vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2016-11-29T14:35:27+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1373scatterplot : longueur du CDR3 (nucl et AA) comme axe d'analyse2016-11-29T14:35:27+01:00Vidjil Teamscatterplot : longueur du CDR3 (nucl et AA) comme axe d'analyseKiller feature pour Frédéric (et aussi Necker).
Permet de différencier les répertoires sélectionnés des non-sélectionnés.
Visualisation pseudo-genscan à laquelle ils sont habitués 'depuis 30 ans'.
Et... chose similaire proposée par Nikos...Killer feature pour Frédéric (et aussi Necker).
Permet de différencier les répertoires sélectionnés des non-sélectionnés.
Visualisation pseudo-genscan à laquelle ils sont habitués 'depuis 30 ans'.
Et... chose similaire proposée par Nikos.
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(demandé aussi par Yann, 10 février)
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merci !
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4546vidjil-algo: Avoir un meilleur suffixe pour l'export des reads des clones2020-11-02T09:48:05+01:00Mathieu Giraudvidjil-algo: Avoir un meilleur suffixe pour l'export des reads des clonesActuellement c'est `.fa-42`, ce qui n'est pas très clair.
`-42.fa` serait mieux, et même `-42.fastq` quand c'est le cas.
cc @flothoniActuellement c'est `.fa-42`, ce qui n'est pas très clair.
`-42.fa` serait mieux, et même `-42.fastq` quand c'est le cas.
cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4355"Day after first sample" pas pertinent quand plusieurs échantillons à la même...2020-06-18T14:34:02+02:00Mathieu Giraud"Day after first sample" pas pertinent quand plusieurs échantillons à la même dateEst-ce notre setting par défaut dans certains cas ?
Oui s'il y a des dates ?
En tout cas pas pertinent si on a 2+ échantillons de la même date, on voit des "+0" peu informatifs.
cc @duezEst-ce notre setting par défaut dans certains cas ?
Oui s'il y a des dates ?
En tout cas pas pertinent si on a 2+ échantillons de la même date, on voit des "+0" peu informatifs.
cc @duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4237Documenter les distributions + export all clones2021-02-03T19:46:59+01:00Mathieu GiraudDocumenter les distributions + export all clonesOn a eu #4020 pour le ~dev, mais pas encore de ~doc pour les usagers: nous devrions documenter les deux features "majeures" pour les usagers de %"Déploiement 2020.03" sur le répertoire.
S'inspirer par exemple des mails:
> Anyway, we wo...On a eu #4020 pour le ~dev, mais pas encore de ~doc pour les usagers: nous devrions documenter les deux features "majeures" pour les usagers de %"Déploiement 2020.03" sur le répertoire.
S'inspirer par exemple des mails:
> Anyway, we would like to share with you some news, in particular the availability of two long requested features for repertoire analysis that we began to present you at the last meeting. Vidjil displays the top 100 most abundant clones by default, and you know that we made this choice to keep an efficient interactivity. However behind the scenes, Vidjil-algo computes all the clones. We today offer two features to better interact and work with this full list of clones:
> Show distributions of the full repertoire (see attached image). We display the fragment length distribution for all clones instead of the most abundant ones. After tests with some users to ensure it was fitting their needs, we now make it the default configuration.
> Export all clones. We now give the possibility to retrieve them all under the AIRR format for further investigations. This is available through the "Export all clones (AIRR)" configuration.Déploiement 2020.062020-06-28https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3927Mounted files / network : docker, documentation2020-03-23T13:03:53+01:00Mathieu GiraudMounted files / network : docker, documentation@meidanis had a question on the "from my computer" / "from the network" choice when uploading.
- Is it normal that he sees this choice as this is not configured ?
- Did we document this feature ?@meidanis had a question on the "from my computer" / "from the network" choice when uploading.
- Is it normal that he sees this choice as this is not configured ?
- Did we document this feature ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3152Afficher les primers/amorces dans le client2021-10-08T11:45:30+02:00Mathieu GiraudAfficher les primers/amorces dans le clientDiscuté il y a un certain temps, je ne trouve pas l'issue.
Fait désormais par ArrEST.
Voir aussi #2235/#2875.Discuté il y a un certain temps, je ne trouve pas l'issue.
Fait désormais par ArrEST.
Voir aussi #2235/#2875.Web 2022.05Thonier FlorianThonier Florian2021-07-09https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3126Rapport : date de naissance + autres infos du patient (run/set) ?2021-01-26T15:19:10+01:00Mathieu GiraudRapport : date de naissance + autres infos du patient (run/set) ?On a vu au moins un rapport de ~"LIL-Lille" sans infos du patient (date de naissance...)On a vu au moins un rapport de ~"LIL-Lille" sans infos du patient (date de naissance...)Lille-LAL-nexthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3100Autocomplete : vitesse/latence en production2018-06-26T15:01:25+02:00Mathieu GiraudAutocomplete : vitesse/latence en productionVu ensemble lors du test de déploiement : il y avait des reqûetes > 100 secondes pour l'autocomplete
- pour tous, 500 est quasi bon... quitte à attendre si on en veut plus, après quelques caractères ?
- pour les admins, limite spécifi...Vu ensemble lors du test de déploiement : il y avait des reqûetes > 100 secondes pour l'autocomplete
- pour tous, 500 est quasi bon... quitte à attendre si on en veut plus, après quelques caractères ?
- pour les admins, limite spécifique ?
Demande à chaque caractère ? Danger de lag ? Un truc asynchrone ?
Bloque vdj#626.
cc @flothoni @RyanHerbRyan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2948Conserver le chemin précédent lors du chargement d'un fichier 'network'2018-03-21T11:44:38+01:00Ryan HerbertConserver le chemin précédent lors du chargement d'un fichier 'network'Repartir de la racine du stockage peut impliquer beaucoup de clics peut être fastidieux, ce serait bien de se souvenir du dernier chemin emprunté.
Demande de @AurelieRepartir de la racine du stockage peut impliquer beaucoup de clics peut être fastidieux, ce serait bien de se souvenir du dernier chemin emprunté.
Demande de @AurelieRyan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2929Avoir l'abondance des clones dans les résultats de la CloneDB2018-07-26T13:58:33+02:00Mikaël SalsonAvoir l'abondance des clones dans les résultats de la CloneDBC'est @magiraud qui avait dit cela (de mémoire cela venait de Lille). Ce serait effectivement pertinent de savoir à quelle concentration était le clone vu dans un autre échantillon.C'est @magiraud qui avait dit cela (de mémoire cela venait de Lille). Ce serait effectivement pertinent de savoir à quelle concentration était le clone vu dans un autre échantillon.Alexia OmietanskiAlexia Omietanskihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2876Exporter l'alignement2019-02-28T16:46:15+01:00Mathieu GiraudExporter l'alignementÉvoqué par Fred ~"Paris-Pitié" : pourrait-on exporter l'alignement du segmenteur ?
(Et/ou jouer avec dans Vidjil ?)Évoqué par Fred ~"Paris-Pitié" : pourrait-on exporter l'alignement du segmenteur ?
(Et/ou jouer avec dans Vidjil ?)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2297CGI d'alignement introuvable en https2017-06-07T13:53:56+02:00Thonier FlorianCGI d'alignement introuvable en httpsBug découvert par Aurélie Caillault-Vennet:
En fonction de l'accès en http ou https, le CGI de l'alignement est introuvable.
De plus, dans mon cas, j'ai un pop-up qui me l'indique, et dans le cas de Lille la machine se met a mouliner...Bug découvert par Aurélie Caillault-Vennet:
En fonction de l'accès en http ou https, le CGI de l'alignement est introuvable.
De plus, dans mon cas, j'ai un pop-up qui me l'indique, et dans le cas de Lille la machine se met a mouliner. J'attends confirmation pour ce second point
cc @RyanHerb @mikael-s @magiraudMikaël SalsonMikaël Salsonhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2268Compare patients : checkbox pour n'afficher que les analyses les plus récente...2019-02-28T14:30:15+01:00Thonier FlorianCompare patients : checkbox pour n'afficher que les analyses les plus récentes par configSeconde partie du mail d'Aurélie ~"LIL-Lille" du jour :
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2 . Du coup, pour avoir quand même la comparaison avec ce 17ème échantillon, nous sommes passés par le Compare sample. Et là surprise, tous les échantillons sont dupliqués ...Seconde partie du mail d'Aurélie ~"LIL-Lille" du jour :
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2 . Du coup, pour avoir quand même la comparaison avec ce 17ème échantillon, nous sommes passés par le Compare sample. Et là surprise, tous les échantillons sont dupliqués voire en 3 exemplaires. Nous avons effectivement relancé les analyses ce matin car nous avons fait des modifications dans les attributions fichiers FastQ-patients mais je n’avais pas remarqué les fois précédentes que Vidjil conservait les analyses précédentes. Est-ce normal ? N’alourdissons nous pas inutilement l’espace disque ? Nous avons volontairement écrasés l’analyse précédente et je trouve du coup que cela est plutôt source de confusion.
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Pour ce point, à savoir le fait d'avoir plusieurs entrées lors d'un compare sample pour un même point, c'est exacte aussi.
Je ne sais pas si c'est un comportement souhaité ou non. En regardant dans la doc, il y a bien une mention d'un tel comportement, mais je ne sais pas si ça rentre dans cette catégorie, sachant que lorsque une nouvelle analyse est effectuée, l'ancienne reste.
> Note that even when the input sequences are deleted, the server is still able to display the results of previous analyses
Si c'est un comportement souhaité, ne peut-on pas imaginé un bouton filtre pour n'afficher que la dernière analyse pour un set de données et rendre la selection plsu aisé dans la majorité des cas ?
Dans le cas contraire, je n'ai pas encore cherché l'origine du bug.
cc @RyanHerb @magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2118Ascenseur manquant dans la liste des patients lors de l'ajout d'un fichier so...2018-10-18T10:47:47+02:00Mikaël SalsonAscenseur manquant dans la liste des patients lors de l'ajout d'un fichier sous ChromeLorsqu'on ajoute un fichier dans un run et qu'on clique sur le champ patient, pour avoir la liste complète, celle-ci ne présente pas d'ascenseur (sous Chrome, pas sous Firefox) ce qui la rend grandement inutilisable.
De plus sur l'ordina...Lorsqu'on ajoute un fichier dans un run et qu'on clique sur le champ patient, pour avoir la liste complète, celle-ci ne présente pas d'ascenseur (sous Chrome, pas sous Firefox) ce qui la rend grandement inutilisable.
De plus sur l'ordinateur d'Aurélie (Chrome 42) cela fait visiblement planter le thème de Windows.
@magiraud @RyanHerbWeb 2017.11Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2116Sélection avec un axe de la grille/histogramme : l'indiquer à l'utilisateur2018-06-04T10:24:06+02:00Mikaël SalsonSélection avec un axe de la grille/histogramme : l'indiquer à l'utilisateurExcellente suggestion d'Aurélie : le curseur de la souris lorsqu'on survole un label d'axe de la grille/histogramme ne se transforme pas ce qui n'aide pas à penser que ces labels sont cliquables. Il faut mettre un pointeur avec la petite...Excellente suggestion d'Aurélie : le curseur de la souris lorsqu'on survole un label d'axe de la grille/histogramme ne se transforme pas ce qui n'aide pas à penser que ces labels sont cliquables. Il faut mettre un pointeur avec la petite main (`cursor: pointer`).
Il me semble que c'est géré par D3. Je ne suis pas sûr que ce soit aussi simple que ça en a l'air.
@magiraud @RyanHerb @tydax @flothoni Web 2017.11Thonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1295Gros clones au milieu2017-11-21T19:14:03+01:00Vidjil TeamGros clones au milieuMartin ~"LIL-Lille" , novembre 2014:
> Bonjour,
>
> A propos de la vue V/J, je me demande s'il ne faudrait pas (si possible bien sûr) jouer au niveau du placement des clones avec leur poids (la taille du cercle). Je m'explique : sur l...Martin ~"LIL-Lille" , novembre 2014:
> Bonjour,
>
> A propos de la vue V/J, je me demande s'il ne faudrait pas (si possible bien sûr) jouer au niveau du placement des clones avec leur poids (la taille du cercle). Je m'explique : sur le fichier joint, le rond rouge V3-30/J6 ne va pas au bon endroit car il y a trop d'autres clones. ne faudrait-il pas qu'il soit centré et les autres répartis autour ? Plus le clone est majoritaire, plus il doit être bien placé.
>
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Vive le forward de mail à task@producteev.com !
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>> 3a9a6bb913fdfcac
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Joli ! Ce change ce a quoi on est habitué, mais c'est mieux ainsi.
Et c'est aussi un peu plus rapide, ce qui est mieux quand on switche rapidement entre plusieurs systèmes.
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3334Stéréotypie CDR3 à un subset connu2021-11-19T11:06:56+01:00Mathieu GiraudStéréotypie CDR3 à un subset connuCas particulier de #3906.Cas particulier de #3906.CLL-2018-septembrehttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3240Exporter n'importe quelle vue de plot, avec axe changés2018-09-17T18:16:54+02:00Mathieu GiraudExporter n'importe quelle vue de plot, avec axe changésAurélie ~"LIL\-Lille" : On peut faire joujou avec les axes, c'est très bien... mais on aimerait le mettre dans le rapport. Au moins une copie d'écran (c'est ce qu'ils font).
Et aussi couleurs #1976.
"Cela fait qu'on n'utilise pas certa...Aurélie ~"LIL\-Lille" : On peut faire joujou avec les axes, c'est très bien... mais on aimerait le mettre dans le rapport. Au moins une copie d'écran (c'est ce qu'ils font).
Et aussi couleurs #1976.
"Cela fait qu'on n'utilise pas certaines analyses car... on ne peut rien faire de ces informations."
cc @flothoniCLL-2018-septembreMikaël SalsonMikaël Salsonhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2233Avoir un rapport plus générique2022-05-12T11:42:47+02:00Mathieu GiraudAvoir un rapport plus génériqueÉvoqué avec ~"Paris-Pitié"
En particulier pour mettre des informations de qualité
cc @flothoni @RyanHerb @mikael-sÉvoqué avec ~"Paris-Pitié"
En particulier pour mettre des informations de qualité
cc @flothoni @RyanHerb @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4934Fusionner deux locus ?2022-01-28T11:14:20+01:00Mikaël SalsonFusionner deux locus ?Voir vidjil/support/lille-hemato#44
Pourrait-on choisir de fusionner deux locus ? Ou alors de changer certains clones de locus ? On peut le faire individuellement en changeant leur désignation VDJ (mais c'est un peu fastidieux), mais on...Voir vidjil/support/lille-hemato#44
Pourrait-on choisir de fusionner deux locus ? Ou alors de changer certains clones de locus ? On peut le faire individuellement en changeant leur désignation VDJ (mais c'est un peu fastidieux), mais on pourrait fournir un moyen d'attribuer un autre locus à un ensemble de clones sélectionnés.