vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2020-11-18T16:50:48+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2605Admin: Liste des jobs en attente, en cours depuis l'interface admin2020-11-18T16:50:48+01:00Thonier FlorianAdmin: Liste des jobs en attente, en cours depuis l'interface adminJe vois à l'instant qu'il y a 30 jobs en attente.
De l'autre côté, Aurélie me dit que son job est long a se lancer, et qu'elle est préssée à cause de la fermeture du serveur lundi et mardi.
Cependant, je ne peux pas dire depuis l'inte...Je vois à l'instant qu'il y a 30 jobs en attente.
De l'autre côté, Aurélie me dit que son job est long a se lancer, et qu'elle est préssée à cause de la fermeture du serveur lundi et mardi.
Cependant, je ne peux pas dire depuis l'interface si son jobs va se lancer prochainement ou à la fin de la liste.
@magiraud @mikael-s @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2536Faut-il maintenir un groupe vide2017-06-15T14:58:37+02:00Thonier FlorianFaut-il maintenir un groupe videVoilà le situation actuelle :
Un hôpital à 2 groupes, ingénieurs (avec l'ensemble des droits) et techniciens (sans le droits de sauvegarder les analyses)
Le premier comporte plusieurs membres, le second un seul.
On me demande de donne...Voilà le situation actuelle :
Un hôpital à 2 groupes, ingénieurs (avec l'ensemble des droits) et techniciens (sans le droits de sauvegarder les analyses)
Le premier comporte plusieurs membres, le second un seul.
On me demande de donner tous les droits à ce dernier membre. La question est donc de savoir si il vaut mieux que je déplace ce membre dans le groupe ingé qui ont tous les droits, et laisser un groupe vide derrière moi, ou bien de donner le droit manquant à ce second groupe, mais poser des soucis si un nouveau membre s'y rajoute.
Perso, je penche pour la première option. Vous êtes d'accord ?
@mikael-s @magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2525"Vidjil is loading": Le bouton login fonctionne-t-il du premier coup ?2018-04-13T15:56:03+02:00Mathieu Giraud"Vidjil is loading": Le bouton login fonctionne-t-il du premier coup ?Aurélie nous signale qu'elle doit parfois cliquer deux fois pour s'identifier... (et j'ai aussi parfois cette impression, sans être vraiment sûr). Est-ce en lien avec #1113 ?
Ou avec des lenteurs du serveur ? Dans ce cas, faire un reto...Aurélie nous signale qu'elle doit parfois cliquer deux fois pour s'identifier... (et j'ai aussi parfois cette impression, sans être vraiment sûr). Est-ce en lien avec #1113 ?
Ou avec des lenteurs du serveur ? Dans ce cas, faire un retour à l'utilisateur qu'un chargement est en cours ?
cc @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2524Fichiers "network": 404 avec le lien "dl" dans sample_set/index.html2017-07-05T10:46:36+02:00Mathieu GiraudFichiers "network": 404 avec le lien "dl" dans sample_set/index.htmlÉvoqué avec Aurélie ce matin (qui voulait vérifier que son fichier était bien pris en compte, voir aussi #2523).
On a actuellement un 404 lorsqu'on souhaite télécharger un fichier "network".
À corriger, ou sinon retirer ce lien pour ce ...Évoqué avec Aurélie ce matin (qui voulait vérifier que son fichier était bien pris en compte, voir aussi #2523).
On a actuellement un 404 lorsqu'on souhaite télécharger un fichier "network".
À corriger, ou sinon retirer ce lien pour ce type de fichiers.prod-server-lilRyan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2523Fichiers "network": affichage de leur taille et de leur état dans sample_set/...2018-03-06T16:22:03+01:00Mathieu GiraudFichiers "network": affichage de leur taille et de leur état dans sample_set/index.htmlActuellement, on voit "0" comme "size" pour les fichiers sur le network.
L'utilisateur ne sait pas vraiment si il a bien sélectionné un fichier ou pas (Aurélie pensait que cela n'avait pas fonctionner).
Il faudrait la taille (si c'es...Actuellement, on voit "0" comme "size" pour les fichiers sur le network.
L'utilisateur ne sait pas vraiment si il a bien sélectionné un fichier ou pas (Aurélie pensait que cela n'avait pas fonctionner).
Il faudrait la taille (si c'est possible), et/ou une indication quelque part comme quoi ce fichier est "network" (si c'est possible).
prod-server-lilRyan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2522Avoir un retour à l'utilisateur lorsqu'on choisit un fichier "network"2017-07-12T15:09:50+02:00Mathieu GiraudAvoir un retour à l'utilisateur lorsqu'on choisit un fichier "network"Discuté avec Aurélie ce matin.
En mode "network", la sélection d'un fichier dans la fenêtre jstree n'est pas suffisante. Ce serait intéressant (et cohérent avec ce qui se fait sur un fichier habiutel) de recopier le nom du fichier sélect...Discuté avec Aurélie ce matin.
En mode "network", la sélection d'un fichier dans la fenêtre jstree n'est pas suffisante. Ce serait intéressant (et cohérent avec ce qui se fait sur un fichier habiutel) de recopier le nom du fichier sélectionné quelque part.prod-server-lilRyan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2442Afficher un échantillon sans l'impact des autres échantillons2022-05-17T11:59:25+02:00Mathieu GiraudAfficher un échantillon sans l'impact des autres échantillonsUn échange avec Aurélie ~"LIL-Lille" a fait ressortir que le même échantillon (par exemple de diagnostic) est affiché différemment lorsqu'il est accompagné d'autres échantillons (par exemple de suivi).
C'est un point attendu vu le fonct...Un échange avec Aurélie ~"LIL-Lille" a fait ressortir que le même échantillon (par exemple de diagnostic) est affiché différemment lorsqu'il est accompagné d'autres échantillons (par exemple de suivi).
C'est un point attendu vu le fonctionnement de ~"server-fuse" , mais cela peut être trompeur pour l'usager (en particulier sur la qualification "polyclonal" d'un échantillon). @RyanHerb, pourrais-tu mettre la capture transmise par Aurélie (je ne la retrouve pas) ?
Laisse-t-on cela ainsi ? Aurait-on un moyen simple de voir un échantillon sans l'influence des autres ? Recalculer un top local, avoir un autre fonctionnement du slider ? Marquer d'une certaine manière certains clones dans le fuse ?Web 2021.05marc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2373Coloration des clones dans le rapport monitreur2017-04-14T13:18:06+02:00Ryan HerbertColoration des clones dans le rapport monitreurAurélie nous dit qu'elle voudrait avoir une meilleure coloration des clones dans le rapport moniteur car elle ne s'y retrouve pas toujours.
Deux propositions:
- enlever la coloration par locus du pie chart pour colorier les clones sans...Aurélie nous dit qu'elle voudrait avoir une meilleure coloration des clones dans le rapport moniteur car elle ne s'y retrouve pas toujours.
Deux propositions:
- enlever la coloration par locus du pie chart pour colorier les clones sans créer d'incohérence
- tout colorier par locus.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2297CGI d'alignement introuvable en https2017-06-07T13:53:56+02:00Thonier FlorianCGI d'alignement introuvable en httpsBug découvert par Aurélie Caillault-Vennet:
En fonction de l'accès en http ou https, le CGI de l'alignement est introuvable.
De plus, dans mon cas, j'ai un pop-up qui me l'indique, et dans le cas de Lille la machine se met a mouliner...Bug découvert par Aurélie Caillault-Vennet:
En fonction de l'accès en http ou https, le CGI de l'alignement est introuvable.
De plus, dans mon cas, j'ai un pop-up qui me l'indique, et dans le cas de Lille la machine se met a mouliner. J'attends confirmation pour ce second point
cc @RyanHerb @mikael-s @magiraudMikaël SalsonMikaël Salsonhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2281La génération des rapports : erreur JS, bloquage sur "Generating reports"2017-05-22T15:25:32+02:00Mikaël SalsonLa génération des rapports : erreur JS, bloquage sur "Generating reports"http://app.vidjil.org/index.html?sample_set_id=23110&config=25
Générer un rapport : sa génération ne termine pas.
Erreurs JS :
```
TypeError: seg[5] is undefined
var seqV = seq.substring(0, seg['5']['stop'] + 1)
```
En rev...http://app.vidjil.org/index.html?sample_set_id=23110&config=25
Générer un rapport : sa génération ne termine pas.
Erreurs JS :
```
TypeError: seg[5] is undefined
var seqV = seq.substring(0, seg['5']['stop'] + 1)
```
En revanche hors ligne je n'ai pas de souci (mais c'est peut-être une question d'âge du fichier .vidjil…).
cc @magiraud @flothoni @RyanHerbWeb 2017.03https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2160Ajouter un clone: interface utilisateur et appel au segmenteur2017-03-01T08:33:03+01:00Mathieu GiraudAjouter un clone: interface utilisateur et appel au segmenteurSuite à #1921 :
* [x] interface utilisateur, un popup quelque part
* [x] lancer ~"segmenter-app" pour peupler le .js du clone en question
@mikael-s @RyanHerbSuite à #1921 :
* [x] interface utilisateur, un popup quelque part
* [x] lancer ~"segmenter-app" pour peupler le .js du clone en question
@mikael-s @RyanHerbArmand BourArmand Bourhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2149Upload de gros fichiers impossible sur vda2017-02-14T22:56:53+01:00Mikaël SalsonUpload de gros fichiers impossible sur vdaL'upload de gros fichier échoue. Il semble qu'au cours de l'upload le fichier soit enregistré quelque part sur la partition de la racine. À la fin de l'upload le fichier semble déplacé/copié dans `/tmp` or comme la partition racine est p...L'upload de gros fichier échoue. Il semble qu'au cours de l'upload le fichier soit enregistré quelque part sur la partition de la racine. À la fin de l'upload le fichier semble déplacé/copié dans `/tmp` or comme la partition racine est petite il n'y a pas de place suffisante et c'est probablement ça qui fait échouer l'upload.
Je ne sais pas s'il faut paramétrer nginx ou web2py (ou les deux). J'ai essayé d'ajouter la directive
```
client_body_temp_path /mnt/data/tmp;
proxy_temp_path /mnt/data/tmp;
```
dans la config Nginx, mais sans succès.2017-02-22https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2118Ascenseur manquant dans la liste des patients lors de l'ajout d'un fichier so...2018-10-18T10:47:47+02:00Mikaël SalsonAscenseur manquant dans la liste des patients lors de l'ajout d'un fichier sous ChromeLorsqu'on ajoute un fichier dans un run et qu'on clique sur le champ patient, pour avoir la liste complète, celle-ci ne présente pas d'ascenseur (sous Chrome, pas sous Firefox) ce qui la rend grandement inutilisable.
De plus sur l'ordina...Lorsqu'on ajoute un fichier dans un run et qu'on clique sur le champ patient, pour avoir la liste complète, celle-ci ne présente pas d'ascenseur (sous Chrome, pas sous Firefox) ce qui la rend grandement inutilisable.
De plus sur l'ordinateur d'Aurélie (Chrome 42) cela fait visiblement planter le thème de Windows.
@magiraud @RyanHerbWeb 2017.11Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2116Sélection avec un axe de la grille/histogramme : l'indiquer à l'utilisateur2018-06-04T10:24:06+02:00Mikaël SalsonSélection avec un axe de la grille/histogramme : l'indiquer à l'utilisateurExcellente suggestion d'Aurélie : le curseur de la souris lorsqu'on survole un label d'axe de la grille/histogramme ne se transforme pas ce qui n'aide pas à penser que ces labels sont cliquables. Il faut mettre un pointeur avec la petite...Excellente suggestion d'Aurélie : le curseur de la souris lorsqu'on survole un label d'axe de la grille/histogramme ne se transforme pas ce qui n'aide pas à penser que ces labels sont cliquables. Il faut mettre un pointeur avec la petite main (`cursor: pointer`).
Il me semble que c'est géré par D3. Je ne suis pas sûr que ce soit aussi simple que ça en a l'air.
@magiraud @RyanHerb @tydax @flothoni Web 2017.11Thonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2103Supprimer les fichiers résultats lorsqu'on ré-uploade un fichier de séquences2017-05-22T14:41:14+02:00Mikaël SalsonSupprimer les fichiers résultats lorsqu'on ré-uploade un fichier de séquencesLorsqu'une utilisatrice lance un processus sur un fichier puis le réuploade, le contrôleur `get_data` pense que le fichier de séquences d'origine a été supprimé (ce qui n'est pas complètement faux).
Que faire dans ce cas-là ? Supprime...Lorsqu'une utilisatrice lance un processus sur un fichier puis le réuploade, le contrôleur `get_data` pense que le fichier de séquences d'origine a été supprimé (ce qui n'est pas complètement faux).
Que faire dans ce cas-là ? Supprimer le fichier fused ne suffit pas puisque les résultats restent attachés au même `sequence_file` (ce n'est que le `data_file` qui a changé dans le `sequence_file`, l'identifiant reste le même). Faut-il supprimer tous les fichiers résultats associés à ce fichier de séquence ?
Ou alors faut-il prévenir l'utilisatrice que le fichier ré-uploadé est le même que le fichier d'origine ? Mais comment le faire (sans attendre la fin de l'upload) ? Avec un SHA256 ? Côté client ?
Un ~"wont-fix" peut aussi être une solution. Il suffit de le savoir (et le documenter).
Problème identifié avec @RyanHerb et @flothoni dans le cadre de #2101.
@magiraudRyan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2079problème d'upload a l'utilisation de vidjil en diagnostic a lille2016-12-29T12:06:09+01:00Ghost Userproblème d'upload a l'utilisation de vidjil en diagnostic a lilleNathalie a contacté Christophe de la plateforme bioinfo de l'hopital pour des problème d'upload de fichier sur Vidjil. L'upload semble ralenti au point de rendre vidjil presque inutilisable. Christophe m'a posé deux questions :
il se...Nathalie a contacté Christophe de la plateforme bioinfo de l'hopital pour des problème d'upload de fichier sur Vidjil. L'upload semble ralenti au point de rendre vidjil presque inutilisable. Christophe m'a posé deux questions :
il semble qu'elle upload des fichiers fastq , est il possible d'upload des fastq compressés (gz,bz)?
Il s'étonnait de nombreuses erreurs javascript dans la console .
Y a t'il un probleme avec le serveur ? Vidjil TeamVidjil Teamhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2059Légende générique : Filtrer / sélectionner / afficher les clones suivant un axe2021-09-15T19:19:47+02:00Mathieu GiraudLégende générique : Filtrer / sélectionner / afficher les clones suivant un axeMotivation venant de #2054 : on aimerait faire un toggle générique sur tout axe (#1471), de la même manière qu'on peut filtrer/afficher les tagsMotivation venant de #2054 : on aimerait faire un toggle générique sur tout axe (#1471), de la même manière qu'on peut filtrer/afficher les tagshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2056Afficher les mutations synonymes/silencieuses dans le segmenteur2019-04-18T17:56:44+02:00Mikaël SalsonAfficher les mutations synonymes/silencieuses dans le segmenteurStéphanie est très intéressée pour distinguer les mutations synonymes des mutations non synonymes (surtout dans le V j'imagine). Voir à ce sujet [Lossos et al, 2000](http://www.bloodjournal.org/content/95/5/1797.full).
@magiraud @flot...Stéphanie est très intéressée pour distinguer les mutations synonymes des mutations non synonymes (surtout dans le V j'imagine). Voir à ce sujet [Lossos et al, 2000](http://www.bloodjournal.org/content/95/5/1797.full).
@magiraud @flothoni @aurelBZH @RyanHerbCLL-2018-septembrehttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2041L'alignement multiple plante quand la première séquence est retirée2019-04-03T14:23:12+02:00Mikaël SalsonL'alignement multiple plante quand la première séquence est retiréeAllons sur le [jeu de démo](http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=68&config=32). On sélectionne tous les clones en TRGV2–TRGJ1. On supprime le premier de la sélection et on aligne le tout. ~~L'alignement devient complètement f...Allons sur le [jeu de démo](http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=68&config=32). On sélectionne tous les clones en TRGV2–TRGJ1. On supprime le premier de la sélection et on aligne le tout. ~~L'alignement devient complètement foireux à partir du N, avec quasiment tous les nucléotides qui sont soulignés.~~
~~Il semble y avoir deux bugs (dans l'alignement CGI, puisque l'alignement devient foireux) et dans le JS, puisque la coloration est foireuse. Mais je penche pour une explication plus parcimonieuse d'un seul bug qui causerait les deux problèmes.~~
@magiraud @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2035Colonne "results" de la liste patient vide2023-11-09T11:04:13+01:00Thonier FlorianColonne "results" de la liste patient videSuite au message de Aurélie ~"LIL-Lille" :
pb : colonne "results" vide lors de l'affichage de la liste des patients, pour certains patients dont l'analyse est lancé.
Bug non reproductible, mais en fouillant un peu plus, j'ai remarqué ...Suite au message de Aurélie ~"LIL-Lille" :
pb : colonne "results" vide lors de l'affichage de la liste des patients, pour certains patients dont l'analyse est lancé.
Bug non reproductible, mais en fouillant un peu plus, j'ai remarqué que les patients concernés devaient avoir une analyse lancée mais non finalisée (ou non commencée), donc sans résultats disponibles lors de sa requete.
Solution (voir #2036) : Ajouter une valeur dans la colonne si une analyse est en cours ou programmé (ex : "clonalité (computing)" ou "waiting" )
Cette valeur devrait etre grisée ou formattée pour la mettre en évidence par rapport aux autres, de plus, ne pas etre cliquable.
@magiraud @mikael-s @RyanHerb