vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2024-02-02T09:52:32+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5237Don't take into account upstream or downstream regions for the start/end posi...2024-02-02T09:52:32+01:00Mikaël SalsonDon't take into account upstream or downstream regions for the start/end positions of the geneWe use upstream of downstream sequences to improve the sensitivity for small genes, however they are added to the reference as a normal sequence. They should be differentiated in order to provide the correct start/end positions of the ge...We use upstream of downstream sequences to improve the sensitivity for small genes, however they are added to the reference as a normal sequence. They should be differentiated in order to provide the correct start/end positions of the gene (that don't have to take into account upstream or downstream sequence).
See an example of such an issue here #5235Algo 2024.04https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5235Problème de limite du JK et productivité2024-01-31T17:35:08+01:00Anne de SeptenvilleProblème de limite du JK et productivitéSur les analyses IGK, Vidjil semble continuer à considérer le JK après la fin de celui-ci (région non codante) et donne par conséquent certaines séquences comme non productives parce qu'il doit y voir des codons stop.
Par exemple : ...Sur les analyses IGK, Vidjil semble continuer à considérer le JK après la fin de celui-ci (région non codante) et donne par conséquent certaines séquences comme non productives parce qu'il doit y voir des codons stop.
Par exemple :
https://app.vidjil.org/62056-46?
ou
https://app.vidjil.org/62057-46?clone=70
Nous avons aussi analysé des séquences de cDNA KAPPA et dans ce cas Vidjil s'arrête bien à la fin du J.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5120Erreur d'identification du V2023-02-08T13:07:16+01:00Anne de SeptenvilleErreur d'identification du VDans le cas de ce patient : https://app.vidjil.org/55797-2?
Pour le clone non productif, Vidjil donne un V3-7 alors que IMGT et IgBlast identifient tous les deux un V3-41 à 100%
Quand j'aligne la séquence avec celle du V3-7 je trouve...Dans le cas de ce patient : https://app.vidjil.org/55797-2?
Pour le clone non productif, Vidjil donne un V3-7 alors que IMGT et IgBlast identifient tous les deux un V3-41 à 100%
Quand j'aligne la séquence avec celle du V3-7 je trouve plein de différences...https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5115Problème merge de séquences de tailles très différentes2023-04-03T12:32:09+02:00Anne de SeptenvilleProblème merge de séquences de tailles très différentesLors de l'analyse de données réalisées sur des cDNA (et non des ADN comme la plupart du temps), je me suis aperçue que mes résultats sont plus ou moins parasités par des produits d'épissage aberrants plus courts que la séquence complète ...Lors de l'analyse de données réalisées sur des cDNA (et non des ADN comme la plupart du temps), je me suis aperçue que mes résultats sont plus ou moins parasités par des produits d'épissage aberrants plus courts que la séquence complète attendue. Vidjil regroupe toutes ces séquences en une seule car le CDR3 (quand il est identifié) est identique. La taille moyenne des reads sur l'image type "genescan" ne reflète pas la taille effective des reads et dans certains cas, la séquence consensus choisie par Vidjil est une version "courte" ce qui fausse le résultat.
Serait-il possible de faire en sorte que des reads avec de trop grandes différences de tailles ne soient pas regroupés ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4944Analyse chaîne légère et mutation R1102022-03-04T13:00:26+01:00Anne de SeptenvilleAnalyse chaîne légère et mutation R110Il a été montré que dans la LLC, (Maity et al, PNAS 2020 ; Nadeu et al, Blood 2020), la présence d'une mutation R110 sur la chaine légère lambda VL3-21 était associée à une sévérité accrue de la maladie. Cette mutation (G>C) se trouve à ...Il a été montré que dans la LLC, (Maity et al, PNAS 2020 ; Nadeu et al, Blood 2020), la présence d'une mutation R110 sur la chaine légère lambda VL3-21 était associée à une sévérité accrue de la maladie. Cette mutation (G>C) se trouve à la jonction entre le J et la partie constante.
Par conséquent, nous aimerions analyser des séquences de chaînes légères sur vidjil, pour détecter la présence de cette mutation. dans un premier temps, avec des fastq ne contenant que des chaînes légères (au moins lambda, ou kappa + lambda), et dans l'idéal à terme, à partir de fastq contenant les IGH + les IGL.
Après un premier test, je vois qu'il y a un problème d'analyse de la productivité sur les clones lambda que j'ai importés.
Je voudrais aussi pouvoir analyser des fastq IGH + IGL, mais il me semble qu'avec les paramètres actuels de Vidjil, les clones IGH vont représenter la très grande majorité des 100 premiers clones et que je ne pourrai pas visualiser mes clones lambda, srutotu que pour l'instant ma PCR est peu efficace. Est-ce possible de remédier à cela d'une manière ou d'une autre ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4723Identifier le V dans les séquences non mergées2021-04-01T15:56:33+02:00Anne de SeptenvilleIdentifier le V dans les séquences non mergéesPour certains samples particuliers, j'ai un faible % de reads mergés. J'en connais la raison : des produits PCR trop grand mais néanmoins séquencés. Généralement il s'agit bien de mon clone de LLC mais amplifié avec le J suivant dans l'A...Pour certains samples particuliers, j'ai un faible % de reads mergés. J'en connais la raison : des produits PCR trop grand mais néanmoins séquencés. Généralement il s'agit bien de mon clone de LLC mais amplifié avec le J suivant dans l'ADN, probablement à cause d'une mutation empêchant une amplification correct par le J utilisé dans le réarrangement VDJ.
J'aimerais pour ces samples identifier le V dans les séquences non mergées. Est-ce que cela serait possible avec Vidjil ? Avec un autre outil ? Cela me permettrait d'être sûre que je me trouve dans le cas ci dessus : de grands produits PCR tous issus d'un même réarrangement VDJ dont j'identifie la séquence sur 15-30% des reads.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4573Page principale du serveur : trier les sets par ordre de mise à jour ?2022-03-23T13:40:13+01:00Mathieu GiraudPage principale du serveur : trier les sets par ordre de mise à jour ?Évoqué ce matin : la vue actuelle de la page principale affiche suivant l'ordre de création.
Certes, la recherche, surtout quand elle est efficace depuis !832, permet d'aller chercher facilement n'importe quel set.
Mais bon, si un patie...Évoqué ce matin : la vue actuelle de la page principale affiche suivant l'ordre de création.
Certes, la recherche, surtout quand elle est efficace depuis !832, permet d'aller chercher facilement n'importe quel set.
Mais bon, si un patient créé il y a un an a désormais un point ~"bio-mrd", il est probable qu'on va "souvent" en parler dans les jours à venir: il pourrait apparâitre tout en haut. Plus généralement, "mis à jour" pourrait dire "sample ajouté" ou bien "analyse enregistrée".
Dans ~"dev-gitlab", ma vue par défaut est un tri avec les issues/MR updatées récemment en premier... mais certes, on peut changer le tri.
On pourrait aussi ici permettre plusieurs tris... mais même en faisant cela, j'ai une vague impression qu'un ordre par défaut "last updated" serait en général plus pertinent qu'un ordre "last created". Autres avis bienvenus.
cc @flothoni @duez @mikael-smarc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4572Pouvoir cliquer avec le bouton droit sur des liens sample sets2020-11-20T21:15:48+01:00Mathieu GiraudPouvoir cliquer avec le bouton droit sur des liens sample sets
Si on arrive sur un run avec 50+ patients, on peut souhaiter ouvrir un certain nombre d'onglets avec ces patients. Ce n'est pas possible pour le moment.
Serait ~"!-easy", mais... nécessite #4571 qui est bien plus dur.
Si on arrive sur un run avec 50+ patients, on peut souhaiter ouvrir un certain nombre d'onglets avec ces patients. Ce n'est pas possible pour le moment.
Serait ~"!-easy", mais... nécessite #4571 qui est bien plus dur.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4571API / URL serveur : arriver sur une page d'un set2021-03-29T16:16:46+02:00Mathieu GiraudAPI / URL serveur : arriver sur une page d'un setÉtait déjà mentionné dans #1188 il y a plus de 4 ans ;)
https://app.vidjil.org/4845-25 ouvre le client, set 4845, config 25.
Serait-il raisonnable que https://app.vidjil.org/4845 fasse atterrir sur la page ~"client-database" du set ?
...Était déjà mentionné dans #1188 il y a plus de 4 ans ;)
https://app.vidjil.org/4845-25 ouvre le client, set 4845, config 25.
Serait-il raisonnable que https://app.vidjil.org/4845 fasse atterrir sur la page ~"client-database" du set ?
cc @duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4570Documenter comment travailler sur un format .vidjil2021-02-03T18:52:47+01:00Mathieu GiraudDocumenter comment travailler sur un format .vidjilIl serait intéressant d'encourager les bioinformaticiens à utiliser le format vidjil, plus riche que des exports comme l'export CSV du ~client.
Dans `doc/vidjil-format`, rajouter un script python simple d'exemple pour itérer sur des cl...Il serait intéressant d'encourager les bioinformaticiens à utiliser le format vidjil, plus riche que des exports comme l'export CSV du ~client.
Dans `doc/vidjil-format`, rajouter un script python simple d'exemple pour itérer sur des clones d'un .vijdil multi-sample.
Voir également, côté API, #4207 et #1589.Mathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4569Pouvoir associer d'un coup plusieurs samples à un set / créer un nouveau set ...2020-12-11T11:53:00+01:00Mathieu GiraudPouvoir associer d'un coup plusieurs samples à un set / créer un nouveau set avec des samples existantsUtile par exemple quand on crée de nombreux patients et qu'on se rend compte ensuite qu'on a oublié un set. Ou tout simplement... on décide de faire du rangement et de créer des nouveaux sets.
Pas évident de voir quel serait le bon chem...Utile par exemple quand on crée de nombreux patients et qu'on se rend compte ensuite qu'on a oublié un set. Ou tout simplement... on décide de faire du rangement et de créer des nouveaux sets.
Pas évident de voir quel serait le bon chemin UX pour cela... avoir un bouton "add existing sample" sur la page du set ? Mais comment alors en sélectionner potentiellement beaucoup ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4539stats-qc : Pouvoir afficher d'un coup tous les échantillons d'un set2023-03-28T16:18:06+02:00Mathieu Giraudstats-qc : Pouvoir afficher d'un coup tous les échantillons d'un setCertains usagers, avec des runs avec 50+ échantillons, souhaiteraient visualiser ~"server-qc-stats" d'un coup. Ce n'est pas possible pour l'instant (~~limite à 10, et en plus~~ il faut cliquer sur les échantillons un par un).
Avoir sur ...Certains usagers, avec des runs avec 50+ échantillons, souhaiteraient visualiser ~"server-qc-stats" d'un coup. Ce n'est pas possible pour l'instant (~~limite à 10, et en plus~~ il faut cliquer sur les échantillons un par un).
Avoir sur la page d'un set un bouton "preview all samples" qui fait tout cela d'un coup ? (Derrière, le ~"server-fuse" a déjà été lancé s'ils sont dans le même set #4538)Web 2023.10https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4499Exporter des rapports pour de nombreux patients2021-10-27T17:27:19+02:00Mikaël SalsonExporter des rapports pour de nombreux patients@Anne nous explique qu'exporter des rapports pour 50 patients est fastidieux.
Utilise un tableau synthétique pour les 50 patients en gardant les clones > 1% envoyés à IMGT + AssignSubset@Anne nous explique qu'exporter des rapports pour 50 patients est fastidieux.
Utilise un tableau synthétique pour les 50 patients en gardant les clones > 1% envoyés à IMGT + AssignSubsethttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4427Séquence consensus incomplète analyse comparée2021-04-08T19:03:55+02:00Anne de SeptenvilleSéquence consensus incomplète analyse comparéeJ'ai un problème de séquence consensus pour ce patient séquencé par différents laboratoires.
Avec nos données, la séquence consensus est incomplète (problème de de qualité ? autre ? ce sont de vieilles données... ce qui est étrange c'e...J'ai un problème de séquence consensus pour ce patient séquencé par différents laboratoires.
Avec nos données, la séquence consensus est incomplète (problème de de qualité ? autre ? ce sont de vieilles données... ce qui est étrange c'est que je ne me souvenais pas avoir eu ce problème précédemment avec le même fastq). Par contre pour les 4 autres laboratoires, pas de problème, la séquence consensus est ok et va jusqu'au bout du V. Mais quand je compare les 5 labos ensembles, la séquence est tronquée. Je sais qu'avant Vidjil choisissait plutôt la séquence consensus la plus longue. Quelque chose a changé de ce point de vue là ?
https://app.vidjil.org/31199-2?clone=0
J'ai un autre patient qui a exactement le même profile (séquence consensus tronquée uniquement dans nos données) mais là pas de problème, Vidjil donne une séquence complète lorsque j'affiche les 5 labos ensemble.
https://app.vidjil.org/31213-2?clone=0https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4267Problème détection d'un 2e D trop court2020-06-23T11:47:49+02:00Anne de SeptenvilleProblème détection d'un 2e D trop courtPour ce patient, détection étrange d'un 2e D de 3 nucléotides.
http://app.vidjil.org/index.html?set=37540&config=2&clone=79Pour ce patient, détection étrange d'un 2e D de 3 nucléotides.
http://app.vidjil.org/index.html?set=37540&config=2&clone=79https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4169Ajout d'un même set/run sur plusieurs samples déjà importés2020-02-03T14:41:26+01:00Anne de SeptenvilleAjout d'un même set/run sur plusieurs samples déjà importésParfois quand j'uploade tous mes samples d'un nouveau run, j'oublie de leur associer le set ou le run que je voulais.
Je dois alors modifier chaque sample un par un pour réparer mon oubli et c'est bien dommage !Parfois quand j'uploade tous mes samples d'un nouveau run, j'oublie de leur associer le set ou le run que je voulais.
Je dois alors modifier chaque sample un par un pour réparer mon oubli et c'est bien dommage !https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4038Afficher les index de diversité dans le client2019-11-27T12:08:20+01:00Mathieu GiraudAfficher les index de diversité dans le clientSuggestion de ~"Paris-Pitié". En particulier sur ~"client-graph" ?Suggestion de ~"Paris-Pitié". En particulier sur ~"client-graph" ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3970fuse.py: quelle séquence conserver ? plus grande, meilleur top, plus de reads ?2022-05-20T11:45:37+02:00Thonier Florianfuse.py: quelle séquence conserver ? plus grande, meilleur top, plus de reads ?Un utilisateur [compare deux protocoles](https://app.vidjil.org/browser/index.html?custom=60329&custom=60331&clone=0) IGH: FR1 et primer leader.
Mais lors du fuse, nous conservons par défaut la séquence de la première analyse, à priori...Un utilisateur [compare deux protocoles](https://app.vidjil.org/browser/index.html?custom=60329&custom=60331&clone=0) IGH: FR1 et primer leader.
Mais lors du fuse, nous conservons par défaut la séquence de la première analyse, à priori sans considération sur la taille, qui est pourtant bien plus significative dans le second cas.
Nous devrions rajouter une vérification dans le script.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3888"to CloneDB" fait disparaître l'affichage dans le panneau supérieur2020-06-09T11:19:14+02:00Anne de Septenville"to CloneDB" fait disparaître l'affichage dans le panneau supérieurQuand je sélectionne un clone et que je l'envoie sur CloneDB, la visualisation de clones dans les 2 panneaux de droite (clone average read length et V/J) disparaît, puis seule la visualisation du panneau inférieur V/J réapparaît.Quand je sélectionne un clone et que je l'envoie sur CloneDB, la visualisation de clones dans les 2 panneaux de droite (clone average read length et V/J) disparaît, puis seule la visualisation du panneau inférieur V/J réapparaît.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3862Analyse FAILED avec un résultat2019-03-25T11:12:45+01:00Anne de SeptenvilleAnalyse FAILED avec un résultatCette analyse étais notée FAILED à côté du nom du sample, et pourtant il semble bien y avoir un résultat (obtenu à 16h04) j'ai relancé l'analyse à 16h27 avant de voir que ça avait quand même fonctionné (?).
https://vdb.vidjil.org/brow...Cette analyse étais notée FAILED à côté du nom du sample, et pourtant il semble bien y avoir un résultat (obtenu à 16h04) j'ai relancé l'analyse à 16h27 avant de voir que ça avait quand même fonctionné (?).
https://vdb.vidjil.org/browser/index.html?set=30585&config=54