vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2023-06-30T11:03:14+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5151Exports tableur des patients/runs/sets2023-06-30T11:03:14+02:00Mathieu GiraudExports tableur des patients/runs/sets
Demande de @Aurelie : récupérer la liste des patients (nom/prénom/date), en particulier pour de temps en temps regarder les doublons. Plus généralement, pouvoir récupérer toute requête patient/run/set
@fthonier : "Pas de soucis de perf...
Demande de @Aurelie : récupérer la liste des patients (nom/prénom/date), en particulier pour de temps en temps regarder les doublons. Plus généralement, pouvoir récupérer toute requête patient/run/set
@fthonier : "Pas de soucis de performance s'il n'y pas de requêtes croisées"https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5145Upload by network; merge create hard file and no symlink2024-01-19T19:03:58+01:00THONIER FlorianUpload by network; merge create hard file and no symlinkIf you use a network to load data and choose a preprocess with merge, the resulting file will be store as a real file and no as a symlink. In this case, it will take more space.If you use a network to load data and choose a preprocess with merge, the resulting file will be store as a real file and no as a symlink. In this case, it will take more space.Web 2024.04https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5094Report; allow to set generic clone information (% locus; %locus+inc, ...)2023-03-28T16:28:32+02:00Thonier FlorianReport; allow to set generic clone information (% locus; %locus+inc, ...)Asked by ~"LIL-Lille" : Use the same mechanism than clonotype settings ? Particular format as splitted by sample.Asked by ~"LIL-Lille" : Use the same mechanism than clonotype settings ? Particular format as splitted by sample.Web 2023.10https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5065Warning si deux clonotype sont similaire hors primers + Mieux afficher primers2022-10-12T12:03:08+02:00Thonier FlorianWarning si deux clonotype sont similaire hors primers + Mieux afficher primers~"LIL-Lille" nous montre un sample avec 2 clonotypes identiques à un nucléotide près. Ce nucléotide est en fait une divergence présente dans les primers JH et ne devrait donc pas mener a voir deux clonotypes différents.
* [x] Il faudrai...~"LIL-Lille" nous montre un sample avec 2 clonotypes identiques à un nucléotide près. Ce nucléotide est en fait une divergence présente dans les primers JH et ne devrait donc pas mener a voir deux clonotypes différents.
* [x] Il faudrait déjà pouvoir les détecter et indiquer que les séquences sont extrêmement similaires. Probablement déjà la cas, mais nous n'avons pas accès aux données pour le moment. -> Il y a déjà bien le warning W53 (highly similar).
* [ ] Être plus spécifique en indiquant que la variation est située au niveau du primer. Pour ça, il faut être capable d'exploiter les données des primers.
* [ ] À terme, pouvoir en faire un merge automatique depuis l'algo, mais dans ce cas il faut trancher sur le nucléotide à privilégier. Dans le cas présent, les deux clonotypes sont présent dans la même proportion. S'appuyer sur la séquence germline ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4934Fusionner deux locus ?2022-01-28T11:14:20+01:00Mikaël SalsonFusionner deux locus ?Voir vidjil/support/lille-hemato#44
Pourrait-on choisir de fusionner deux locus ? Ou alors de changer certains clones de locus ? On peut le faire individuellement en changeant leur désignation VDJ (mais c'est un peu fastidieux), mais on...Voir vidjil/support/lille-hemato#44
Pourrait-on choisir de fusionner deux locus ? Ou alors de changer certains clones de locus ? On peut le faire individuellement en changeant leur désignation VDJ (mais c'est un peu fastidieux), mais on pourrait fournir un moyen d'attribuer un autre locus à un ensemble de clones sélectionnés.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4652Warning et/ou confirmation quand merge de séquences productives + non-product...2021-01-19T10:41:05+01:00Mathieu GiraudWarning et/ou confirmation quand merge de séquences productives + non-productivesÉvoqué hier avec ~"LIL-Lille" le merge de séquences, discuté avec @flothoni aujourd'hui.
- un ~"client-warning" habituel: jouable
- voire même... une confirmation "do you want really to merge?"Évoqué hier avec ~"LIL-Lille" le merge de séquences, discuté avec @flothoni aujourd'hui.
- un ~"client-warning" habituel: jouable
- voire même... une confirmation "do you want really to merge?"https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4584My Account/Usage: inclure les tags des sets ?2021-04-08T16:32:58+02:00Mathieu GiraudMy Account/Usage: inclure les tags des sets ?Ne bloque pas #4562
Pour l'instant la page affiche uniquement les tags des samples.
Cela peut convenir à certains usagers, mais pas à d'autres qui utilisent les tags sur des sets.Ne bloque pas #4562
Pour l'instant la page affiche uniquement les tags des samples.
Cela peut convenir à certains usagers, mais pas à d'autres qui utilisent les tags sur des sets.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4546vidjil-algo: Avoir un meilleur suffixe pour l'export des reads des clones2020-11-02T09:48:05+01:00Mathieu Giraudvidjil-algo: Avoir un meilleur suffixe pour l'export des reads des clonesActuellement c'est `.fa-42`, ce qui n'est pas très clair.
`-42.fa` serait mieux, et même `-42.fastq` quand c'est le cas.
cc @flothoniActuellement c'est `.fa-42`, ce qui n'est pas très clair.
`-42.fa` serait mieux, et même `-42.fastq` quand c'est le cas.
cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4373Prendre en compte l'ordre des gènes dans le locus, en particulier pour les DD ?2020-06-23T10:58:15+02:00Mathieu GiraudPrendre en compte l'ordre des gènes dans le locus, en particulier pour les DD ?
Suggéré par A. ~"LIL-Lille" : prendre en compte les positions quand on met un deuxième (troisième) D.
On avait à un moment exclu cela (dans le contexte VkVk, pour ne pas chercher que des choses attendues). Mais bon, on pourrait aussi m...
Suggéré par A. ~"LIL-Lille" : prendre en compte les positions quand on met un deuxième (troisième) D.
On avait à un moment exclu cela (dans le contexte VkVk, pour ne pas chercher que des choses attendues). Mais bon, on pourrait aussi mettre un ~"client-warning".
Sur la position des gènes, voir aussi #3192 #4180https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4355"Day after first sample" pas pertinent quand plusieurs échantillons à la même...2020-06-18T14:34:02+02:00Mathieu Giraud"Day after first sample" pas pertinent quand plusieurs échantillons à la même dateEst-ce notre setting par défaut dans certains cas ?
Oui s'il y a des dates ?
En tout cas pas pertinent si on a 2+ échantillons de la même date, on voit des "+0" peu informatifs.
cc @duezEst-ce notre setting par défaut dans certains cas ?
Oui s'il y a des dates ?
En tout cas pas pertinent si on a 2+ échantillons de la même date, on voit des "+0" peu informatifs.
cc @duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4182Points décalés dans le rapport2020-02-26T16:19:25+01:00Mathieu GiraudPoints décalés dans le rapportLes points du rapport sont parfois décalés.
![rapport](/uploads/e3b6b9643944b0dd71bdf92e17a29b47/rapport.jpg)
cc @flothoniLes points du rapport sont parfois décalés.
![rapport](/uploads/e3b6b9643944b0dd71bdf92e17a29b47/rapport.jpg)
cc @flothonimarc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4115Vue des utilisateurs ayant accès à mes données2022-05-12T11:42:48+02:00Mathieu GiraudVue des utilisateurs ayant accès à mes donnéesDemande de ~"LIL-Lille" : voir, à tout instant, quels utilisateurs ou groupes ont accès à leurs données.Demande de ~"LIL-Lille" : voir, à tout instant, quels utilisateurs ou groupes ont accès à leurs données.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4062Add germline gene : problème lorsqu'on change de clone2020-10-14T11:29:53+02:00Mikaël SalsonAdd germline gene : problème lorsqu'on change de cloneLorsqu'on sélectionne un clone, qu'on fait un add germline gene puis qu'on clique sur un autre clone (ce qui devrait l'afficher en bas, à la place du premier clone sélectionné) et, enfin, qu'on clique sur *align*, cela plante. Le *align*...Lorsqu'on sélectionne un clone, qu'on fait un add germline gene puis qu'on clique sur un autre clone (ce qui devrait l'afficher en bas, à la place du premier clone sélectionné) et, enfin, qu'on clique sur *align*, cela plante. Le *align* tourne en rond et ne rend pas la main.
Aurélie ~"LIL-Lille" nous demande à ce que les séquences germinales soient retirées lorsqu'on change de clone. Pourquoi pas, mais même si on ne les retirait pas, changer de clone ne devrait pas faire planter le segmenteur.Lille-LAL-nexthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4050Warning (algo puis client) quand un clone peut avoir plusieurs dénominations ...2020-06-22T15:17:20+02:00Mathieu GiraudWarning (algo puis client) quand un clone peut avoir plusieurs dénominations prochesNotamment pour #4048 ? Plus généralement quand deux scores proches ?
Mais #4049...
cc @duez Notamment pour #4048 ? Plus généralement quand deux scores proches ?
Mais #4049...
cc @duez https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3993Flash et docker2020-09-21T09:22:31+02:00Mathieu GiraudFlash et dockerSuite à #3911.
Doit-on packager Flash ou pas ? Attention, même question que MiXCR...
Ou juste demander que Flash soit installé, puis `defs.DIR_FLASH`.
Voir #2759.Suite à #3911.
Doit-on packager Flash ou pas ? Attention, même question que MiXCR...
Ou juste demander que Flash soit installé, puis `defs.DIR_FLASH`.
Voir #2759.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3937Rapport monitor : mettre les informations de chaque sample2019-06-21T10:14:14+02:00Mikaël SalsonRapport monitor : mettre les informations de chaque sampleDemande de NG ~"LIL-Lille" : elle veut avoir les infos de chaque sample sous les yeux. Il peut y avoir des informations pertinentes dans un sample pour le suivi.Demande de NG ~"LIL-Lille" : elle veut avoir les infos de chaque sample sous les yeux. Il peut y avoir des informations pertinentes dans un sample pour le suivi.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3936Rapports monitor : que sont les graphs « normalization » ?2019-06-20T18:22:40+02:00Mikaël SalsonRapports monitor : que sont les graphs « normalization » ?Aller sur un sample set avec plusieurs samples ([exemple](http://app.vidjil.org/?set=3241&config=32)) et faire un export monitor.
En tête du rapport on a deux graphs **identiques** côte à côte sous une en-tête « Normalization ». D'où ça...Aller sur un sample set avec plusieurs samples ([exemple](http://app.vidjil.org/?set=3241&config=32)) et faire un export monitor.
En tête du rapport on a deux graphs **identiques** côte à côte sous une en-tête « Normalization ». D'où ça vient ? Qu'est-ce que ça fait là ?
Au passage attention à #2944https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3935Compare samples : trier par ordre chronologique2019-06-20T18:17:48+02:00Mikaël SalsonCompare samples : trier par ordre chronologiqueDemandé par NG ~"LIL-Lille" : elle fait un compare samples mais voudrait que les samples soient triés dans l'ordre chronologique (je pense que pour l'instant c'est fonction de l'ID).
Peut-être pas systématique ? Une case à cocher ?Demandé par NG ~"LIL-Lille" : elle fait un compare samples mais voudrait que les samples soient triés dans l'ordre chronologique (je pense que pour l'instant c'est fonction de l'ID).
Peut-être pas systématique ? Une case à cocher ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3906Stéréotypie CDR3, en général2020-11-20T17:04:06+01:00Mathieu GiraudStéréotypie CDR3, en généralExtrait de #3334 qui s'est spécialisée.
Avoir de meilleurs outils pour apprécier les séquences stéréotypiques.
Déjà #2056, #3334, et toutes les tâches %CLL-2018-septembre.
Pur ~client ? Et/ou une détection ~cpp des CDR3 identiques ave...Extrait de #3334 qui s'est spécialisée.
Avoir de meilleurs outils pour apprécier les séquences stéréotypiques.
Déjà #2056, #3334, et toutes les tâches %CLL-2018-septembre.
Pur ~client ? Et/ou une détection ~cpp des CDR3 identiques avec ~"client\-warning" ?
(Différent de #1726 !)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3835Demander plusieurs alignement successifs fait planter le segmenteur2021-04-08T08:30:43+02:00Mikaël SalsonDemander plusieurs alignement successifs fait planter le segmenteurÉvoqué par ~"LIL\-Lille".
Apparemment spammer un peu le bouton align peut faire planter le segmenteur qui le laisse alors dans un état grisé avec spinner. L'application est encore utilisable.
Pas réussi à reproduire.Évoqué par ~"LIL\-Lille".
Apparemment spammer un peu le bouton align peut faire planter le segmenteur qui le laisse alors dans un état grisé avec spinner. L'application est encore utilisable.
Pas réussi à reproduire.