vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2020-03-30T13:41:59+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3867Seul les tableaux devrait être scrollables2020-03-30T13:41:59+02:00Thonier FlorianSeul les tableaux devrait être scrollablesJe me rend compte que l'on scrolle souvent les tableaux patients, run ou set, voir en admin les users/groupes.
On pourrait imaginer que les tableaux soient dans leur propres div et que nous n'ayons pas besoin de les scroller pour attei...Je me rend compte que l'on scrolle souvent les tableaux patients, run ou set, voir en admin les users/groupes.
On pourrait imaginer que les tableaux soient dans leur propres div et que nous n'ayons pas besoin de les scroller pour atteindre les boutons new patient/run/user/... ou même les paginations.
Le souci de la lisibilité peux être posé si on regarde une page vidjil sur un petit écran, mais je n'en suis même pas certain.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3715CloneDB : afficher le nombre d'échantillons total2019-11-21T17:22:35+01:00Mikaël SalsonCloneDB : afficher le nombre d'échantillons totalAvoir une liste c'est bien, mais quand elle est longue, on aimerait bien savoir combien d'échantillons sont concernés.
Cela pourrait être pertinent d'avoir un axe sur le nombre d'échantillons également (et posera moins de problème que #3...Avoir une liste c'est bien, mais quand elle est longue, on aimerait bien savoir combien d'échantillons sont concernés.
Cela pourrait être pertinent d'avoir un axe sur le nombre d'échantillons également (et posera moins de problème que #3504).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3714Pouvoir supprimer les primers des séquences2021-11-22T13:49:42+01:00Thonier FlorianPouvoir supprimer les primers des séquencesEn lien plsu ou moins direct avec #1253, #2820 et #3152.
~"REN\-Rennes" me demande si il est possible de supprimer des séquences les portions correspondantes aux primers. La présence des primers fausse les observations d'homologie.
Pour...En lien plsu ou moins direct avec #1253, #2820 et #3152.
~"REN\-Rennes" me demande si il est possible de supprimer des séquences les portions correspondantes aux primers. La présence des primers fausse les observations d'homologie.
Pour ce faire , il faudrait déjà avoir accès aux primers. Pour le moment, les nouveaux primers ne sont pas publiques. On ne peux en théorie pas les inclure en dur dnas le code.
il faut donc imaginer un moyen de charger un fichier de primer non ?
Cela doit-il passer par le cpp ou bien uniquement par le serveur, en live sur les données ?
@magiraud et @mikael\-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3702Plus rien n'apparaît dans la liste2019-03-25T13:11:51+01:00Mathieu GiraudPlus rien n'apparaît dans la listecc @flothonicc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3697Le top peut-il descendre en dessous de 50 sans l'intervention de l'utliisateur ?2019-02-28T13:34:27+01:00Mikaël SalsonLe top peut-il descendre en dessous de 50 sans l'intervention de l'utliisateur ?Une utilisatrice (AC) nous remonte que pour certaines personnes le top est passé à 16 par défaut. Or dans `model.js` on a bien
```javascript
setAll: function () {
this.reset();
this.system_selected = []
this...Une utilisatrice (AC) nous remonte que pour certaines personnes le top est passé à 16 par défaut. Or dans `model.js` on a bien
```javascript
setAll: function () {
this.reset();
this.system_selected = []
this.colorMethod = "Tag";
this.changeNotation("percent", false)
this.changeTimeFormat("name", false)
this.top = 50;
},
```
Le `top` est mis explicitement à 50 par défaut.
Mais se pourrait-il qu'en visitant un échantillon avec peu de clones (10, par exemple), le top passe à 10 puis en allant sur un autre sample (sans changer ni recharger la page) le top reste à 10 ?
Je ne pense pas que model.js soit rechargé dans ce cas et donc il se pourrait que la valeur du top ne soit pas changée non plus. Ce qui n'est pas délirant dans l'absolu (mais comme là cela s'est fait à l'insu de l'utilisateur, c'est plus gênant).
Pourrais-tu tester une telle situation @flothoni ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3330Affichage du CDR3 : le mettre en production2018-09-27T11:07:17+02:00Mathieu GiraudAffichage du CDR3 : le mettre en productionVoir aussi #2665.Voir aussi #2665.CLL-2018-septembreMikaël SalsonMikaël Salsonhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3243Export des informations d'un clone2021-04-14T08:41:06+02:00Mikaël SalsonExport des informations d'un cloneLe tableau d'information d'un clone peut être affiché mais ne peut pas être exporté. Or beaucoup d'informations s'y trouvent (y compris provenant d'IMGT le cas échéant) et il serait intéressant de ne pas les perdre (cf. #3241).Le tableau d'information d'un clone peut être affiché mais ne peut pas être exporté. Or beaucoup d'informations s'y trouvent (y compris provenant d'IMGT le cas échéant) et il serait intéressant de ne pas les perdre (cf. #3241).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2952My Account: informations sur les groupes2020-11-18T16:50:43+01:00Mathieu GiraudMy Account: informations sur les groupesExtrait de #1682.
Après #2951 :
@RyanHerb : Je pensais effectivement plus à une page fournie par un contrôleur du type "My Account", et l'idée d'afficher les permissions et donc aussi les appartenances aux groupes pourrait être une bon...Extrait de #1682.
Après #2951 :
@RyanHerb : Je pensais effectivement plus à une page fournie par un contrôleur du type "My Account", et l'idée d'afficher les permissions et donc aussi les appartenances aux groupes pourrait être une bonne idée, surtout avec les labos qui commencent à nous demander des groupes pour partager les données.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2840A quoi sert le bouton tag visibility ?2018-02-16T12:10:55+01:00Thonier FlorianA quoi sert le bouton tag visibility ?En dessous du slider de filter clone, nous avons un boutton `tag visibility`.
A priori il n'y a aucune action attachée à ce bouton, et aucun effet si on clique dessus.
S'agit-il d'une reminiscence du passé ou est-il sensé avoir une fo...En dessous du slider de filter clone, nous avons un boutton `tag visibility`.
A priori il n'y a aucune action attachée à ce bouton, et aucun effet si on clique dessus.
S'agit-il d'une reminiscence du passé ou est-il sensé avoir une fonction. Si tel est le cas, il n'est pas forcement très explicite.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2605Admin: Liste des jobs en attente, en cours depuis l'interface admin2020-11-18T16:50:48+01:00Thonier FlorianAdmin: Liste des jobs en attente, en cours depuis l'interface adminJe vois à l'instant qu'il y a 30 jobs en attente.
De l'autre côté, Aurélie me dit que son job est long a se lancer, et qu'elle est préssée à cause de la fermeture du serveur lundi et mardi.
Cependant, je ne peux pas dire depuis l'inte...Je vois à l'instant qu'il y a 30 jobs en attente.
De l'autre côté, Aurélie me dit que son job est long a se lancer, et qu'elle est préssée à cause de la fermeture du serveur lundi et mardi.
Cependant, je ne peux pas dire depuis l'interface si son jobs va se lancer prochainement ou à la fin de la liste.
@magiraud @mikael-s @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2525"Vidjil is loading": Le bouton login fonctionne-t-il du premier coup ?2018-04-13T15:56:03+02:00Mathieu Giraud"Vidjil is loading": Le bouton login fonctionne-t-il du premier coup ?Aurélie nous signale qu'elle doit parfois cliquer deux fois pour s'identifier... (et j'ai aussi parfois cette impression, sans être vraiment sûr). Est-ce en lien avec #1113 ?
Ou avec des lenteurs du serveur ? Dans ce cas, faire un reto...Aurélie nous signale qu'elle doit parfois cliquer deux fois pour s'identifier... (et j'ai aussi parfois cette impression, sans être vraiment sûr). Est-ce en lien avec #1113 ?
Ou avec des lenteurs du serveur ? Dans ce cas, faire un retour à l'utilisateur qu'un chargement est en cours ?
cc @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2524Fichiers "network": 404 avec le lien "dl" dans sample_set/index.html2017-07-05T10:46:36+02:00Mathieu GiraudFichiers "network": 404 avec le lien "dl" dans sample_set/index.htmlÉvoqué avec Aurélie ce matin (qui voulait vérifier que son fichier était bien pris en compte, voir aussi #2523).
On a actuellement un 404 lorsqu'on souhaite télécharger un fichier "network".
À corriger, ou sinon retirer ce lien pour ce ...Évoqué avec Aurélie ce matin (qui voulait vérifier que son fichier était bien pris en compte, voir aussi #2523).
On a actuellement un 404 lorsqu'on souhaite télécharger un fichier "network".
À corriger, ou sinon retirer ce lien pour ce type de fichiers.prod-server-lilRyan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2523Fichiers "network": affichage de leur taille et de leur état dans sample_set/...2018-03-06T16:22:03+01:00Mathieu GiraudFichiers "network": affichage de leur taille et de leur état dans sample_set/index.htmlActuellement, on voit "0" comme "size" pour les fichiers sur le network.
L'utilisateur ne sait pas vraiment si il a bien sélectionné un fichier ou pas (Aurélie pensait que cela n'avait pas fonctionner).
Il faudrait la taille (si c'es...Actuellement, on voit "0" comme "size" pour les fichiers sur le network.
L'utilisateur ne sait pas vraiment si il a bien sélectionné un fichier ou pas (Aurélie pensait que cela n'avait pas fonctionner).
Il faudrait la taille (si c'est possible), et/ou une indication quelque part comme quoi ce fichier est "network" (si c'est possible).
prod-server-lilRyan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2522Avoir un retour à l'utilisateur lorsqu'on choisit un fichier "network"2017-07-12T15:09:50+02:00Mathieu GiraudAvoir un retour à l'utilisateur lorsqu'on choisit un fichier "network"Discuté avec Aurélie ce matin.
En mode "network", la sélection d'un fichier dans la fenêtre jstree n'est pas suffisante. Ce serait intéressant (et cohérent avec ce qui se fait sur un fichier habiutel) de recopier le nom du fichier sélect...Discuté avec Aurélie ce matin.
En mode "network", la sélection d'un fichier dans la fenêtre jstree n'est pas suffisante. Ce serait intéressant (et cohérent avec ce qui se fait sur un fichier habiutel) de recopier le nom du fichier sélectionné quelque part.prod-server-lilRyan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2373Coloration des clones dans le rapport monitreur2017-04-14T13:18:06+02:00Ryan HerbertColoration des clones dans le rapport monitreurAurélie nous dit qu'elle voudrait avoir une meilleure coloration des clones dans le rapport moniteur car elle ne s'y retrouve pas toujours.
Deux propositions:
- enlever la coloration par locus du pie chart pour colorier les clones sans...Aurélie nous dit qu'elle voudrait avoir une meilleure coloration des clones dans le rapport moniteur car elle ne s'y retrouve pas toujours.
Deux propositions:
- enlever la coloration par locus du pie chart pour colorier les clones sans créer d'incohérence
- tout colorier par locus.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2160Ajouter un clone: interface utilisateur et appel au segmenteur2017-03-01T08:33:03+01:00Mathieu GiraudAjouter un clone: interface utilisateur et appel au segmenteurSuite à #1921 :
* [x] interface utilisateur, un popup quelque part
* [x] lancer ~"segmenter-app" pour peupler le .js du clone en question
@mikael-s @RyanHerbSuite à #1921 :
* [x] interface utilisateur, un popup quelque part
* [x] lancer ~"segmenter-app" pour peupler le .js du clone en question
@mikael-s @RyanHerbArmand BourArmand Bourhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2103Supprimer les fichiers résultats lorsqu'on ré-uploade un fichier de séquences2017-05-22T14:41:14+02:00Mikaël SalsonSupprimer les fichiers résultats lorsqu'on ré-uploade un fichier de séquencesLorsqu'une utilisatrice lance un processus sur un fichier puis le réuploade, le contrôleur `get_data` pense que le fichier de séquences d'origine a été supprimé (ce qui n'est pas complètement faux).
Que faire dans ce cas-là ? Supprime...Lorsqu'une utilisatrice lance un processus sur un fichier puis le réuploade, le contrôleur `get_data` pense que le fichier de séquences d'origine a été supprimé (ce qui n'est pas complètement faux).
Que faire dans ce cas-là ? Supprimer le fichier fused ne suffit pas puisque les résultats restent attachés au même `sequence_file` (ce n'est que le `data_file` qui a changé dans le `sequence_file`, l'identifiant reste le même). Faut-il supprimer tous les fichiers résultats associés à ce fichier de séquence ?
Ou alors faut-il prévenir l'utilisatrice que le fichier ré-uploadé est le même que le fichier d'origine ? Mais comment le faire (sans attendre la fin de l'upload) ? Avec un SHA256 ? Côté client ?
Un ~"wont-fix" peut aussi être une solution. Il suffit de le savoir (et le documenter).
Problème identifié avec @RyanHerb et @flothoni dans le cadre de #2101.
@magiraudRyan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2059Légende générique : Filtrer / sélectionner / afficher les clones suivant un axe2021-09-15T19:19:47+02:00Mathieu GiraudLégende générique : Filtrer / sélectionner / afficher les clones suivant un axeMotivation venant de #2054 : on aimerait faire un toggle générique sur tout axe (#1471), de la même manière qu'on peut filtrer/afficher les tagsMotivation venant de #2054 : on aimerait faire un toggle générique sur tout axe (#1471), de la même manière qu'on peut filtrer/afficher les tagshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2056Afficher les mutations synonymes/silencieuses dans le segmenteur2019-04-18T17:56:44+02:00Mikaël SalsonAfficher les mutations synonymes/silencieuses dans le segmenteurStéphanie est très intéressée pour distinguer les mutations synonymes des mutations non synonymes (surtout dans le V j'imagine). Voir à ce sujet [Lossos et al, 2000](http://www.bloodjournal.org/content/95/5/1797.full).
@magiraud @flot...Stéphanie est très intéressée pour distinguer les mutations synonymes des mutations non synonymes (surtout dans le V j'imagine). Voir à ce sujet [Lossos et al, 2000](http://www.bloodjournal.org/content/95/5/1797.full).
@magiraud @flothoni @aurelBZH @RyanHerbCLL-2018-septembrehttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2035Colonne "results" de la liste patient vide2023-11-09T11:04:13+01:00Thonier FlorianColonne "results" de la liste patient videSuite au message de Aurélie ~"LIL-Lille" :
pb : colonne "results" vide lors de l'affichage de la liste des patients, pour certains patients dont l'analyse est lancé.
Bug non reproductible, mais en fouillant un peu plus, j'ai remarqué ...Suite au message de Aurélie ~"LIL-Lille" :
pb : colonne "results" vide lors de l'affichage de la liste des patients, pour certains patients dont l'analyse est lancé.
Bug non reproductible, mais en fouillant un peu plus, j'ai remarqué que les patients concernés devaient avoir une analyse lancée mais non finalisée (ou non commencée), donc sans résultats disponibles lors de sa requete.
Solution (voir #2036) : Ajouter une valeur dans la colonne si une analyse est en cours ou programmé (ex : "clonalité (computing)" ou "waiting" )
Cette valeur devrait etre grisée ou formattée pour la mettre en évidence par rapport aux autres, de plus, ne pas etre cliquable.
@magiraud @mikael-s @RyanHerb