vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2017-05-22T14:08:26+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2428Export de la jonction AA en csv2017-05-22T14:08:26+02:00Mathieu GiraudExport de la jonction AA en csvDemande de Michael Svatoň ~"PRA-Prague" :
> Do you think, it would be possible, when exporting a csv report of clones, to include the AA junction sequence, when present?
cc @flothoniDemande de Michael Svatoň ~"PRA-Prague" :
> Do you think, it would be possible, when exporting a csv report of clones, to include the AA junction sequence, when present?
cc @flothoniWeb 2017.05Thonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2309UMI / traitement des identifiants moléculaires uniques2023-06-28T17:22:53+02:00Mathieu GiraudUMI / traitement des identifiants moléculaires uniquesÀ ma grande surprise, je n'ai pas retrouvé d'issue parlant de ces barcodes. Existe-t-il des scripts standard pour traiter ces données ? On en ferait un ~"server-pre-process" ? Des jeux publics sur lesquels on pourrait tester cela, ou bi...À ma grande surprise, je n'ai pas retrouvé d'issue parlant de ces barcodes. Existe-t-il des scripts standard pour traiter ces données ? On en ferait un ~"server-pre-process" ? Des jeux publics sur lesquels on pourrait tester cela, ou bien un jeu de @mfigeac ?
cc @mikael-sWeb 2023.10Thonier FlorianThonier Florian2023-07-05https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4044Le rapport monitor ne fonctionne plus2019-11-13T07:40:05+01:00Mikaël SalsonLe rapport monitor ne fonctionne plusExemple : http://app.vidjil.org/?set=25736&config=25&plot=v,j,plot
Remonté par ~"PRA-Prague"Exemple : http://app.vidjil.org/?set=25736&config=25&plot=v,j,plot
Remonté par ~"PRA-Prague"https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1362Upload de plusieurs fichiers via des formulaires web2018-03-21T19:04:38+01:00Vidjil TeamUpload de plusieurs fichiers via des formulaires webTâche spécialisée depuis la tâche originale déplacée dans #2891.
Tâche spécialisée depuis la tâche originale déplacée dans #2891.
Web 2018.01Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2326Export csv avec clusters2018-07-20T19:02:36+02:00Mathieu GiraudExport csv avec clustersMichael Svaton ~"PRA-Prague" se sert régulièrement de l'export csv (et fait du R ensuite).
L'export ne tient pas compte des clusters/merges : il aimerait avoir une colonne de plus pour les clusters.
cc @mikael-s @RyanHerbMichael Svaton ~"PRA-Prague" se sert régulièrement de l'export csv (et fait du R ensuite).
L'export ne tient pas compte des clusters/merges : il aimerait avoir une colonne de plus pour les clusters.
cc @mikael-s @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2160Ajouter un clone: interface utilisateur et appel au segmenteur2017-03-01T08:33:03+01:00Mathieu GiraudAjouter un clone: interface utilisateur et appel au segmenteurSuite à #1921 :
* [x] interface utilisateur, un popup quelque part
* [x] lancer ~"segmenter-app" pour peupler le .js du clone en question
@mikael-s @RyanHerbSuite à #1921 :
* [x] interface utilisateur, un popup quelque part
* [x] lancer ~"segmenter-app" pour peupler le .js du clone en question
@mikael-s @RyanHerbArmand BourArmand Bourhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1921Créer un nouveau clone artificiel / ajouter une séquence (modèle)2018-01-10T10:45:58+01:00Vidjil TeamCréer un nouveau clone artificiel / ajouter une séquence (modèle)Michaela voudrait parfois ajouter une séquence dans le browser, pour l'analyser VDJ/CDR3 (voir "Avoir une interface pour le FineSegmenter d'un petit nombre de clones"), mais aussi pour pouvoir l'aligner avec les séquences de Vidjil. Typi...Michaela voudrait parfois ajouter une séquence dans le browser, pour l'analyser VDJ/CDR3 (voir "Avoir une interface pour le FineSegmenter d'un petit nombre de clones"), mais aussi pour pouvoir l'aligner avec les séquences de Vidjil. Typiquement une vérification Sanger ou une séquence qui vient d'ailleurs.
On pourrait avoir quelque part dans le browser un truc "add virtual clones", qui lance Vidjil sur un petit nombre de clones... et rajoute le résultat au sample courant (avec un flag type "virtual"). À voir si cela ne perturbe pas trop le reste (et serait-ce sauvé dans le .analysis ?)
Autre solution (mais pas dans le même sample) : créer un sample à partir d'une séquence copiée/collée, sans avoir à uploader un fichier.
À discuter.
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Aurélie et Nathalie seraient aussi très contentes si on pouvait faire cela.
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→ sujet projet Armand
* [ ] isQuantifiable()
* [ ] éventuellement nettoyer isVirtual()
* [ ] modifier les différentes vues (pas de graphe, scatterplot différent)
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@nobodyWeb 2018.012017-08-27