vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2019-02-28T16:15:09+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3759Les séquences ne sont plus triées par abondance dans le segmenteur2019-02-28T16:15:09+01:00Mikaël SalsonLes séquences ne sont plus triées par abondance dans le segmenteurRemonté par AC ~"LIL\-Lille".
[Exemple](http://app.vidjil.org/?set=25736&config=25&clone=0,2,4,7,9,10,11,13,14,18,21,23,24,28,29,30,39,40,41,42,44,47,54,58,59,68,74,75,82,88,96,98,101,102,108,109,111,116,118,120,121,123,128,129,134,138,...Remonté par AC ~"LIL\-Lille".
[Exemple](http://app.vidjil.org/?set=25736&config=25&clone=0,2,4,7,9,10,11,13,14,18,21,23,24,28,29,30,39,40,41,42,44,47,54,58,59,68,74,75,82,88,96,98,101,102,108,109,111,116,118,120,121,123,128,129,134,138,146,147,148,152,154,157,162,163,164,165,168,171,172,179,189,193,198,202,207,208,210,213,216)
Avant les séquences étaient correctement triées.
Quelles sont les modifications récentes au segmenteur ?
→ Test à ajouter.Mikaël SalsonMikaël Salsonhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2268Compare patients : checkbox pour n'afficher que les analyses les plus récente...2019-02-28T14:30:15+01:00Thonier FlorianCompare patients : checkbox pour n'afficher que les analyses les plus récentes par configSeconde partie du mail d'Aurélie ~"LIL-Lille" du jour :
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2 . Du coup, pour avoir quand même la comparaison avec ce 17ème échantillon, nous sommes passés par le Compare sample. Et là surprise, tous les échantillons sont dupliqués ...Seconde partie du mail d'Aurélie ~"LIL-Lille" du jour :
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2 . Du coup, pour avoir quand même la comparaison avec ce 17ème échantillon, nous sommes passés par le Compare sample. Et là surprise, tous les échantillons sont dupliqués voire en 3 exemplaires. Nous avons effectivement relancé les analyses ce matin car nous avons fait des modifications dans les attributions fichiers FastQ-patients mais je n’avais pas remarqué les fois précédentes que Vidjil conservait les analyses précédentes. Est-ce normal ? N’alourdissons nous pas inutilement l’espace disque ? Nous avons volontairement écrasés l’analyse précédente et je trouve du coup que cela est plutôt source de confusion.
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Pour ce point, à savoir le fait d'avoir plusieurs entrées lors d'un compare sample pour un même point, c'est exacte aussi.
Je ne sais pas si c'est un comportement souhaité ou non. En regardant dans la doc, il y a bien une mention d'un tel comportement, mais je ne sais pas si ça rentre dans cette catégorie, sachant que lorsque une nouvelle analyse est effectuée, l'ancienne reste.
> Note that even when the input sequences are deleted, the server is still able to display the results of previous analyses
Si c'est un comportement souhaité, ne peut-on pas imaginé un bouton filtre pour n'afficher que la dernière analyse pour un set de données et rendre la selection plsu aisé dans la majorité des cas ?
Dans le cas contraire, je n'ai pas encore cherché l'origine du bug.
cc @RyanHerb @magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3697Le top peut-il descendre en dessous de 50 sans l'intervention de l'utliisateur ?2019-02-28T13:34:27+01:00Mikaël SalsonLe top peut-il descendre en dessous de 50 sans l'intervention de l'utliisateur ?Une utilisatrice (AC) nous remonte que pour certaines personnes le top est passé à 16 par défaut. Or dans `model.js` on a bien
```javascript
setAll: function () {
this.reset();
this.system_selected = []
this...Une utilisatrice (AC) nous remonte que pour certaines personnes le top est passé à 16 par défaut. Or dans `model.js` on a bien
```javascript
setAll: function () {
this.reset();
this.system_selected = []
this.colorMethod = "Tag";
this.changeNotation("percent", false)
this.changeTimeFormat("name", false)
this.top = 50;
},
```
Le `top` est mis explicitement à 50 par défaut.
Mais se pourrait-il qu'en visitant un échantillon avec peu de clones (10, par exemple), le top passe à 10 puis en allant sur un autre sample (sans changer ni recharger la page) le top reste à 10 ?
Je ne pense pas que model.js soit rechargé dans ce cas et donc il se pourrait que la valeur du top ne soit pas changée non plus. Ce qui n'est pas délirant dans l'absolu (mais comme là cela s'est fait à l'insu de l'utilisateur, c'est plus gênant).
Pourrais-tu tester une telle situation @flothoni ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3617Rapport : le champ filename montre le nom du fichier sur le serveur pas le no...2019-02-28T13:33:56+01:00Mikaël SalsonRapport : le champ filename montre le nom du fichier sur le serveur pas le nom d'origineÀ modifier : en l'état c'est incompréhensible et ça occupe 4 lignes.À modifier : en l'état c'est incompréhensible et ça occupe 4 lignes.Lille-LAL-nexthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3717CloneDB : les sample sets peuvent être redondants2019-02-11T19:20:59+01:00Mikaël SalsonCloneDB : les sample sets peuvent être redondantsUn échantillon d'un patient peut être présent dans un run également. Forcément l'échantillon apparaîtra à travers son patient et son run. Il n'y a pas vraiment de solution à cela : il n'y a pas vraiment de raison de privilégier un type d...Un échantillon d'un patient peut être présent dans un run également. Forcément l'échantillon apparaîtra à travers son patient et son run. Il n'y a pas vraiment de solution à cela : il n'y a pas vraiment de raison de privilégier un type de sample set par rapport à un autre mais on pourrait montrer les résultats par sample set, ce qui laisse l'utilisateur la possibilité d'aller voir ce qui les intéresse.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2831bug lors des click sur les locus pour les switcher2019-01-10T15:21:23+01:00Thonier Florianbug lors des click sur les locus pour les switcherLorsque l'on click sur les locus (demo-lil3 , TP), les clones sont correctement caché, cependant, on n'a pas de retour sur la div du locus qui ne se grise pas.
En revanche, si on switch l'ensemble des locus (ds ce cas les TRG et les IG...Lorsque l'on click sur les locus (demo-lil3 , TP), les clones sont correctement caché, cependant, on n'a pas de retour sur la div du locus qui ne se grise pas.
En revanche, si on switch l'ensemble des locus (ds ce cas les TRG et les IGH), on a bien les div qui se grisent.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2832le graph timeline ne se remplit plus si on switch les locus2019-01-10T15:21:23+01:00Thonier Florianle graph timeline ne se remplit plus si on switch les locuslié à #2831 (possiblement).
Lorsque l'on switch tous les locus, on n'a plus de clones a afficher dnas la timeline.
*
si on click de nouveau pou ractiver un locus, le graph timeline ne se templit plus.
Verifier comment reproduire ce ...lié à #2831 (possiblement).
Lorsque l'on switch tous les locus, on n'a plus de clones a afficher dnas la timeline.
*
si on click de nouveau pou ractiver un locus, le graph timeline ne se templit plus.
Verifier comment reproduire ce bug car pas certain de la démarche.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1684Afficher séparément les tubes de PCR différents, même quand ils concernent le...2019-01-09T17:16:15+01:00Vidjil TeamAfficher séparément les tubes de PCR différents, même quand ils concernent le même locusDemande de Yann: quand on fait Vg1-9 et Vg10, on aimerait voir les % par rapport au tube de PCR.
La même question se pose pour quasiment tous les locus, en fonction des tubes utilisés.
- afficher cela comme deux locus différents ? (dan...Demande de Yann: quand on fait Vg1-9 et Vg10, on aimerait voir les % par rapport au tube de PCR.
La même question se pose pour quasiment tous les locus, en fonction des tubes utilisés.
- afficher cela comme deux locus différents ? (dans ce cas, on ne voit plus de grid avec tout le TRG)
- est-ce que le browser est bien robuste au changement de germlines.data ? (difficulté avec germlines.js) ?
- avoir un germlines.data différent par utilisateur / par patient ? ou stocker cela dans le .vidjil ?
- ou bien déjà avoir plusieurs germlines.data (un comme actuel, un Lille, un tubes BIOMED-2, ...) ?
à réfléchir
***
@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3657Pouvoir selectionner le clone support consensus lors d'un merge2018-12-12T11:45:40+01:00Thonier FlorianPouvoir selectionner le clone support consensus lors d'un merge~lille me fait part d'un problème lors d'un merge de multiples séquences.
source : https://serveur-vidjil.chrul.net/browser/?set=33007&config=35
Ils ont 10 clones qui sont identiques à part des G dans des stretchs d'homopolymères.
Le s...~lille me fait part d'un problème lors d'un merge de multiples séquences.
source : https://serveur-vidjil.chrul.net/browser/?set=33007&config=35
Ils ont 10 clones qui sont identiques à part des G dans des stretchs d'homopolymères.
Le souci est qu'ils n'arrivent pas à voir leur clones mergés comme productifs. Pourtant, si on fait le `color-by productif`, nous avons 4 clones productifs qui représentent 51.4% des reads du clone mergé. Mais malheureusement, nous avons un clone majoritaire à 31%, non productif, qui sert de support à la séquence/clone consensus.
Afin d'y remédier, nous pourrions proposer de choisir le clone qui servira de support consensus.
Je ne sais pas si c'est faisable/souhaitable.
ping @magiraud @mikael\-s @Aureliehttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3489L'édition d'un sample le retire du run2018-11-07T15:56:38+01:00Mikaël SalsonL'édition d'un sample le retire du runMail de AC du 21/09 ~"LIL\-Lille".
Un sample avait été créé et mis dans un run mais des infos avaient été oubliées. Il a été édité et n'apparaissait plus dans le run.
/cc @flothoniMail de AC du 21/09 ~"LIL\-Lille".
Un sample avait été créé et mis dans un run mais des infos avaient été oubliées. Il a été édité et n'apparaissait plus dans le run.
/cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2118Ascenseur manquant dans la liste des patients lors de l'ajout d'un fichier so...2018-10-18T10:47:47+02:00Mikaël SalsonAscenseur manquant dans la liste des patients lors de l'ajout d'un fichier sous ChromeLorsqu'on ajoute un fichier dans un run et qu'on clique sur le champ patient, pour avoir la liste complète, celle-ci ne présente pas d'ascenseur (sous Chrome, pas sous Firefox) ce qui la rend grandement inutilisable.
De plus sur l'ordina...Lorsqu'on ajoute un fichier dans un run et qu'on clique sur le champ patient, pour avoir la liste complète, celle-ci ne présente pas d'ascenseur (sous Chrome, pas sous Firefox) ce qui la rend grandement inutilisable.
De plus sur l'ordinateur d'Aurélie (Chrome 42) cela fait visiblement planter le thème de Windows.
@magiraud @RyanHerbWeb 2017.11Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3330Affichage du CDR3 : le mettre en production2018-09-27T11:07:17+02:00Mathieu GiraudAffichage du CDR3 : le mettre en productionVoir aussi #2665.Voir aussi #2665.CLL-2018-septembreMikaël SalsonMikaël Salsonhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3240Exporter n'importe quelle vue de plot, avec axe changés2018-09-17T18:16:54+02:00Mathieu GiraudExporter n'importe quelle vue de plot, avec axe changésAurélie ~"LIL\-Lille" : On peut faire joujou avec les axes, c'est très bien... mais on aimerait le mettre dans le rapport. Au moins une copie d'écran (c'est ce qu'ils font).
Et aussi couleurs #1976.
"Cela fait qu'on n'utilise pas certa...Aurélie ~"LIL\-Lille" : On peut faire joujou avec les axes, c'est très bien... mais on aimerait le mettre dans le rapport. Au moins une copie d'écran (c'est ce qu'ils font).
Et aussi couleurs #1976.
"Cela fait qu'on n'utilise pas certaines analyses car... on ne peut rien faire de ces informations."
cc @flothoniCLL-2018-septembreMikaël SalsonMikaël Salsonhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2499Lignes des axes noires/grises2018-08-09T14:28:40+02:00Mathieu GiraudLignes des axes noires/grises> Bonjour,
>
> J’ai vu qu’hier vous avez effectué une maintenance et je ne sais pas si c’est en lien ou non mais je trouve que les lignes du graphe sont bizarres, grises ou noires. Est-ce lié ? Cela n’empêche évidemment pas l’analyse...> Bonjour,
>
> J’ai vu qu’hier vous avez effectué une maintenance et je ne sais pas si c’est en lien ou non mais je trouve que les lignes du graphe sont bizarres, grises ou noires. Est-ce lié ? Cela n’empêche évidemment pas l’analyse, ce n’est qu’esthétique J !
>
> Aurélie
cc @flothoniThonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2929Avoir l'abondance des clones dans les résultats de la CloneDB2018-07-26T13:58:33+02:00Mikaël SalsonAvoir l'abondance des clones dans les résultats de la CloneDBC'est @magiraud qui avait dit cela (de mémoire cela venait de Lille). Ce serait effectivement pertinent de savoir à quelle concentration était le clone vu dans un autre échantillon.C'est @magiraud qui avait dit cela (de mémoire cela venait de Lille). Ce serait effectivement pertinent de savoir à quelle concentration était le clone vu dans un autre échantillon.Alexia OmietanskiAlexia Omietanskihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3400Pas de résultat visible avec des runs COMPLETED2018-07-19T13:01:10+02:00Ryan HerbertPas de résultat visible avec des runs COMPLETEDC'est un problème relevé par Lille.
Cas de figure: deux résultats COMPLETED, un RUNNING, et un QUEUED (plus quelques STOPPED).
Mais aucun lien n'est visible pour visionner l'analyse actuelle.C'est un problème relevé par Lille.
Cas de figure: deux résultats COMPLETED, un RUNNING, et un QUEUED (plus quelques STOPPED).
Mais aucun lien n'est visible pour visionner l'analyse actuelle.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2508Vh pas trouvé, uniquement Dh-Jh2018-06-27T18:53:42+02:00Mathieu GiraudVh pas trouvé, uniquement Dh-JhAurélie ~"LIL-Lille" :
> I have a question on the results I obtain on the following sample: http://app.vidjil.org/?sample_set_id=23852&config=25
>
> Let's look on the following clones:
> >IGHD2-2*02 2/TGA/5 IGHJ5*02 362 nt, 148 52...Aurélie ~"LIL-Lille" :
> I have a question on the results I obtain on the following sample: http://app.vidjil.org/?sample_set_id=23852&config=25
>
> Let's look on the following clones:
> >IGHD2-2*02 2/TGA/5 IGHJ5*02 362 nt, 148 525 reads (10.64%, 53.45% of IGH/IGH+, 2042% of IGH+)
> GGAGTCGGGGGAGGCTTGGTCCAGCCTGGGGGTCCCTGAGACTCTCCTGTGCAGCCTCTGGATTCACCTTCAGTGACTACTACATGAGCTGGGTCCGCCAGGCTCCCGGGAAGGGGCTGGAGTGGGTAGGTTTCATTAGAAACAAAGCTAATGGTGGGACAACAGAATAGACCACGTCTGTGAAAGGCAGATTCACAATCTCAAGAGATGATTCCAAAAGCATCACCTATCTGCAAATGAACAGCCTGAGAGCCGAGGACACGGCCGTGTATCAAGGGGCATTTATTGTAGTAGTACCAGCTGCTAT
>
> ATG
> ATGGTTCGACCCCTGGGGCCAGGGAACCCTGGTCACCGTCTCCTCAGGTAAG
>
>
>
> Bonjour,
>
> Ce clone est mal nommé, il ne reconnaît pas le VH, bien présent puisque nous avons pu merger des clones qui étaient VDJ. Cela m’embête car ce clone étant majoritaire, le merge ne permet pas de corriger la séquence.
>
> Pourriez-vous y regarder et me dire pourquoi le VH n’a pas été reconnu ?
>
> Merci
>
> AurélieAlgo -- Importanthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3100Autocomplete : vitesse/latence en production2018-06-26T15:01:25+02:00Mathieu GiraudAutocomplete : vitesse/latence en productionVu ensemble lors du test de déploiement : il y avait des reqûetes > 100 secondes pour l'autocomplete
- pour tous, 500 est quasi bon... quitte à attendre si on en veut plus, après quelques caractères ?
- pour les admins, limite spécifi...Vu ensemble lors du test de déploiement : il y avait des reqûetes > 100 secondes pour l'autocomplete
- pour tous, 500 est quasi bon... quitte à attendre si on en veut plus, après quelques caractères ?
- pour les admins, limite spécifique ?
Demande à chaque caractère ? Danger de lag ? Un truc asynchrone ?
Bloque vdj#626.
cc @flothoni @RyanHerbRyan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3199Bug lors de l'ajout de samples à plusieurs patients2018-06-13T09:33:58+02:00Mikaël SalsonBug lors de l'ajout de samples à plusieurs patientsRapporté par ~"LIL-Lille" :
>Hier j’ai chargé 2 runs de 20 éch dans le cadre d’un test et en regardant ce matin, j’ai constaté tout de suite qu’il y a eu un souci : le patient qui contient le 1er échantillon a eu aussi tous les autres al...Rapporté par ~"LIL-Lille" :
>Hier j’ai chargé 2 runs de 20 éch dans le cadre d’un test et en regardant ce matin, j’ai constaté tout de suite qu’il y a eu un souci : le patient qui contient le 1er échantillon a eu aussi tous les autres alors que j’ai bien attribué un éch = un patient. En regardant au niveau du run, je me suis aperçue qu’il conservait l’historique des patients et donc incrémente à chaque fois la liste. J’ai mis une impression écran pour mieux me faire comprendre.
J'ai aussi essayé :
1. Création d'un run vide
2. Création de 4 patients vides
3. Upload de 4 samples dans le run en attribuant chaque sample à un seul patient
Le premier patient se retrouve avec les 4 samples, le 2è avec 3, le 3è avec 2 et le dernier avec 1.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2116Sélection avec un axe de la grille/histogramme : l'indiquer à l'utilisateur2018-06-04T10:24:06+02:00Mikaël SalsonSélection avec un axe de la grille/histogramme : l'indiquer à l'utilisateurExcellente suggestion d'Aurélie : le curseur de la souris lorsqu'on survole un label d'axe de la grille/histogramme ne se transforme pas ce qui n'aide pas à penser que ces labels sont cliquables. Il faut mettre un pointeur avec la petite...Excellente suggestion d'Aurélie : le curseur de la souris lorsqu'on survole un label d'axe de la grille/histogramme ne se transforme pas ce qui n'aide pas à penser que ces labels sont cliquables. Il faut mettre un pointeur avec la petite main (`cursor: pointer`).
Il me semble que c'est géré par D3. Je ne suis pas sûr que ce soit aussi simple que ça en a l'air.
@magiraud @RyanHerb @tydax @flothoni Web 2017.11Thonier FlorianThonier Florian