais aussi :
- avec un clone sélectionné : pouvoir sélectionner d’autres V/D/J (typiquement les 2è/3è pour voir les différences)
- plusieurs clones sélectionnés : cert...Pour #1925/#2137, on veut déjà afficher les V/D/J le plus proches.
Mais aussi :
- avec un clone sélectionné : pouvoir sélectionner d’autres V/D/J (typiquement les 2è/3è pour voir les différences)
- plusieurs clones sélectionnés : certains V/D/J peuvent être communs, et on peut vouloir ne les afficher qu’une seule foishttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2600segmenteur, alignement avec gènes VDJ: retirer les tirets superflus2023-03-01T16:34:05+01:00Mathieu Giraudsegmenteur, alignement avec gènes VDJ: retirer les tirets superflusDiscussion avec @mikael-s dans le métro: retirer les tirets tout à droite du V (et ...).
Voir aussi #2399 et #2356.Discussion avec @mikael-s dans le métro: retirer les tirets tout à droite du V (et ...).
Voir aussi #2399 et #2356.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2288Segmenter et MiXCR: on ne voit pas les CDR3, ni les bords V/J précis2023-03-01T16:22:07+01:00Mathieu GiraudSegmenter et MiXCR: on ne voit pas les CDR3, ni les bords V/J précisVoir par exemple http://app.vidjil.org?sample_set_id=23112&config=39&plot=lengthCDR3,Size,bar
cc @mikael-s @RyanHerbVoir par exemple http://app.vidjil.org?sample_set_id=23112&config=39&plot=lengthCDR3,Size,bar
cc @mikael-s @RyanHerbRyan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2672Segmenteur : l'ID devrait être souligné et non réécrit2023-03-01T16:07:28+01:00Mikaël SalsonSegmenteur : l'ID devrait être souligné et non réécritJ'ai un doute. Pas sûr s'il s'agit d'une ~feature ou d'un ~"!!-bug". Mais on a constaté avec @RyanHerb qu'en prod (mais en dev mode), quand on fait un highlight de la fenêtre celle-ci est écrite en toutes lettres en dessous de la séquenc...J'ai un doute. Pas sûr s'il s'agit d'une ~feature ou d'un ~"!!-bug". Mais on a constaté avec @RyanHerb qu'en prod (mais en dev mode), quand on fait un highlight de la fenêtre celle-ci est écrite en toutes lettres en dessous de la séquence au lieu d'avoir un souligné.
![Screenshot_20170926_172558](/uploads/5c4bffd168a76723ef5c1212e9653b22/Screenshot_20170926_172558.png)
Je ne vois pas bien l'intérêt de la réécrire. Un souligné est plus léger et plus clair.Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4780Rétablir CloneDB2022-06-15T11:17:07+02:00Mikaël SalsonRétablir CloneDBSuite à !836, le bouton pour lancer CloneDB n'apparaît plus dans l'aligneur alors qu'il était auparavant créé avec les autres dans le segmenteur. Il était néanmoins affiché que si config.clonedb vaut true ou en dev-mode.
Il faut remettr...Suite à !836, le bouton pour lancer CloneDB n'apparaît plus dans l'aligneur alors qu'il était auparavant créé avec les autres dans le segmenteur. Il était néanmoins affiché que si config.clonedb vaut true ou en dev-mode.
Il faut remettre CloneDB dans l'aligneur.Web 2022.05marc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5013reset le provider imgt si on change de primerset2022-05-16T09:07:18+02:00Thonier Florianreset le provider imgt si on change de primersetJe viens de me rendre compte en faisant le tuto que si l'on a importé les données depuis imgt et que l'on change le primerset, nous ne sommes pas capable de relancer l'analyse IMGt puisque le modèle considère la données déjà acquise (cf ...Je viens de me rendre compte en faisant le tuto que si l'on a importé les données depuis imgt et que l'on change le primerset, nous ne sommes pas capable de relancer l'analyse IMGt puisque le modèle considère la données déjà acquise (cf mr !1168).
Il faut inclure une variable de plus pour forcer la possibilité de relancer l'analyse.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2743Passer avec la souris sur les séquences du segmenteur supprime la vue des mut...2022-05-12T11:06:47+02:00Mathieu GiraudPasser avec la souris sur les séquences du segmenteur supprime la vue des mutationsRapporté par Aurélie ~"LIL-Lille" ce matin: lors d'un certain `:hover`, la couleur rouge s'enlève.
Je ne suis pas sûr d'avoir bien compris, je n'ai pas réussi à reproduire de mon côté.
@RyanHerb avait des idées à ce propos (update du se...Rapporté par Aurélie ~"LIL-Lille" ce matin: lors d'un certain `:hover`, la couleur rouge s'enlève.
Je ne suis pas sûr d'avoir bien compris, je n'ai pas réussi à reproduire de mon côté.
@RyanHerb avait des idées à ce propos (update du segmenteur et highlights ?)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2815Hover sur la quantité / + / - pourrait indiquer "xxx reads"2022-01-19T09:15:46+01:00Mathieu GiraudHover sur la quantité / + / - pourrait indiquer "xxx reads"Discuté ensemble. C'était le cas il y a un certain temps.Discuté ensemble. C'était le cas il y a un certain temps.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2835Barre de défilement dans le segmenteur sous Safari2021-11-26T11:47:44+01:00Ghost UserBarre de défilement dans le segmenteur sous Safarisous safari sur le mac de l'équipe la bar de défilement dans le segmenteur n'apparait passous safari sur le mac de l'équipe la bar de défilement dans le segmenteur n'apparait pas2021-11-19https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2400axes: ratio par rapport à un locus / famille de locus2021-11-23T17:18:23+01:00Mathieu Giraudaxes: ratio par rapport à un locus / famille de locusRendrait peut-être #2399 inutileRendrait peut-être #2399 inutilehttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2397Axes/colonne: "back to default"2021-11-23T17:13:27+01:00Mathieu GiraudAxes/colonne: "back to default"Vu avec @heto et @RyanHerbVu avec @heto et @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2313Affichage de la qualité dans l'aligneur : bikeshedding2021-10-01T11:59:42+02:00Mathieu GiraudAffichage de la qualité dans l'aligneur : bikesheddingMarc avait préparé quelque chose, accessible en dev.
Devrait déjà dépendre de #1982.
(Et pour le cpp, c'est pas exporté en ce moment ?)Marc avait préparé quelque chose, accessible en dev.
Devrait déjà dépendre de #1982.
(Et pour le cpp, c'est pas exporté en ce moment ?)Web 2021.11Mathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4710Traduction AA : s'arrêter à la fin du J / au début de V2021-05-05T15:26:31+02:00Mathieu GiraudTraduction AA : s'arrêter à la fin du J / au début de VDepuis !705, on a bien ces donnéesDepuis !705, on a bien ces donnéesWeb 2021.05marc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4734doc usager nouvel aligneur2021-05-05T15:21:49+02:00Mathieu Girauddoc usager nouvel aligneur
Après !836
- un screenshot ou deux
- ...
- expliquer `#`
Après !836
- un screenshot ou deux
- ...
- expliquer `#`Web 2021.05https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4743Nouvel aligneur: doc dev-client2021-04-28T18:24:54+02:00Mathieu GiraudNouvel aligneur: doc dev-clientFrom [discussion](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/836#note_477949):
> Comment sont générés les templates ? Un peu de doc sur le sujet ne ferait pas de mal. Et aussi plus généralement sur le fonctionnement de l...From [discussion](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/836#note_477949):
> Comment sont générés les templates ? Un peu de doc sur le sujet ne ferait pas de mal. Et aussi plus généralement sur le fonctionnement de l'aligneur.Web 2021.05marc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2043Avoir la longueur d'un clone relative à un jeu de primers / ou une/deux featu...2021-04-15T18:38:01+02:00Thonier FlorianAvoir la longueur d'un clone relative à un jeu de primers / ou une/deux features quelconquesDemande d'Elizabeth : Elle souhaite avoir la visualisation des genescan mais que les longeurs indiquées soit celles par rapport aux primers biomed utilisés.
J'ai pris le temps de réfléchir un peu à la demande d'Elizabeth. L'idée serait...Demande d'Elizabeth : Elle souhaite avoir la visualisation des genescan mais que les longeurs indiquées soit celles par rapport aux primers biomed utilisés.
J'ai pris le temps de réfléchir un peu à la demande d'Elizabeth. L'idée serait de replacer les positions des primers relative pour chaque segment, et donc de faire un nouveau calcul a peu près similaire à celui de la longueur des CDR3.
Pour ça il faut lister les primers pour chaque locus et leur positions relatives. Soit il y a la possibilité de faire ça dans l'algo directement (pas flexible du tout), soit il est possible de faire ça dans le browser.
L'avantage du browser repose sur la non redondance de l’information, et la possibilité de switcher à la volée entre les différents type de primers (biomed2, bientôt biomed3), et pourquoi pas imaginer des primers en dev ou tiers aussi (fourni dans ce cas par l'utilisateur dans un format adapté).
@magiraud @mikael-sWeb 2021.05Thonier FlorianThonier Florian2021-03-09https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3326La traduction AA du CDR3 ne fonctionne plus (et n'est pas accessible)2021-04-08T08:37:00+02:00Mathieu GiraudLa traduction AA du CDR3 ne fonctionne plus (et n'est pas accessible)Même avant de faire #2140, on devrait déjà donner accès à la conversion en AA du CDR3... et celle-ci devrait fonctionner.
?set=25735&config=35&clone=85 -> dev mode -> CDR3/AA
-> ` ` partout, pas lisible.Même avant de faire #2140, on devrait déjà donner accès à la conversion en AA du CDR3... et celle-ci devrait fonctionner.
?set=25735&config=35&clone=85 -> dev mode -> CDR3/AA
-> ` ` partout, pas lisible.Mikaël SalsonMikaël Salsonhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1565Les affect values ne sont pas alignées avec la séquence dans le segmenteur2021-04-08T08:30:17+02:00Vidjil TeamLes affect values ne sont pas alignées avec la séquence dans le segmenteurPar exemple ici http://rbx.vidjil.org/browser/?patient=481&config=26 et aller voir les affectations pour le clone à 1,5%
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Je me sens fautif :)
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Mais alors assigne-toi la tâche, pour soulager ta peine :)
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ah oui, je me sens très ...Par exemple ici http://rbx.vidjil.org/browser/?patient=481&config=26 et aller voir les affectations pour le clone à 1,5%
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Je me sens fautif :)
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Mais alors assigne-toi la tâche, pour soulager ta peine :)
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ah oui, je me sens très soulagé :)
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à voir en novembre, avec IMGT/CSV
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-> François nov/déc
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François va regarder très bientôt.
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@magiraud @RyanHerb