vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2021-04-01T17:37:10+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3275Gaps affine pour deletion_end pour de très grandes délétions2021-04-01T17:37:10+02:00Mathieu GiraudGaps affine pour deletion_end pour de très grandes délétionsLié à #3165.
Il serait apparament simple de changer la fonction qui utilise `deletion_end` :
`if (mode == LocalEndWithSomeDeletions) tbest += cost.deletion_end*(n-j); `
Faudrait-il un gap affine (ou même autre chose) pour permettre ...Lié à #3165.
Il serait apparament simple de changer la fonction qui utilise `deletion_end` :
`if (mode == LocalEndWithSomeDeletions) tbest += cost.deletion_end*(n-j); `
Faudrait-il un gap affine (ou même autre chose) pour permettre de très grandes délétions ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2124Avoir une meilleure modélisation des délétions à la fin du V et au début du J2021-01-26T13:29:14+01:00Mathieu GiraudAvoir une meilleure modélisation des délétions à la fin du V et au début du JDiscussion du 18 janvier avec @mikael-s et @flothoni
On souhaiterait avoir un meilleur paramètre pour `del_end` pour éviter des mutations proches de la fin, ce qui réduirait les soucis de #2110.
Actuellement, c'est `-1`, dans `const Co...Discussion du 18 janvier avec @mikael-s et @flothoni
On souhaiterait avoir un meilleur paramètre pour `del_end` pour éviter des mutations proches de la fin, ce qui réduirait les soucis de #2110.
Actuellement, c'est `-1`, dans `const Cost VDJ = Cost(+4, -6, -10, -1, -2)`.
Ce qui fait (par rapport au score de `VVVVVV`, six matches parfait en fin de V)
```
del_end = -1 0 +1
1 mutation
VVVVXV -10 VVVVnn -10? -8* -6*
VVVXVV -10 VVVnnn -15 -12* -9*
VVXVVV -10 VVnnnn -20 -16 -12*
VXVVVV -10 Vnnnnn -25 -20 -15
2 mutations
VVVVXXV -20 VVVVnnn -15 -12 -9*
VVVXXVV -20 VVVnnnn -20? -16* -12*
VVXXVVV -20 VVnnnnn -25 -20? -15*
VXXVVVV -20 Vnnnnnn -30 -24 -18*
XXVVVVV -20 nnnnnnn -35 -28 -21
```
- Colonne de gauche: on étend le V autant que possible, en prenant une pénalité `X` pour une subtitution.
- Colonnes de droite: on étend plutôt le N, et donc on a des pénalités `del_end` + on perd le `+4` par position.
`*`: on prend celui-là. `?`: même score que les mutations.
On souhaiterait favoriser `VVVnnn` et peut-être même `VVnnnn`. Des valeurs comme `0` ou même `+1` ont été évoquées. Des valeurs positives permettraient effectivement de diminuer l'attrait des mutations, mais conduiraient à favoriser un `TRGJ1*02` + 3 délétions à la place d’un `TRGJ1*01`.
Ou bien changer le `-6` ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2119Pas d'assigation VDJ lorsqu'il y a de grosses délétions2024-01-31T17:25:11+01:00Mikaël SalsonPas d'assigation VDJ lorsqu'il y a de grosses délétionsVoici [un exemple](http://app.vidjil.org/?patient=4601&config=25) où il y a 2 ou 3 centaines de nucléotides délétés dans le V. Le FIneSegmenter échoue à proposer une solution. Il me semblait qu'on avait déjà une issue sur le sujet, mais ...Voici [un exemple](http://app.vidjil.org/?patient=4601&config=25) où il y a 2 ou 3 centaines de nucléotides délétés dans le V. Le FIneSegmenter échoue à proposer une solution. Il me semblait qu'on avait déjà une issue sur le sujet, mais je ne l'ai pas retrouvée (lorsqu'à Lille on avait un patient dans une situation comparable). IgBlast trouve sans problème des solutions pour le V (avec 19 nucléotides dans le V c'est un peu juste pour déterminer duquel il s'agit), le D et le J.
Serait-ce dû à des optimisations pour ne chercher que sur la diagonale ? Peut-on la désactiver si on ne trouve pas de segmentation ?
@magiraud