vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2024-02-06T09:51:29+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5242VDJaffine avec gaps multiples de 32024-02-06T09:51:29+01:00Mathieu GiraudVDJaffine avec gaps multiples de 3
C'est probablement pertinent de favoriser les indels multiples de 3.
Implémentable par trois matrices de gap_extension au lieu d'une, je ne sais pas s'il y a un truc pour faire plus simple.
Bien après #2768.
C'est probablement pertinent de favoriser les indels multiples de 3.
Implémentable par trois matrices de gap_extension au lieu d'une, je ne sais pas s'il y a un truc pour faire plus simple.
Bien après #2768.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5111tSNE sur séquence en AA du CDR32023-01-12T15:58:08+01:00Mathieu GiraudtSNE sur séquence en AA du CDR3
- [x] similarity.cgi prend de l'AA aussi
- [ ] client: envoyer AA du CDR3 ==> @flothoni
- [ ] algo: BLOSUM62 ==> @magiraud
- [x] similarity.cgi prend de l'AA aussi
- [ ] client: envoyer AA du CDR3 ==> @flothoni
- [ ] algo: BLOSUM62 ==> @magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4760Germlines custom -V / -J et findCDR3()2021-04-15T12:49:44+02:00Mathieu GiraudGermlines custom -V / -J et findCDR3()
Dans `germline.cpp`, pour ce qui vient d'un `.g`:
```
bool regular = (code.find("+") == string::npos);
rep_5 = BioReader(2, "|", regular ? CYS104_IN_GAPPED_V : 0) ;
rep_4 = BioReader(2, "|") ;
rep_3 = BioReader(2, "|", regular...
Dans `germline.cpp`, pour ce qui vient d'un `.g`:
```
bool regular = (code.find("+") == string::npos);
rep_5 = BioReader(2, "|", regular ? CYS104_IN_GAPPED_V : 0) ;
rep_4 = BioReader(2, "|") ;
rep_3 = BioReader(2, "|", regular ? PHE118_TRP118_IN_GAPPED_J : 0) ;
```
(mais nous n'avons pas cela pour une des méthodes).
En tout cas, le `code` vau `custom` et ne permet pas de différencier si on cherche ou pas des CDR3. À vérifier, il n'est pas impossible que l'on cherche toujours ou jamais des CDR3 (avec `-3`), indépendamment du fait que la germline le permette ou pas.
Mais bon, on ne peut pas y faire grand chose...https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4621Productivité et codon start et autres éléments2021-01-05T10:53:05+01:00Mathieu GiraudProductivité et codon start et autres élémentsDepuis #3569, https://docs.airr-community.org/en/stable/datarep/rearrangements.html#productive :
> No defect in the start codon, splicing sites or regulatory elements.
Est-ce quelque chose que l'on pourrait regarder ? Une référence pr...Depuis #3569, https://docs.airr-community.org/en/stable/datarep/rearrangements.html#productive :
> No defect in the start codon, splicing sites or regulatory elements.
Est-ce quelque chose que l'on pourrait regarder ? Une référence précise chez ~"repseq-IMGT" ou ailleurs ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4093Affichage de distance entre clones, tSNE2023-05-03T08:12:45+02:00Mathieu GiraudAffichage de distance entre clones, tSNE@pduroux ~"repseq-IMGT" aimerait afficher des distances particulières, qu'ils implémenteraient (par exemple sur la jonction) et qui seraient calculées sur les clones 2 à 2.
@duez, le tSNE prend bien en entrée ce type de distances ?@pduroux ~"repseq-IMGT" aimerait afficher des distances particulières, qu'ils implémenteraient (par exemple sur la jonction) et qui seraient calculées sur les clones 2 à 2.
@duez, le tSNE prend bien en entrée ce type de distances ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4092Doc "color by CDR3"2019-12-10T10:56:36+01:00Mathieu GiraudDoc "color by CDR3"Rajouter dans la doc : "Each cdr3 has a unique color". (Pas de gradient, de distance...)Rajouter dans la doc : "Each cdr3 has a unique color". (Pas de gradient, de distance...)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4087Perte de coloration si uniquement le cdr3 et pas junction2019-12-10T10:56:36+01:00Mathieu GiraudPerte de coloration si uniquement le cdr3 et pas junctionVu par @pduroux : il doit actuellement y avoir `junction` et `AA`.
De plus, la ~doc n'est pas évidente à ce sujet.Vu par @pduroux : il doit actuellement y avoir `junction` et `AA`.
De plus, la ~doc n'est pas évidente à ce sujet.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4006Motif {WF}GxG et productivité2021-02-19T12:51:36+01:00Thonier FlorianMotif {WF}GxG et productivitéEn regardant des séquences discordantes (#2526), on est tombé sur une séquence pour laquelle le motif {WP}GxG était en cause.
Nous devrions vérifier le comportement de vidjil sur ce point, voir ajouter des séquences de tests et un point...En regardant des séquences discordantes (#2526), on est tombé sur une séquence pour laquelle le motif {WP}GxG était en cause.
Nous devrions vérifier le comportement de vidjil sur ce point, voir ajouter des séquences de tests et un point de documentation la dessus.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3906Stéréotypie CDR3, en général2020-11-20T17:04:06+01:00Mathieu GiraudStéréotypie CDR3, en généralExtrait de #3334 qui s'est spécialisée.
Avoir de meilleurs outils pour apprécier les séquences stéréotypiques.
Déjà #2056, #3334, et toutes les tâches %CLL-2018-septembre.
Pur ~client ? Et/ou une détection ~cpp des CDR3 identiques ave...Extrait de #3334 qui s'est spécialisée.
Avoir de meilleurs outils pour apprécier les séquences stéréotypiques.
Déjà #2056, #3334, et toutes les tâches %CLL-2018-septembre.
Pur ~client ? Et/ou une détection ~cpp des CDR3 identiques avec ~"client\-warning" ?
(Différent de #1726 !)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3747Option to keep only productive recombinations2019-02-26T13:50:47+01:00Mathieu GiraudOption to keep only productive recombinationsAsked by ~"THE\-Thessaloniki"Asked by ~"THE\-Thessaloniki"https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3612Le bouton CDR3 devrait être 2-3 pixels plus haut, aligné avec "toBlast"2018-11-07T13:41:21+01:00Mathieu GiraudLe bouton CDR3 devrait être 2-3 pixels plus haut, aligné avec "toBlast"https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3537Colorer les mutations suivant l'impact sur l'acide aminé2021-11-19T11:06:56+01:00Mikaël SalsonColorer les mutations suivant l'impact sur l'acide aminéSuite à #2056 on affiche différemment les mutations silencieuses des mutations non silencieuses. Mais on pourrait aller plus loin en affichant les mutations en fonction du score dans une matrice de score pour la conversion d'un acide ami...Suite à #2056 on affiche différemment les mutations silencieuses des mutations non silencieuses. Mais on pourrait aller plus loin en affichant les mutations en fonction du score dans une matrice de score pour la conversion d'un acide aminé vers un autre.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3490Afficher les codons sur les séquences2018-09-27T18:47:36+02:00Mathieu GiraudAfficher les codons sur les séquencesSuite à #3325/!296, on aimerait pouvoir afficher les codons même quand on a n'a pas mis les germline genes... et peut-être sur plusieurs séquences, pas uniquement sur la premièreSuite à #3325/!296, on aimerait pouvoir afficher les codons même quand on a n'a pas mis les germline genes... et peut-être sur plusieurs séquences, pas uniquement sur la premièrehttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3334Stéréotypie CDR3 à un subset connu2021-11-19T11:06:56+01:00Mathieu GiraudStéréotypie CDR3 à un subset connuCas particulier de #3906.Cas particulier de #3906.CLL-2018-septembrehttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3030Implémenter le warning sur CDR3 sur séquences non gappées2018-04-05T10:09:39+02:00Mathieu GiraudImplémenter le warning sur CDR3 sur séquences non gappéesOu même interdire `-3` quand on a des séquences non gappées ?
Aurait été utile pour #2187 et #3008.Ou même interdire `-3` quand on a des séquences non gappées ?
Aurait été utile pour #2187 et #3008.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2526Discordance de productivité2024-02-06T16:46:02+01:00Mathieu GiraudDiscordance de productivitéAurélie ~"LIL-Lille" (par mail, réévoqué ce matin en direct) :
> Le clone majoritaire (...) est dit non productif par Vidjil alors que IMGT et IgBlast disent qu’il est productif.
>
> http://app.vidjil.org/?sample_set_id=23871&config=3...Aurélie ~"LIL-Lille" (par mail, réévoqué ce matin en direct) :
> Le clone majoritaire (...) est dit non productif par Vidjil alors que IMGT et IgBlast disent qu’il est productif.
>
> http://app.vidjil.org/?sample_set_id=23871&config=35
>
> Let's look on the following clones:
> >IGHV3-7*01 1/GGAAGCCC/21 IGHJ6*01 338 nt, 607 958 reads (89.48%)
> AGGAGTCGGGGGGAGGCTTGGTCCAGGCCGGGGGGTCCCTGAGACTCTCATGCGTCGGCCACGGATTGAGTTTGAAGAAGGATTGGATGAGTTGGGTCCGCCAGGCTCCAGGGGAGGGGCTGGAGTGGGTGGCCTACATAAAGGAAGATGGAAATGGGAAACACTATGTGGACTCTGTGAAGGGCCGATTCATCATCTTCAGAGACGACGCCAAGAACTCACTATATCTGGAAATGAACAGCCTGAGAGTCGAGGACACGGCTATGTATTATTGTGTGAGA
>
> GGGAAGCC
> CTGGGCGTTTGGGGGCCAAGGGACATCGGTCACCGTCTCCTCAGGTAAG
cc @flothoniLille-LAL-nexthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2434Calcul de la jonction AA quand c'est non productif2019-11-06T15:52:40+01:00Mathieu GiraudCalcul de la jonction AA quand c'est non productifDiscussion initiale dans #2428.
> @mikael-s : Si la longueur n'est pas multiple de 3, j'imagine qu'on décide arbitrairement d'ignorer une partie des nt pour sortir des AA pour le reste.
cc @flothoni Discussion initiale dans #2428.
> @mikael-s : Si la longueur n'est pas multiple de 3, j'imagine qu'on décide arbitrairement d'ignorer une partie des nt pour sortir des AA pour le reste.
cc @flothoni https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2189Lever un warning si on utilise -3 avec des séquences non gappées2017-02-16T18:59:40+01:00Mathieu GiraudLever un warning si on utilise -3 avec des séquences non gappéesVoir discussion dans #2187.
cc @mikael-sVoir discussion dans #2187.
cc @mikael-s