vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2019-03-19T11:10:38+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3826Événements pour un patient : vue dans le client2019-03-19T11:10:38+01:00Mathieu GiraudÉvénements pour un patient : vue dans le clientVoir #1361.
À supposer qu'on aie de telles données, comment les représenter ?
#1361 :
> des marqueurs sur le graphe (et sur les rapports .html / .pdf)
@flothoni, #3823:
> Soit faire un fond coloré entre deux dates, soit avoir un graph...Voir #1361.
À supposer qu'on aie de telles données, comment les représenter ?
#1361 :
> des marqueurs sur le graphe (et sur les rapports .html / .pdf)
@flothoni, #3823:
> Soit faire un fond coloré entre deux dates, soit avoir un graph secondaire avec une ligne pour chaque traitement qui suivrait les dates.
Cela me fait penser aussi à ~"bio\-external\-data", #1367...https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3822CAR-T; permettre de labelliser une séquence dans l'interface2021-09-08T16:00:19+02:00Thonier FlorianCAR-T; permettre de labelliser une séquence dans l'interfaceJack voudrait pouvoir ajouter une séquence qui correspond à un CAR-T.
Comme un CAR-T est généralement produit sur un clone du répertoire, il peut être intéressant aussi de montrer qu'il est maintenant un support du traitement en plus. ...Jack voudrait pouvoir ajouter une séquence qui correspond à un CAR-T.
Comme un CAR-T est généralement produit sur un clone du répertoire, il peut être intéressant aussi de montrer qu'il est maintenant un support du traitement en plus.
Il s'agit probablement d'un prolongement de cette issue.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2309UMI / traitement des identifiants moléculaires uniques2023-06-28T17:22:53+02:00Mathieu GiraudUMI / traitement des identifiants moléculaires uniquesÀ ma grande surprise, je n'ai pas retrouvé d'issue parlant de ces barcodes. Existe-t-il des scripts standard pour traiter ces données ? On en ferait un ~"server-pre-process" ? Des jeux publics sur lesquels on pourrait tester cela, ou bi...À ma grande surprise, je n'ai pas retrouvé d'issue parlant de ces barcodes. Existe-t-il des scripts standard pour traiter ces données ? On en ferait un ~"server-pre-process" ? Des jeux publics sur lesquels on pourrait tester cela, ou bien un jeu de @mfigeac ?
cc @mikael-sWeb 2023.10Thonier FlorianThonier Florian2023-07-05https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1437Spécificité / P-value / E-value d'une recombinaison2019-09-16T16:58:45+02:00Vidjil TeamSpécificité / P-value / E-value d'une recombinaisonPrend en compte nb de délétions, mutations V/J, N... Normalement cela devrait se voir dans les scores de FineSegmentation.
Détecter ces probabilités depuis nos jeux de données (mais cela suppose d'avoir des segmentations VDJ de référe...Prend en compte nb de délétions, mutations V/J, N... Normalement cela devrait se voir dans les scores de FineSegmentation.
Détecter ces probabilités depuis nos jeux de données (mais cela suppose d'avoir des segmentations VDJ de référence...)
Lien avec génération aléatoire.
Faire cela dans notre coin ? Mettre quelqu'un dans la boucle ? (Laurent ?)
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De manière empirique, pas nécessairement besoin de segmentations VDJ de réf. Ne peut-on pas le faire directement depuis les fenêtres ? On sait où est censé se terminer le V et commencer le J. Et donc on peut retrouver si on trouve une fenêtre à distance 0 ou 1.
Et si on va sur la génération aléatoire, le problème est la probabilité qu'on affecte à des délétions, insertions (et cela dépend des chaînes et des récepteurs, la dTd et la bouffeuse de nucléotides ne sont pas aussi actives partout). Ou alors on part de nos données, mais là pour le coup on a besoin de segmentations VDJ de références.
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On en parle donc un jour avec Laurent. Voir quand.
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On a donc maintenant une e-valeur d'une découpe left/right, mais la question reste toujours ouverte pour une recomb VDJ, à partir d'exemples, d'estimer les paramètres. On en avait aussi parlé avec Nikos.
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(copié depuis tâche "Taille de fenêtre en multi-système") Si on a un V/J collé avec 0 zone de N, ce sera très limite même avec une fenêtre de taille 100 :-) On doit mettre un gros warning dessus, et permettre de revenir sur les reads.
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Remonté, car l'heuristique peut regrouper des choses curieuses si la fenêtre n'est pas spécifique. (mais bon, contrôle par le coverage ?). Devient légèrement différent : quelle est la P/E-valeur d'une fenêtre ?
- compter les N (après Fine Segmenter)
- un bidule dans le FineSegmenter qui compte en plus les mutations de la fenêtre
- ... ou bien un truc magique à base de k-mers (y compris des D) ?
(Voir par exemple notable/0481)
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euh... on maintenant a un warning si faible e-valeur ?
toujours d'actualité ?
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Cela a été fait très sérieusement par Thierry Mora et Aleksandra Walczak
-> Quantifying lymphocyte receptor diversity
http://arxiv.org/abs/1604.00487
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Et il y a un article qui utilise cela pour calculer la p-value de clones identifiés au diag : http://www.nature.com.sci-hub.cc/bmt/journal/vaop/ncurrent/full/bmt2016148a.html « Reliability of immune receptor rearrangements as genetic markers for minimal residual disease monitoring »
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1400Heuristique i.0 : être capable d'inférer des germlines "inconnus"2017-07-05T09:15:56+02:00Vidjil TeamHeuristique i.0 : être capable d'inférer des germlines "inconnus"Suite à la discussion en janvier à Necker.
On voudrait segmenter des séquences... à la découverte de ce qu'on ne connaît pas. But : 100% des reads ont une explication, TOO_SHORT, ou sinon on dit ce qu'il y a dedans.
1) Cas relativement ...Suite à la discussion en janvier à Necker.
On voudrait segmenter des séquences... à la découverte de ce qu'on ne connaît pas. But : 100% des reads ont une explication, TOO_SHORT, ou sinon on dit ce qu'il y a dedans.
1) Cas relativement simple :
+V+V+V+V+V+V+V__________________________
À distinguer du cas TOO_FEW_J / trop court. Ici, c'est probablement autre chose, et on pourrait extraire une fenêtre centrée sur la fin du V
2) Et cas plus dur : idem... sans les +V. Bref, être capable de deviner le point de jonction... on se souvient de ce qui avait été fait avec David. On pourrait tout à fait rentrer cela dans le Vidjil actuel : avoir un CountSegmenter qui prédit un point de cassure... (Question subsidiaire : que donne CRAC si on lui donne un jeu de reads V(D)J ?)
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Séquences de Prague, sur rbx, collegues/pragues/IGH-UNSEG.affects
Il y a des trop petits... mais il y a aussi d'autres choses...
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Si on infère des choses bizarres, il faudra mettre des checks sur la representative et/ou de gros warnings partout (on est pas sûr que la fenêtre est pertinente, qu'autour c'est pareil...)
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b9994d1 et 196acbc
Sur Pee (217, Rennes)
- -g -i : 48% (110s)
- après max12: 85%
- après sortLeftRight : 99.1% (42s, car pas de -i)
Attention, est-on sûr de ce qu'on trouve ? Les longueurs des représentatives ont l'air plutôt bonnes, mais il faudrait quelque chose pour en être plus sûr et vérifier qu'on ne clustérise pas des bouts de V.
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http://rbx.vidjil.org/browser/?custom=1442&custom=1443&custom=1568&custom=1569&
À gauche, multi+inc, à droite, multi+xxx.
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Changements légers ce matin, marche avec -i, pas segmenté si < 5 kmers (DETECT_THRESHOLD)
http://rbx.vidjil.org/browser/?custom=1442&custom=1585&custom=1443&custom=1586&
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ok pour "xxx"... mais il faudrait pouvoir avoir des choses plus méchantes, en devinant des germlines (à la David ?)
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12bcb3c: MAX1U, -4. Modèle de proba à discuter ensemble, pour l'instant c'est trop méchant.
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1361Événements pour un patient : utilité, modèle2021-11-19T11:06:56+01:00Vidjil TeamÉvénements pour un patient : utilité, modèleOn souhaiterait pouvoir ajouter des événements (date + texte) à chaque patient.
Ces événements seraient indiqués par des marqueurs sur le graphe (et sur les rapports .html / .pdf)
Arguments pour : une greffe est une info importante, on ...On souhaiterait pouvoir ajouter des événements (date + texte) à chaque patient.
Ces événements seraient indiqués par des marqueurs sur le graphe (et sur les rapports .html / .pdf)
Arguments pour : une greffe est une info importante, on doit le voir au premier coup d'oeil
Arguments contre : cela fait un peu trop dossier patient... va-t-on aussi indiquer un changement de traitement ou autre ?
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1020Multi-threader les parties critiques de vidjil.cpp2021-04-27T17:14:08+02:00Vidjil TeamMulti-threader les parties critiques de vidjil.cppNotons que cela ne changera pas le temps quand on envoie plusieurs fichiers (voire un "relaunch all"), comme il y a déjà les workers...
... mais ce sera très utile pour le lancement au coup par coup sur nos machines
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Ping Wu (London):...Notons que cela ne changera pas le temps quand on envoie plusieurs fichiers (voire un "relaunch all"), comme il y a déjà les workers...
... mais ce sera très utile pour le lancement au coup par coup sur nos machines
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Ping Wu (London): "Does vidjil programme support multiple-core run? I am looking ways to speed things up, as It still takes a couple of hours when running something like (...) on our cluster."
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@nobodyAlgo -- Important