vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2020-11-13T19:27:40+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1600Versions longues des gènes2020-11-13T19:27:40+01:00Vidjil TeamVersions longues des gènesRegarder en détail le ESG_Guidelines.pdf (Yann, 26 mars)
- pour TRD, avoir plus de 40
- et en général ?
***
@mikael-sRegarder en détail le ESG_Guidelines.pdf (Yann, 26 mars)
- pour TRD, avoir plus de 40
- et en général ?
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@mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/878Stockage des préférences2020-09-23T17:37:53+02:00Vidjil TeamStockage des préférences- dans un cookie ? (verifier que l'on puisse retrouver le cookie sur un domain local)
- sur le serveur ? (obliger de se loguer)
- conf.js ?
le plus possible dans .analysis ?
Toujours très intéressant... mais pas urgent vu le reste
@Ry...- dans un cookie ? (verifier que l'on puisse retrouver le cookie sur un domain local)
- sur le serveur ? (obliger de se loguer)
- conf.js ?
le plus possible dans .analysis ?
Toujours très intéressant... mais pas urgent vu le reste
@RyanHerb @Duezmarc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3867Seul les tableaux devrait être scrollables2020-03-30T13:41:59+02:00Thonier FlorianSeul les tableaux devrait être scrollablesJe me rend compte que l'on scrolle souvent les tableaux patients, run ou set, voir en admin les users/groupes.
On pourrait imaginer que les tableaux soient dans leur propres div et que nous n'ayons pas besoin de les scroller pour attei...Je me rend compte que l'on scrolle souvent les tableaux patients, run ou set, voir en admin les users/groupes.
On pourrait imaginer que les tableaux soient dans leur propres div et que nous n'ayons pas besoin de les scroller pour atteindre les boutons new patient/run/user/... ou même les paginations.
Le souci de la lisibilité peux être posé si on regarde une page vidjil sur un petit écran, mais je n'en suis même pas certain.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3927Mounted files / network : docker, documentation2020-03-23T13:03:53+01:00Mathieu GiraudMounted files / network : docker, documentation@meidanis had a question on the "from my computer" / "from the network" choice when uploading.
- Is it normal that he sees this choice as this is not configured ?
- Did we document this feature ?@meidanis had a question on the "from my computer" / "from the network" choice when uploading.
- Is it normal that he sees this choice as this is not configured ?
- Did we document this feature ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4100Des clones segEdited dans le analysis provoque une boucle infinies dans le se...2020-02-13T11:02:57+01:00Thonier FlorianDes clones segEdited dans le analysis provoque une boucle infinies dans le segmenter[Ici]( https://vlp004chr.chrul.net/browser/?set=32668&config=35).
Il semble, suite à un git bisect, que l'erreur se trouve dans le commit d36ca5022. Il se trouve que nous avons bien dans le fichier analysis des données de imgt.
Or, nou...[Ici]( https://vlp004chr.chrul.net/browser/?set=32668&config=35).
Il semble, suite à un git bisect, que l'erreur se trouve dans le commit d36ca5022. Il se trouve que nous avons bien dans le fichier analysis des données de imgt.
Or, nous avons une erreur dans le fichier segmenter.js (function `computeAAseq`).
Je cherche encore le mécanisme.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3938Rapport : avoir un champ de remarque/conclusion2020-01-23T17:22:53+01:00Mikaël SalsonRapport : avoir un champ de remarque/conclusionDemande de NG ~"LIL-Lille" : elle a envie d'avoir un champ pour rentrer des commentaires ou sa conclusion sur le patient qu'elle analyse. Pour elle c'est différent du champ plus factuel où est décrit le sample set ou l'échantillon.
Elle...Demande de NG ~"LIL-Lille" : elle a envie d'avoir un champ pour rentrer des commentaires ou sa conclusion sur le patient qu'elle analyse. Pour elle c'est différent du champ plus factuel où est décrit le sample set ou l'échantillon.
Elle dit que cela n'a pas nécessairement besoin d'être enregistré (ensuite elle imprime). Cela peut faciliter les choses pour une implémentation rapide.Lille-LAL-nextMathieu GiraudMathieu Giraud2019-09-25https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3715CloneDB : afficher le nombre d'échantillons total2019-11-21T17:22:35+01:00Mikaël SalsonCloneDB : afficher le nombre d'échantillons totalAvoir une liste c'est bien, mais quand elle est longue, on aimerait bien savoir combien d'échantillons sont concernés.
Cela pourrait être pertinent d'avoir un axe sur le nombre d'échantillons également (et posera moins de problème que #3...Avoir une liste c'est bien, mais quand elle est longue, on aimerait bien savoir combien d'échantillons sont concernés.
Cela pourrait être pertinent d'avoir un axe sur le nombre d'échantillons également (et posera moins de problème que #3504).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3535Information progressive avant timeout plus long2019-11-04T11:10:02+01:00Mikaël SalsonInformation progressive avant timeout plus long(Utilité du timeout ?)
C'est plus frustrant pour l'utilisateur qu'autre chose. On pourrait éventuellement mettre un message au bout de 15/30 secondes distant que la requête semble prendre du temps ou qu'il y a un problème de réseau.
Ma...(Utilité du timeout ?)
C'est plus frustrant pour l'utilisateur qu'autre chose. On pourrait éventuellement mettre un message au bout de 15/30 secondes distant que la requête semble prendre du temps ou qu'il y a un problème de réseau.
Mais à l'heure actuelle je pense que ça a plus pour effet de surcharger le serveur qu'autre chose (car lorsque le timeout arrive la requête n'est pas arrêtée mais l'utilisateur va relancer la requête pour avoir sa réponse).Lille-LAL-next2019-03-06https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3917lien « to ARResT/AssignSubsets »2019-10-04T14:46:42+02:00Mikaël Salsonlien « to ARResT/AssignSubsets »cf #3334.
Où l'ajouter ? La barre du bas commence à avoir pas mal de « to … ».cf #3334.
Où l'ajouter ? La barre du bas commence à avoir pas mal de « to … ».Lille-LAL-nexthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2056Afficher les mutations synonymes/silencieuses dans le segmenteur2019-04-18T17:56:44+02:00Mikaël SalsonAfficher les mutations synonymes/silencieuses dans le segmenteurStéphanie est très intéressée pour distinguer les mutations synonymes des mutations non synonymes (surtout dans le V j'imagine). Voir à ce sujet [Lossos et al, 2000](http://www.bloodjournal.org/content/95/5/1797.full).
@magiraud @flot...Stéphanie est très intéressée pour distinguer les mutations synonymes des mutations non synonymes (surtout dans le V j'imagine). Voir à ce sujet [Lossos et al, 2000](http://www.bloodjournal.org/content/95/5/1797.full).
@magiraud @flothoni @aurelBZH @RyanHerbCLL-2018-septembrehttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2041L'alignement multiple plante quand la première séquence est retirée2019-04-03T14:23:12+02:00Mikaël SalsonL'alignement multiple plante quand la première séquence est retiréeAllons sur le [jeu de démo](http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=68&config=32). On sélectionne tous les clones en TRGV2–TRGJ1. On supprime le premier de la sélection et on aligne le tout. ~~L'alignement devient complètement f...Allons sur le [jeu de démo](http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=68&config=32). On sélectionne tous les clones en TRGV2–TRGJ1. On supprime le premier de la sélection et on aligne le tout. ~~L'alignement devient complètement foireux à partir du N, avec quasiment tous les nucléotides qui sont soulignés.~~
~~Il semble y avoir deux bugs (dans l'alignement CGI, puisque l'alignement devient foireux) et dans le JS, puisque la coloration est foireuse. Mais je penche pour une explication plus parcimonieuse d'un seul bug qui causerait les deux problèmes.~~
@magiraud @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3702Plus rien n'apparaît dans la liste2019-03-25T13:11:51+01:00Mathieu GiraudPlus rien n'apparaît dans la listecc @flothonicc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3793A quoi sert la div data de la div liste2019-03-13T15:27:10+01:00Thonier FlorianA quoi sert la div data de la div listeIl semble que nous ayons en ce moment un souci avec la div data presente dans `list`. Je ne comprend pas à quoi elle sert.
~lille semble avoir un souci dans son rendu avec chrome. Elle prend toute la place. Il s'agit probablement d'une ...Il semble que nous ayons en ce moment un souci avec la div data presente dans `list`. Je ne comprend pas à quoi elle sert.
~lille semble avoir un souci dans son rendu avec chrome. Elle prend toute la place. Il s'agit probablement d'une erreur d'interpretation de règle CSS mais je n'arrive pas a reproduire le bug.
Cependant, dans mon cas, elle est toujours présente en fin de liste, mais toujours vide.
Peux-t-on envisager de la supprimer ou tout du moins de la mettre en hidden/dev tant qu'il n'y a pas d'informations à l'intérieur ?
cc @magiraud @mikael\-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2876Exporter l'alignement2019-02-28T16:46:15+01:00Mathieu GiraudExporter l'alignementÉvoqué par Fred ~"Paris-Pitié" : pourrait-on exporter l'alignement du segmenteur ?
(Et/ou jouer avec dans Vidjil ?)Évoqué par Fred ~"Paris-Pitié" : pourrait-on exporter l'alignement du segmenteur ?
(Et/ou jouer avec dans Vidjil ?)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3759Les séquences ne sont plus triées par abondance dans le segmenteur2019-02-28T16:15:09+01:00Mikaël SalsonLes séquences ne sont plus triées par abondance dans le segmenteurRemonté par AC ~"LIL\-Lille".
[Exemple](http://app.vidjil.org/?set=25736&config=25&clone=0,2,4,7,9,10,11,13,14,18,21,23,24,28,29,30,39,40,41,42,44,47,54,58,59,68,74,75,82,88,96,98,101,102,108,109,111,116,118,120,121,123,128,129,134,138,...Remonté par AC ~"LIL\-Lille".
[Exemple](http://app.vidjil.org/?set=25736&config=25&clone=0,2,4,7,9,10,11,13,14,18,21,23,24,28,29,30,39,40,41,42,44,47,54,58,59,68,74,75,82,88,96,98,101,102,108,109,111,116,118,120,121,123,128,129,134,138,146,147,148,152,154,157,162,163,164,165,168,171,172,179,189,193,198,202,207,208,210,213,216)
Avant les séquences étaient correctement triées.
Quelles sont les modifications récentes au segmenteur ?
→ Test à ajouter.Mikaël SalsonMikaël Salsonhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3697Le top peut-il descendre en dessous de 50 sans l'intervention de l'utliisateur ?2019-02-28T13:34:27+01:00Mikaël SalsonLe top peut-il descendre en dessous de 50 sans l'intervention de l'utliisateur ?Une utilisatrice (AC) nous remonte que pour certaines personnes le top est passé à 16 par défaut. Or dans `model.js` on a bien
```javascript
setAll: function () {
this.reset();
this.system_selected = []
this...Une utilisatrice (AC) nous remonte que pour certaines personnes le top est passé à 16 par défaut. Or dans `model.js` on a bien
```javascript
setAll: function () {
this.reset();
this.system_selected = []
this.colorMethod = "Tag";
this.changeNotation("percent", false)
this.changeTimeFormat("name", false)
this.top = 50;
},
```
Le `top` est mis explicitement à 50 par défaut.
Mais se pourrait-il qu'en visitant un échantillon avec peu de clones (10, par exemple), le top passe à 10 puis en allant sur un autre sample (sans changer ni recharger la page) le top reste à 10 ?
Je ne pense pas que model.js soit rechargé dans ce cas et donc il se pourrait que la valeur du top ne soit pas changée non plus. Ce qui n'est pas délirant dans l'absolu (mais comme là cela s'est fait à l'insu de l'utilisateur, c'est plus gênant).
Pourrais-tu tester une telle situation @flothoni ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3617Rapport : le champ filename montre le nom du fichier sur le serveur pas le no...2019-02-28T13:33:56+01:00Mikaël SalsonRapport : le champ filename montre le nom du fichier sur le serveur pas le nom d'origineÀ modifier : en l'état c'est incompréhensible et ça occupe 4 lignes.À modifier : en l'état c'est incompréhensible et ça occupe 4 lignes.Lille-LAL-nexthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3489L'édition d'un sample le retire du run2018-11-07T15:56:38+01:00Mikaël SalsonL'édition d'un sample le retire du runMail de AC du 21/09 ~"LIL\-Lille".
Un sample avait été créé et mis dans un run mais des infos avaient été oubliées. Il a été édité et n'apparaissait plus dans le run.
/cc @flothoniMail de AC du 21/09 ~"LIL\-Lille".
Un sample avait été créé et mis dans un run mais des infos avaient été oubliées. Il a été édité et n'apparaissait plus dans le run.
/cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2118Ascenseur manquant dans la liste des patients lors de l'ajout d'un fichier so...2018-10-18T10:47:47+02:00Mikaël SalsonAscenseur manquant dans la liste des patients lors de l'ajout d'un fichier sous ChromeLorsqu'on ajoute un fichier dans un run et qu'on clique sur le champ patient, pour avoir la liste complète, celle-ci ne présente pas d'ascenseur (sous Chrome, pas sous Firefox) ce qui la rend grandement inutilisable.
De plus sur l'ordina...Lorsqu'on ajoute un fichier dans un run et qu'on clique sur le champ patient, pour avoir la liste complète, celle-ci ne présente pas d'ascenseur (sous Chrome, pas sous Firefox) ce qui la rend grandement inutilisable.
De plus sur l'ordinateur d'Aurélie (Chrome 42) cela fait visiblement planter le thème de Windows.
@magiraud @RyanHerbWeb 2017.11Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3330Affichage du CDR3 : le mettre en production2018-09-27T11:07:17+02:00Mathieu GiraudAffichage du CDR3 : le mettre en productionVoir aussi #2665.Voir aussi #2665.CLL-2018-septembreMikaël SalsonMikaël Salson