vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2023-03-28T16:28:32+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5094Report; allow to set generic clone information (% locus; %locus+inc, ...)2023-03-28T16:28:32+02:00Thonier FlorianReport; allow to set generic clone information (% locus; %locus+inc, ...)Asked by ~"LIL-Lille" : Use the same mechanism than clonotype settings ? Particular format as splitted by sample.Asked by ~"LIL-Lille" : Use the same mechanism than clonotype settings ? Particular format as splitted by sample.Web 2023.10https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2443Updated ERIC recommendations2023-03-28T16:20:07+02:00Mathieu GiraudUpdated ERIC recommendationsTransmis par Stéphanie ~"LIL-Lille" :
Rosenquist et al., [Immunoglobulin gene sequence analysis in chronic lymphocytic leukemia: updated ERIC recommendations](https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5508071/), doi:10.1038/leu.2017.1...Transmis par Stéphanie ~"LIL-Lille" :
Rosenquist et al., [Immunoglobulin gene sequence analysis in chronic lymphocytic leukemia: updated ERIC recommendations](https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5508071/), doi:10.1038/leu.2017.125
Quelles sont les recommandations ? A-t-on des choses à implémenter/corriger dans le ~"client-segmenter" ?
cc @flothoniWeb 2023.10https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1589API des controlleurs : documenter2023-06-29T10:23:44+02:00Vidjil TeamAPI des controlleurs : documenterPour que Martin puisse faire ce qu'il veut, il faudrait documenter quelques controlleurs.Pour que Martin puisse faire ce qu'il veut, il faudrait documenter quelques controlleurs.Web 2023.10https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1382top par système : fuse.py2024-01-22T15:24:43+01:00Vidjil Teamtop par système : fuse.pySuite à la réunion du CBP et la discussion dans le métro, ce serait bien de récupérer plus de séquences par systèmes.
- une solution serait d'avoir, dans fuse, un `--top-by-system`, par exemple à 30, qui laisse passer (en plus du top 100...Suite à la réunion du CBP et la discussion dans le métro, ce serait bien de récupérer plus de séquences par systèmes.
- une solution serait d'avoir, dans fuse, un `--top-by-system`, par exemple à 30, qui laisse passer (en plus du top 100) les 30 tops par système *à condition* que le système apparaisse dans le top 100 normal.
- mais cela demande aussi, dans le c++, de faire en sorte que ce top 30 soit segmenté. Pas ultra-prévu pour, à voir.
- ~~ou bien on en profite pour chambouler l'ensemble et lancer une partie du c++ (FineSegmenter, et bientôt CDR3/AA) après le fuse.~~ non
Bref, ce n'est pas si facile. Aussi une crainte : que cela ramène des choses trop basses, de bruit comparables à d'autres clones qu'on affiche pas car caché par de plus gros clones.
À réfléchir ensemble, attendre retour du CBP de début février. (En attendant, solution simple est de relancer sur autre config,)
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Demandé aussi par Rennes : top 100 + top 10 par système ?
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Mais attention, certains systèmes où on n'a pas grand chose on va ramener des clones très faibles…
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On mettra des gros warnings pour les trop faibles globaux
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Voir le mail à McGill d'aujourd'hui... En RNA-Seq, ils ont (peut-être) du TR, mais caché par un Ig beaucoup plus gros :
```
reads clones
IGH -> 49714 100.0 5930 0.119
IGK -> 214250 100.0 8250 0.039
IGL -> 67030 100.0 4375 0.065
TRA -> 796 100.0 442 0.555
TRB -> 1158 100.0 586 0.506
TRD -> 61 100.0 43 0.705
TRG -> 126 100.0 80 0.635
```
Mais il y a toujours la question du bruit.
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Évoqué lors du VW16
***
Ping : on est peut-être sur le point de modifier le fuse, penser aussi au top par système (ou au top 1000 + 100 par système)Web 2024.04https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5145Upload by network; merge create hard file and no symlink2024-01-19T19:03:58+01:00THONIER FlorianUpload by network; merge create hard file and no symlinkIf you use a network to load data and choose a preprocess with merge, the resulting file will be store as a real file and no as a symlink. In this case, it will take more space.If you use a network to load data and choose a preprocess with merge, the resulting file will be store as a real file and no as a symlink. In this case, it will take more space.Web 2024.04https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3793A quoi sert la div data de la div liste2019-03-13T15:27:10+01:00Thonier FlorianA quoi sert la div data de la div listeIl semble que nous ayons en ce moment un souci avec la div data presente dans `list`. Je ne comprend pas à quoi elle sert.
~lille semble avoir un souci dans son rendu avec chrome. Elle prend toute la place. Il s'agit probablement d'une ...Il semble que nous ayons en ce moment un souci avec la div data presente dans `list`. Je ne comprend pas à quoi elle sert.
~lille semble avoir un souci dans son rendu avec chrome. Elle prend toute la place. Il s'agit probablement d'une erreur d'interpretation de règle CSS mais je n'arrive pas a reproduire le bug.
Cependant, dans mon cas, elle est toujours présente en fin de liste, mais toujours vide.
Peux-t-on envisager de la supprimer ou tout du moins de la mettre en hidden/dev tant qu'il n'y a pas d'informations à l'intérieur ?
cc @magiraud @mikael\-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3199Bug lors de l'ajout de samples à plusieurs patients2018-06-13T09:33:58+02:00Mikaël SalsonBug lors de l'ajout de samples à plusieurs patientsRapporté par ~"LIL-Lille" :
>Hier j’ai chargé 2 runs de 20 éch dans le cadre d’un test et en regardant ce matin, j’ai constaté tout de suite qu’il y a eu un souci : le patient qui contient le 1er échantillon a eu aussi tous les autres al...Rapporté par ~"LIL-Lille" :
>Hier j’ai chargé 2 runs de 20 éch dans le cadre d’un test et en regardant ce matin, j’ai constaté tout de suite qu’il y a eu un souci : le patient qui contient le 1er échantillon a eu aussi tous les autres alors que j’ai bien attribué un éch = un patient. En regardant au niveau du run, je me suis aperçue qu’il conservait l’historique des patients et donc incrémente à chaque fois la liste. J’ai mis une impression écran pour mieux me faire comprendre.
J'ai aussi essayé :
1. Création d'un run vide
2. Création de 4 patients vides
3. Upload de 4 samples dans le run en attribuant chaque sample à un seul patient
Le premier patient se retrouve avec les 4 samples, le 2è avec 3, le 3è avec 2 et le dernier avec 1.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2281La génération des rapports : erreur JS, bloquage sur "Generating reports"2017-05-22T15:25:32+02:00Mikaël SalsonLa génération des rapports : erreur JS, bloquage sur "Generating reports"http://app.vidjil.org/index.html?sample_set_id=23110&config=25
Générer un rapport : sa génération ne termine pas.
Erreurs JS :
```
TypeError: seg[5] is undefined
var seqV = seq.substring(0, seg['5']['stop'] + 1)
```
En rev...http://app.vidjil.org/index.html?sample_set_id=23110&config=25
Générer un rapport : sa génération ne termine pas.
Erreurs JS :
```
TypeError: seg[5] is undefined
var seqV = seq.substring(0, seg['5']['stop'] + 1)
```
En revanche hors ligne je n'ai pas de souci (mais c'est peut-être une question d'âge du fichier .vidjil…).
cc @magiraud @flothoni @RyanHerbWeb 2017.03https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4806Les icones +/- reste même après la suppression de tous les clones d'un cluster2021-07-01T12:17:40+02:00Thonier FlorianLes icones +/- reste même après la suppression de tous les clones d'un clusterhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4805Le lien assign subset n'a pas d'event lié2022-05-12T09:58:29+02:00Thonier FlorianLe lien assign subset n'a pas d'event liéLe bouton "assign subset" n'aspas d'action associée, donc on n'a aucun effet.Le bouton "assign subset" n'aspas d'action associée, donc on n'a aucun effet.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4541Boucle infinie au chargement d'un fichier avec des samples cachés2021-03-03T12:18:28+01:00Thonier FlorianBoucle infinie au chargement d'un fichier avec des samples cachésUne nouvelle version d'une issue que j'ai déjà traité (mais pas retrouvé).
je suis tombé sur un patient pour lequel le fichier analyse provoque une erreur (boucle infinie) lorsqu'il y a des échantillons cachés.
Je vais rechercher où l...Une nouvelle version d'une issue que j'ai déjà traité (mais pas retrouvé).
je suis tombé sur un patient pour lequel le fichier analyse provoque une erreur (boucle infinie) lorsqu'il y a des échantillons cachés.
Je vais rechercher où la correction a été faite et si celle-ci a été correctement déployée (j'ai corrigé il me semble exactement cette erreur il y a quelques mois).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4305Les utilisateurs ne peuvent pas supprimer un set2021-10-08T11:28:52+02:00Thonier FlorianLes utilisateurs ne peuvent pas supprimer un setUn utilisateur me demande comment supprimer ses données (sets de quelques patients) depuis le serveur. Or quand je me mets en `impersonnate`, je me rends compte que je ne peux pas le faire. D'un autre côté, en admin je le peux.
Je ne ...Un utilisateur me demande comment supprimer ses données (sets de quelques patients) depuis le serveur. Or quand je me mets en `impersonnate`, je me rends compte que je ne peux pas le faire. D'un autre côté, en admin je le peux.
Je ne sais pas si c'est volontaire ou s'il s'agit d'une régression.
ps: c'est valable pour tous les usagers.Web 2021.11Thonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4182Points décalés dans le rapport2020-02-26T16:19:25+01:00Mathieu GiraudPoints décalés dans le rapportLes points du rapport sont parfois décalés.
![rapport](/uploads/e3b6b9643944b0dd71bdf92e17a29b47/rapport.jpg)
cc @flothoniLes points du rapport sont parfois décalés.
![rapport](/uploads/e3b6b9643944b0dd71bdf92e17a29b47/rapport.jpg)
cc @flothonimarc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4100Des clones segEdited dans le analysis provoque une boucle infinies dans le se...2020-02-13T11:02:57+01:00Thonier FlorianDes clones segEdited dans le analysis provoque une boucle infinies dans le segmenter[Ici]( https://vlp004chr.chrul.net/browser/?set=32668&config=35).
Il semble, suite à un git bisect, que l'erreur se trouve dans le commit d36ca5022. Il se trouve que nous avons bien dans le fichier analysis des données de imgt.
Or, nou...[Ici]( https://vlp004chr.chrul.net/browser/?set=32668&config=35).
Il semble, suite à un git bisect, que l'erreur se trouve dans le commit d36ca5022. Il se trouve que nous avons bien dans le fichier analysis des données de imgt.
Or, nous avons une erreur dans le fichier segmenter.js (function `computeAAseq`).
Je cherche encore le mécanisme.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4072Clones de distribution : le filtrage par locus ne fonctionne pas2022-03-08T11:42:14+01:00Mikaël SalsonClones de distribution : le filtrage par locus ne fonctionne pasSe rendre ici : http://app.vidjil.org/?set=25736&config=56&plot=averageLength,size,bar et choisir le 3è sample. Dans la distribution on a 2 jolies bosses : une due aux TRG et une aux IGH. En désactivant un des locus, la distribution ne s...Se rendre ici : http://app.vidjil.org/?set=25736&config=56&plot=averageLength,size,bar et choisir le 3è sample. Dans la distribution on a 2 jolies bosses : une due aux TRG et une aux IGH. En désactivant un des locus, la distribution ne se modifie pas : les clones de distribution sont rassemblées à partir d'une longueur partagée, mais sans égard pour leur locus.
Mais quand on filtre par locus, le nombre de reads change et, du coup, les pourcentages affichés pour les clones de distribution ne sont plus corrects (par exemple n'afficher que les TRG et tous les sélectionner), j'arrive à 167%.
/cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3936Rapports monitor : que sont les graphs « normalization » ?2019-06-20T18:22:40+02:00Mikaël SalsonRapports monitor : que sont les graphs « normalization » ?Aller sur un sample set avec plusieurs samples ([exemple](http://app.vidjil.org/?set=3241&config=32)) et faire un export monitor.
En tête du rapport on a deux graphs **identiques** côte à côte sous une en-tête « Normalization ». D'où ça...Aller sur un sample set avec plusieurs samples ([exemple](http://app.vidjil.org/?set=3241&config=32)) et faire un export monitor.
En tête du rapport on a deux graphs **identiques** côte à côte sous une en-tête « Normalization ». D'où ça vient ? Qu'est-ce que ça fait là ?
Au passage attention à #2944https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3835Demander plusieurs alignement successifs fait planter le segmenteur2021-04-08T08:30:43+02:00Mikaël SalsonDemander plusieurs alignement successifs fait planter le segmenteurÉvoqué par ~"LIL\-Lille".
Apparemment spammer un peu le bouton align peut faire planter le segmenteur qui le laisse alors dans un état grisé avec spinner. L'application est encore utilisable.
Pas réussi à reproduire.Évoqué par ~"LIL\-Lille".
Apparemment spammer un peu le bouton align peut faire planter le segmenteur qui le laisse alors dans un état grisé avec spinner. L'application est encore utilisable.
Pas réussi à reproduire.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3759Les séquences ne sont plus triées par abondance dans le segmenteur2019-02-28T16:15:09+01:00Mikaël SalsonLes séquences ne sont plus triées par abondance dans le segmenteurRemonté par AC ~"LIL\-Lille".
[Exemple](http://app.vidjil.org/?set=25736&config=25&clone=0,2,4,7,9,10,11,13,14,18,21,23,24,28,29,30,39,40,41,42,44,47,54,58,59,68,74,75,82,88,96,98,101,102,108,109,111,116,118,120,121,123,128,129,134,138,...Remonté par AC ~"LIL\-Lille".
[Exemple](http://app.vidjil.org/?set=25736&config=25&clone=0,2,4,7,9,10,11,13,14,18,21,23,24,28,29,30,39,40,41,42,44,47,54,58,59,68,74,75,82,88,96,98,101,102,108,109,111,116,118,120,121,123,128,129,134,138,146,147,148,152,154,157,162,163,164,165,168,171,172,179,189,193,198,202,207,208,210,213,216)
Avant les séquences étaient correctement triées.
Quelles sont les modifications récentes au segmenteur ?
→ Test à ajouter.Mikaël SalsonMikaël Salsonhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3489L'édition d'un sample le retire du run2018-11-07T15:56:38+01:00Mikaël SalsonL'édition d'un sample le retire du runMail de AC du 21/09 ~"LIL\-Lille".
Un sample avait été créé et mis dans un run mais des infos avaient été oubliées. Il a été édité et n'apparaissait plus dans le run.
/cc @flothoniMail de AC du 21/09 ~"LIL\-Lille".
Un sample avait été créé et mis dans un run mais des infos avaient été oubliées. Il a été édité et n'apparaissait plus dans le run.
/cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3400Pas de résultat visible avec des runs COMPLETED2018-07-19T13:01:10+02:00Ryan HerbertPas de résultat visible avec des runs COMPLETEDC'est un problème relevé par Lille.
Cas de figure: deux résultats COMPLETED, un RUNNING, et un QUEUED (plus quelques STOPPED).
Mais aucun lien n'est visible pour visionner l'analyse actuelle.C'est un problème relevé par Lille.
Cas de figure: deux résultats COMPLETED, un RUNNING, et un QUEUED (plus quelques STOPPED).
Mais aucun lien n'est visible pour visionner l'analyse actuelle.