vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2023-09-07T16:31:35+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5164Non-recombined sequence leading to IGK false positive.2023-09-07T16:31:35+02:00Mikaël SalsonNon-recombined sequence leading to IGK false positive.See ~"NAN - Nantes" email on 2023-08-10 mentioning this issue:
He points this sequence:
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ATGTGGACTCCCTCATGAGCAGATGCCACCAGGGCCACTGGCCCCAGCTTCCTCCTTCACAGCTGCAGTGGGGGCTGGGGCTGGGGCATCCCAGGGAGGGTTTTTGTATGAGCCTGTGTCACAGTGTGTGGTATTCGGCGGAG...See ~"NAN - Nantes" email on 2023-08-10 mentioning this issue:
He points this sequence:
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ATGTGGACTCCCTCATGAGCAGATGCCACCAGGGCCACTGGCCCCAGCTTCCTCCTTCACAGCTGCAGTGGGGGCTGGGGCTGGGGCATCCCAGGGAGGGTTTTTGTATGAGCCTGTGTCACAGTGTGTGGTATTCGGCGGAGGGACCAAGCTGACCGTCCTAGGTGAGTCTCTTCTCCCCTCTCCTTCCCCGCTCTTGGGACAATTTCTGCTGTTTTTGTTTGTTTCTGTATCTTGTCTCA
```
where we find a `IGKV2D-29 0/78/7 J4`https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5117artifact sequence; be able to substract them from number of reads2023-01-25T17:30:48+01:00THONIER Florianartifact sequence; be able to substract them from number of readsWhen a clone is tagged as noise/artifact, we should offer the possiblity to subsrat is value from what is proportion of reads shown.
ex: IGH D7-27//J1. If it is seen at 50% and hidden or tagged as noise, other clone still at the same s...When a clone is tagged as noise/artifact, we should offer the possiblity to subsrat is value from what is proportion of reads shown.
ex: IGH D7-27//J1. If it is seen at 50% and hidden or tagged as noise, other clone still at the same size.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4800Temps de calcul Genescan2021-05-19T12:08:18+02:00Mathieu GiraudTemps de calcul GenescanUn cas avec 16 patients x 100 clones qui prend 3-4 minutes.
Mais bon... on ne conseille pas d'analyser les patients individuellement sur une telle vue.
- des choses possibles pour accélérer ?
- sinon, limiter l'utilisation de cet axe ?Un cas avec 16 patients x 100 clones qui prend 3-4 minutes.
Mais bon... on ne conseille pas d'analyser les patients individuellement sur une telle vue.
- des choses possibles pour accélérer ?
- sinon, limiter l'utilisation de cet axe ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4695Indice de diversité; affiché les noms complets dans le panel information de l...2021-02-12T12:59:50+01:00Thonier FlorianIndice de diversité; affiché les noms complets dans le panel information de l'échantillonPour l'instant on a des abréviations et pas le nom clair des indicesPour l'instant on a des abréviations et pas le nom clair des indices2021-03-05https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4412Avoir un warning quand le nombre de différences est faible par rapport au nom...2020-07-22T16:15:30+02:00Mikaël SalsonAvoir un warning quand le nombre de différences est faible par rapport au nombre d'hypermutations
On a un cas avec avec des LLC très mutées où les V sont trop courts et on se trompe de V (vdj#1089). On ne peut pas y faire grand chose : la similitude est effectivement meilleure pour le V qu'on sort et V-QUEST comme IgBlast sortent la...
On a un cas avec avec des LLC très mutées où les V sont trop courts et on se trompe de V (vdj#1089). On ne peut pas y faire grand chose : la similitude est effectivement meilleure pour le V qu'on sort et V-QUEST comme IgBlast sortent la même chose.
Mais il existe un V à une mutation près qu'on ne signale pas. En temps normal c'est probablement légitime : si on a l'intégralité d'un V qui matche à 100% avec le read, on n'a probablement pas envie de signaler les V qui sont à 1nt d'écart. En revanche quand on a 5%-10% de mutations, avoir seulement une différence dans le V c'est de l'ordre du bruit de fond et cela devrait probablement être signalé.
Cela m'évoque d'une certaine façon !157 où le score des délétions change en fonction du % de mutations.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2902Création simultanée de patients et upload multiples de fichiers2022-05-20T12:21:01+02:00Mathieu GiraudCréation simultanée de patients et upload multiples de fichiersDiscuté ce matin à propos de https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/1362#note_64313
Dans un premier temps, il est suffisant d'avoir deux étapes : création batch #2878 puis multi-upload #1362/#2891
Dans un second temps, on pourra...Discuté ce matin à propos de https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/1362#note_64313
Dans un premier temps, il est suffisant d'avoir deux étapes : création batch #2878 puis multi-upload #1362/#2891
Dans un second temps, on pourrait avoir une procédure intégrée, à voir si ce n'est pas trop lourd
- 1) soit une UI intégrée à réaliser (comme le bas de https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/1362#note_63462)
- 2) soit une procédure qui fait les deux étapes, et propose successivement à l'utilisateur les vérification des deux étapes
cc @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2891Upload de plusieurs fichiers .fasta via un .zip / .csv2023-03-28T16:10:53+02:00Mathieu GiraudUpload de plusieurs fichiers .fasta via un .zip / .csvTâche originelle dans #1362
PAN a envoyé un .zip avec 4 fichiers dedans. Et ça on ne sait pas faire. Il faudrait « juste » décompresser l'archive et itérer sur tous les fichiers et les remplir tous avec les mêmes propriétés.
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Oui, c...Tâche originelle dans #1362
PAN a envoyé un .zip avec 4 fichiers dedans. Et ça on ne sait pas faire. Il faudrait « juste » décompresser l'archive et itérer sur tous les fichiers et les remplir tous avec les mêmes propriétés.
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Oui, cela simplifierait beaucoup certains usages... mais ce n'est pas si évident à faire :
- le "sampling date" peut ne pas être le même (mais on pourrait faire une passe manuelle ensuite)
- et surtout, si on décompresse, il faut le faire dans environnement sécurisé pour que cela ne mette pas le bazar dans nos fichiers
- et éduquer les utilisateurs pour que le .zip soit uniquement des fichier fasta (pas un fichier .txt ou je ne sais quoi en plus)...
En mode production MRD, ce n'est pas forcément nécessaire (un point à la fois).
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Mentionné par nos amis du NHS.
Pour eux, ce serait même *différents patients* ? Au passage, c'est vrai que c'est plus réaliste. En production, on a le(s) run(s) de la semaine, avec du diag, et des MRDs de patients existants
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Vraiment pas facile...
Début de réflexion : on uploade une archive, cela ajoute les fichiers, on arrive sur un tableau avec la liste des fichiers et des controles pour ajouter au patient qu'on veut ?
On suppose par contre que producer / sequencer sont le même pour tous...
Mais primers, non.
Pb: tant que le .zip n'est pas arrivé, on ne peut pas afficher le tableau.
Bof / bof...
Il faudrait expliciter le scénario avec nos users pour voir ce qu'ils veulent vraiment.
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Est-ce vraiment un problème de ne pas voir le tableau ? De toute façon on voit l'upload en cours dans le widget.
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Remis au goût du jour pour Lyon ?
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Après le R1+R2, il faudra voir si on remet cela au goût du jour.
Heinrik a exactement le problème d'uploader régulièrement >20 fichiers, il faudrait un moyen de le faire plus rapidement.
À voir comment cela pourrait marcher avec le R1+R2.
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Discuté lors de la Rando 2016.
Pas prioritaire. L'idée pour les prochains mois est déjà d'utiliser les "runs", de voir si nos utilisateurs aiment cela.
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Ping.
Henrik est revenu à la charge. La solution la plus simple est un upload de plusieurs fichiers pour *un même* patient. À mon avis on peut bidouiller un truc côté Javascript, à voir si c'est souhaitable (récupère tous les fichiers et les envoie 1 par 1 ou 2 par 2 au contrôleur).
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@nobody
cc @RyanHerbWeb 2023.10https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2716Plusieurs tubes / index / fichiers pour un seul sample2023-02-08T12:21:43+01:00Mathieu GiraudPlusieurs tubes / index / fichiers pour un seul sampleMichael ~"PRA-Prague", comme ~"KIE-Kiel", uploade plusieurs fichiers pour un seul sample venant de chaque tube.
Connait-on d'autres utilisateurs qui font de même ?
C'est une manière vraiment détournée de se servir du client. Cela va enc...Michael ~"PRA-Prague", comme ~"KIE-Kiel", uploade plusieurs fichiers pour un seul sample venant de chaque tube.
Connait-on d'autres utilisateurs qui font de même ?
C'est une manière vraiment détournée de se servir du client. Cela va encore pour un échantillon de diagnostic (et encore), mais, dès qu'on a deux samples, et bien on ne voit plus rien du tout.
- Tagger ces "samples" d'une manière particulière ? Équivaudrait à changer la db pour avoir un truc plus fin que samples. Argh, trop complexe.
- Avoir un pre-process pour combiner `n` samples ?
- Le plus simple serait un `cat`, mais on perd l'info originale. Mais c'est peut-être pas grave ?
- Un pre-process qui ferait un `cat` en ajoutant l'info, et ensuite l'algo tiendrait compte de cela ?
- Et c'est encore plus complexe quand tout peut être R1/R2
(Dans l'autre sens, #1684)
cc @flothoni