vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2023-06-29T16:43:00+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4990Pouvoir afficher plus de clone top par locus2023-06-29T16:43:00+02:00Thonier FlorianPouvoir afficher plus de clone top par locusUn example : https://app.vidjil.org/50163-56?
Si on cache les locus TRB pour voir le TRG, nous ne voyons plus aucuns clones dans le graph timeline.
@duez pointe le faite que nous avons une limite dans le client, mais que celle-ci ne p...Un example : https://app.vidjil.org/50163-56?
Si on cache les locus TRB pour voir le TRG, nous ne voyons plus aucuns clones dans le graph timeline.
@duez pointe le faite que nous avons une limite dans le client, mais que celle-ci ne prend pas en compte le locus mais juste le top du clone.
En relation avec le top par système de l'algo.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4214Avoir l'information in frame/out of frame depuis l'algo2021-11-22T12:38:28+01:00Thonier FlorianAvoir l'information in frame/out of frame depuis l'algoUne demande de Necker qui nécessite un ajout dans l'algo.
C'est simple selon vous ? Nous devons déjà avoir de quoi le calculer non ?
Cc @magiraud @mikael-sUne demande de Necker qui nécessite un ajout dans l'algo.
C'est simple selon vous ? Nous devons déjà avoir de quoi le calculer non ?
Cc @magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4144segmenter broken apres le chargement d'un second fichier2020-10-14T11:29:53+02:00marc duezsegmenter broken apres le chargement d'un second fichier
CA ~"PAN-Necker"
> Lorsque je me connecte sur un premier dossier, j'ai la main sur les séquences et la fonction align.
> Ensuite je charge un second dossier, quand je clique sur un clone, la séquence ne s'affiche pas en bas et je n'ai ...
CA ~"PAN-Necker"
> Lorsque je me connecte sur un premier dossier, j'ai la main sur les séquences et la fonction align.
> Ensuite je charge un second dossier, quand je clique sur un clone, la séquence ne s'affiche pas en bas et je n'ai pas la main sur "align" qui apparaît grisé. Ceci se corrige quand j'actualise la page
la fonction reset() du segmenter ne fonctionne plus avec les derniers merges
https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4136Avoir une page publique sur les chantiers en cours et les nouveautés2020-05-27T09:29:48+02:00Mathieu GiraudAvoir une page publique sur les chantiers en cours et les nouveautésSuggestion de Patrick ~"PAN-Necker" : nous pourrions nous améliorer en ~com de ce sur quoi nous travaillons, ce qui est prêt ou presque, ce qui est disponible, même en bêta ou sur certaines ~"server-config".
Certes, nous avons ~"dev-git...Suggestion de Patrick ~"PAN-Necker" : nous pourrions nous améliorer en ~com de ce sur quoi nous travaillons, ce qui est prêt ou presque, ce qui est disponible, même en bêta ou sur certaines ~"server-config".
Certes, nous avons ~"dev-gitlab", mais avant de trouver l'info... Cela pourrait prendre la forme de ~"client-notifications", mais on pourrait réfléchir à un fichier `.md` dans la ~doc (et donc qui se retrouve sur le web), ou bien une issue ~"dev-gitlab" particulière, à destination des usagers, expliquant ces chantiers. Nul besoin de détailler les 1500 issues (on peut mettre des liens ~"dev-gitlab"), mais plutôt de lister 10-15 chantiers et leur état d'avancement.
#2468 #4110Déploiement 2020.06Mathieu GiraudMathieu Giraud2020-01-24https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4072Clones de distribution : le filtrage par locus ne fonctionne pas2022-03-08T11:42:14+01:00Mikaël SalsonClones de distribution : le filtrage par locus ne fonctionne pasSe rendre ici : http://app.vidjil.org/?set=25736&config=56&plot=averageLength,size,bar et choisir le 3è sample. Dans la distribution on a 2 jolies bosses : une due aux TRG et une aux IGH. En désactivant un des locus, la distribution ne s...Se rendre ici : http://app.vidjil.org/?set=25736&config=56&plot=averageLength,size,bar et choisir le 3è sample. Dans la distribution on a 2 jolies bosses : une due aux TRG et une aux IGH. En désactivant un des locus, la distribution ne se modifie pas : les clones de distribution sont rassemblées à partir d'une longueur partagée, mais sans égard pour leur locus.
Mais quand on filtre par locus, le nombre de reads change et, du coup, les pourcentages affichés pour les clones de distribution ne sont plus corrects (par exemple n'afficher que les TRG et tous les sélectionner), j'arrive à 167%.
/cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3902Genescan gris, sur les smaller clones, et partiellement coloré, dans le clien...2020-04-23T19:04:14+02:00Mathieu GiraudGenescan gris, sur les smaller clones, et partiellement coloré, dans le client : fuse.py / distributionsCas particulier de #1048, mais j'ouvre ici car la ~"user\-request" est très claire et explicite : visualiser un genescan, y compris sur les smaller clones. Cas d'usage : top clone fait 1%, et le gris fait > 80%.
Évidemment ~"app\-stats...Cas particulier de #1048, mais j'ouvre ici car la ~"user\-request" est très claire et explicite : visualiser un genescan, y compris sur les smaller clones. Cas d'usage : top clone fait 1%, et le gris fait > 80%.
Évidemment ~"app\-stats" pourrait répondre à cela (et à beaucoup plus), mais ici on se concentre sur voir cela dans le ~client actuel. Se limiter au Genescan répondrait à la demande utilisateur et permet de bien baliser ce qu'on aurait à faire.
Traiter cela permettrait de contourner, dans certains cas, les serpents de mer #2236 #2506. Ces smaller clones seraient bien sur tous les clones restant.
Si on s'y met (mais il faut déjà discuter pour savoir si on y va):
- on respecterait strictement le format stats#199 pour compatibilité future avec ~"app\-stats".
- qui produirait les distributions ? ~cpp ou ~"server\-fuse" ?
- affichage ~"client\-bar" : un peu de travail à faire, mais jouable
cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3897Cas particulier d'un clone retrouvé dans une analyse2019-04-04T18:03:31+02:00Thonier FlorianCas particulier d'un clone retrouvé dans une analyseDésolé pour le nom, il n'est pas très parlant.
@Patrick a remonté une information sur un clone qui avait un problème de dénomination, et qui pouvait l’intéressé car il apparaissait/disparaissait/réapparaissait: https://app.vidjil.org/?...Désolé pour le nom, il n'est pas très parlant.
@Patrick a remonté une information sur un clone qui avait un problème de dénomination, et qui pouvait l’intéressé car il apparaissait/disparaissait/réapparaissait: https://app.vidjil.org/?set=30814&config=25&clone=94
Le souci c'est que ce clone à une séquence consensus très courte, environ 50% de la longueur moyenne. Point positif, on lève bien une alerte.
J'ai voulu regarder de plus près ce clone. J'ai exploité la nouvelle fonction `get_reads` pour obtenir un fichier se concentrant sur ses reads.
En regardant de plus près, on voit que toutes les séquences ont une première partie commune, sur les 60nt en 5', mais complètement différentes sur le reste, avec énormément de stretch de A. (voici le [fichier extrait](/uploads/0c8581c5f6ecd879c49270bffee86876/seq_patrick.fastq)).
J'ai alors voulu jouer avec pour comprendre les affectations, rallonger les fenêtres, ...
```
>seq1
ATCGATTTTCTGCAGAGAGGCTGACAGTGCTCGGTAAGAGATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCACTCCGGAGAATCTCGTATGCCGTCTTCTGCTTGAAAAAAAAAAAAAAACAACAATAAAGAACATAAAACTATTCTGAATGTTAAAGAGACAAAAAAACAAATAATATAGAAGATAATATTACGAGGATACAGTAGAGTAATCTAGACATAGCAAAGTAAAACAGGACCAAGAAGGTTGGG
# 18 + VJ 1 18 23 251 seed TRB SEG_+ 1.972121e-08 5.559703e-16/1.972121e-08+B+B+B+B+B+B+B+B+B+B _ _ _ _ _ _ _ _+b+b+b+b+b+b+b+b _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _
#>seq1 + VJ 1 18 23 251 w55/10 seed TRB SEG_+ 1.972121e-08 5.559703e-16/1.972121e-08
```
On peut donc voir que l'on n'a que quelques nt vus comme V et J, sur 251nt. Je pense donc qu'il s'agit d'un artefact.
Si j'essaye de rallonger la fenêtre, je n'ai pas le résultat escompté car il m'indique qu'il shift la fenêtre, probablement trop proche en 5'. Je me retrouve donc quoi qu'il arrive avec la même fenêtre.
Quoi qu'il en soit, je ne sais pas quoi faire de cette séquence. Je peux l'ajouter dans un test, mais que devrait-on y mettre ? On ne devrait pas la ressortir comme un clone avec si peu d'affectations de kmer ?
cc @magiraud @mikael\-s @Patrickhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3216Utilisation des séquences "cibles"2023-06-28T16:58:04+02:00Thonier FlorianUtilisation des séquences "cibles"Problème de Patrick :
> comparer le nombre de read d’un patient (pour une cible) à la moyenne des reads de cette cible sur l’ensemble des patients (ou sur une cohorte définie, par exemple 200 patients de notre site). Ceci nous permettra...Problème de Patrick :
> comparer le nombre de read d’un patient (pour une cible) à la moyenne des reads de cette cible sur l’ensemble des patients (ou sur une cohorte définie, par exemple 200 patients de notre site). Ceci nous permettra d’avoir des critères d’acceptation du run.
Pour ce faire, il faut faire une recherche de cette cible sur l’ensemble des samples sélectionnées:
* Premier point : il faut déjà pouvoir spécifier la cible.
* Pouvons-nous nous contenter de le faire sur la liste des clones disponible dans les fichiers vidjil ? Nous pourrions alors passer à côté d'une séquence qui ne correspond pas à un clone du top 100, mais qui pourrait avoir son intérêt quand même.
* Rechercher sur le fichier source de séquençage ? Certainement plus long d'un point de vue informatique, mais cela reste-t-il de l'ordre du raisonnable ?
* Faudra-t-il utiliser des séquences dégénérées ?
Autre solution: passer par cloneDB. Serait-ce plus simple d'un point de vue technique ? Cela permettrai-t-il la même granulométrie dans la recherche pour l'inclusion des divers échantillons ?
@Patrick : Aurais-tu un exemple de cible que tu cherches , les samples associés, et ce que tu as (ou t'attends) a retrouver stp ?
@magiraud @mikael\-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2893Erreur serveur à la suppression de sample sets2018-09-24T15:53:02+02:00Mikaël SalsonErreur serveur à la suppression de sample setsRennes vient d'avoir des erreurs serveurs en supprimant un sample set : https://db.vidjil.org/admin/default/ticket/vidjil/93.93.153.226.2017-11-23.18-15-53.7611c430-63a0-429b-aeba-5a03cb7e9d51
C'était aussi le cas de [Monza](https://db....Rennes vient d'avoir des erreurs serveurs en supprimant un sample set : https://db.vidjil.org/admin/default/ticket/vidjil/93.93.153.226.2017-11-23.18-15-53.7611c430-63a0-429b-aeba-5a03cb7e9d51
C'était aussi le cas de [Monza](https://db.vidjil.org/admin/default/ticket/vidjil/149.132.237.26.2017-11-22.14-58-43.1e393560-8065-4d7f-9485-b3deb6e57993) et de [Necker](https://db.vidjil.org/admin/default/ticket/vidjil/164.2.255.244.2017-11-22.09-26-23.aef4127b-ec25-4be1-a641-45bdf3c6e5dc) il y a quelques jours.Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2851Coût de segmentation : pas de coût spécifique aux homopolymères par défaut2024-02-06T09:55:42+01:00Mikaël SalsonCoût de segmentation : pas de coût spécifique aux homopolymères par défautHistoriquement on a un coût dû aux homopolymères car à Lille, ils utilisent des séquenceurs Ion Torrent/Proton.
EM vient de faire une présentation disant qu'on loupe de `Dd3`, peut-être à cause des `GGGG`. Or nos coûts permettent effect...Historiquement on a un coût dû aux homopolymères car à Lille, ils utilisent des séquenceurs Ion Torrent/Proton.
EM vient de faire une présentation disant qu'on loupe de `Dd3`, peut-être à cause des `GGGG`. Or nos coûts permettent effectivement de passer beaucoup plus facilement à côté de ce genre de séquences.
Il n'y a pas de raison qu'on conserve ce coût spécifique.Algo 2017.11https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2849Incident 2017-11-22 : Upload impossible ?2018-02-16T12:10:55+01:00Mathieu GiraudIncident 2017-11-22 : Upload impossible ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2716Plusieurs tubes / index / fichiers pour un seul sample2023-02-08T12:21:43+01:00Mathieu GiraudPlusieurs tubes / index / fichiers pour un seul sampleMichael ~"PRA-Prague", comme ~"KIE-Kiel", uploade plusieurs fichiers pour un seul sample venant de chaque tube.
Connait-on d'autres utilisateurs qui font de même ?
C'est une manière vraiment détournée de se servir du client. Cela va enc...Michael ~"PRA-Prague", comme ~"KIE-Kiel", uploade plusieurs fichiers pour un seul sample venant de chaque tube.
Connait-on d'autres utilisateurs qui font de même ?
C'est une manière vraiment détournée de se servir du client. Cela va encore pour un échantillon de diagnostic (et encore), mais, dès qu'on a deux samples, et bien on ne voit plus rien du tout.
- Tagger ces "samples" d'une manière particulière ? Équivaudrait à changer la db pour avoir un truc plus fin que samples. Argh, trop complexe.
- Avoir un pre-process pour combiner `n` samples ?
- Le plus simple serait un `cat`, mais on perd l'info originale. Mais c'est peut-être pas grave ?
- Un pre-process qui ferait un `cat` en ajoutant l'info, et ensuite l'algo tiendrait compte de cela ?
- Et c'est encore plus complexe quand tout peut être R1/R2
(Dans l'autre sens, #1684)
cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2235Statistiques sur l'ensemble des patients/runs/groupe d'échantillon (vue génér...2018-09-14T12:08:00+02:00Mathieu GiraudStatistiques sur l'ensemble des patients/runs/groupe d'échantillon (vue générique)Discussion avec ~"Paris-Pitié" .
Un tableau récapitulatif d'un ensemble de samples.
Déjà pour ~"bio-control" (assurance qualité), mais aussi de l'interprétation de résultats.
Voir aussi #1644
cc @mikael-s @RyanHerbDiscussion avec ~"Paris-Pitié" .
Un tableau récapitulatif d'un ensemble de samples.
Déjà pour ~"bio-control" (assurance qualité), mais aussi de l'interprétation de résultats.
Voir aussi #1644
cc @mikael-s @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2205Color by clone2017-03-22T14:31:36+01:00Mathieu GiraudColor by cloneFaire une coloration par clone. Typiquement on aimerait distinguer les 100 premiers clones.
Demandé par nos collègues pour le "GeneScan arc-en-ciel".
cc @mikael-sFaire une coloration par clone. Typiquement on aimerait distinguer les 100 premiers clones.
Demandé par nos collègues pour le "GeneScan arc-en-ciel".
cc @mikael-sWeb 2017.03https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2072Recherche des recombinaisons DDH2021-09-08T17:15:26+02:00Mikaël SalsonRecherche des recombinaisons DDHMail de @flothoni du 01/12 : le germlines.data actuel ne recherche pas de D dans le cas d'une recombinaison DJ. C'est effectivement le cas :
```
"recombinations": [ {
"5": ["IGHD_upstream.fa"],
"3": ["IGHJ...Mail de @flothoni du 01/12 : le germlines.data actuel ne recherche pas de D dans le cas d'une recombinaison DJ. C'est effectivement le cas :
```
"recombinations": [ {
"5": ["IGHD_upstream.fa"],
"3": ["IGHJ.fa"]
}],
```
Est-on d'accord qu'on voudrait le rajouter ? Ou alors seulement si l'option `-d` (recherche de D multiples) est passée ? Mais dans ce cas c'est difficile car impose d'avoir un germline qui dépend d'une option.
@magiraudThonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2043Avoir la longueur d'un clone relative à un jeu de primers / ou une/deux featu...2021-04-15T18:38:01+02:00Thonier FlorianAvoir la longueur d'un clone relative à un jeu de primers / ou une/deux features quelconquesDemande d'Elizabeth : Elle souhaite avoir la visualisation des genescan mais que les longeurs indiquées soit celles par rapport aux primers biomed utilisés.
J'ai pris le temps de réfléchir un peu à la demande d'Elizabeth. L'idée serait...Demande d'Elizabeth : Elle souhaite avoir la visualisation des genescan mais que les longeurs indiquées soit celles par rapport aux primers biomed utilisés.
J'ai pris le temps de réfléchir un peu à la demande d'Elizabeth. L'idée serait de replacer les positions des primers relative pour chaque segment, et donc de faire un nouveau calcul a peu près similaire à celui de la longueur des CDR3.
Pour ça il faut lister les primers pour chaque locus et leur positions relatives. Soit il y a la possibilité de faire ça dans l'algo directement (pas flexible du tout), soit il est possible de faire ça dans le browser.
L'avantage du browser repose sur la non redondance de l’information, et la possibilité de switcher à la volée entre les différents type de primers (biomed2, bientôt biomed3), et pourquoi pas imaginer des primers en dev ou tiers aussi (fourni dans ce cas par l'utilisateur dans un format adapté).
@magiraud @mikael-sWeb 2021.05Thonier FlorianThonier Florian2021-03-09https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2002Configuration trop stringeante sur la recherche du D2022-05-12T11:42:47+02:00Vidjil TeamConfiguration trop stringeante sur la recherche du DExemple : http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=3837&config=2
On prend le gros clone et les petits clones autour. La moitié a un D trouvé, pas l'autre moitié. Le D fait 22bp il n'est pas trouvé dès qu'il y a une erreur/mutati...Exemple : http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=3837&config=2
On prend le gros clone et les petits clones autour. La moitié a un D trouvé, pas l'autre moitié. Le D fait 22bp il n'est pas trouvé dès qu'il y a une erreur/mutation.
***
Alors il y a bien un problème mais il n'a rien à voir. Voir « Le résultat de la segmentation change selon le contexte » #2003
***
Notons que toutes les séquences ici ont normalement le même "multiplier" de E-value (nb de clones analysés).
... et effectivement, il y a bien un problème (de calcul de p-valeur) : cela semble gros qu'une seule mutation sur 22pb fasse tout louper.
***
Surtout qu'il y a une séquence avec une mutation dans le D, où le D est bien trouvé...
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Seuil de e-valeur pour le D : .05
J'imagine qu'il y a une raison pour cette faible valeur, mais les D sont courts et atteindre de très faibles e-valeur est compliqué (à l'inverse de ce qu'on a avec le kmer segmenteur). Pourquoi le seuil est-il à 0,05 ?
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@magiraud @mikael-sThonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1995Export Krona pour la visualisation du répertoire2021-11-19T11:06:56+01:00Vidjil TeamExport Krona pour la visualisation du répertoireun exemple de visualisation pratique (et dynamique) pour le répertoire.
Les krona permettent de zoomer et d'approfondir la visualisation.
Possibilité de la proposé en export à partir de vidjil.
PS: inclut depuis peu par arrest (contin...un exemple de visualisation pratique (et dynamique) pour le répertoire.
Les krona permettent de zoomer et d'approfondir la visualisation.
Possibilité de la proposé en export à partir de vidjil.
PS: inclut depuis peu par arrest (continuité utilisateur ? ).
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@flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1793VDDJ et overlap2016-11-29T14:40:41+01:00Vidjil TeamVDDJ et overlap56016dc a pas mal solutionné, mais il faudra un jour reprendre plus finement la question des overlaps des D sur le V et J, peut-être avec plus de séquences de test. Rien d'urgent.
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@nobody56016dc a pas mal solutionné, mais il faudra un jour reprendre plus finement la question des overlaps des D sur le V et J, peut-être avec plus de séquences de test. Rien d'urgent.
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1792VDDJ et sortie json2022-06-21T11:40:21+02:00Vidjil TeamVDDJ et sortie jsonLa release 2016.02 sort "4", "4a" pour D1 (avant D) et "4b" pour D2 (après D). Florian, tu peux traduire cela en ce que tu veux pour toi.
Il faudra réfléchir à un nommage plus régulier : 4a, 4b, 4c.. ? mais donc pas de 4 si plusieurs D ...La release 2016.02 sort "4", "4a" pour D1 (avant D) et "4b" pour D2 (après D). Florian, tu peux traduire cela en ce que tu veux pour toi.
Il faudra réfléchir à un nommage plus régulier : 4a, 4b, 4c.. ? mais donc pas de 4 si plusieurs D ? Idem pour les N1/N2, sont-ils vraiment nécessaires dans le json ?
***
Très bonne question.
Disons que pour l'utilisateur, l'information sur le premier D trouvé n'a que peu d'intérêt, mais d'un point de vue technique, il s'agit pourtant du plus fiable non ?
Pour une question d'interopérabilité entre différents logiciels, il serait bon de simplement les nommer 4a,b , c... (pour les cas extrêmes). On aurait ainsi plus de flexibilité.
Pour les N, la question c'est de savoir si on continue sur N1, N2, et Nxx ensuite. N1 peut passer, mais N2 devient obsolète. Est-il possible de faire Nx-y ? Ça donnerait Nv-j, Nv-a, Na-b, ... Ce n'est pas très esthétique, mais plus parlant pour quelqu'un d'extérieur.
Ensuite il reste les cas des ddj. Le premier d est toujours considéré comme un 5 ? Ça donnerait quoi dans ce cas ? il faudrait empêcher les N1 pour aller directement au "Na-b", ou autre solution retenue.
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On parlera de cela tranquillement en mars voire avril, rien d'urgent.
Pour les N, une solution est tout simplement de .... supprimer cette sortie, comme c'est redondant avec les coordonnées.
(Les DDJ sont pour l'instant toujours mis comme 5-4-3.)
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Fait. 4a, 4b, etc.
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Non, ce n'est pas fait. "4a" / "4" / "4b" sont codés en dur dans core/segment.cpp.
Voir par exemple la sortie de should-vdj-tests/0000-nck-TRD+-VDDJ.should-vdj.fa
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@nobody