vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2024-02-06T16:46:02+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2526Discordance de productivité2024-02-06T16:46:02+01:00Mathieu GiraudDiscordance de productivitéAurélie ~"LIL-Lille" (par mail, réévoqué ce matin en direct) :
> Le clone majoritaire (...) est dit non productif par Vidjil alors que IMGT et IgBlast disent qu’il est productif.
>
> http://app.vidjil.org/?sample_set_id=23871&config=3...Aurélie ~"LIL-Lille" (par mail, réévoqué ce matin en direct) :
> Le clone majoritaire (...) est dit non productif par Vidjil alors que IMGT et IgBlast disent qu’il est productif.
>
> http://app.vidjil.org/?sample_set_id=23871&config=35
>
> Let's look on the following clones:
> >IGHV3-7*01 1/GGAAGCCC/21 IGHJ6*01 338 nt, 607 958 reads (89.48%)
> AGGAGTCGGGGGGAGGCTTGGTCCAGGCCGGGGGGTCCCTGAGACTCTCATGCGTCGGCCACGGATTGAGTTTGAAGAAGGATTGGATGAGTTGGGTCCGCCAGGCTCCAGGGGAGGGGCTGGAGTGGGTGGCCTACATAAAGGAAGATGGAAATGGGAAACACTATGTGGACTCTGTGAAGGGCCGATTCATCATCTTCAGAGACGACGCCAAGAACTCACTATATCTGGAAATGAACAGCCTGAGAGTCGAGGACACGGCTATGTATTATTGTGTGAGA
>
> GGGAAGCC
> CTGGGCGTTTGGGGGCCAAGGGACATCGGTCACCGTCTCCTCAGGTAAG
cc @flothoniLille-LAL-nexthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4006Motif {WF}GxG et productivité2021-02-19T12:51:36+01:00Thonier FlorianMotif {WF}GxG et productivitéEn regardant des séquences discordantes (#2526), on est tombé sur une séquence pour laquelle le motif {WP}GxG était en cause.
Nous devrions vérifier le comportement de vidjil sur ce point, voir ajouter des séquences de tests et un point...En regardant des séquences discordantes (#2526), on est tombé sur une séquence pour laquelle le motif {WP}GxG était en cause.
Nous devrions vérifier le comportement de vidjil sur ce point, voir ajouter des séquences de tests et un point de documentation la dessus.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2443Updated ERIC recommendations2023-03-28T16:20:07+02:00Mathieu GiraudUpdated ERIC recommendationsTransmis par Stéphanie ~"LIL-Lille" :
Rosenquist et al., [Immunoglobulin gene sequence analysis in chronic lymphocytic leukemia: updated ERIC recommendations](https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5508071/), doi:10.1038/leu.2017.1...Transmis par Stéphanie ~"LIL-Lille" :
Rosenquist et al., [Immunoglobulin gene sequence analysis in chronic lymphocytic leukemia: updated ERIC recommendations](https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5508071/), doi:10.1038/leu.2017.125
Quelles sont les recommandations ? A-t-on des choses à implémenter/corriger dans le ~"client-segmenter" ?
cc @flothoniWeb 2023.10https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4651Warning quand des programmes différents donnent des estimations différentes d...2022-01-05T16:20:03+01:00Mathieu GiraudWarning quand des programmes différents donnent des estimations différentes de productivitéDisucté avec @flothoni : pour contourner ou au moins prendre en compte #2526, on pourrait avoir un warning quand on a deux estimations de productivité différentes.Disucté avec @flothoni : pour contourner ou au moins prendre en compte #2526, on pourrait avoir un warning quand on a deux estimations de productivité différentes.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4652Warning et/ou confirmation quand merge de séquences productives + non-product...2021-01-19T10:41:05+01:00Mathieu GiraudWarning et/ou confirmation quand merge de séquences productives + non-productivesÉvoqué hier avec ~"LIL-Lille" le merge de séquences, discuté avec @flothoni aujourd'hui.
- un ~"client-warning" habituel: jouable
- voire même... une confirmation "do you want really to merge?"Évoqué hier avec ~"LIL-Lille" le merge de séquences, discuté avec @flothoni aujourd'hui.
- un ~"client-warning" habituel: jouable
- voire même... une confirmation "do you want really to merge?"https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4702Productivité et pseudo-gènes2024-02-23T10:32:17+01:00Mathieu GiraudProductivité et pseudo-gènes
ERIC #2443 mentionne explicitement **functional** IGHV gene. Mais il y a un certain nombre de pseudo-gènes dans nos germlines (et il y en aura encore plus après !885). Est-ce que ces séquences sont gappées ? A-t-on eu déjà des cas ou d...
ERIC #2443 mentionne explicitement **functional** IGHV gene. Mais il y a un certain nombre de pseudo-gènes dans nos germlines (et il y en aura encore plus après !885). Est-ce que ces séquences sont gappées ? A-t-on eu déjà des cas ou des discordances avec des pseudo-gènes ?
On devrait probablement vérifier cela, ce qui impliquer de parser un peu plus les headers... et/ou, dans `split-germlines.py`, extraire deux fichiers différents, les gènes et les pseudos ?
Y a-t-il un lien avec #3654 ?Algo 2024.04https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4795Avoir plusieurs nuances de pink pour la non-productivité2023-03-28T16:24:46+02:00Mathieu GiraudAvoir plusieurs nuances de pink pour la non-productivitéPermettrait de voir d'un coup d'oeil certaines choses type non-pattern.Permettrait de voir d'un coup d'oeil certaines choses type non-pattern.Web 2023.10Mathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5129Provide information when marked_pos (CDR3) is not found2024-02-01T06:04:02+01:00Mikaël SalsonProvide information when marked_pos (CDR3) is not foundIt may happen that we don't find the CDR3 because there are too many deletions either in the V or the J genes that go beyond the marked_pos.
In such a case the CDR3 will not be found and no reason will be provided for that.
More generall...It may happen that we don't find the CDR3 because there are too many deletions either in the V or the J genes that go beyond the marked_pos.
In such a case the CDR3 will not be found and no reason will be provided for that.
More generally if the marked_pos is not set in the germline, the user doesn't have that information. The user can only see that no CDR3 was found with no reason given for that (which is not the case for productivity).
We should give some information about it.
Here is an example where the marked_pos is deleted (appears in position 277/290 of the V gene but we have 16 deletions in the V).
```
GCTGTCATCTCTCAAAAGCCAAGCAGGGATATCTGTCAACGTGGAACCTCCCTGACGATCCAGTGTCAAGTCGATAGCCAAGTCACCATGATGTTCTGGTACCGTCAGCAACCTGGACAGAGCCTGACACTGATCGCAACTGCAAATCAGGGCTCTGAGGCCACATATGAGAGTGGATTTGTCATTGACAAGTTTCCCATCAGCCGCCCAAACCTAACATTCTCAACTCTGACTGTGAGCAACATGAGCCCTGAAGACAGCAGCATAAATCCCCTTGGGGGTCCCTATAATTCACCCCTCCACTTTGGGAACGGGACCAGGCTCACTGTGACAGGTATGGGGGCTCCACTCTTGACTCGGGGGTGCCTGGGTTTGACTG
```Algo 2024.04https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5235Problème de limite du JK et productivité2024-01-31T17:35:08+01:00Anne de SeptenvilleProblème de limite du JK et productivitéSur les analyses IGK, Vidjil semble continuer à considérer le JK après la fin de celui-ci (région non codante) et donne par conséquent certaines séquences comme non productives parce qu'il doit y voir des codons stop.
Par exemple : ...Sur les analyses IGK, Vidjil semble continuer à considérer le JK après la fin de celui-ci (région non codante) et donne par conséquent certaines séquences comme non productives parce qu'il doit y voir des codons stop.
Par exemple :
https://app.vidjil.org/62056-46?
ou
https://app.vidjil.org/62057-46?clone=70
Nous avons aussi analysé des séquences de cDNA KAPPA et dans ce cas Vidjil s'arrête bien à la fin du J.