vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2017-05-22T17:09:00+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2011Ne pas lancer fuse quand le nombre de samples est trop important ?2017-05-22T17:09:00+02:00Vidjil TeamNe pas lancer fuse quand le nombre de samples est trop important ?Discussion cet après-midi, suite aux problèmes de place sur /mnt/result : Mathieu propose de ne pas lancer fuse lorsque le nombre de samples est supérieur à un nombre (p. ex. 20). Cela permet d'économiser de la place (et du temps CPU : u...Discussion cet après-midi, suite aux problèmes de place sur /mnt/result : Mathieu propose de ne pas lancer fuse lorsque le nombre de samples est supérieur à un nombre (p. ex. 20). Cela permet d'économiser de la place (et du temps CPU : un fuse sur 100 fichiers prend du temps).
De plus le fuse est lancé autant de fois qu'il appartient à de sample sets (donc au moins 2, non ?).
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753e78c : On ne garde que les 16 premiers. C'est peut-être un peu brutal de faire cela au niveau de fuse.py, mais bon, cela renvoie tout de même un .vidjil pour une visualisation sur les premiers échantillons.
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Ça me paraît un peu rapide. On n'a pas vraiment de solution pour « degrade gracefully ».
Garde les 16 premiers : est-ce que ça veut dire qu'on va fusionner toujours les mêmes sur le serveur s'il y a plus de 16 fichiers ? Comment on fait pour avoir les autres ? Le custom fuse ne permet pas de sauvegarder les analyses.
Côté serveur il faudrait avertir les utilisateurs qu'ils ne verront que 16 fichiers.
Il y a des utilisateurs avec plus de 16 fichiers, et ça peut faire sens : http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=790&config=25
Le problème est surtout avec les runs ou avec Kiel qui met plein d'échantillons différents dans un même patient. Les clones n'ont rien à voir d'un échantillon à l'autre et donc on se retrouve avec des dizaines de milliers de clones dans le fichier. Une autre solution peut être de réduire le top lorsque le nombre de fichier augmente.
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D'autant plus que l'utilisateur qui nous pause problème à ce sujet n'utilise pas le fuse automatique mais plutôt le custom_fuse, non ? Ne pourrait-ton pas simplement avoir des configs qui fusent et d'autres non ?
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Oui, effectivement ça serait une solution simple de proposer à Kiel une config sans fuse (on sait faire ça ?).
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Je pense qu'il y a un bout de code à changer pour que le run accepte de ne pas fuse, mais oui je pense que c'est possible.
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Oui, le coup de la config en plus, pourquoi pas !
Ou même... la config par défaut pourrit faire 16 fichiers au plus, et on a une config spéciale si quelques gens veulent avoir beaucoup de points.
> « degrade gracefully ».
> Garde les 16 premiers : est-ce que ça veut dire qu'on va fusionner toujours les mêmes sur le serveur s'il y a plus de 16 fichiers
C'est une bonne question. Mais que cela soit oui ou non, c'est un "degrade gracefully" si on montre 16 points... et si on dit qu'on a une autre config si vraiment on veut avoir d'autre chose.
Enfin, quitte à avoir une autre config, on pourrait aussi régler plus finement les paramètres du fuse (top et autres).
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Ça me semble plus simple de demander à Kiel d'utiliser une config sans fuse, plutôt que de mettre en place le nécessaire pour avertir les utilisateurs que quand il y a plus de X fichiers ils ne verront pas tous les résultats et qu'ils doivent lancer avec une autre config (en espérant qu'il y ait une config correspondante avec un fuse infini).
Autre exemple, si j'uploade 20 fichiers dans mon run (ce qui n'est pas délirant), j'ai envie de savoir si j'ai de la conta entre mes 20 fichiers pas entre 16 fichiers plus ou moins choisis aléatoirement (dont l'ordre dépendra de l'upload).
En fait plus j'y réfléchis, plus j'ai l'impression qu'un top qui diminue progressivement avec le nombre de fichiers fournit une solution plus satisfaisante (et même pas besoin de demander à Kiel d'utiliser une autre config, on peut mais ça n'est pas indispensable).
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> plutôt que de mettre en place le nécessaire pour avertir les utilisateurs
Je ne suis pas d'accord sur ce point, c'est très simple avec les notifications. Cela permet d'avoir, par défaut, un comportement correct pour la majorité des utilisateurs, et de les inciter à utiliser correctement les patients. (Et s'ils leur manquent quelque chose, c'est facile de rajouter une config pour un user, pour des bonnes raisons). Je préfère être sûr, dès maintenant, que tous les utilisateurs font ce qu'il faut (et traiter au cas par cas quelques cas comme Kiel) plutôt que de retomber dans quelques mois sur un autre utilisateur qui fera pareil.
> Autre exemple, si j'uploade 20 fichiers dans mon run (ce qui n'est pas délirant)
Oui, tout à fait ! 16 est un exemple, cela peut être 32 ou 42 :-) Dans tous les cas, au-delà de 8-10 simples, on devrait cacher sur le graphe (cf une autre tâche). Et encore plus si on fait des SampleSets : peut-être que quelqu'un aura un SampleSet de 100/200 patients correspondant à un truc particulier... (Mais lance-t-on les mêmes configs dans tous les SampleSet ? Ce n'est pas obligé.)
> En fait plus j'y réfléchis, plus j'ai l'impression qu'un top qui diminue progressivement avec le nombre de fichiers fournit une solution plus satisfaisante
Oui, c'est aussi possible, par exemple (1000 / #samples)... mais on a déjà du mal à expliquer ce qu'est notre top, alors là cela va être encore plus dur. Ou alors, 1000 tant que #samples < 8, puis ensuite cela descend.
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Par défaut, met-on le -f dans fuse.py à 0 et on fait une config pour Kiel où le -f est à 1 (ou X) ?
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Kiel vient d'ajouter une centaine de fichiers → –10 Go
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@magiraud @RyanHerb @mikael-sWeb 2017.05Mikaël SalsonMikaël Salsonhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2524Fichiers "network": 404 avec le lien "dl" dans sample_set/index.html2017-07-05T10:46:36+02:00Mathieu GiraudFichiers "network": 404 avec le lien "dl" dans sample_set/index.htmlÉvoqué avec Aurélie ce matin (qui voulait vérifier que son fichier était bien pris en compte, voir aussi #2523).
On a actuellement un 404 lorsqu'on souhaite télécharger un fichier "network".
À corriger, ou sinon retirer ce lien pour ce ...Évoqué avec Aurélie ce matin (qui voulait vérifier que son fichier était bien pris en compte, voir aussi #2523).
On a actuellement un 404 lorsqu'on souhaite télécharger un fichier "network".
À corriger, ou sinon retirer ce lien pour ce type de fichiers.prod-server-lilRyan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2523Fichiers "network": affichage de leur taille et de leur état dans sample_set/...2018-03-06T16:22:03+01:00Mathieu GiraudFichiers "network": affichage de leur taille et de leur état dans sample_set/index.htmlActuellement, on voit "0" comme "size" pour les fichiers sur le network.
L'utilisateur ne sait pas vraiment si il a bien sélectionné un fichier ou pas (Aurélie pensait que cela n'avait pas fonctionner).
Il faudrait la taille (si c'es...Actuellement, on voit "0" comme "size" pour les fichiers sur le network.
L'utilisateur ne sait pas vraiment si il a bien sélectionné un fichier ou pas (Aurélie pensait que cela n'avait pas fonctionner).
Il faudrait la taille (si c'est possible), et/ou une indication quelque part comme quoi ce fichier est "network" (si c'est possible).
prod-server-lilRyan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2522Avoir un retour à l'utilisateur lorsqu'on choisit un fichier "network"2017-07-12T15:09:50+02:00Mathieu GiraudAvoir un retour à l'utilisateur lorsqu'on choisit un fichier "network"Discuté avec Aurélie ce matin.
En mode "network", la sélection d'un fichier dans la fenêtre jstree n'est pas suffisante. Ce serait intéressant (et cohérent avec ce qui se fait sur un fichier habiutel) de recopier le nom du fichier sélect...Discuté avec Aurélie ce matin.
En mode "network", la sélection d'un fichier dans la fenêtre jstree n'est pas suffisante. Ce serait intéressant (et cohérent avec ce qui se fait sur un fichier habiutel) de recopier le nom du fichier sélectionné quelque part.prod-server-lilRyan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3330Affichage du CDR3 : le mettre en production2018-09-27T11:07:17+02:00Mathieu GiraudAffichage du CDR3 : le mettre en productionVoir aussi #2665.Voir aussi #2665.CLL-2018-septembreMikaël SalsonMikaël Salsonhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3240Exporter n'importe quelle vue de plot, avec axe changés2018-09-17T18:16:54+02:00Mathieu GiraudExporter n'importe quelle vue de plot, avec axe changésAurélie ~"LIL\-Lille" : On peut faire joujou avec les axes, c'est très bien... mais on aimerait le mettre dans le rapport. Au moins une copie d'écran (c'est ce qu'ils font).
Et aussi couleurs #1976.
"Cela fait qu'on n'utilise pas certa...Aurélie ~"LIL\-Lille" : On peut faire joujou avec les axes, c'est très bien... mais on aimerait le mettre dans le rapport. Au moins une copie d'écran (c'est ce qu'ils font).
Et aussi couleurs #1976.
"Cela fait qu'on n'utilise pas certaines analyses car... on ne peut rien faire de ces informations."
cc @flothoniCLL-2018-septembreMikaël SalsonMikaël Salsonhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2056Afficher les mutations synonymes/silencieuses dans le segmenteur2019-04-18T17:56:44+02:00Mikaël SalsonAfficher les mutations synonymes/silencieuses dans le segmenteurStéphanie est très intéressée pour distinguer les mutations synonymes des mutations non synonymes (surtout dans le V j'imagine). Voir à ce sujet [Lossos et al, 2000](http://www.bloodjournal.org/content/95/5/1797.full).
@magiraud @flot...Stéphanie est très intéressée pour distinguer les mutations synonymes des mutations non synonymes (surtout dans le V j'imagine). Voir à ce sujet [Lossos et al, 2000](http://www.bloodjournal.org/content/95/5/1797.full).
@magiraud @flothoni @aurelBZH @RyanHerbCLL-2018-septembrehttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3938Rapport : avoir un champ de remarque/conclusion2020-01-23T17:22:53+01:00Mikaël SalsonRapport : avoir un champ de remarque/conclusionDemande de NG ~"LIL-Lille" : elle a envie d'avoir un champ pour rentrer des commentaires ou sa conclusion sur le patient qu'elle analyse. Pour elle c'est différent du champ plus factuel où est décrit le sample set ou l'échantillon.
Elle...Demande de NG ~"LIL-Lille" : elle a envie d'avoir un champ pour rentrer des commentaires ou sa conclusion sur le patient qu'elle analyse. Pour elle c'est différent du champ plus factuel où est décrit le sample set ou l'échantillon.
Elle dit que cela n'a pas nécessairement besoin d'être enregistré (ensuite elle imprime). Cela peut faciliter les choses pour une implémentation rapide.Lille-LAL-nextMathieu GiraudMathieu Giraud2019-09-25https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3917lien « to ARResT/AssignSubsets »2019-10-04T14:46:42+02:00Mikaël Salsonlien « to ARResT/AssignSubsets »cf #3334.
Où l'ajouter ? La barre du bas commence à avoir pas mal de « to … ».cf #3334.
Où l'ajouter ? La barre du bas commence à avoir pas mal de « to … ».Lille-LAL-nexthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3617Rapport : le champ filename montre le nom du fichier sur le serveur pas le no...2019-02-28T13:33:56+01:00Mikaël SalsonRapport : le champ filename montre le nom du fichier sur le serveur pas le nom d'origineÀ modifier : en l'état c'est incompréhensible et ça occupe 4 lignes.À modifier : en l'état c'est incompréhensible et ça occupe 4 lignes.Lille-LAL-nexthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3535Information progressive avant timeout plus long2019-11-04T11:10:02+01:00Mikaël SalsonInformation progressive avant timeout plus long(Utilité du timeout ?)
C'est plus frustrant pour l'utilisateur qu'autre chose. On pourrait éventuellement mettre un message au bout de 15/30 secondes distant que la requête semble prendre du temps ou qu'il y a un problème de réseau.
Ma...(Utilité du timeout ?)
C'est plus frustrant pour l'utilisateur qu'autre chose. On pourrait éventuellement mettre un message au bout de 15/30 secondes distant que la requête semble prendre du temps ou qu'il y a un problème de réseau.
Mais à l'heure actuelle je pense que ça a plus pour effet de surcharger le serveur qu'autre chose (car lorsque le timeout arrive la requête n'est pas arrêtée mais l'utilisateur va relancer la requête pour avoir sa réponse).Lille-LAL-next2019-03-06https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4237Documenter les distributions + export all clones2021-02-03T19:46:59+01:00Mathieu GiraudDocumenter les distributions + export all clonesOn a eu #4020 pour le ~dev, mais pas encore de ~doc pour les usagers: nous devrions documenter les deux features "majeures" pour les usagers de %"Déploiement 2020.03" sur le répertoire.
S'inspirer par exemple des mails:
> Anyway, we wo...On a eu #4020 pour le ~dev, mais pas encore de ~doc pour les usagers: nous devrions documenter les deux features "majeures" pour les usagers de %"Déploiement 2020.03" sur le répertoire.
S'inspirer par exemple des mails:
> Anyway, we would like to share with you some news, in particular the availability of two long requested features for repertoire analysis that we began to present you at the last meeting. Vidjil displays the top 100 most abundant clones by default, and you know that we made this choice to keep an efficient interactivity. However behind the scenes, Vidjil-algo computes all the clones. We today offer two features to better interact and work with this full list of clones:
> Show distributions of the full repertoire (see attached image). We display the fragment length distribution for all clones instead of the most abundant ones. After tests with some users to ensure it was fitting their needs, we now make it the default configuration.
> Export all clones. We now give the possibility to retrieve them all under the AIRR format for further investigations. This is available through the "Export all clones (AIRR)" configuration.Déploiement 2020.062020-06-28https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2442Afficher un échantillon sans l'impact des autres échantillons2022-05-17T11:59:25+02:00Mathieu GiraudAfficher un échantillon sans l'impact des autres échantillonsUn échange avec Aurélie ~"LIL-Lille" a fait ressortir que le même échantillon (par exemple de diagnostic) est affiché différemment lorsqu'il est accompagné d'autres échantillons (par exemple de suivi).
C'est un point attendu vu le fonct...Un échange avec Aurélie ~"LIL-Lille" a fait ressortir que le même échantillon (par exemple de diagnostic) est affiché différemment lorsqu'il est accompagné d'autres échantillons (par exemple de suivi).
C'est un point attendu vu le fonctionnement de ~"server-fuse" , mais cela peut être trompeur pour l'usager (en particulier sur la qualification "polyclonal" d'un échantillon). @RyanHerb, pourrais-tu mettre la capture transmise par Aurélie (je ne la retrouve pas) ?
Laisse-t-on cela ainsi ? Aurait-on un moyen simple de voir un échantillon sans l'influence des autres ? Recalculer un top local, avoir un autre fonctionnement du slider ? Marquer d'une certaine manière certains clones dans le fuse ?Web 2021.05marc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1976Couleurs dans le rapport exporté : conserver le color_by()2021-03-17T14:14:12+01:00Vidjil TeamCouleurs dans le rapport exporté : conserver le color_by()Pas de cohérence pour l’instant entre camemberts systèmes et graphes.
Aurélie : « c'est frustrant de faire des couleurs, des merge, etc… et d’avoir à faire une impression écran pour cela au lieu de retrouver dans le rapport ».
Elle ser...Pas de cohérence pour l’instant entre camemberts systèmes et graphes.
Aurélie : « c'est frustrant de faire des couleurs, des merge, etc… et d’avoir à faire une impression écran pour cela au lieu de retrouver dans le rapport ».
Elle serait contente d'un color by locus, mais d'autres veulent d'autre chose.
Pb: les camemberts sont 'forcément' en 'color by locus'
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Une solution possible : garder les mêmes couleurs que le "color by", et ne pas colorer les camemberts si on n'est pas en color by locus.
→ 1 seul jeu de couleur dans le rapport
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Le camembert du color by locus en niveaux de gris va être illisible. Ça ne me choque pas que les courbes soient colorées par tag et les camemberts par locus (surtout qu'il y a la légende pour les camemberts). Cela peut valoir le coup de marquer comment ont été colorées les courbes à côté du graphe pour lever toute ambiguité.
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@DuezWeb 2021.05marc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1589API des controlleurs : documenter2023-06-29T10:23:44+02:00Vidjil TeamAPI des controlleurs : documenterPour que Martin puisse faire ce qu'il veut, il faudrait documenter quelques controlleurs.Pour que Martin puisse faire ce qu'il veut, il faudrait documenter quelques controlleurs.Web 2023.10https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4305Les utilisateurs ne peuvent pas supprimer un set2021-10-08T11:28:52+02:00Thonier FlorianLes utilisateurs ne peuvent pas supprimer un setUn utilisateur me demande comment supprimer ses données (sets de quelques patients) depuis le serveur. Or quand je me mets en `impersonnate`, je me rends compte que je ne peux pas le faire. D'un autre côté, en admin je le peux.
Je ne ...Un utilisateur me demande comment supprimer ses données (sets de quelques patients) depuis le serveur. Or quand je me mets en `impersonnate`, je me rends compte que je ne peux pas le faire. D'un autre côté, en admin je le peux.
Je ne sais pas si c'est volontaire ou s'il s'agit d'une régression.
ps: c'est valable pour tous les usagers.Web 2021.11Thonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3152Afficher les primers/amorces dans le client2021-10-08T11:45:30+02:00Mathieu GiraudAfficher les primers/amorces dans le clientDiscuté il y a un certain temps, je ne trouve pas l'issue.
Fait désormais par ArrEST.
Voir aussi #2235/#2875.Discuté il y a un certain temps, je ne trouve pas l'issue.
Fait désormais par ArrEST.
Voir aussi #2235/#2875.Web 2022.05Thonier FlorianThonier Florian2021-07-09https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2997Pas d'avertissement lorsque la date rentrée pour un sample est incorrecte2018-03-21T19:04:39+01:00Mikaël SalsonPas d'avertissement lorsque la date rentrée pour un sample est incorrecteLorsqu'on ajoute un sample et qu'on rentre une date incorrecte (toto par exemple). Il n'y a pas d'avertissement, alors que dans nos logs on a bien une erreur. Ce n'est donc pas du tout intuitif pourquoi le formulaire n'est pas validé. De...Lorsqu'on ajoute un sample et qu'on rentre une date incorrecte (toto par exemple). Il n'y a pas d'avertissement, alors que dans nos logs on a bien une erreur. Ce n'est donc pas du tout intuitif pourquoi le formulaire n'est pas validé. De plus le spinner qui tourne donne l'impression qu'il se passe quelque chose.Web 2018.01Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2767Vidjil-algo ne trouve pas la correspondance si déletion supérieur à 100nt.2021-01-26T13:29:14+01:00Thonier FlorianVidjil-algo ne trouve pas la correspondance si déletion supérieur à 100nt.Une séquence fournie par un utilisateur n'est pas correctement annotée par vidjil. Je met cette séquence dans le should-vdj.
J'ai fait un alignement entre les séquences `V4-39` (trouvé par vidjil, erroné), les `V4-59` (attendues) et la ...Une séquence fournie par un utilisateur n'est pas correctement annotée par vidjil. Je met cette séquence dans le should-vdj.
J'ai fait un alignement entre les séquences `V4-39` (trouvé par vidjil, erroné), les `V4-59` (attendues) et la sequence brut. On voit bien qu'effectivement la séquence avec une identité la plus forte est le V4-59 (enfin les, mais les variations sont minimes). Cependant, l'algo ne les considère même pas. Pire, si on lui fournit un jeu de séquences dans lequel l'ensemble des IGHV ne contient que les V4-59, il trouve la séquence en `unseg`.
Pensant aux evaleurs qui pourraient être faussées par le nombre de séquences, j'ai laissé les autres séquences mais remplacé les A par des G pour fausser la détéction sur les autres segments (solution barbare) : idem, il ne retrouve pas les V4-59.
Dernier point : un caractère inadéquate dans le header des séquences v4-59. A priori non. (J'ai testé d'intervertir avec le header du v4-39)
Je n'ai pas d'explications...
@mikael-s @magiraudAlgo 2017.11Mikaël SalsonMikaël Salsonhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2281La génération des rapports : erreur JS, bloquage sur "Generating reports"2017-05-22T15:25:32+02:00Mikaël SalsonLa génération des rapports : erreur JS, bloquage sur "Generating reports"http://app.vidjil.org/index.html?sample_set_id=23110&config=25
Générer un rapport : sa génération ne termine pas.
Erreurs JS :
```
TypeError: seg[5] is undefined
var seqV = seq.substring(0, seg['5']['stop'] + 1)
```
En rev...http://app.vidjil.org/index.html?sample_set_id=23110&config=25
Générer un rapport : sa génération ne termine pas.
Erreurs JS :
```
TypeError: seg[5] is undefined
var seqV = seq.substring(0, seg['5']['stop'] + 1)
```
En revanche hors ligne je n'ai pas de souci (mais c'est peut-être une question d'âge du fichier .vidjil…).
cc @magiraud @flothoni @RyanHerbWeb 2017.03