vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2023-10-06T11:09:00+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5158Non-recombined sequences beyond D7-27/J12023-10-06T11:09:00+02:00Mathieu GiraudNon-recombined sequences beyond D7-27/J1
As the sequencing lengths increase, some user reported us the following sequences that may be non-recombined as "IGHD7-27 - IGHJ1" (see #2232/!242)
- IGLV4-60 - IGLJ5
- TRBV6-9 - TRBJ2-2P
- TRBV6-1 - TRBJ2-2P
Todo !1345:
- [x] extend ...
As the sequencing lengths increase, some user reported us the following sequences that may be non-recombined as "IGHD7-27 - IGHJ1" (see #2232/!242)
- IGLV4-60 - IGLJ5
- TRBV6-9 - TRBJ2-2P
- TRBV6-1 - TRBJ2-2P
Todo !1345:
- [x] extend segment.cpp to handle other cases
- [ ] check these three cases, make tests such as `data/D7-27--J1.fa`
- [ ] fill the cases in segment.hhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5143Add D primers in the set of primers2023-05-11T17:49:33+02:00Mikaël SalsonAdd D primers in the set of primersAs requested by ~"NAN - Nantes" during 2023 Vidjil day.
Beware to the prioritization of primers (V/J primers should have the priority over D).As requested by ~"NAN - Nantes" during 2023 Vidjil day.
Beware to the prioritization of primers (V/J primers should have the priority over D).Web 2023.10THONIER FlorianTHONIER Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5071Lever un nouveau warning si mutation seulement dans les primers ?2022-10-04T16:32:42+02:00Mathieu GiraudLever un nouveau warning si mutation seulement dans les primers ?@flothoni : "ce serait une fonction au retour du calcul des primers"@flothoni : "ce serait une fonction au retour du calcul des primers"https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5065Warning si deux clonotype sont similaire hors primers + Mieux afficher primers2022-10-12T12:03:08+02:00Thonier FlorianWarning si deux clonotype sont similaire hors primers + Mieux afficher primers~"LIL-Lille" nous montre un sample avec 2 clonotypes identiques à un nucléotide près. Ce nucléotide est en fait une divergence présente dans les primers JH et ne devrait donc pas mener a voir deux clonotypes différents.
* [x] Il faudrai...~"LIL-Lille" nous montre un sample avec 2 clonotypes identiques à un nucléotide près. Ce nucléotide est en fait une divergence présente dans les primers JH et ne devrait donc pas mener a voir deux clonotypes différents.
* [x] Il faudrait déjà pouvoir les détecter et indiquer que les séquences sont extrêmement similaires. Probablement déjà la cas, mais nous n'avons pas accès aux données pour le moment. -> Il y a déjà bien le warning W53 (highly similar).
* [ ] Être plus spécifique en indiquant que la variation est située au niveau du primer. Pour ça, il faut être capable d'exploiter les données des primers.
* [ ] À terme, pouvoir en faire un merge automatique depuis l'algo, mais dans ce cas il faut trancher sur le nucléotide à privilégier. Dans le cas présent, les deux clonotypes sont présent dans la même proportion. S'appuyer sur la séquence germline ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5025Pouvoir ajouter son propre fichier de primer dans le client2022-10-12T12:03:08+02:00Thonier FlorianPouvoir ajouter son propre fichier de primer dans le clientDepuis le client, ou pourrait imaginer ajouter son fichier de primers pour permttre d'en faire un trimming direct ou une visualisation genescan.
Autant je pense que le second cas n'est pas forcement une bonne raison, autant la première...Depuis le client, ou pourrait imaginer ajouter son fichier de primers pour permttre d'en faire un trimming direct ou une visualisation genescan.
Autant je pense que le second cas n'est pas forcement une bonne raison, autant la première me semble bonne.
Deux implémentation possible:
* pouvoir charger dans le client son fichier de primer et l'ajouter comme set de cette analyse. il faut avoir le fichier dans le bon format, être capable de le charger et de l'incorporer. Mais non persistant entre plusieurs analyses
* Avoir son propre set sur le serveur de fichier primer dans lequel on peut puisser. Je sais que l'on en a déjà parler mais je n'ai pas retrouver l'issue. Beaucoup plus complexe....https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5017detection de primers - optimisatino pour les IGH J62022-05-17T09:57:13+02:00Thonier Floriandetection de primers - optimisatino pour les IGH J6JE me rends compte que les J6 ne sont pas corectement détécté.
On le voit particulièrement sur les demo lil-L3 ou ils represent la quasi totalité des clonotype du premier sample.
J'ai fait un petit alignement entre un clone, le germl...JE me rends compte que les J6 ne sont pas corectement détécté.
On le voit particulièrement sur les demo lil-L3 ou ils represent la quasi totalité des clonotype du premier sample.
J'ai fait un petit alignement entre un clone, le germline et les 2 primers.
Ils ont 4 nt en dehors de la séquence (sur primerset euroNGS).
Si on raccourci un peu la séquence, la fonction arrive à correctement placé les primers.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4984Primers; inclure les primers D2022-04-07T14:33:02+02:00Thonier FlorianPrimers; inclure les primers DIl semble que les séquences DJ ne trouve pas de primers.
Il faut vérifier le bon fonctionnement et si on peut les inclure.Il semble que les séquences DJ ne trouve pas de primers.
Il faut vérifier le bon fonctionnement et si on peut les inclure.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4934Fusionner deux locus ?2022-01-28T11:14:20+01:00Mikaël SalsonFusionner deux locus ?Voir vidjil/support/lille-hemato#44
Pourrait-on choisir de fusionner deux locus ? Ou alors de changer certains clones de locus ? On peut le faire individuellement en changeant leur désignation VDJ (mais c'est un peu fastidieux), mais on...Voir vidjil/support/lille-hemato#44
Pourrait-on choisir de fusionner deux locus ? Ou alors de changer certains clones de locus ? On peut le faire individuellement en changeant leur désignation VDJ (mais c'est un peu fastidieux), mais on pourrait fournir un moyen d'attribuer un autre locus à un ensemble de clones sélectionnés.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4863Visualiser les primers à l'extérieur de la séquence ?2021-09-24T15:01:03+02:00Mathieu GiraudVisualiser les primers à l'extérieur de la séquence ?Depuis !1013:
> Il reste maintenant le cas des primers retrouvés à des positions en dehors de la séquence. Typiquement, le clone de test qunit `test4`:
> * en ec-ngs, ses primers sont inclut dans la séquence.
> * en biomed2, ce qu'il e...Depuis !1013:
> Il reste maintenant le cas des primers retrouvés à des positions en dehors de la séquence. Typiquement, le clone de test qunit `test4`:
> * en ec-ngs, ses primers sont inclut dans la séquence.
> * en biomed2, ce qu'il est probablement, son primer3 est dans la séquence (à l’extrémité 3'), mais le primer5 est en dehors, juste avant la séquence (de -20 à -1).
On en reparle donc dans quelque temps quand on aura déjà le retour des usagers sur leur utilisation !1013.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4856Primers; rendre la fonction de positionnement asynchrone2021-10-06T14:13:11+02:00Thonier FlorianPrimers; rendre la fonction de positionnement asynchroneC'est parfois long, et frustrant de bloquer entièrement le client sur l'appel de cette fonction.
On devrait pouvoir rendre son appel asynchrone.C'est parfois long, et frustrant de bloquer entièrement le client sur l'appel de cette fonction.
On devrait pouvoir rendre son appel asynchrone.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4812Pouvoir supprimer les amorces (avant envoi vers service tiers)2021-11-22T16:38:41+01:00Thonier FlorianPouvoir supprimer les amorces (avant envoi vers service tiers)Une utilisatrice me demande si on peut supprimer les séquences d'amorces avant envoie vers IMGT par exemple.
Avec le travail qui a été fait pour le genescan, on devrait pouvoir imaginer la détection automatique des amorces, puis leur s...Une utilisatrice me demande si on peut supprimer les séquences d'amorces avant envoie vers IMGT par exemple.
Avec le travail qui a été fait pour le genescan, on devrait pouvoir imaginer la détection automatique des amorces, puis leur soustraction au besoin. Cela devrait être testé, voir comment ça fonctionne par exemple avec les séquences consensus par exemple.
On peut déjà faire quelques tests avec même temps que #3152.
Il faudrait proposer ça comme une option ? Le faire de manière automatique ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4800Temps de calcul Genescan2021-05-19T12:08:18+02:00Mathieu GiraudTemps de calcul GenescanUn cas avec 16 patients x 100 clones qui prend 3-4 minutes.
Mais bon... on ne conseille pas d'analyser les patients individuellement sur une telle vue.
- des choses possibles pour accélérer ?
- sinon, limiter l'utilisation de cet axe ?Un cas avec 16 patients x 100 clones qui prend 3-4 minutes.
Mais bon... on ne conseille pas d'analyser les patients individuellement sur une telle vue.
- des choses possibles pour accélérer ?
- sinon, limiter l'utilisation de cet axe ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3357Détection de séquences VJ particulières2018-08-30T17:47:05+02:00Mikaël SalsonDétection de séquences VJ particulièresPour #2232, mais cela peut aussi être dans d'autres situations comme avec des dimers d'amorces, on a des clones qui ressortent et qui ne sont pas significatifs.
On aimerait leur mettre des warnings (#2247).
Une solution est de coder en...Pour #2232, mais cela peut aussi être dans d'autres situations comme avec des dimers d'amorces, on a des clones qui ressortent et qui ne sont pas significatifs.
On aimerait leur mettre des warnings (#2247).
Une solution est de coder en dur la valeur des recombinaisons et de lever un warning lorsqu'on rencontre cette valeur-là. Une autre solution serait de stocker les séquences elle-mêmes et de détecter les fenêtres dans ces séquences. Toutes les séquences partageant cette fenêtre seront clusterisées avec ce qui nous permet ensuite de faire ce qu'on veut.
Cela éviterait de stocker des choses plus ou moins robustes en dur.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2820Détecter les primers dimers2023-06-28T18:28:32+02:00Mathieu GiraudDétecter les primers dimersMentionné par Aurélie ~"PAR-Debré" : les nouvelles amorces ~"ec-ngs" génèrent plus de dimers.
À controller.Mentionné par Aurélie ~"PAR-Debré" : les nouvelles amorces ~"ec-ngs" génèrent plus de dimers.
À controller.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2558Remettre l'amorce par patient dans le client2021-11-23T15:55:02+01:00Mathieu GiraudRemettre l'amorce par patient dans le clientUne fois qu'on désigne une amorce, la remettre dans le client ?
Nathalie : "Pour ne plus faire de TaqMan, montrer que amorce est dedans."
Ils vont déjà essayer de mettre l'amorce (20-25) dans le champ "search" #1693
#1253 #1681 #2557Une fois qu'on désigne une amorce, la remettre dans le client ?
Nathalie : "Pour ne plus faire de TaqMan, montrer que amorce est dedans."
Ils vont déjà essayer de mettre l'amorce (20-25) dans le champ "search" #1693
#1253 #1681 #2557https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2557Intégrer ou lier Premier BioSoft2021-11-23T15:53:28+01:00Mathieu GiraudIntégrer ou lier Premier BioSoftPremier BioSoft accès gratuit à un outil : on donne amorce (sens, antisens), donne probabilités.
Aurélie ~"LIL-Lille" va nous envoyer cas d'utilisation. Voir si on peut lier ou intégrer (mais philosophie, on lie vers des trucs commercia...Premier BioSoft accès gratuit à un outil : on donne amorce (sens, antisens), donne probabilités.
Aurélie ~"LIL-Lille" va nous envoyer cas d'utilisation. Voir si on peut lier ou intégrer (mais philosophie, on lie vers des trucs commerciaux ?)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2049Features à l'extérieur d'une séquence2020-10-14T11:29:53+02:00Mikaël SalsonFeatures à l'extérieur d'une séquenceSi une feature se trouve en dehors de notre séquence, on peut vouloir le préciser malgré tout. Cela signifie que les positions pourront être négatives ou supérieures à la longueur de la séquence. C'est une amélioration de ce qui sera réa...Si une feature se trouve en dehors de notre séquence, on peut vouloir le préciser malgré tout. Cela signifie que les positions pourront être négatives ou supérieures à la longueur de la séquence. C'est une amélioration de ce qui sera réalisé dans #2043.
Il ne faut pas non plus que ça fasse planter le segmenteur.
@flothoni @magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1693Recherche de séquence avec des caractères dégénérés2021-04-16T22:39:11+02:00Vidjil TeamRecherche de séquence avec des caractères dégénérésPermettre une recherche approchée par le search, par exemple à 1 ou 2 nucléotides près. Mais peut-être pas par défaut ?
***
list.js:710, fonction filter
1) Faire (ou récupérer) une fonction approximateIndexOf(seq, pattern, max_erreurs)...Permettre une recherche approchée par le search, par exemple à 1 ou 2 nucléotides près. Mais peut-être pas par défaut ?
***
list.js:710, fonction filter
1) Faire (ou récupérer) une fonction approximateIndexOf(seq, pattern, max_erreurs), ou bien même approximateMatch(...)
2) Avoir un bouton / préférence pour lancer cela sur les séquences quand on lance filter()
***
Quelques librairies pour « approximate matching javascript » :
http://glench.github.io/fuzzyset.js/ algo sérieuse, k-mers, vue « index »
https://gist.github.com/Yaffle/1336740 programmation dynamique
http://unamatasanatarai.github.io/FuzzyMatch/test/index.html RegExp de jquery ?
https://github.com/javve/list.fuzzysearch.js/blob/master/src/fuzzy.js ?
En utiliser une, ou bien réimplémenter un truc léger pour autoriser 1-2 erreurs ?
***
pas pour le workshop, mais pour info ça en était où ?
***
@Cyanaelhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1253Se souvenir des amorces/primers utilisées : comment ?2023-03-28T16:11:50+02:00Vidjil TeamSe souvenir des amorces/primers utilisées : comment ?On pourrait gérer plus proprement les amorces, avec
- des listes d'amorces (Biomed ? nouvelles EC ? d'autres ?)
- en fonction des amorces sélectionnées, les confisg (ou les stats) sont différents, ou d'autres features
- et certains...On pourrait gérer plus proprement les amorces, avec
- des listes d'amorces (Biomed ? nouvelles EC ? d'autres ?)
- en fonction des amorces sélectionnées, les confisg (ou les stats) sont différents, ou d'autres features
- et certains réglages permettraient de chosir directement un "kit" d'amorces
Ce n'est pas facile, que cela soit au niveau de la db, du browser derrière, et même de la conception / de ce qu'on veut. Vraiment pas la priorité pour l'instant.
***
mis dans la demande d'ADT, 2016Web 2023.10