vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2021-04-08T08:39:05+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4523Refonte de l'aligneur2021-04-08T08:39:05+02:00Mathieu GiraudRefonte de l'aligneur
@duez, nous discutons en ce moment d'une refonte globale de l'aligneur. J'imagine que tu as déjà regardé pas mal d'issues ~"client-aligner", je me permets ici de remettre une liste qui pourra éclairer notre réflexion.
- Inspirations: r...
@duez, nous discutons en ce moment d'une refonte globale de l'aligneur. J'imagine que tu as déjà regardé pas mal d'issues ~"client-aligner", je me permets ici de remettre une liste qui pourra éclairer notre réflexion.
- Inspirations: revoir les solutions existantes de #2137
- Fonctionalités
- highlights/infos sur séquence #2135 #4409 #3814 #2599 #3537 #2356 #1412 #4522 ou à l'extérieur #2049, y compris quantitatives #2313
- modes d'affichage de séquence #2140 #3164 (à fusionner avec point précédent ?)
- séquences annexes (#1408 #2354 #2355 #3731) ou virtuelles #3960
- colonnes d'info/métadonnées #2392 #3543 #2388 #2066
- contrôles #2664 #2136 #4522
- export #2068
- ajax (align, imgt...)
- Bugs (qui pourraient tomber d'eux-mêmes sur version nouvelle) #4144 #4235 #4062 #1982 #1565 #3835
- Désagréments/efficacité (idem) #4117 #4085 #2676 (je ne retrouve pas les expériences de Ryan, où sont-elles ?)
- Formats de données et modèle #2174, et ce qui est déjà dans [vidjil-format.md](http://www.vidjil.org/doc/vidjil-format/#clones-list-with-read-count-tags-vdj-designation-and-other-sequence-features)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2489Initialiser la position des germlines V/D/J au bon endroit approximatif2020-08-04T09:28:11+02:00Mathieu GiraudInitialiser la position des germlines V/D/J au bon endroit approximatifcc @RyanHerbcc @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2491Segmenter : ordre des germlines/séquences2021-11-26T11:42:12+01:00Mathieu GiraudSegmenter : ordre des germlines/séquencesRemarque de @aurelBZH : dans quel ordre ?
Actuellement clones + tous les germlines.
Peut-être les V + clones + les J ? Les V/J autour de chaque clone ? Comment fait-on pour les clones qui partagent un même V/J ?
Remarque de @RyanHerb ...Remarque de @aurelBZH : dans quel ordre ?
Actuellement clones + tous les germlines.
Peut-être les V + clones + les J ? Les V/J autour de chaque clone ? Comment fait-on pour les clones qui partagent un même V/J ?
Remarque de @RyanHerb : une possibilité serait `.insertAfter` en prenant l'id du clone.
À voir plus tard, rien d'urgent.
cc @aurelBZH @RyanHerb @hetohttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2514Que devient l'auto-expansion du segmenteur en responsive ?2017-06-07T13:44:43+02:00Mathieu GiraudQue devient l'auto-expansion du segmenteur en responsive ?Discuté avec @heto et @mikael-s tout à l'heure. À revoir après #2500 / #1740 : utiliser tel quel le même mécanisme, le recoder si besoin, utiliser quelque chose de plus générique qui pourrait aussi concerner d'autres vues ?Discuté avec @heto et @mikael-s tout à l'heure. À revoir après #2500 / #1740 : utiliser tel quel le même mécanisme, le recoder si besoin, utiliser quelque chose de plus générique qui pourrait aussi concerner d'autres vues ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2599segmenteur, alignement avec gènes VDJ: griser les parties supprimées des gènes2020-10-14T11:29:53+02:00Mathieu Giraudsegmenteur, alignement avec gènes VDJ: griser les parties supprimées des gènesDiscussion avec @mikael-s dans le métro: sans aller jusqu'à #2601, mettre les parties à droite du V calculé (et ...) en gris.
Via un `highlight` ?
Voir aussi #2356.Discussion avec @mikael-s dans le métro: sans aller jusqu'à #2601, mettre les parties à droite du V calculé (et ...) en gris.
Via un `highlight` ?
Voir aussi #2356.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2860Avoir une probabilité, pour chaque nucléotide, d'être dans un V, un D ou un J2020-11-13T20:08:43+01:00Mikaël SalsonAvoir une probabilité, pour chaque nucléotide, d'être dans un V, un D ou un JAvec les discussions sur où doit -on arrêter un V, un D ou un J, je me pose la question de donner des réponses plus floues que cela.
On pourrait dire que tel nucléotide a 10% de chances d'être dans un D. Ensuite la webapp peut montrer c...Avec les discussions sur où doit -on arrêter un V, un D ou un J, je me pose la question de donner des réponses plus floues que cela.
On pourrait dire que tel nucléotide a 10% de chances d'être dans un D. Ensuite la webapp peut montrer cela (avec une couleur plus ou moins forte), et l'afficher différemment selon les préférences de l'utilisateur.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2407Compléter feature-c/flexible_axis_display2017-11-22T12:49:04+01:00Ghost UserCompléter feature-c/flexible_axis_displayLa nouvelle fonctionnalité est opérationnelle (-> !22), présente en dev mode pour l'instant.
Il reste cependant plusieurs choses à régler avant de la rendre 'publique'.
Problèmes connus :
- le plus important, les `.fct` (et `.prett...La nouvelle fonctionnalité est opérationnelle (-> !22), présente en dev mode pour l'instant.
Il reste cependant plusieurs choses à régler avant de la rendre 'publique'.
Problèmes connus :
- le plus important, les `.fct` (et `.pretty` selon le besoin) manquants dans `Axes`
-> comme discuté plusieurs fois, tous les axes doivent pouvoir être utilisés ; dans certains cas la `fct` voulue existe déjà mais se trouve ailleurs ; enfin cela mènera sans doute à supprimer l'utilisation `clone.axisOptions`
- déroulement de haut en bas du `segmenter_axis_menu`, dû à l'utilisation du fonctionnement du menu du haut de page (`menu-container`, classe `.selector` et fonctions associées)
-> sans doute plutôt l'inverse puisqu'ici le menu part du bas
- beaucoup de divs, parfois 'vides', pour reproduire la structure du menu et pouvoir utiliser les fonctions liées à `.selector`
- `#segmenter_axis_select.style.top` fixé arbitrairement, dans l'attente d'une solution meilleure et surtout fonctionnelle
-> j'avais essayé plusieurs choses pour obtenir `top = -height`, sans réussite
- alignement des 'colonnes' dans le segmenteur
-> en bonne partie résolu mais la solution en place mène dans certains cas à des 'rognages' de caractères (`overflow : hidden`), notamment avec Chromium
- 'disparition' de `.getPrintabeSize`
-> lire #2399, #2400
- besoin potentiel de nouveaux tests, dédiés aux modifications apportées
- valeur 'undefined' renvoyée par certains axes, transformée en '?' par `.pretty`
-> le string 'undefined' débordait dans les spans d'axisBox, mais '?' n'est pas forcément le plus pertinent ; p-ê mieux à choisir, notamment pour uniformiser si besoin
- espace pris par `list_axis_select`
-> p-ê une solution à trouver pour éviter d'augmenter la hauteur de `list_menu`
Globalement, tout ce qui concerne les contrôleurs/menus peut tout à fait bouger, il s'agissait surtout pour le moment d'avoir quelque chose d'utilisable.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2885Changement de désignation d'un clone et nom du clone2017-11-23T16:32:19+01:00Tatiana RocherChangement de désignation d'un clone et nom du cloneLorsqu'on passe par le bouton information "i" d'un clone et qu'on change le nom d'un des gènes :
- le nom n'est pas bien affiché dans l'aligneur
- mauvais affichage dans le rapport
Vu par Aurélie lors du tuto. Je n'ai pas réussi à repro...Lorsqu'on passe par le bouton information "i" d'un clone et qu'on change le nom d'un des gènes :
- le nom n'est pas bien affiché dans l'aligneur
- mauvais affichage dans le rapport
Vu par Aurélie lors du tuto. Je n'ai pas réussi à reproduire l'erreur aujourd'hui, problème de connexion ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3113Performance highlights feature-c/segmenter_highlights2018-07-05T09:37:49+02:00Ryan HerbertPerformance highlights feature-c/segmenter_highlightsPour logger un peu les résultats de mes tests.
Performances de `highlightToString`:
- Sans highlight seq (comportement avant refactor): 0.5-2 ms/clone
- Avec highlight seq (4 highlights à séquence): 5-15 ms/clone
Si on aligne les séquen...Pour logger un peu les résultats de mes tests.
Performances de `highlightToString`:
- Sans highlight seq (comportement avant refactor): 0.5-2 ms/clone
- Avec highlight seq (4 highlights à séquence): 5-15 ms/clone
Si on aligne les séquences, on passe à envviron 30 ms/clone
https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3332Client : aligner avec EndWithSomeDeletions pour l'alignement contre les germl...2023-03-28T16:19:43+02:00Mathieu GiraudClient : aligner avec EndWithSomeDeletions pour l'alignement contre les germlinesQuand le V se termine par 7 délétions, actuellement ces 7 nucléotides sont répartis de manière non optimale.
- Avoir un alignement comme il faut
- Améliorer l'affichage (grisés, barrés ?) #2599
(@mikael\-s: une telle issue existait p...Quand le V se termine par 7 délétions, actuellement ces 7 nucléotides sont répartis de manière non optimale.
- Avoir un alignement comme il faut
- Améliorer l'affichage (grisés, barrés ?) #2599
(@mikael\-s: une telle issue existait peut-être déjà)Web 2023.10https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3486segmenter.js: typo dans highlightToString2018-09-26T21:33:53+02:00Mathieu Giraudsegmenter.js: typo dans highlightToString`highlightToString`: une typo `tooltipe` et non pas `tooltip` dans `if(typeof h.tooltipe != 'undefined') ``highlightToString`: une typo `tooltipe` et non pas `tooltip` dans `if(typeof h.tooltipe != 'undefined') `https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3537Colorer les mutations suivant l'impact sur l'acide aminé2021-11-19T11:06:56+01:00Mikaël SalsonColorer les mutations suivant l'impact sur l'acide aminéSuite à #2056 on affiche différemment les mutations silencieuses des mutations non silencieuses. Mais on pourrait aller plus loin en affichant les mutations en fonction du score dans une matrice de score pour la conversion d'un acide ami...Suite à #2056 on affiche différemment les mutations silencieuses des mutations non silencieuses. Mais on pourrait aller plus loin en affichant les mutations en fonction du score dans une matrice de score pour la conversion d'un acide aminé vers un autre.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3543segmenteur; afficher les valeur des axes du graphique courant2020-10-14T11:29:53+02:00Thonier Floriansegmenteur; afficher les valeur des axes du graphique courantIl pourrait des fois être interessant d'afficher les valeurs du clones suivant les feutures actuelement selectionné par le graphique. Cela permettrait parfois de s'y retrouver lorsqu'il y en a plusieurs dans le segmenteru sans forcement ...Il pourrait des fois être interessant d'afficher les valeurs du clones suivant les feutures actuelement selectionné par le graphique. Cela permettrait parfois de s'y retrouver lorsqu'il y en a plusieurs dans le segmenteru sans forcement avoir à les survoler.
Et si oui, comment faire lorsqu'il y a 2 graphiques ? afficher 4 colonnes ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3731Add germlines genes pour tous2020-10-14T11:29:53+02:00Mathieu GiraudAdd germlines genes pour tousSuite à #1925 et %"CLL\-2018\-septembre", pouvons-nous considérer que "add germline genes" n'est plus expérimental ?
Que manquerait-il pour qu'on en fasse une pub plus importante ? vdj#735Suite à #1925 et %"CLL\-2018\-septembre", pouvons-nous considérer que "add germline genes" n'est plus expérimental ?
Que manquerait-il pour qu'on en fasse une pub plus importante ? vdj#735CLL-2018-septembrehttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3814Surligner dans le segmenteur la séquence que l'on a rentrée dans le search.2021-02-04T08:44:25+01:00Thonier FlorianSurligner dans le segmenteur la séquence que l'on a rentrée dans le search.Une feature que l'on doit à amiensUne feature que l'on doit à amienshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3815Mauvais alignement entre une séquence et ses séquences germinales2019-03-18T18:49:50+01:00Thonier FlorianMauvais alignement entre une séquence et ses séquences germinalesNecker tombe sur une séquence ou le germline ne concorde pas DU TOUT avec la séquence du clone une fois aligné. Je n'arrive pas a bien voir si il s'agit d'une simple question de décalage ou d'autre choses plus problématique.
Patrcik nous...Necker tombe sur une séquence ou le germline ne concorde pas DU TOUT avec la séquence du clone une fois aligné. Je n'arrive pas a bien voir si il s'agit d'une simple question de décalage ou d'autre choses plus problématique.
Patrcik nous envoie le lien.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3817Erreur client sur une séquence particulière2019-03-18T18:32:12+01:00Mikaël SalsonErreur client sur une séquence particulièrePatrick nous a envoyé cette adresse : http://app.vidjil.org/?set=30598&config=25&clone=94
Je ne sais pas quel est le problème qu'il voulait soulever. En tout cas le spinner tourne en boucle et certains boutons ne sont pas fonctionnels (c...Patrick nous a envoyé cette adresse : http://app.vidjil.org/?set=30598&config=25&clone=94
Je ne sais pas quel est le problème qu'il voulait soulever. En tout cas le spinner tourne en boucle et certains boutons ne sont pas fonctionnels (comme l'envoi à IMGT et à IgBlast).
Il y a une erreur :
```
ReferenceError: extra_info_system is not defined
```
En ligne 1090 de `segmenter.js`https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3819Problème à la séléction des locus2019-03-18T18:34:20+01:00Thonier FlorianProblème à la séléction des locusLE bouton de séléction des locus ne se degrise plus sur cette échantillon après toutes les manipulation du TP.
A voir a partir de la console si on peux reproduire ce bug.
A noter que même si il ne se dégrise pas, il fonctionne.
![i...LE bouton de séléction des locus ne se degrise plus sur cette échantillon après toutes les manipulation du TP.
A voir a partir de la console si on peux reproduire ce bug.
A noter que même si il ne se dégrise pas, il fonctionne.
![image](/uploads/f6074f7b13d40d740672b44d7271733b/image.png)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3824Avoir un petit triangle « from IgBlast » de la même manière que pour IMGT2019-03-18T18:48:04+01:00Mikaël SalsonAvoir un petit triangle « from IgBlast » de la même manière que pour IMGTOn pourrait récupérer des informations comme le % d'identité, les bornes, des V, D, J, la productivité (comme on le fait pour IMGT). Des personnes utilisent IgBlast plutôt qu'IMGT/V-QUEST (cf. VW19)On pourrait récupérer des informations comme le % d'identité, les bornes, des V, D, J, la productivité (comme on le fait pour IMGT). Des personnes utilisent IgBlast plutôt qu'IMGT/V-QUEST (cf. VW19)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3835Demander plusieurs alignement successifs fait planter le segmenteur2021-04-08T08:30:43+02:00Mikaël SalsonDemander plusieurs alignement successifs fait planter le segmenteurÉvoqué par ~"LIL\-Lille".
Apparemment spammer un peu le bouton align peut faire planter le segmenteur qui le laisse alors dans un état grisé avec spinner. L'application est encore utilisable.
Pas réussi à reproduire.Évoqué par ~"LIL\-Lille".
Apparemment spammer un peu le bouton align peut faire planter le segmenteur qui le laisse alors dans un état grisé avec spinner. L'application est encore utilisable.
Pas réussi à reproduire.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3960clones virtuels : présence d'une séquence et affichage dans le segmenteur2020-10-14T11:29:53+02:00Thonier Florianclones virtuels : présence d'une séquence et affichage dans le segmenteurUn clone qui ne possède pas de séquences ne pourra pas afficher toutes les informations normalement demandées.
On ne s'attend alors pas à le voir apparaître dans la vue segmenter.
Pour l'instant, nous avons 2 cas pratiques: les clones v...Un clone qui ne possède pas de séquences ne pourra pas afficher toutes les informations normalement demandées.
On ne s'attend alors pas à le voir apparaître dans la vue segmenter.
Pour l'instant, nous avons 2 cas pratiques: les clones virtuels (other) et les clones de distributions.
Une solution envisageable est que pour chaque clones que nous devrions afficher dans une vue, nous lui fassions passer un test de compatibilité avec celle-ci. Pour le cas de la séquence, son absence bloquerait l'utilisation de ce clone avec la vue segmenter.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4062Add germline gene : problème lorsqu'on change de clone2020-10-14T11:29:53+02:00Mikaël SalsonAdd germline gene : problème lorsqu'on change de cloneLorsqu'on sélectionne un clone, qu'on fait un add germline gene puis qu'on clique sur un autre clone (ce qui devrait l'afficher en bas, à la place du premier clone sélectionné) et, enfin, qu'on clique sur *align*, cela plante. Le *align*...Lorsqu'on sélectionne un clone, qu'on fait un add germline gene puis qu'on clique sur un autre clone (ce qui devrait l'afficher en bas, à la place du premier clone sélectionné) et, enfin, qu'on clique sur *align*, cela plante. Le *align* tourne en rond et ne rend pas la main.
Aurélie ~"LIL-Lille" nous demande à ce que les séquences germinales soient retirées lorsqu'on change de clone. Pourquoi pas, mais même si on ne les retirait pas, changer de clone ne devrait pas faire planter le segmenteur.Lille-LAL-nexthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4067meilleur gestion des séquences germline dans le segmenteur2019-11-26T12:46:16+01:00Thonier Florianmeilleur gestion des séquences germline dans le segmenteurCas pratique: On sélectionne un clone, puis on ajoute les séquences germline.
Que doivent devenir les séquences germline dans le cas ou l'on change de clone. Faut-il les supprimer ? Les remplacer par celles du nouveau clone ? Si sélecti...Cas pratique: On sélectionne un clone, puis on ajoute les séquences germline.
Que doivent devenir les séquences germline dans le cas ou l'on change de clone. Faut-il les supprimer ? Les remplacer par celles du nouveau clone ? Si sélection multiple conserver les anciennes et ajouter les nouvelles automatiquement ?
Si on supprime un clone de la liste du segmenteur, faut-il aussi supprimer ses germlines qui ne sont plus présentes chez aucun autres clones ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4085Améliorer l'efficacité de l'aligneur2021-04-08T08:31:50+02:00Mikaël SalsonAméliorer l'efficacité de l'aligneurLorsqu'on sélectionne beaucoup de clones, le segmenteur rame pour les ajouter.
@duez a des idées pour améliorer cela. L'idée serait de précharger toutes les séquences dans le segmenteur (le volume de données et la quantité de tags me fa...Lorsqu'on sélectionne beaucoup de clones, le segmenteur rame pour les ajouter.
@duez a des idées pour améliorer cela. L'idée serait de précharger toutes les séquences dans le segmenteur (le volume de données et la quantité de tags me fait un peu peur, mais Marc a l'air serein !) pour éviter d'avoir à ajouter (et supprimer) plein de choses à la volée.
Des tests à mener, déjà pour voir si une machine modeste tient bien le choc en insérant tout d'un coup.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4117Déplacement de l'ascenseur horizontal du segmenter2020-10-14T11:29:54+02:00Mathieu GiraudDéplacement de l'ascenseur horizontal du segmenterAu moment où je déplace l'ascenseur horizontal du segmenteur, le bloc avec les ids bouge (avant de revenir en place). Cela se voit particulièrement quand on bouge "vite" cet ascenseur.Au moment où je déplace l'ascenseur horizontal du segmenteur, le bloc avec les ids bouge (avant de revenir en place). Cela se voit particulièrement quand on bouge "vite" cet ascenseur.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4144segmenter broken apres le chargement d'un second fichier2020-10-14T11:29:53+02:00marc duezsegmenter broken apres le chargement d'un second fichier
CA ~"PAN-Necker"
> Lorsque je me connecte sur un premier dossier, j'ai la main sur les séquences et la fonction align.
> Ensuite je charge un second dossier, quand je clique sur un clone, la séquence ne s'affiche pas en bas et je n'ai ...
CA ~"PAN-Necker"
> Lorsque je me connecte sur un premier dossier, j'ai la main sur les séquences et la fonction align.
> Ensuite je charge un second dossier, quand je clique sur un clone, la séquence ne s'affiche pas en bas et je n'ai pas la main sur "align" qui apparaît grisé. Ceci se corrige quand j'actualise la page
la fonction reset() du segmenter ne fonctionne plus avec les derniers merges
https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4235En mode align, la suppression de certaines lignes efface des mutations2020-10-14T11:29:53+02:00Thonier FlorianEn mode align, la suppression de certaines lignes efface des mutationshttp://app.vidjil.org/?set=37318&config=2; sélectionner tous les V3-15 /J3.
Parmi cette séléction 2 clonotype ne sont pas identique aux autres. Si on les supprime après avoir fait un align, on ne retrouve pas les mutation entre les autre...http://app.vidjil.org/?set=37318&config=2; sélectionner tous les V3-15 /J3.
Parmi cette séléction 2 clonotype ne sont pas identique aux autres. Si on les supprime après avoir fait un align, on ne retrouve pas les mutation entre les autres clonotype restant.
Si on regarde cet échantillon, on voit que toutes ces séquences sont identiques sur le CDR3, mais diffèrent sur la longueur de séquence. (plus ou moins longue en V).
PS: voir mon commentaire suivant pour une meilleur description de la méthode de reproduction du bug.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4409Afficher dans l'aligneur les résultats d'IMGT s'ils sont présents2021-04-08T08:28:24+02:00Mikaël SalsonAfficher dans l'aligneur les résultats d'IMGT s'ils sont présentsLorsqu'on récupère les résultats depuis IMGT et qu'on sauve une analyse, ceux-ci sont sauvegardés avec l'analyse.
Pourtant au rechargement de la page, les résultats d'IMGT n'apparaissent plus dans l'aligneur quand on sélectionne un clon...Lorsqu'on récupère les résultats depuis IMGT et qu'on sauve une analyse, ceux-ci sont sauvegardés avec l'analyse.
Pourtant au rechargement de la page, les résultats d'IMGT n'apparaissent plus dans l'aligneur quand on sélectionne un clone pour lequel on avait rappatrié les infos d'IMGT.
Exemple avec ce clone : http://app.vidjil.org/?set=3241&config=25&clone=1 (les infos d'IMGT sont bien présentes quand on ouvre la fenêtre d'info du clone).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4522Affichage de D ou de features suivant leur e-valeur dans l'aligneur2020-10-14T11:29:53+02:00Mathieu GiraudAffichage de D ou de features suivant leur e-valeur dans l'aligneurEn lien avec #1879/#2002 et autres tâches ~"cpp-finesegmenter-D" qui reviennent souvent et la discussion générale dans #2162.
Ici, côté ~"client-aligner" : on suppose qu'on a l'info de e-valeur pour chaque D, ou, plus généralement, pou...En lien avec #1879/#2002 et autres tâches ~"cpp-finesegmenter-D" qui reviennent souvent et la discussion générale dans #2162.
Ici, côté ~"client-aligner" : on suppose qu'on a l'info de e-valeur pour chaque D, ou, plus généralement, pour une feature de séquences.
Comment l'affiche-t-on pour souligner le côté e-valeur ? Slider/checkbox ?
Similaire à #2664 #2136 ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1408Afficher les 3 ou 5 meilleurs V/D/J dans les infos de chaque clone2022-05-12T11:42:47+02:00Vidjil TeamAfficher les 3 ou 5 meilleurs V/D/J dans les infos de chaque clone(Yann, 10 février)
On souhaite pouvoir visualiser les meilleurs V/D/J du FineSegmenter, peut-être avec leur score.
Un jour, on pourra mettre ces séquences dans le Segmenter. En attendant, proposition simple : les mettre dans la page aff...(Yann, 10 février)
On souhaite pouvoir visualiser les meilleurs V/D/J du FineSegmenter, peut-être avec leur score.
Un jour, on pourra mettre ces séquences dans le Segmenter. En attendant, proposition simple : les mettre dans la page affichée avec "info" sur chaque clone.
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Pas si facile. Peut-être qu'on arrivera avant à faire le retour IMGT, à voir.
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#1409, #1410, #1411
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1412Avertir s'il y a des mutations dans les 5/10 bases les plus proches de la jon...2020-10-14T11:29:53+02:00Vidjil TeamAvertir s'il y a des mutations dans les 5/10 bases les plus proches de la jonction(Yann, 10 février)
Pas si facile. Disons que cela rentre dans la réflexion globale sur le FineSegmenter et l'affichage dans le Segmenter.
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@nobody(Yann, 10 février)
Pas si facile. Disons que cela rentre dans la réflexion globale sur le FineSegmenter et l'affichage dans le Segmenter.
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1841VidjilFieldExtractor, extract : autres infos, FR1234/CDR1232020-05-28T13:08:28+02:00Vidjil TeamVidjilFieldExtractor, extract : autres infos, FR1234/CDR123https://mixcr.readthedocs.org/en/latest/export.html#default-anchor-point-positions
On devrait aussi récupérer FR1, CDR1, FR2, CDR2, FR3, CDR3, FR4, à chaque fois avec start et stop.
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@RyanHerbhttps://mixcr.readthedocs.org/en/latest/export.html#default-anchor-point-positions
On devrait aussi récupérer FR1, CDR1, FR2, CDR2, FR3, CDR3, FR4, à chaque fois avec start et stop.
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@RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2049Features à l'extérieur d'une séquence2020-10-14T11:29:53+02:00Mikaël SalsonFeatures à l'extérieur d'une séquenceSi une feature se trouve en dehors de notre séquence, on peut vouloir le préciser malgré tout. Cela signifie que les positions pourront être négatives ou supérieures à la longueur de la séquence. C'est une amélioration de ce qui sera réa...Si une feature se trouve en dehors de notre séquence, on peut vouloir le préciser malgré tout. Cela signifie que les positions pourront être négatives ou supérieures à la longueur de la séquence. C'est une amélioration de ce qui sera réalisé dans #2043.
Il ne faut pas non plus que ça fasse planter le segmenteur.
@flothoni @magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2066Intégrer un composant liste dans le segmenteur autonome2020-10-14T11:29:53+02:00Mathieu GiraudIntégrer un composant liste dans le segmenteur autonomeDiscussion avec @mikael-s : dans `segmenter_page.html`, on aimerait voir le résultat sous forme de liste (`js/list.js`) modifié.
En particulier, rien ne sert d'avoir la taille (toujours `+` ici), mais par contre on aimerait voir le `id`...Discussion avec @mikael-s : dans `segmenter_page.html`, on aimerait voir le résultat sous forme de liste (`js/list.js`) modifié.
En particulier, rien ne sert d'avoir la taille (toujours `+` ici), mais par contre on aimerait voir le `id` et éventuellement d'autres champs.
À réfléchir aussi dans le cadre d'une généralisation/personnalisation de la liste.
@RyanHerb @tydaxhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2068Faire que la liste des clones et l'aligneur soient copiables en texte2021-04-01T18:56:52+02:00Mathieu GiraudFaire que la liste des clones et l'aligneur soient copiables en texteOn peut presque copier la liste des clones et faire un coller texte ailleurs, mais pour l'instant ce n'est pas très bien formaté.
On devrait pouvoir avoir des choses "compatible Fasta" du type :
`>IGHV3-7 1/7/10 D2-21 8//6 J4 [IGH] ...On peut presque copier la liste des clones et faire un coller texte ailleurs, mais pour l'instant ce n'est pas très bien formaté.
On devrait pouvoir avoir des choses "compatible Fasta" du type :
`>IGHV3-7 1/7/10 D2-21 8//6 J4 [IGH] 18.60%`
Ce serait particulièrement utile pour #2066, mais aussi en lien avec l'export.
Si on fait pareil dans le segmenteur, on pourrait avoir en plus la séquence (voire les annotations dans un certain format) ?
@tydax @mikael-s @RyanHerbmarc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2082findPotentialField() & autres : enlever de segmenter.js2019-01-10T15:21:23+01:00Mathieu GiraudfindPotentialField() & autres : enlever de segmenter.js`findPotentialField` est de la magie noire peu appropriée. C’est potentiellement lourd (appelle `isDNA` / `isPos`, qui lance des regex) . C’est certes appelé une seule fois (`segmenter.build()` → `updateHighLightMenu()`)
Au minimum, met...`findPotentialField` est de la magie noire peu appropriée. C’est potentiellement lourd (appelle `isDNA` / `isPos`, qui lance des regex) . C’est certes appelé une seule fois (`segmenter.build()` → `updateHighLightMenu()`)
Au minimum, mettre toutes ces fonctions dans un nouveau fichier (`features.js` ?) car on doit pouvoir utiliser ceci indépendamment du segmenter. Voir sinon si tout cela ne pourrait pas être supprimé : maintenant le `.json` devrait spécifier proprement les différents champs du `seg`.
@mikael-s @flothoni @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2137À quoi doit ressembler l'aligneur, inspirations externes2020-10-14T13:31:07+02:00Mathieu GiraudÀ quoi doit ressembler l'aligneur, inspirations externes#2135, #1925, #2056 et #2138 amènent beaucop de modifs dans le segmenteur.
Il faudrait un jour faire des maquettes papier ou autre de ce vers quoi on aimerait tendre.
@mikael-s @RyanHerb#2135, #1925, #2056 et #2138 amènent beaucop de modifs dans le segmenteur.
Il faudrait un jour faire des maquettes papier ou autre de ce vers quoi on aimerait tendre.
@mikael-s @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2174Features de séquences et axes : concepts et liens2020-10-14T11:29:54+02:00Mathieu GiraudFeatures de séquences et axes : concepts et liensDiscussion débutée avec @RyanHerb.
Nous avons deux concepts dont nous souhaitons améliorer la généricité :
* les "features" ~"client-segmenter" (quelque chose sur une portion de la séquence) #2136 #2137
* les "axes" ~"client-ax...Discussion débutée avec @RyanHerb.
Nous avons deux concepts dont nous souhaitons améliorer la généricité :
* les "features" ~"client-segmenter" (quelque chose sur une portion de la séquence) #2136 #2137
* les "axes" ~"client-axis" (une valeur pour un clone) #1471 #2175
Déjà, sommes-nous cohérents dans notre vocabulaire, entre *"feature"* et *"axe"* ? (Meilleur nom que "axe" ?) (#2136 parle-t-il de feature ou d'axes ?)
Est-ce que ce sont toujours deux concepts bien séparés ? Il y a parfois des liens entre ces concepts. C'est le cas de #2043 @flothoni : on peut calculer un axe à partir de feature. Longueur de N, entre deux primers... on pourrait en avoir d'autres (nombre de D, ...).
Et des features sur toute la séquence sont naturellement des axes... la description du format `.vidjil` indique :
```
// any feature to be highlighted in the sequence, with optional fields related to this feature:
// - "start"/"stop" : positions on the clone sequence (starting at 1)
// - "seq" : a sequence
// - "val" : a numerical value
// - "info" : a textual vlaue
"somefeature": { "start": 56, "stop": 61, "seq": "ACTGTA", "val": 145.7, "info": "analyzed with xyz" },
// Numerical or textual features concerning all the sequence or its analysis (such as 'evalue')
// can be provided by omitting "start" and "stop" elements.
"someotherfeature": {"val": 0.004521},
```
Ici on aimerait clairement pouvoir afficher `someotherfeature` comme un axe.
Mais ces deux concepts sont tout de même fort différents. Que nous évoquent-ils ? Quelque part, le ~client Vidjil n'est-il pas principalement un affichage de clones avec des features et des axes (et des samples) ?
cc @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2291app/analyze: quand il y a trop de séquences, l'ascenseur du segmenteur n'est ...2017-04-11T04:42:01+02:00Mathieu Giraudapp/analyze: quand il y a trop de séquences, l'ascenseur du segmenteur n'est pas fonctionnelSi l'on met plus de 4-5 sequences sur http://app.vidjil.org/analyze (`segmenter_page.{html,js}`), on n'arrive pas à utiliser l'ascenseur.
@aurelBZH, tu avais travaillé sur un truc similaire, pourras-tu éventuellement jeter un coup d'o...Si l'on met plus de 4-5 sequences sur http://app.vidjil.org/analyze (`segmenter_page.{html,js}`), on n'arrive pas à utiliser l'ascenseur.
@aurelBZH, tu avais travaillé sur un truc similaire, pourras-tu éventuellement jeter un coup d'oeil ?
cc @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2354aligneur, gènes VDJ : position verticale2020-10-14T13:49:16+02:00Mathieu Giraudaligneur, gènes VDJ : position verticalePour #1925/#2137, surtout avec #2353, la question de la position verticale des gènes VDJ se pose.
Pour l’instant, les positions verticales dans le ~"client-segmenter" des clones sont fixes (tri par taille). On pourrait tout d’abord met...Pour #1925/#2137, surtout avec #2353, la question de la position verticale des gènes VDJ se pose.
Pour l’instant, les positions verticales dans le ~"client-segmenter" des clones sont fixes (tri par taille). On pourrait tout d’abord mettre les VDJ sous le clone, mais, vu #2353 les mettre ailleurs (tous en haut ? déplaçable ?). Voir aussi #2355.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2355segmenteur, gènes VDJ : vue compressée, sur une même ligne2020-10-14T11:29:53+02:00Mathieu Giraudsegmenteur, gènes VDJ : vue compressée, sur une même lignePour #1925/#2137, on peut déjà mettre les VDJ sur trois « lignes du segmenter » différentes.
Mais on pourrait aussi avoir une vue compressée, où V et J (voire D) sont sur la même ligne, pour gagner en lisibilité et/ou en espace vertical....Pour #1925/#2137, on peut déjà mettre les VDJ sur trois « lignes du segmenter » différentes.
Mais on pourrait aussi avoir une vue compressée, où V et J (voire D) sont sur la même ligne, pour gagner en lisibilité et/ou en espace vertical. Cela serait un cas particulier de #2354.
Ce serait assez agréable dès qu'il y a suffisament du N. Et voir comment cela se passe s’il y a un overlap : un `:hover` bien placé ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2356segmenteur, gènes VDJ : affichage des mutations par rapport aux gènes2020-10-14T11:29:53+02:00Mathieu Giraudsegmenteur, gènes VDJ : affichage des mutations par rapport aux gènesPlus généralement que #2056, on souhaite traiter d'une manière paticulière les mutations des gènes VDJ.
Pour l'instant, quand on aligne des clones, on souligne les mutations dans les clones minoritaires, le premier clone (majoritaire) ét...Plus généralement que #2056, on souhaite traiter d'une manière paticulière les mutations des gènes VDJ.
Pour l'instant, quand on aligne des clones, on souligne les mutations dans les clones minoritaires, le premier clone (majoritaire) étant la référence.
Typiquement, c’est dans les clones qu’on souligne les mutations (même s’ils sont "majoritaires).
Avec #1925/#2137, ce sont lès gènes VDJ qui sont la référence. On pourrait même afficher de manière particulière (css) les mutations où tous les clones sont d'accord, mais pas avec le gène.Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2388Code similaire dans list.div_elem et segmenter.div_elem2020-10-14T11:29:53+02:00Ghost UserCode similaire dans list.div_elem et segmenter.div_elemLes éléments identiques ont été factorisés et rassemblés avec la création de `clone.div_elem` (!21).
Il reste cependant quelques éléments communs mais qui n'ont pas pu être déplacés tout de suite, car ils sont traités de manières diff...Les éléments identiques ont été factorisés et rassemblés avec la création de `clone.div_elem` (!21).
Il reste cependant quelques éléments communs mais qui n'ont pas pu être déplacés tout de suite, car ils sont traités de manières différentes. C'est par exemple le cas de `nameBox`, qui a a priori la même utilité et la même place dans les deux cas mais qui n'est pas construit et mis à jour de la même façon.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2392Stockage des préférences : axes/colonnes de list.js/segmenter.js2020-10-14T11:29:53+02:00Ghost UserStockage des préférences : axes/colonnes de list.js/segmenter.jsUne idée me vient : une fois #2175 en place, il peut être intéressant d'enregistrer dans analysis les axes 'sélectionnés' pour l'affichage (pour commencer l'affichage par défaut sera sans doute celui de la taille, pour correspondre au fo...Une idée me vient : une fois #2175 en place, il peut être intéressant d'enregistrer dans analysis les axes 'sélectionnés' pour l'affichage (pour commencer l'affichage par défaut sera sans doute celui de la taille, pour correspondre au fonctionnement actuel).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2440Segmenteur, gènes VDJ: refactorer encore, highlights2017-11-29T15:11:37+01:00Mathieu GiraudSegmenteur, gènes VDJ: refactorer encore, highlightsÉvoqué avec @aurelBZH : ce serait bien que `toString` de `genseq` utilise les highlights. Cela permettrait de faire des choses sur les "autres séquences", et surtout de ne pas avoir de code en double.
Une solution est de couper `toStrin...Évoqué avec @aurelBZH : ce serait bien que `toString` de `genseq` utilise les highlights. Cela permettrait de faire des choses sur les "autres séquences", et surtout de ne pas avoir de code en double.
Une solution est de couper `toString` de `Sequence` en deux, pour sépararer la partie préparation des highlights de la partie affichage.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2443Updated ERIC recommendations2023-03-28T16:20:07+02:00Mathieu GiraudUpdated ERIC recommendationsTransmis par Stéphanie ~"LIL-Lille" :
Rosenquist et al., [Immunoglobulin gene sequence analysis in chronic lymphocytic leukemia: updated ERIC recommendations](https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5508071/), doi:10.1038/leu.2017.1...Transmis par Stéphanie ~"LIL-Lille" :
Rosenquist et al., [Immunoglobulin gene sequence analysis in chronic lymphocytic leukemia: updated ERIC recommendations](https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5508071/), doi:10.1038/leu.2017.125
Quelles sont les recommandations ? A-t-on des choses à implémenter/corriger dans le ~"client-segmenter" ?
cc @flothoniWeb 2023.10https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4548Pouvoir modifier par le client des features de séqueces / des recombinaisons ...2020-11-03T09:37:59+01:00Mathieu GiraudPouvoir modifier par le client des features de séqueces / des recombinaisons particulières
Avec #2135 / !836 @duez, nous serons bientôt en mesure d'afficher de manière générique n'importe quelle "feature de séquence", dont en particulier des recombinaisons "spéciales".
Donnerait-on la possibilité à l'utilisateur (ou au bioin...
Avec #2135 / !836 @duez, nous serons bientôt en mesure d'afficher de manière générique n'importe quelle "feature de séquence", dont en particulier des recombinaisons "spéciales".
Donnerait-on la possibilité à l'utilisateur (ou au bioinformaticien en lien avec un utilisateur) d'éditer (de manière générique) ces choses ? Et donc de les stocker dans le `.vidjil` / les exporter dans le 'get support' ? En marquant d'une certaine manière (warning ?) que la séquence a été éditée manuellement ?
cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4677Aligner : zoom horizontal ?2021-02-04T08:48:23+01:00Mathieu GiraudAligner : zoom horizontal ?Après !836
Est-ce que cela fait sens d'avoir un zoom horizontal, avec par exemple 3-4 niveaux différents ? Le zoom est présent sur tous les "genome browser", mais là notre zone est bien plus petite... cela dit, en particulier quand basc...Après !836
Est-ce que cela fait sens d'avoir un zoom horizontal, avec par exemple 3-4 niveaux différents ? Le zoom est présent sur tous les "genome browser", mais là notre zone est bien plus petite... cela dit, en particulier quand bascule en AA, on sent qu'on pourrait avoir une vue plus globale pour appréhender l'ensemble des CDR/FR... Cela pourrait aider aussi pour les "grandes délétions".
cc @duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4732Réparer "add germline genes" sur le nouvel aligneur2021-03-24T15:00:03+01:00Mathieu GiraudRéparer "add germline genes" sur le nouvel aligneuraprès !836après !836marc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4754Pouvoir afficher de manière générique une feature de l'aligneur (ou un axe)2021-04-14T11:35:00+02:00Mathieu GiraudPouvoir afficher de manière générique une feature de l'aligneur (ou un axe)Depuis #4746 :
> https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/836#note_499892 :
> `toFasta` existe toujours, tout comme `isDNA`, `isAA`, `isPos`, `findPotentialField`.
Discussion avec @mikael-s et @duez : à voir si on veut c...Depuis #4746 :
> https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/836#note_499892 :
> `toFasta` existe toujours, tout comme `isDNA`, `isAA`, `isPos`, `findPotentialField`.
Discussion avec @mikael-s et @duez : à voir si on veut conserver ce mécanisme (et restaurer les tests sur `findPotentialField` et autres), à savoir pouvoir afficher des choses même si elles ne pas décrites dans
`aligner_layer.js`.
Même question pour les axes.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4790Les clones ne sont plus affichés dans l'aligneur si on passe par une url2021-05-07T11:34:54+02:00Thonier FlorianLes clones ne sont plus affichés dans l'aligneur si on passe par une urlJe viens de m'apercevoir que si nous passons par une url, les séquences des clones ne sont pas affichées dans l'aligneur. En revanche, nous avons bien les autres informations dessus (noms, tailles, ...).
Au chargement, on les voit brièv...Je viens de m'apercevoir que si nous passons par une url, les séquences des clones ne sont pas affichées dans l'aligneur. En revanche, nous avons bien les autres informations dessus (noms, tailles, ...).
Au chargement, on les voit brièvement apparaître avant de disparaître lors du chargement des graphiques. Probablement un nettoyage fait au cour de l'initialisation de ces vues qui efface les séquences.
Exemple sur LIL-L3: https://app.vidjil.org/3241-32?patient=68&clone=4,5,112,124
Aucune erreur dans les logs, et aucun moyen de contourner le problème sans désélectionner les clonotypes.
cc @magiraud @Zeudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4863Visualiser les primers à l'extérieur de la séquence ?2021-09-24T15:01:03+02:00Mathieu GiraudVisualiser les primers à l'extérieur de la séquence ?Depuis !1013:
> Il reste maintenant le cas des primers retrouvés à des positions en dehors de la séquence. Typiquement, le clone de test qunit `test4`:
> * en ec-ngs, ses primers sont inclut dans la séquence.
> * en biomed2, ce qu'il e...Depuis !1013:
> Il reste maintenant le cas des primers retrouvés à des positions en dehors de la séquence. Typiquement, le clone de test qunit `test4`:
> * en ec-ngs, ses primers sont inclut dans la séquence.
> * en biomed2, ce qu'il est probablement, son primer3 est dans la séquence (à l’extrémité 3'), mais le primer5 est en dehors, juste avant la séquence (de -20 à -1).
On en reparle donc dans quelque temps quand on aura déjà le retour des usagers sur leur utilisation !1013.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4892Aligneur, disparition des clonotype lors d'une suppression2021-10-29T16:12:31+02:00Thonier FlorianAligneur, disparition des clonotype lors d'une suppressionLorsque l'on supprime un clonotype de la liste de l’aligneur, les descriptions à gauche disparaissent. Elles réapparaissent si on bouge un peu les séquence.
Probablement juste un refresh nécessaire.Lorsque l'on supprime un clonotype de la liste de l’aligneur, les descriptions à gauche disparaissent. Elles réapparaissent si on bouge un peu les séquence.
Probablement juste un refresh nécessaire.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4945La qualité ne s'affiche pas dans l'aligneur2022-02-02T17:23:25+01:00Thonier FlorianLa qualité ne s'affiche pas dans l'aligneurCeci n'est pas valable pour toutes les analyses, mais on en trouve une occurrence reproductible [ici](https://app.vidjil.org/49850-25?).
Je me demande si ce n'est pas lié à la présence d'un seul locus. J'ai un vague souvenir d'un compor...Ceci n'est pas valable pour toutes les analyses, mais on en trouve une occurrence reproductible [ici](https://app.vidjil.org/49850-25?).
Je me demande si ce n'est pas lié à la présence d'un seul locus. J'ai un vague souvenir d'un comportement anormal dans ces cas là...
Il y a parfois une erreur dans la console, mais comme elle n'est pas constante, je ne sais pas si c'est lié. c'est quelque chose du genre `getElementById return null`.
De plus, on a aussi un effet de bord avec une mauvaise positions des mutations en cas d'alignement. La mutation est toujours décalé d'une position comme sur l'image.
![Screenshot_20220202_163346](/uploads/35190b042421aa6627a3be4eb401d9c8/Screenshot_20220202_163346.png)marc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4992Aligneur: par défaut, centrer sur le CDR32022-04-12T15:46:02+02:00Mathieu GiraudAligneur: par défaut, centrer sur le CDR3évoqué la semaine dernière avec des usagères et @duezévoqué la semaine dernière avec des usagères et @duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4993Pouvoir exporter un alignement dans le rapport2023-06-14T14:50:47+02:00Mathieu GiraudPouvoir exporter un alignement dans le rapportÉvoqué à ~"ec-ngs" avec des usagères. cc @duez
Pour la prochaine fois.
Et par défaut centré, #4992Évoqué à ~"ec-ngs" avec des usagères. cc @duez
Pour la prochaine fois.
Et par défaut centré, #4992Web 2023.10https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5018Alignement après add germline genes : l'affichage n'est pas correct2023-01-25T09:40:58+01:00Mikaël SalsonAlignement après add germline genes : l'affichage n'est pas correctQuand on aligne après avoir fait « add germline genes », l'affichage n'est pas correct. Il y a bien des tirets ajoutés dans la séquence du clone mais pas dans les gènes ce qui fait qu'ils apparaissent au début.
Pour autant le CGI renvoi...Quand on aligne après avoir fait « add germline genes », l'affichage n'est pas correct. Il y a bien des tirets ajoutés dans la séquence du clone mais pas dans les gènes ce qui fait qu'ils apparaissent au début.
Pour autant le CGI renvoie bien des tirets pour toutes les séquences.
cc @duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5247Utiliser FineSegmenter pour l'aligneur2024-02-07T14:35:08+01:00Mathieu GiraudUtiliser FineSegmenter pour l'aligneur
Suite de #1368
Après !218
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