vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2023-03-28T16:20:07+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2443Updated ERIC recommendations2023-03-28T16:20:07+02:00Mathieu GiraudUpdated ERIC recommendationsTransmis par Stéphanie ~"LIL-Lille" :
Rosenquist et al., [Immunoglobulin gene sequence analysis in chronic lymphocytic leukemia: updated ERIC recommendations](https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5508071/), doi:10.1038/leu.2017.1...Transmis par Stéphanie ~"LIL-Lille" :
Rosenquist et al., [Immunoglobulin gene sequence analysis in chronic lymphocytic leukemia: updated ERIC recommendations](https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5508071/), doi:10.1038/leu.2017.125
Quelles sont les recommandations ? A-t-on des choses à implémenter/corriger dans le ~"client-segmenter" ?
cc @flothoniWeb 2023.10https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2440Segmenteur, gènes VDJ: refactorer encore, highlights2017-11-29T15:11:37+01:00Mathieu GiraudSegmenteur, gènes VDJ: refactorer encore, highlightsÉvoqué avec @aurelBZH : ce serait bien que `toString` de `genseq` utilise les highlights. Cela permettrait de faire des choses sur les "autres séquences", et surtout de ne pas avoir de code en double.
Une solution est de couper `toStrin...Évoqué avec @aurelBZH : ce serait bien que `toString` de `genseq` utilise les highlights. Cela permettrait de faire des choses sur les "autres séquences", et surtout de ne pas avoir de code en double.
Une solution est de couper `toString` de `Sequence` en deux, pour sépararer la partie préparation des highlights de la partie affichage.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2407Compléter feature-c/flexible_axis_display2017-11-22T12:49:04+01:00Ghost UserCompléter feature-c/flexible_axis_displayLa nouvelle fonctionnalité est opérationnelle (-> !22), présente en dev mode pour l'instant.
Il reste cependant plusieurs choses à régler avant de la rendre 'publique'.
Problèmes connus :
- le plus important, les `.fct` (et `.prett...La nouvelle fonctionnalité est opérationnelle (-> !22), présente en dev mode pour l'instant.
Il reste cependant plusieurs choses à régler avant de la rendre 'publique'.
Problèmes connus :
- le plus important, les `.fct` (et `.pretty` selon le besoin) manquants dans `Axes`
-> comme discuté plusieurs fois, tous les axes doivent pouvoir être utilisés ; dans certains cas la `fct` voulue existe déjà mais se trouve ailleurs ; enfin cela mènera sans doute à supprimer l'utilisation `clone.axisOptions`
- déroulement de haut en bas du `segmenter_axis_menu`, dû à l'utilisation du fonctionnement du menu du haut de page (`menu-container`, classe `.selector` et fonctions associées)
-> sans doute plutôt l'inverse puisqu'ici le menu part du bas
- beaucoup de divs, parfois 'vides', pour reproduire la structure du menu et pouvoir utiliser les fonctions liées à `.selector`
- `#segmenter_axis_select.style.top` fixé arbitrairement, dans l'attente d'une solution meilleure et surtout fonctionnelle
-> j'avais essayé plusieurs choses pour obtenir `top = -height`, sans réussite
- alignement des 'colonnes' dans le segmenteur
-> en bonne partie résolu mais la solution en place mène dans certains cas à des 'rognages' de caractères (`overflow : hidden`), notamment avec Chromium
- 'disparition' de `.getPrintabeSize`
-> lire #2399, #2400
- besoin potentiel de nouveaux tests, dédiés aux modifications apportées
- valeur 'undefined' renvoyée par certains axes, transformée en '?' par `.pretty`
-> le string 'undefined' débordait dans les spans d'axisBox, mais '?' n'est pas forcément le plus pertinent ; p-ê mieux à choisir, notamment pour uniformiser si besoin
- espace pris par `list_axis_select`
-> p-ê une solution à trouver pour éviter d'augmenter la hauteur de `list_menu`
Globalement, tout ce qui concerne les contrôleurs/menus peut tout à fait bouger, il s'agissait surtout pour le moment d'avoir quelque chose d'utilisable.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2392Stockage des préférences : axes/colonnes de list.js/segmenter.js2020-10-14T11:29:53+02:00Ghost UserStockage des préférences : axes/colonnes de list.js/segmenter.jsUne idée me vient : une fois #2175 en place, il peut être intéressant d'enregistrer dans analysis les axes 'sélectionnés' pour l'affichage (pour commencer l'affichage par défaut sera sans doute celui de la taille, pour correspondre au fo...Une idée me vient : une fois #2175 en place, il peut être intéressant d'enregistrer dans analysis les axes 'sélectionnés' pour l'affichage (pour commencer l'affichage par défaut sera sans doute celui de la taille, pour correspondre au fonctionnement actuel).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2388Code similaire dans list.div_elem et segmenter.div_elem2020-10-14T11:29:53+02:00Ghost UserCode similaire dans list.div_elem et segmenter.div_elemLes éléments identiques ont été factorisés et rassemblés avec la création de `clone.div_elem` (!21).
Il reste cependant quelques éléments communs mais qui n'ont pas pu être déplacés tout de suite, car ils sont traités de manières diff...Les éléments identiques ont été factorisés et rassemblés avec la création de `clone.div_elem` (!21).
Il reste cependant quelques éléments communs mais qui n'ont pas pu être déplacés tout de suite, car ils sont traités de manières différentes. C'est par exemple le cas de `nameBox`, qui a a priori la même utilité et la même place dans les deux cas mais qui n'est pas construit et mis à jour de la même façon.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2356segmenteur, gènes VDJ : affichage des mutations par rapport aux gènes2020-10-14T11:29:53+02:00Mathieu Giraudsegmenteur, gènes VDJ : affichage des mutations par rapport aux gènesPlus généralement que #2056, on souhaite traiter d'une manière paticulière les mutations des gènes VDJ.
Pour l'instant, quand on aligne des clones, on souligne les mutations dans les clones minoritaires, le premier clone (majoritaire) ét...Plus généralement que #2056, on souhaite traiter d'une manière paticulière les mutations des gènes VDJ.
Pour l'instant, quand on aligne des clones, on souligne les mutations dans les clones minoritaires, le premier clone (majoritaire) étant la référence.
Typiquement, c’est dans les clones qu’on souligne les mutations (même s’ils sont "majoritaires).
Avec #1925/#2137, ce sont lès gènes VDJ qui sont la référence. On pourrait même afficher de manière particulière (css) les mutations où tous les clones sont d'accord, mais pas avec le gène.Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2355segmenteur, gènes VDJ : vue compressée, sur une même ligne2020-10-14T11:29:53+02:00Mathieu Giraudsegmenteur, gènes VDJ : vue compressée, sur une même lignePour #1925/#2137, on peut déjà mettre les VDJ sur trois « lignes du segmenter » différentes.
Mais on pourrait aussi avoir une vue compressée, où V et J (voire D) sont sur la même ligne, pour gagner en lisibilité et/ou en espace vertical....Pour #1925/#2137, on peut déjà mettre les VDJ sur trois « lignes du segmenter » différentes.
Mais on pourrait aussi avoir une vue compressée, où V et J (voire D) sont sur la même ligne, pour gagner en lisibilité et/ou en espace vertical. Cela serait un cas particulier de #2354.
Ce serait assez agréable dès qu'il y a suffisament du N. Et voir comment cela se passe s’il y a un overlap : un `:hover` bien placé ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2354aligneur, gènes VDJ : position verticale2020-10-14T13:49:16+02:00Mathieu Giraudaligneur, gènes VDJ : position verticalePour #1925/#2137, surtout avec #2353, la question de la position verticale des gènes VDJ se pose.
Pour l’instant, les positions verticales dans le ~"client-segmenter" des clones sont fixes (tri par taille). On pourrait tout d’abord met...Pour #1925/#2137, surtout avec #2353, la question de la position verticale des gènes VDJ se pose.
Pour l’instant, les positions verticales dans le ~"client-segmenter" des clones sont fixes (tri par taille). On pourrait tout d’abord mettre les VDJ sous le clone, mais, vu #2353 les mettre ailleurs (tous en haut ? déplaçable ?). Voir aussi #2355.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2291app/analyze: quand il y a trop de séquences, l'ascenseur du segmenteur n'est ...2017-04-11T04:42:01+02:00Mathieu Giraudapp/analyze: quand il y a trop de séquences, l'ascenseur du segmenteur n'est pas fonctionnelSi l'on met plus de 4-5 sequences sur http://app.vidjil.org/analyze (`segmenter_page.{html,js}`), on n'arrive pas à utiliser l'ascenseur.
@aurelBZH, tu avais travaillé sur un truc similaire, pourras-tu éventuellement jeter un coup d'o...Si l'on met plus de 4-5 sequences sur http://app.vidjil.org/analyze (`segmenter_page.{html,js}`), on n'arrive pas à utiliser l'ascenseur.
@aurelBZH, tu avais travaillé sur un truc similaire, pourras-tu éventuellement jeter un coup d'oeil ?
cc @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2174Features de séquences et axes : concepts et liens2020-10-14T11:29:54+02:00Mathieu GiraudFeatures de séquences et axes : concepts et liensDiscussion débutée avec @RyanHerb.
Nous avons deux concepts dont nous souhaitons améliorer la généricité :
* les "features" ~"client-segmenter" (quelque chose sur une portion de la séquence) #2136 #2137
* les "axes" ~"client-ax...Discussion débutée avec @RyanHerb.
Nous avons deux concepts dont nous souhaitons améliorer la généricité :
* les "features" ~"client-segmenter" (quelque chose sur une portion de la séquence) #2136 #2137
* les "axes" ~"client-axis" (une valeur pour un clone) #1471 #2175
Déjà, sommes-nous cohérents dans notre vocabulaire, entre *"feature"* et *"axe"* ? (Meilleur nom que "axe" ?) (#2136 parle-t-il de feature ou d'axes ?)
Est-ce que ce sont toujours deux concepts bien séparés ? Il y a parfois des liens entre ces concepts. C'est le cas de #2043 @flothoni : on peut calculer un axe à partir de feature. Longueur de N, entre deux primers... on pourrait en avoir d'autres (nombre de D, ...).
Et des features sur toute la séquence sont naturellement des axes... la description du format `.vidjil` indique :
```
// any feature to be highlighted in the sequence, with optional fields related to this feature:
// - "start"/"stop" : positions on the clone sequence (starting at 1)
// - "seq" : a sequence
// - "val" : a numerical value
// - "info" : a textual vlaue
"somefeature": { "start": 56, "stop": 61, "seq": "ACTGTA", "val": 145.7, "info": "analyzed with xyz" },
// Numerical or textual features concerning all the sequence or its analysis (such as 'evalue')
// can be provided by omitting "start" and "stop" elements.
"someotherfeature": {"val": 0.004521},
```
Ici on aimerait clairement pouvoir afficher `someotherfeature` comme un axe.
Mais ces deux concepts sont tout de même fort différents. Que nous évoquent-ils ? Quelque part, le ~client Vidjil n'est-il pas principalement un affichage de clones avec des features et des axes (et des samples) ?
cc @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2137À quoi doit ressembler l'aligneur, inspirations externes2020-10-14T13:31:07+02:00Mathieu GiraudÀ quoi doit ressembler l'aligneur, inspirations externes#2135, #1925, #2056 et #2138 amènent beaucop de modifs dans le segmenteur.
Il faudrait un jour faire des maquettes papier ou autre de ce vers quoi on aimerait tendre.
@mikael-s @RyanHerb#2135, #1925, #2056 et #2138 amènent beaucop de modifs dans le segmenteur.
Il faudrait un jour faire des maquettes papier ou autre de ce vers quoi on aimerait tendre.
@mikael-s @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2082findPotentialField() & autres : enlever de segmenter.js2019-01-10T15:21:23+01:00Mathieu GiraudfindPotentialField() & autres : enlever de segmenter.js`findPotentialField` est de la magie noire peu appropriée. C’est potentiellement lourd (appelle `isDNA` / `isPos`, qui lance des regex) . C’est certes appelé une seule fois (`segmenter.build()` → `updateHighLightMenu()`)
Au minimum, met...`findPotentialField` est de la magie noire peu appropriée. C’est potentiellement lourd (appelle `isDNA` / `isPos`, qui lance des regex) . C’est certes appelé une seule fois (`segmenter.build()` → `updateHighLightMenu()`)
Au minimum, mettre toutes ces fonctions dans un nouveau fichier (`features.js` ?) car on doit pouvoir utiliser ceci indépendamment du segmenter. Voir sinon si tout cela ne pourrait pas être supprimé : maintenant le `.json` devrait spécifier proprement les différents champs du `seg`.
@mikael-s @flothoni @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2068Faire que la liste des clones et l'aligneur soient copiables en texte2021-04-01T18:56:52+02:00Mathieu GiraudFaire que la liste des clones et l'aligneur soient copiables en texteOn peut presque copier la liste des clones et faire un coller texte ailleurs, mais pour l'instant ce n'est pas très bien formaté.
On devrait pouvoir avoir des choses "compatible Fasta" du type :
`>IGHV3-7 1/7/10 D2-21 8//6 J4 [IGH] ...On peut presque copier la liste des clones et faire un coller texte ailleurs, mais pour l'instant ce n'est pas très bien formaté.
On devrait pouvoir avoir des choses "compatible Fasta" du type :
`>IGHV3-7 1/7/10 D2-21 8//6 J4 [IGH] 18.60%`
Ce serait particulièrement utile pour #2066, mais aussi en lien avec l'export.
Si on fait pareil dans le segmenteur, on pourrait avoir en plus la séquence (voire les annotations dans un certain format) ?
@tydax @mikael-s @RyanHerbmarc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2066Intégrer un composant liste dans le segmenteur autonome2020-10-14T11:29:53+02:00Mathieu GiraudIntégrer un composant liste dans le segmenteur autonomeDiscussion avec @mikael-s : dans `segmenter_page.html`, on aimerait voir le résultat sous forme de liste (`js/list.js`) modifié.
En particulier, rien ne sert d'avoir la taille (toujours `+` ici), mais par contre on aimerait voir le `id`...Discussion avec @mikael-s : dans `segmenter_page.html`, on aimerait voir le résultat sous forme de liste (`js/list.js`) modifié.
En particulier, rien ne sert d'avoir la taille (toujours `+` ici), mais par contre on aimerait voir le `id` et éventuellement d'autres champs.
À réfléchir aussi dans le cadre d'une généralisation/personnalisation de la liste.
@RyanHerb @tydaxhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2049Features à l'extérieur d'une séquence2020-10-14T11:29:53+02:00Mikaël SalsonFeatures à l'extérieur d'une séquenceSi une feature se trouve en dehors de notre séquence, on peut vouloir le préciser malgré tout. Cela signifie que les positions pourront être négatives ou supérieures à la longueur de la séquence. C'est une amélioration de ce qui sera réa...Si une feature se trouve en dehors de notre séquence, on peut vouloir le préciser malgré tout. Cela signifie que les positions pourront être négatives ou supérieures à la longueur de la séquence. C'est une amélioration de ce qui sera réalisé dans #2043.
Il ne faut pas non plus que ça fasse planter le segmenteur.
@flothoni @magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1841VidjilFieldExtractor, extract : autres infos, FR1234/CDR1232020-05-28T13:08:28+02:00Vidjil TeamVidjilFieldExtractor, extract : autres infos, FR1234/CDR123https://mixcr.readthedocs.org/en/latest/export.html#default-anchor-point-positions
On devrait aussi récupérer FR1, CDR1, FR2, CDR2, FR3, CDR3, FR4, à chaque fois avec start et stop.
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@RyanHerbhttps://mixcr.readthedocs.org/en/latest/export.html#default-anchor-point-positions
On devrait aussi récupérer FR1, CDR1, FR2, CDR2, FR3, CDR3, FR4, à chaque fois avec start et stop.
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@RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1412Avertir s'il y a des mutations dans les 5/10 bases les plus proches de la jon...2020-10-14T11:29:53+02:00Vidjil TeamAvertir s'il y a des mutations dans les 5/10 bases les plus proches de la jonction(Yann, 10 février)
Pas si facile. Disons que cela rentre dans la réflexion globale sur le FineSegmenter et l'affichage dans le Segmenter.
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@nobody(Yann, 10 février)
Pas si facile. Disons que cela rentre dans la réflexion globale sur le FineSegmenter et l'affichage dans le Segmenter.
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1408Afficher les 3 ou 5 meilleurs V/D/J dans les infos de chaque clone2022-05-12T11:42:47+02:00Vidjil TeamAfficher les 3 ou 5 meilleurs V/D/J dans les infos de chaque clone(Yann, 10 février)
On souhaite pouvoir visualiser les meilleurs V/D/J du FineSegmenter, peut-être avec leur score.
Un jour, on pourra mettre ces séquences dans le Segmenter. En attendant, proposition simple : les mettre dans la page aff...(Yann, 10 février)
On souhaite pouvoir visualiser les meilleurs V/D/J du FineSegmenter, peut-être avec leur score.
Un jour, on pourra mettre ces séquences dans le Segmenter. En attendant, proposition simple : les mettre dans la page affichée avec "info" sur chaque clone.
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Pas si facile. Peut-être qu'on arrivera avant à faire le retour IMGT, à voir.
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#1409, #1410, #1411
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@nobody