vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2021-06-23T11:34:52+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1567Splitter un clone / ré-analyser un sous-ensemble de reads2021-06-23T11:34:52+02:00Vidjil TeamSplitter un clone / ré-analyser un sous-ensemble de readsÉvoqué directement par Alice (et Matin il y a longtemps). Ma première réaction : non, l’algo ne marche pas comme cela !
Mais bon… si on est capable de récupérer les reads d’une fenêtre, on pourrait les ré-analyser avec d’autres paramètr...Évoqué directement par Alice (et Matin il y a longtemps). Ma première réaction : non, l’algo ne marche pas comme cela !
Mais bon… si on est capable de récupérer les reads d’une fenêtre, on pourrait les ré-analyser avec d’autres paramètres (par exemple un `-w 100` ou `200`, voire un `-w` égal à la taille du read, comme dans l'option `-!`),voire avec un autre programme... le browser n’y verrait que du feu, on pourrait avoir des windows de taille différente. Au final, ce serait un bouton « split to reads ».
On s’éloigne de la philosophie de l’algo, mais pourquoi pas ? D’ailleurs, si certains reads sont trouvés par d’autres méthodes (grep, séquences connues, xxx, autre heuristique, autre logiciel…), leur id va peut-être varier.
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Marc: "Cela pourrait aussi être fait directement dans la première passe de Vidjil. On détecte mauvais coverage/..., et on applique d'autres paramètres"
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Avec les données de la Pitié on a tendance à rassembler des choses qui ne devraient pas l'être. Il serait bien que la taille de la fenêtre s'adapte automatiquement aux données, sans avoir à relancer le jeu de données en tâtonnant pour savoir quelle taille de fenêtre est la mieux (une puissance de 10 ou pas ? ;) )
Exemple de jeu où on fait n'importe quoi avec la taille de fenêtre par défaut : http://rbx.vidjil.org/browser/?patient=914&config=26
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Argh... je pensais à cette tâche justement en voyant votre échange de mail...
https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4427Séquence consensus incomplète analyse comparée2021-04-08T19:03:55+02:00Anne de SeptenvilleSéquence consensus incomplète analyse comparéeJ'ai un problème de séquence consensus pour ce patient séquencé par différents laboratoires.
Avec nos données, la séquence consensus est incomplète (problème de de qualité ? autre ? ce sont de vieilles données... ce qui est étrange c'e...J'ai un problème de séquence consensus pour ce patient séquencé par différents laboratoires.
Avec nos données, la séquence consensus est incomplète (problème de de qualité ? autre ? ce sont de vieilles données... ce qui est étrange c'est que je ne me souvenais pas avoir eu ce problème précédemment avec le même fastq). Par contre pour les 4 autres laboratoires, pas de problème, la séquence consensus est ok et va jusqu'au bout du V. Mais quand je compare les 5 labos ensembles, la séquence est tronquée. Je sais qu'avant Vidjil choisissait plutôt la séquence consensus la plus longue. Quelque chose a changé de ce point de vue là ?
https://app.vidjil.org/31199-2?clone=0
J'ai un autre patient qui a exactement le même profile (séquence consensus tronquée uniquement dans nos données) mais là pas de problème, Vidjil donne une séquence complète lorsque j'affiche les 5 labos ensemble.
https://app.vidjil.org/31213-2?clone=0https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4723Identifier le V dans les séquences non mergées2021-04-01T15:56:33+02:00Anne de SeptenvilleIdentifier le V dans les séquences non mergéesPour certains samples particuliers, j'ai un faible % de reads mergés. J'en connais la raison : des produits PCR trop grand mais néanmoins séquencés. Généralement il s'agit bien de mon clone de LLC mais amplifié avec le J suivant dans l'A...Pour certains samples particuliers, j'ai un faible % de reads mergés. J'en connais la raison : des produits PCR trop grand mais néanmoins séquencés. Généralement il s'agit bien de mon clone de LLC mais amplifié avec le J suivant dans l'ADN, probablement à cause d'une mutation empêchant une amplification correct par le J utilisé dans le réarrangement VDJ.
J'aimerais pour ces samples identifier le V dans les séquences non mergées. Est-ce que cela serait possible avec Vidjil ? Avec un autre outil ? Cela me permettrait d'être sûre que je me trouve dans le cas ci dessus : de grands produits PCR tous issus d'un même réarrangement VDJ dont j'identifie la séquence sur 15-30% des reads.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4571API / URL serveur : arriver sur une page d'un set2021-03-29T16:16:46+02:00Mathieu GiraudAPI / URL serveur : arriver sur une page d'un setÉtait déjà mentionné dans #1188 il y a plus de 4 ans ;)
https://app.vidjil.org/4845-25 ouvre le client, set 4845, config 25.
Serait-il raisonnable que https://app.vidjil.org/4845 fasse atterrir sur la page ~"client-database" du set ?
...Était déjà mentionné dans #1188 il y a plus de 4 ans ;)
https://app.vidjil.org/4845-25 ouvre le client, set 4845, config 25.
Serait-il raisonnable que https://app.vidjil.org/4845 fasse atterrir sur la page ~"client-database" du set ?
cc @duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4570Documenter comment travailler sur un format .vidjil2021-02-03T18:52:47+01:00Mathieu GiraudDocumenter comment travailler sur un format .vidjilIl serait intéressant d'encourager les bioinformaticiens à utiliser le format vidjil, plus riche que des exports comme l'export CSV du ~client.
Dans `doc/vidjil-format`, rajouter un script python simple d'exemple pour itérer sur des cl...Il serait intéressant d'encourager les bioinformaticiens à utiliser le format vidjil, plus riche que des exports comme l'export CSV du ~client.
Dans `doc/vidjil-format`, rajouter un script python simple d'exemple pour itérer sur des clones d'un .vijdil multi-sample.
Voir également, côté API, #4207 et #1589.Mathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4569Pouvoir associer d'un coup plusieurs samples à un set / créer un nouveau set ...2020-12-11T11:53:00+01:00Mathieu GiraudPouvoir associer d'un coup plusieurs samples à un set / créer un nouveau set avec des samples existantsUtile par exemple quand on crée de nombreux patients et qu'on se rend compte ensuite qu'on a oublié un set. Ou tout simplement... on décide de faire du rangement et de créer des nouveaux sets.
Pas évident de voir quel serait le bon chem...Utile par exemple quand on crée de nombreux patients et qu'on se rend compte ensuite qu'on a oublié un set. Ou tout simplement... on décide de faire du rangement et de créer des nouveaux sets.
Pas évident de voir quel serait le bon chemin UX pour cela... avoir un bouton "add existing sample" sur la page du set ? Mais comment alors en sélectionner potentiellement beaucoup ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4572Pouvoir cliquer avec le bouton droit sur des liens sample sets2020-11-20T21:15:48+01:00Mathieu GiraudPouvoir cliquer avec le bouton droit sur des liens sample sets
Si on arrive sur un run avec 50+ patients, on peut souhaiter ouvrir un certain nombre d'onglets avec ces patients. Ce n'est pas possible pour le moment.
Serait ~"!-easy", mais... nécessite #4571 qui est bien plus dur.
Si on arrive sur un run avec 50+ patients, on peut souhaiter ouvrir un certain nombre d'onglets avec ces patients. Ce n'est pas possible pour le moment.
Serait ~"!-easy", mais... nécessite #4571 qui est bien plus dur.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1638Replicats pour gommer des erreurs de PCR/séquençage2020-07-30T11:29:27+02:00Vidjil TeamReplicats pour gommer des erreurs de PCR/séquençageMikaël: "[Marine et Fred] font des réplicats : est-ce qu'on aurait un moyen de prendre ça en compte pour gommer les erreurs de PCR/séquençage (plus facilement PCR que séquençage) ?"
Mmm... tu veux dire marquer deux samples comme replica...Mikaël: "[Marine et Fred] font des réplicats : est-ce qu'on aurait un moyen de prendre ça en compte pour gommer les erreurs de PCR/séquençage (plus facilement PCR que séquençage) ?"
Mmm... tu veux dire marquer deux samples comme replicats, et, pour les soucis de PCR, détecter des situations comme celles qu'on a vue dans l'article / courbe log-log ? (pour les clustériser ensuite) Quelque part, cela veut dire prendre en compte la différence de % comme un des composants de la distance entre clones.
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4267Problème détection d'un 2e D trop court2020-06-23T11:47:49+02:00Anne de SeptenvilleProblème détection d'un 2e D trop courtPour ce patient, détection étrange d'un 2e D de 3 nucléotides.
http://app.vidjil.org/index.html?set=37540&config=2&clone=79Pour ce patient, détection étrange d'un 2e D de 3 nucléotides.
http://app.vidjil.org/index.html?set=37540&config=2&clone=79https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3888"to CloneDB" fait disparaître l'affichage dans le panneau supérieur2020-06-09T11:19:14+02:00Anne de Septenville"to CloneDB" fait disparaître l'affichage dans le panneau supérieurQuand je sélectionne un clone et que je l'envoie sur CloneDB, la visualisation de clones dans les 2 panneaux de droite (clone average read length et V/J) disparaît, puis seule la visualisation du panneau inférieur V/J réapparaît.Quand je sélectionne un clone et que je l'envoie sur CloneDB, la visualisation de clones dans les 2 panneaux de droite (clone average read length et V/J) disparaît, puis seule la visualisation du panneau inférieur V/J réapparaît.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4169Ajout d'un même set/run sur plusieurs samples déjà importés2020-02-03T14:41:26+01:00Anne de SeptenvilleAjout d'un même set/run sur plusieurs samples déjà importésParfois quand j'uploade tous mes samples d'un nouveau run, j'oublie de leur associer le set ou le run que je voulais.
Je dois alors modifier chaque sample un par un pour réparer mon oubli et c'est bien dommage !Parfois quand j'uploade tous mes samples d'un nouveau run, j'oublie de leur associer le set ou le run que je voulais.
Je dois alors modifier chaque sample un par un pour réparer mon oubli et c'est bien dommage !https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4038Afficher les index de diversité dans le client2019-11-27T12:08:20+01:00Mathieu GiraudAfficher les index de diversité dans le clientSuggestion de ~"Paris-Pitié". En particulier sur ~"client-graph" ?Suggestion de ~"Paris-Pitié". En particulier sur ~"client-graph" ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2236Faut-il afficher 1000 clones dans le client sur un échantillon ?2019-04-08T14:18:32+02:00Mathieu GiraudFaut-il afficher 1000 clones dans le client sur un échantillon ?Discussion originale et plus fine dans #1382, depuis au moins début 2016.
Réévoqué ce matin avec ~"Paris-Pitié".
On souhaiterait afficher au plus 1000 clones (même sur un échantillon, même sur un seul système, typiquement `IGH` pour ~"b...Discussion originale et plus fine dans #1382, depuis au moins début 2016.
Réévoqué ce matin avec ~"Paris-Pitié".
On souhaiterait afficher au plus 1000 clones (même sur un échantillon, même sur un seul système, typiquement `IGH` pour ~"bio-CLL" ), et que cela ne rame pas. Indépendamment de #1382, cette tâche (uniquement ~client) réfléchit sur la pertinence d'afficher plus de clones.
cc @mikael-s @flothoni @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2908Nombre de répétitions de TAC différent entre Sanger et NGS2019-03-25T11:43:50+01:00Mathieu GiraudNombre de répétitions de TAC différent entre Sanger et NGS@Anne@Annehttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3862Analyse FAILED avec un résultat2019-03-25T11:12:45+01:00Anne de SeptenvilleAnalyse FAILED avec un résultatCette analyse étais notée FAILED à côté du nom du sample, et pourtant il semble bien y avoir un résultat (obtenu à 16h04) j'ai relancé l'analyse à 16h27 avant de voir que ça avait quand même fonctionné (?).
https://vdb.vidjil.org/brow...Cette analyse étais notée FAILED à côté du nom du sample, et pourtant il semble bien y avoir un résultat (obtenu à 16h04) j'ai relancé l'analyse à 16h27 avant de voir que ça avait quand même fonctionné (?).
https://vdb.vidjil.org/browser/index.html?set=30585&config=54https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3420Améliorer l'ergonomie de l'auto-completion2019-03-25T09:43:54+01:00Anne de SeptenvilleAméliorer l'ergonomie de l'auto-completionJ'utilise l'auto-completion pour ajouter des sets/samples/runs à mes données préexistantes.
Rien de très important mais quelques petites choses à vous faire remonter :
1) Quand une "étiquette" est ajoutée dans le champ prévu à cet effet...J'utilise l'auto-completion pour ajouter des sets/samples/runs à mes données préexistantes.
Rien de très important mais quelques petites choses à vous faire remonter :
1) Quand une "étiquette" est ajoutée dans le champ prévu à cet effet, une espace est aussi ajoutée à la suite de l'étiquette. du coup quand on veut ajouter une 2e étiquette, il faut commencer par supprimer l'espace... j'ai mis du temps à comprendre que c'était pour ça que l'auto-complétion ne retrouvais pas toujours ce que je cherchais.
2) Je n'ai pas réussi à comprendre pourquoi, mais l'auto-completion ne veux pas afficher certaines étiquettes lorsque je tape certaines suites de caractères...
"P3" ne montre rien, il faut que je tape "P3 " pour voir le patient "EC-NGS P3 DJO" (idem avec les autres P1 à P9)
"EC-NGS " ne fais apparaître que mes sets "EC-NGS Comparaison" et "EC-NGS PSL" et pas les patients "EC-NGS Pxx xxx"https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3817Erreur client sur une séquence particulière2019-03-18T18:32:12+01:00Mikaël SalsonErreur client sur une séquence particulièrePatrick nous a envoyé cette adresse : http://app.vidjil.org/?set=30598&config=25&clone=94
Je ne sais pas quel est le problème qu'il voulait soulever. En tout cas le spinner tourne en boucle et certains boutons ne sont pas fonctionnels (c...Patrick nous a envoyé cette adresse : http://app.vidjil.org/?set=30598&config=25&clone=94
Je ne sais pas quel est le problème qu'il voulait soulever. En tout cas le spinner tourne en boucle et certains boutons ne sont pas fonctionnels (comme l'envoi à IMGT et à IgBlast).
Il y a une erreur :
```
ReferenceError: extra_info_system is not defined
```
En ligne 1090 de `segmenter.js`https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3753Affichage du lien vers l'analyse d'un sample réassocié à un patient/run/set2019-03-11T16:20:36+01:00Anne de SeptenvilleAffichage du lien vers l'analyse d'un sample réassocié à un patient/run/setPour des samples déjà analysés, si j'associe ce sample à un patient à posteriori, le lien vers l'analyse n'apparait pas sur la page principale de la liste des patients.Pour des samples déjà analysés, si j'associe ce sample à un patient à posteriori, le lien vers l'analyse n'apparait pas sur la page principale de la liste des patients.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3749Read merger: INAB tool ?2019-02-26T15:19:10+01:00Mathieu GiraudRead merger: INAB tool ?See #3219.
Nika ~"Paris\-Pitié" already did some tests.
- Requires CDR3 in the R1/R2 overlap. This could not be applied to every user.
- Is their code open-source ? Fotis will check.See #3219.
Nika ~"Paris\-Pitié" already did some tests.
- Requires CDR3 in the R1/R2 overlap. This could not be applied to every user.
- Is their code open-source ? Fotis will check.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3747Option to keep only productive recombinations2019-02-26T13:50:47+01:00Mathieu GiraudOption to keep only productive recombinationsAsked by ~"THE\-Thessaloniki"Asked by ~"THE\-Thessaloniki"