vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2021-04-15T18:38:01+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2043Avoir la longueur d'un clone relative à un jeu de primers / ou une/deux featu...2021-04-15T18:38:01+02:00Thonier FlorianAvoir la longueur d'un clone relative à un jeu de primers / ou une/deux features quelconquesDemande d'Elizabeth : Elle souhaite avoir la visualisation des genescan mais que les longeurs indiquées soit celles par rapport aux primers biomed utilisés.
J'ai pris le temps de réfléchir un peu à la demande d'Elizabeth. L'idée serait...Demande d'Elizabeth : Elle souhaite avoir la visualisation des genescan mais que les longeurs indiquées soit celles par rapport aux primers biomed utilisés.
J'ai pris le temps de réfléchir un peu à la demande d'Elizabeth. L'idée serait de replacer les positions des primers relative pour chaque segment, et donc de faire un nouveau calcul a peu près similaire à celui de la longueur des CDR3.
Pour ça il faut lister les primers pour chaque locus et leur positions relatives. Soit il y a la possibilité de faire ça dans l'algo directement (pas flexible du tout), soit il est possible de faire ça dans le browser.
L'avantage du browser repose sur la non redondance de l’information, et la possibilité de switcher à la volée entre les différents type de primers (biomed2, bientôt biomed3), et pourquoi pas imaginer des primers en dev ou tiers aussi (fourni dans ce cas par l'utilisateur dans un format adapté).
@magiraud @mikael-sWeb 2021.05Thonier FlorianThonier Florian2021-03-09https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3152Afficher les primers/amorces dans le client2021-10-08T11:45:30+02:00Mathieu GiraudAfficher les primers/amorces dans le clientDiscuté il y a un certain temps, je ne trouve pas l'issue.
Fait désormais par ArrEST.
Voir aussi #2235/#2875.Discuté il y a un certain temps, je ne trouve pas l'issue.
Fait désormais par ArrEST.
Voir aussi #2235/#2875.Web 2022.05Thonier FlorianThonier Florian2021-07-09https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5158Non-recombined sequences beyond D7-27/J12023-10-06T11:09:00+02:00Mathieu GiraudNon-recombined sequences beyond D7-27/J1
As the sequencing lengths increase, some user reported us the following sequences that may be non-recombined as "IGHD7-27 - IGHJ1" (see #2232/!242)
- IGLV4-60 - IGLJ5
- TRBV6-9 - TRBJ2-2P
- TRBV6-1 - TRBJ2-2P
Todo !1345:
- [x] extend ...
As the sequencing lengths increase, some user reported us the following sequences that may be non-recombined as "IGHD7-27 - IGHJ1" (see #2232/!242)
- IGLV4-60 - IGLJ5
- TRBV6-9 - TRBJ2-2P
- TRBV6-1 - TRBJ2-2P
Todo !1345:
- [x] extend segment.cpp to handle other cases
- [ ] check these three cases, make tests such as `data/D7-27--J1.fa`
- [ ] fill the cases in segment.hhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5143Add D primers in the set of primers2023-05-11T17:49:33+02:00Mikaël SalsonAdd D primers in the set of primersAs requested by ~"NAN - Nantes" during 2023 Vidjil day.
Beware to the prioritization of primers (V/J primers should have the priority over D).As requested by ~"NAN - Nantes" during 2023 Vidjil day.
Beware to the prioritization of primers (V/J primers should have the priority over D).Web 2023.10THONIER FlorianTHONIER Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5071Lever un nouveau warning si mutation seulement dans les primers ?2022-10-04T16:32:42+02:00Mathieu GiraudLever un nouveau warning si mutation seulement dans les primers ?@flothoni : "ce serait une fonction au retour du calcul des primers"@flothoni : "ce serait une fonction au retour du calcul des primers"https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5065Warning si deux clonotype sont similaire hors primers + Mieux afficher primers2022-10-12T12:03:08+02:00Thonier FlorianWarning si deux clonotype sont similaire hors primers + Mieux afficher primers~"LIL-Lille" nous montre un sample avec 2 clonotypes identiques à un nucléotide près. Ce nucléotide est en fait une divergence présente dans les primers JH et ne devrait donc pas mener a voir deux clonotypes différents.
* [x] Il faudrai...~"LIL-Lille" nous montre un sample avec 2 clonotypes identiques à un nucléotide près. Ce nucléotide est en fait une divergence présente dans les primers JH et ne devrait donc pas mener a voir deux clonotypes différents.
* [x] Il faudrait déjà pouvoir les détecter et indiquer que les séquences sont extrêmement similaires. Probablement déjà la cas, mais nous n'avons pas accès aux données pour le moment. -> Il y a déjà bien le warning W53 (highly similar).
* [ ] Être plus spécifique en indiquant que la variation est située au niveau du primer. Pour ça, il faut être capable d'exploiter les données des primers.
* [ ] À terme, pouvoir en faire un merge automatique depuis l'algo, mais dans ce cas il faut trancher sur le nucléotide à privilégier. Dans le cas présent, les deux clonotypes sont présent dans la même proportion. S'appuyer sur la séquence germline ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5025Pouvoir ajouter son propre fichier de primer dans le client2022-10-12T12:03:08+02:00Thonier FlorianPouvoir ajouter son propre fichier de primer dans le clientDepuis le client, ou pourrait imaginer ajouter son fichier de primers pour permttre d'en faire un trimming direct ou une visualisation genescan.
Autant je pense que le second cas n'est pas forcement une bonne raison, autant la première...Depuis le client, ou pourrait imaginer ajouter son fichier de primers pour permttre d'en faire un trimming direct ou une visualisation genescan.
Autant je pense que le second cas n'est pas forcement une bonne raison, autant la première me semble bonne.
Deux implémentation possible:
* pouvoir charger dans le client son fichier de primer et l'ajouter comme set de cette analyse. il faut avoir le fichier dans le bon format, être capable de le charger et de l'incorporer. Mais non persistant entre plusieurs analyses
* Avoir son propre set sur le serveur de fichier primer dans lequel on peut puisser. Je sais que l'on en a déjà parler mais je n'ai pas retrouver l'issue. Beaucoup plus complexe....https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5017detection de primers - optimisatino pour les IGH J62022-05-17T09:57:13+02:00Thonier Floriandetection de primers - optimisatino pour les IGH J6JE me rends compte que les J6 ne sont pas corectement détécté.
On le voit particulièrement sur les demo lil-L3 ou ils represent la quasi totalité des clonotype du premier sample.
J'ai fait un petit alignement entre un clone, le germl...JE me rends compte que les J6 ne sont pas corectement détécté.
On le voit particulièrement sur les demo lil-L3 ou ils represent la quasi totalité des clonotype du premier sample.
J'ai fait un petit alignement entre un clone, le germline et les 2 primers.
Ils ont 4 nt en dehors de la séquence (sur primerset euroNGS).
Si on raccourci un peu la séquence, la fonction arrive à correctement placé les primers.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4984Primers; inclure les primers D2022-04-07T14:33:02+02:00Thonier FlorianPrimers; inclure les primers DIl semble que les séquences DJ ne trouve pas de primers.
Il faut vérifier le bon fonctionnement et si on peut les inclure.Il semble que les séquences DJ ne trouve pas de primers.
Il faut vérifier le bon fonctionnement et si on peut les inclure.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4934Fusionner deux locus ?2022-01-28T11:14:20+01:00Mikaël SalsonFusionner deux locus ?Voir vidjil/support/lille-hemato#44
Pourrait-on choisir de fusionner deux locus ? Ou alors de changer certains clones de locus ? On peut le faire individuellement en changeant leur désignation VDJ (mais c'est un peu fastidieux), mais on...Voir vidjil/support/lille-hemato#44
Pourrait-on choisir de fusionner deux locus ? Ou alors de changer certains clones de locus ? On peut le faire individuellement en changeant leur désignation VDJ (mais c'est un peu fastidieux), mais on pourrait fournir un moyen d'attribuer un autre locus à un ensemble de clones sélectionnés.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4870Doc "Working with primers"2021-11-03T10:52:30+01:00Mathieu GiraudDoc "Working with primers"...
Working with primers
There can be various primers See locus.md
Primers can be displayed
Primers can be trimmed before being sent to external tools......
Working with primers
There can be various primers See locus.md
Primers can be displayed
Primers can be trimmed before being sent to external tools...Web 2021.11Thonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4863Visualiser les primers à l'extérieur de la séquence ?2021-09-24T15:01:03+02:00Mathieu GiraudVisualiser les primers à l'extérieur de la séquence ?Depuis !1013:
> Il reste maintenant le cas des primers retrouvés à des positions en dehors de la séquence. Typiquement, le clone de test qunit `test4`:
> * en ec-ngs, ses primers sont inclut dans la séquence.
> * en biomed2, ce qu'il e...Depuis !1013:
> Il reste maintenant le cas des primers retrouvés à des positions en dehors de la séquence. Typiquement, le clone de test qunit `test4`:
> * en ec-ngs, ses primers sont inclut dans la séquence.
> * en biomed2, ce qu'il est probablement, son primer3 est dans la séquence (à l’extrémité 3'), mais le primer5 est en dehors, juste avant la séquence (de -20 à -1).
On en reparle donc dans quelque temps quand on aura déjà le retour des usagers sur leur utilisation !1013.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4856Primers; rendre la fonction de positionnement asynchrone2021-10-06T14:13:11+02:00Thonier FlorianPrimers; rendre la fonction de positionnement asynchroneC'est parfois long, et frustrant de bloquer entièrement le client sur l'appel de cette fonction.
On devrait pouvoir rendre son appel asynchrone.C'est parfois long, et frustrant de bloquer entièrement le client sur l'appel de cette fonction.
On devrait pouvoir rendre son appel asynchrone.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4855Index/barcodes2021-10-20T17:56:41+02:00Mathieu GiraudIndex/barcodesDire à nos usagers dnas `locus.md qu'on conseille de mettre des séquences sans index. C'est probablement déjà le cas pour la très grande majorité d'entre eux.Dire à nos usagers dnas `locus.md qu'on conseille de mettre des séquences sans index. C'est probablement déjà le cas pour la très grande majorité d'entre eux.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4812Pouvoir supprimer les amorces (avant envoi vers service tiers)2021-11-22T16:38:41+01:00Thonier FlorianPouvoir supprimer les amorces (avant envoi vers service tiers)Une utilisatrice me demande si on peut supprimer les séquences d'amorces avant envoie vers IMGT par exemple.
Avec le travail qui a été fait pour le genescan, on devrait pouvoir imaginer la détection automatique des amorces, puis leur s...Une utilisatrice me demande si on peut supprimer les séquences d'amorces avant envoie vers IMGT par exemple.
Avec le travail qui a été fait pour le genescan, on devrait pouvoir imaginer la détection automatique des amorces, puis leur soustraction au besoin. Cela devrait être testé, voir comment ça fonctionne par exemple avec les séquences consensus par exemple.
On peut déjà faire quelques tests avec même temps que #3152.
Il faudrait proposer ça comme une option ? Le faire de manière automatique ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4800Temps de calcul Genescan2021-05-19T12:08:18+02:00Mathieu GiraudTemps de calcul GenescanUn cas avec 16 patients x 100 clones qui prend 3-4 minutes.
Mais bon... on ne conseille pas d'analyser les patients individuellement sur une telle vue.
- des choses possibles pour accélérer ?
- sinon, limiter l'utilisation de cet axe ?Un cas avec 16 patients x 100 clones qui prend 3-4 minutes.
Mais bon... on ne conseille pas d'analyser les patients individuellement sur une telle vue.
- des choses possibles pour accélérer ?
- sinon, limiter l'utilisation de cet axe ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4130Documenter dans locus.md des choses sur la longueur des reads2020-01-16T19:06:05+01:00Mathieu GiraudDocumenter dans locus.md des choses sur la longueur des readsExtrait de https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/merge_requests/568#note_290631
Une proposition est sur ghent.Extrait de https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/merge_requests/568#note_290631
Une proposition est sur ghent.Mikaël SalsonMikaël Salsonhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3714Pouvoir supprimer les primers des séquences2021-11-22T13:49:42+01:00Thonier FlorianPouvoir supprimer les primers des séquencesEn lien plsu ou moins direct avec #1253, #2820 et #3152.
~"REN\-Rennes" me demande si il est possible de supprimer des séquences les portions correspondantes aux primers. La présence des primers fausse les observations d'homologie.
Pour...En lien plsu ou moins direct avec #1253, #2820 et #3152.
~"REN\-Rennes" me demande si il est possible de supprimer des séquences les portions correspondantes aux primers. La présence des primers fausse les observations d'homologie.
Pour ce faire , il faudrait déjà avoir accès aux primers. Pour le moment, les nouveaux primers ne sont pas publiques. On ne peux en théorie pas les inclure en dur dnas le code.
il faut donc imaginer un moyen de charger un fichier de primer non ?
Cela doit-il passer par le cpp ou bien uniquement par le serveur, en live sur les données ?
@magiraud et @mikael\-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3357Détection de séquences VJ particulières2018-08-30T17:47:05+02:00Mikaël SalsonDétection de séquences VJ particulièresPour #2232, mais cela peut aussi être dans d'autres situations comme avec des dimers d'amorces, on a des clones qui ressortent et qui ne sont pas significatifs.
On aimerait leur mettre des warnings (#2247).
Une solution est de coder en...Pour #2232, mais cela peut aussi être dans d'autres situations comme avec des dimers d'amorces, on a des clones qui ressortent et qui ne sont pas significatifs.
On aimerait leur mettre des warnings (#2247).
Une solution est de coder en dur la valeur des recombinaisons et de lever un warning lorsqu'on rencontre cette valeur-là. Une autre solution serait de stocker les séquences elle-mêmes et de détecter les fenêtres dans ces séquences. Toutes les séquences partageant cette fenêtre seront clusterisées avec ce qui nous permet ensuite de faire ce qu'on veut.
Cela éviterait de stocker des choses plus ou moins robustes en dur.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2820Détecter les primers dimers2023-06-28T18:28:32+02:00Mathieu GiraudDétecter les primers dimersMentionné par Aurélie ~"PAR-Debré" : les nouvelles amorces ~"ec-ngs" génèrent plus de dimers.
À controller.Mentionné par Aurélie ~"PAR-Debré" : les nouvelles amorces ~"ec-ngs" génèrent plus de dimers.
À controller.