vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2023-08-30T10:24:56+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5161Analysis with long reads (thousands of pb)2023-08-30T10:24:56+02:00THONIER FlorianAnalysis with long reads (thousands of pb)We have a user that load data with long reads (thousands of pb).
Results are here and are not very usefull : https://app.vidjil.org/59029-25?
We saw 20% of VDJ. Majority of "Possibly XXX".We have a user that load data with long reads (thousands of pb).
Results are here and are not very usefull : https://app.vidjil.org/59029-25?
We saw 20% of VDJ. Majority of "Possibly XXX".https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5158Non-recombined sequences beyond D7-27/J12023-10-06T11:09:00+02:00Mathieu GiraudNon-recombined sequences beyond D7-27/J1
As the sequencing lengths increase, some user reported us the following sequences that may be non-recombined as "IGHD7-27 - IGHJ1" (see #2232/!242)
- IGLV4-60 - IGLJ5
- TRBV6-9 - TRBJ2-2P
- TRBV6-1 - TRBJ2-2P
Todo !1345:
- [x] extend ...
As the sequencing lengths increase, some user reported us the following sequences that may be non-recombined as "IGHD7-27 - IGHJ1" (see #2232/!242)
- IGLV4-60 - IGLJ5
- TRBV6-9 - TRBJ2-2P
- TRBV6-1 - TRBJ2-2P
Todo !1345:
- [x] extend segment.cpp to handle other cases
- [ ] check these three cases, make tests such as `data/D7-27--J1.fa`
- [ ] fill the cases in segment.hhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5153Envoyer les données vers vdj.online2023-07-13T09:22:10+02:00Mikaël SalsonEnvoyer les données vers vdj.onlinehttps://vdj.online/
Service de MiXCR.
À discuter, peut-être pas très pratique à intégrer, car il faut renseigner pas mal d'info sur le protocole expérimental.https://vdj.online/
Service de MiXCR.
À discuter, peut-être pas très pratique à intégrer, car il faut renseigner pas mal d'info sur le protocole expérimental.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5116Vidjil-algo see a VDJ with very poor quality instead of 100% germline2023-01-25T19:13:57+01:00THONIER FlorianVidjil-algo see a VDJ with very poor quality instead of 100% germlineThis [clone](https://health.vidjil.org/9389-2?clone=8) is seen as `IGK V2D-29 /78/ J4` instead of `IGLV2`with 242 nt of match (100%).
In this case, we got from vidjil poor affect values :
"_________________________KKK?KKK____________K...This [clone](https://health.vidjil.org/9389-2?clone=8) is seen as `IGK V2D-29 /78/ J4` instead of `IGLV2`with 242 nt of match (100%).
In this case, we got from vidjil poor affect values :
"_________________________KKK?KKK____________K__________________K__K_____________K____________________________________________________kkkkkkkk_kk______________________________K___________________________________________________________________"
In this case, locus IGL is search too.
Algo should be stopped if their is a better evalue for any other locus ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5115Problème merge de séquences de tailles très différentes2023-04-03T12:32:09+02:00Anne de SeptenvilleProblème merge de séquences de tailles très différentesLors de l'analyse de données réalisées sur des cDNA (et non des ADN comme la plupart du temps), je me suis aperçue que mes résultats sont plus ou moins parasités par des produits d'épissage aberrants plus courts que la séquence complète ...Lors de l'analyse de données réalisées sur des cDNA (et non des ADN comme la plupart du temps), je me suis aperçue que mes résultats sont plus ou moins parasités par des produits d'épissage aberrants plus courts que la séquence complète attendue. Vidjil regroupe toutes ces séquences en une seule car le CDR3 (quand il est identifié) est identique. La taille moyenne des reads sur l'image type "genescan" ne reflète pas la taille effective des reads et dans certains cas, la séquence consensus choisie par Vidjil est une version "courte" ce qui fausse le résultat.
Serait-il possible de faire en sorte que des reads avec de trop grandes différences de tailles ne soient pas regroupés ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4910Retirer automatiquement des clonotypes "faux"2021-11-19T18:13:47+01:00Thonier FlorianRetirer automatiquement des clonotypes "faux"Je pense que l'on devrait retirer les clonotypes non spécifique (D7-27//J1, dimers, aspécifique) d'une simple action.
Pour certains, il faudrait pouvoir mieux les catégoriser. Mais pour le premier cas, on le signale déjà. Comment ne pa...Je pense que l'on devrait retirer les clonotypes non spécifique (D7-27//J1, dimers, aspécifique) d'une simple action.
Pour certains, il faudrait pouvoir mieux les catégoriser. Mais pour le premier cas, on le signale déjà. Comment ne pas en tenir compte dans l'analyse, du nombre de reads... Le mettre automatiquement en hide ? Autre ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4723Identifier le V dans les séquences non mergées2021-04-01T15:56:33+02:00Anne de SeptenvilleIdentifier le V dans les séquences non mergéesPour certains samples particuliers, j'ai un faible % de reads mergés. J'en connais la raison : des produits PCR trop grand mais néanmoins séquencés. Généralement il s'agit bien de mon clone de LLC mais amplifié avec le J suivant dans l'A...Pour certains samples particuliers, j'ai un faible % de reads mergés. J'en connais la raison : des produits PCR trop grand mais néanmoins séquencés. Généralement il s'agit bien de mon clone de LLC mais amplifié avec le J suivant dans l'ADN, probablement à cause d'une mutation empêchant une amplification correct par le J utilisé dans le réarrangement VDJ.
J'aimerais pour ces samples identifier le V dans les séquences non mergées. Est-ce que cela serait possible avec Vidjil ? Avec un autre outil ? Cela me permettrait d'être sûre que je me trouve dans le cas ci dessus : de grands produits PCR tous issus d'un même réarrangement VDJ dont j'identifie la séquence sur 15-30% des reads.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4624Séquences avec du V-INTRON ou avant2021-01-05T10:53:04+01:00Mathieu GiraudSéquences avec du V-INTRON ou avantDiscussion ensemble à partir de #4621, @mikael-s et @flothoni : a-t-on déjà V-INTRON ?
- http://www.imgt.org/download/LIGM-DB/ftable_doc.html (on n'a que les V-REGION)
- https://mixcr.readthedocs.io/en/master/geneFeatures.html#v-gene-st...Discussion ensemble à partir de #4621, @mikael-s et @flothoni : a-t-on déjà V-INTRON ?
- http://www.imgt.org/download/LIGM-DB/ftable_doc.html (on n'a que les V-REGION)
- https://mixcr.readthedocs.io/en/master/geneFeatures.html#v-gene-structure
- Voir aussi http://www.imgt.org/FAQ/#question57 IGKV1-39*02
Avoir pour certains cas des ~"bio-germlines" plus grandes, avec up ?
Problèmes pouvant arriver:
- génomique, calcul productivité ?
- ARN (sans le V-INTRON), bon alignement ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4606IMGt, update paramètres de la requête (V_REGIONsearchIndel, subset)2021-02-26T10:34:24+01:00Thonier FlorianIMGt, update paramètres de la requête (V_REGIONsearchIndel, subset)IMGt semble avoir changer le comportement pour la recherche d'indel. De plus, il est maintenant possible d'avoir les valeurs de subset.IMGt semble avoir changer le comportement pour la recherche d'indel. De plus, il est maintenant possible d'avoir les valeurs de subset.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4561Avoir le numéro de l'échantillon lors de l'envoi d'un clone vers un service t...2022-03-30T17:54:54+02:00Thonier FlorianAvoir le numéro de l'échantillon lors de l'envoi d'un clone vers un service tiersUn utilisateur souhaite avoir le nom de l'échantillon lorsqu'un clone est envoyé vers un service tiers.
Pour le moment ce n'est pas le cas. Ce pourrait être simple, mais il y aurait des questions a trancher.
* les données sont transmis...Un utilisateur souhaite avoir le nom de l'échantillon lorsqu'un clone est envoyé vers un service tiers.
Pour le moment ce n'est pas le cas. Ce pourrait être simple, mais il y aurait des questions a trancher.
* les données sont transmissent en clair vers les service tiers, or le nom peut contenir des informations importantes
* un clone peut être présent dans plusieurs échantillon chez un même individus.
cc @magiraud @mikael-sWeb 2022.05marc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4548Pouvoir modifier par le client des features de séqueces / des recombinaisons ...2020-11-03T09:37:59+01:00Mathieu GiraudPouvoir modifier par le client des features de séqueces / des recombinaisons particulières
Avec #2135 / !836 @duez, nous serons bientôt en mesure d'afficher de manière générique n'importe quelle "feature de séquence", dont en particulier des recombinaisons "spéciales".
Donnerait-on la possibilité à l'utilisateur (ou au bioin...
Avec #2135 / !836 @duez, nous serons bientôt en mesure d'afficher de manière générique n'importe quelle "feature de séquence", dont en particulier des recombinaisons "spéciales".
Donnerait-on la possibilité à l'utilisateur (ou au bioinformaticien en lien avec un utilisateur) d'éditer (de manière générique) ces choses ? Et donc de les stocker dans le `.vidjil` / les exporter dans le 'get support' ? En marquant d'une certaine manière (warning ?) que la séquence a été éditée manuellement ?
cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4540Récupérer les positions FR1/2/3/4 et CDR1/2/3 via IMGT2021-04-08T08:25:51+02:00Mathieu GiraudRécupérer les positions FR1/2/3/4 et CDR1/2/3 via IMGTDepuis #2135, dans le cadre de !836 :
> (...) mettre cela dans le `.vidjil` (type `"FR1": {"start": 48, "stop": xxx}`
Le faire donc déjà via `imgtPost...()`, en prenant les champs `{FR,CDR}{1,2,3,4?}-IMGT {start,stop}`, et créer donc d...Depuis #2135, dans le cadre de !836 :
> (...) mettre cela dans le `.vidjil` (type `"FR1": {"start": 48, "stop": xxx}`
Le faire donc déjà via `imgtPost...()`, en prenant les champs `{FR,CDR}{1,2,3,4?}-IMGT {start,stop}`, et créer donc des highlights type `"FR1-IMGT": {"start": 48, "stop": xxx}`
Normalement tous ces highlights seront non-chevauchants et pourront être affichés sur une même "ligne"marc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4437Axes: proposer de nouveaux axes2021-09-22T10:59:06+02:00Mathieu GiraudAxes: proposer de nouveaux axes
Réfléchir en septembre sur ce qui est rendu possible par le nouveau système et aiderait à des analyses bio.
Mais aussi #4436 (supprimer éventuellement des presets ?).
cc @flothoni @duez
Réfléchir en septembre sur ce qui est rendu possible par le nouveau système et aiderait à des analyses bio.
Mais aussi #4436 (supprimer éventuellement des presets ?).
cc @flothoni @duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4406avoir un filtre supprimer les clones partagés2020-07-10T15:51:25+02:00Thonier Florianavoir un filtre supprimer les clones partagésTout comme nous avons maintenant un bouton `focus on clone of samples`, nous pourrions avoir un bouton qui fait l'effet inverse et permettre de cacher les clones qui sont présent dans ce sample. On aurait ainsi une vision facile des nouv...Tout comme nous avons maintenant un bouton `focus on clone of samples`, nous pourrions avoir un bouton qui fait l'effet inverse et permettre de cacher les clones qui sont présent dans ce sample. On aurait ainsi une vision facile des nouveaux clones qui sont apparut ensuite.
Je ne sais pas si il faudrait imaginer d'autres modalités, comme laissé les clones avec un tag par exemple.
L'une des idées pratiques est de faire ressortir les clones qui apparaissent après vaccination, sans le bruit de fond. Faut-il dans ce cas utiliser le premier sample comme support pour ce filtre ?
Encore de la réflexion nécessaire...https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4293Faible proportion de reads mergés avec Flash2020-05-19T17:16:23+02:00Mikaël SalsonFaible proportion de reads mergés avec FlashExemple dans le run 37896, fichier 65545
```
[FLASH] Percent combined: 52.87%
```
Voir si avec #4171 ça change quelque chose.Exemple dans le run 37896, fichier 65545
```
[FLASH] Percent combined: 52.87%
```
Voir si avec #4171 ça change quelque chose.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4226Graines différentes pour V et J : usage2020-04-23T19:24:33+02:00Mathieu GiraudGraines différentes pour V et J : usageAprès #3954/!634.
Attend-on une remise à plat globale des graines #1364 et/ou le seul index pour tous #1169, ou déjà essaie-t-on de mettre dès maintenant quelques J plus petits ? Autre chose ?Après #3954/!634.
Attend-on une remise à plat globale des graines #1364 et/ou le seul index pour tous #1169, ou déjà essaie-t-on de mettre dès maintenant quelques J plus petits ? Autre chose ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4214Avoir l'information in frame/out of frame depuis l'algo2021-11-22T12:38:28+01:00Thonier FlorianAvoir l'information in frame/out of frame depuis l'algoUne demande de Necker qui nécessite un ajout dans l'algo.
C'est simple selon vous ? Nous devons déjà avoir de quoi le calculer non ?
Cc @magiraud @mikael-sUne demande de Necker qui nécessite un ajout dans l'algo.
C'est simple selon vous ? Nous devons déjà avoir de quoi le calculer non ?
Cc @magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4054UNSEG strand sur >5% des reads2021-03-31T17:26:04+02:00Mathieu GiraudUNSEG strand sur >5% des reads
Sur un jeu probablement ~"bio-capture", avec 0.01% détecté, on a > 90% de `too few V/J` (normal), mais 5-10% de `UNSEG strand`: http://app.vidjil.org/index.html?sample_set_id=34726&config=25
Est-ce habituel sur de tels jeux ?
Est-ce...
Sur un jeu probablement ~"bio-capture", avec 0.01% détecté, on a > 90% de `too few V/J` (normal), mais 5-10% de `UNSEG strand`: http://app.vidjil.org/index.html?sample_set_id=34726&config=25
Est-ce habituel sur de tels jeux ?
Est-ce vraiment des affectations mixtes +/-, ou un seuil mal mis où on devrait plutôt mettre `too few V/J` ?
#978 et #1273
cc @flothoni @duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4024Clones with different analyses at diagnosis and follow-up2019-10-28T12:56:03+01:00Mathieu GiraudClones with different analyses at diagnosis and follow-upUsers sometimes report sequences with different analyses at diagnosis and follow-up (link to old issue ?)
@meidanis has recently seen such sequences (could you share them?).
The main reason is probably #3970. See also #2726.
We have to ...Users sometimes report sequences with different analyses at diagnosis and follow-up (link to old issue ?)
@meidanis has recently seen such sequences (could you share them?).
The main reason is probably #3970. See also #2726.
We have to be sure and to investigate and/or document things.
cc @flothoni https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3977Lymphotrack retourne un IGH que nous ne trouvons pas2019-09-10T15:29:03+02:00Thonier FlorianLymphotrack retourne un IGH que nous ne trouvons pasVoici l'extrait du `.affect`. Il y a seulement 11 nt qui pourrait correspondre au J. Pourtant, j'ai testé l'alignement, mais il ne concorde même pas de ce que j'ai vu avec des IGH J.
```
>seq_xxx
TCTCAGTGAAGGTTTCCTGCAAGGCTTCTGGATACACCTT...Voici l'extrait du `.affect`. Il y a seulement 11 nt qui pourrait correspondre au J. Pourtant, j'ai testé l'alignement, mais il ne concorde même pas de ce que j'ai vu avec des IGH J.
```
>seq_xxx
TCTCAGTGAAGGTTTCCTGCAAGGCTTCTGGATACACCTTCACCGGCTACTATATGCACTGGGTGCGACAGGCCCCTGGACAAGGGCTTGAGTGGATGGGATGGATCAACCCTAACAGTGGTGGCACAAACTATGCACAGAAGTTTCAGGGCAGGGTCACCATGACCAGGGACACGTCCATCAGCACAGCCTACATGGAGCTGAGCAGGCTGAGATCTGACGACACGGCCGTGTATTACTGTGCTCCGATG
# 231 ! seed IGH UNSEG only V/5' 4.500000e+01 0.000000e+00/4.500000e+01 _+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H ?+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _
```
cc @magiraud @mikael-s