vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2018-08-30T14:51:55+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3103Recombinaison avec ERG2018-08-30T14:51:55+02:00Thonier FlorianRecombinaison avec ERGWith the same protocole than for IKZF1 (cf #2139), some data with ERG recombination have been send to us.
I created germlines data from raw gene sequence and try the algorithm on 10 sequences.
Now, I created some should-get tests. Nee...With the same protocole than for IKZF1 (cf #2139), some data with ERG recombination have been send to us.
I created germlines data from raw gene sequence and try the algorithm on 10 sequences.
Now, I created some should-get tests. Need more examples to work correctly.
https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2893Erreur serveur à la suppression de sample sets2018-09-24T15:53:02+02:00Mikaël SalsonErreur serveur à la suppression de sample setsRennes vient d'avoir des erreurs serveurs en supprimant un sample set : https://db.vidjil.org/admin/default/ticket/vidjil/93.93.153.226.2017-11-23.18-15-53.7611c430-63a0-429b-aeba-5a03cb7e9d51
C'était aussi le cas de [Monza](https://db....Rennes vient d'avoir des erreurs serveurs en supprimant un sample set : https://db.vidjil.org/admin/default/ticket/vidjil/93.93.153.226.2017-11-23.18-15-53.7611c430-63a0-429b-aeba-5a03cb7e9d51
C'était aussi le cas de [Monza](https://db.vidjil.org/admin/default/ticket/vidjil/149.132.237.26.2017-11-22.14-58-43.1e393560-8065-4d7f-9485-b3deb6e57993) et de [Necker](https://db.vidjil.org/admin/default/ticket/vidjil/164.2.255.244.2017-11-22.09-26-23.aef4127b-ec25-4be1-a641-45bdf3c6e5dc) il y a quelques jours.Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2877normalisation2022-04-25T16:46:03+02:00Ghost UsernormalisationDiscussion à propos de la normalisation. Il nous a parlé d'amplification préférentielle (a priori Kiel a présenté des choses la dessus) et suggéré de normaliser à partir de la quantité d'ADN dans l'échantillon.Discussion à propos de la normalisation. Il nous a parlé d'amplification préférentielle (a priori Kiel a présenté des choses la dessus) et suggéré de normaliser à partir de la quantité d'ADN dans l'échantillon.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2830Faire une médiane sur une normalisation multiple2018-12-28T10:10:31+01:00Ryan HerbertFaire une médiane sur une normalisation multipleSi j'ai bien compris, Marlène à trois sortes de spike-ins sur lesquels elle voudrais pouvoir normaliser avec une médiane des trois.Si j'ai bien compris, Marlène à trois sortes de spike-ins sur lesquels elle voudrais pouvoir normaliser avec une médiane des trois.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2309UMI / traitement des identifiants moléculaires uniques2023-06-28T17:22:53+02:00Mathieu GiraudUMI / traitement des identifiants moléculaires uniquesÀ ma grande surprise, je n'ai pas retrouvé d'issue parlant de ces barcodes. Existe-t-il des scripts standard pour traiter ces données ? On en ferait un ~"server-pre-process" ? Des jeux publics sur lesquels on pourrait tester cela, ou bi...À ma grande surprise, je n'ai pas retrouvé d'issue parlant de ces barcodes. Existe-t-il des scripts standard pour traiter ces données ? On en ferait un ~"server-pre-process" ? Des jeux publics sur lesquels on pourrait tester cela, ou bien un jeu de @mfigeac ?
cc @mikael-sWeb 2023.10Thonier FlorianThonier Florian2023-07-05https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1744Contrôle de la contamination sur un run2022-07-26T12:08:26+02:00Vidjil TeamContrôle de la contamination sur un runDemandé par Nathalie vendredi dernier au CHR.
"Ce serait bien d'avoir, d'un coup d'oeil, des trucs pour voir tout un run, s'il y a des contaminations en particulier".
Cela rentre dans les réflexions en cours sur "run" / "tags" / ...
...Demandé par Nathalie vendredi dernier au CHR.
"Ce serait bien d'avoir, d'un coup d'oeil, des trucs pour voir tout un run, s'il y a des contaminations en particulier".
Cela rentre dans les réflexions en cours sur "run" / "tags" / ...
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Marc, tu devrais nous expliquer un jour ce que tu fais en interne pour les contaminations.
Y a-t-il une manière de le visualiser ?
Si par exemple on va sur http://rbx.vidjil.org/browser/?custom=10946&custom=10947&custom=10948&custom=10949&custom=10950&, comment peut-on voir s'il y a des clones communs ?
Entre deux points contigus c'est simple, sinon c'est plus dur;
Un "color by number of samples" ?
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Tiens, si "nb of samples" était une dimension d'affichage, on pourrait faire des trucs rigolos.
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@nobody