vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2023-03-28T16:20:07+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2443Updated ERIC recommendations2023-03-28T16:20:07+02:00Mathieu GiraudUpdated ERIC recommendationsTransmis par Stéphanie ~"LIL-Lille" :
Rosenquist et al., [Immunoglobulin gene sequence analysis in chronic lymphocytic leukemia: updated ERIC recommendations](https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5508071/), doi:10.1038/leu.2017.1...Transmis par Stéphanie ~"LIL-Lille" :
Rosenquist et al., [Immunoglobulin gene sequence analysis in chronic lymphocytic leukemia: updated ERIC recommendations](https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5508071/), doi:10.1038/leu.2017.125
Quelles sont les recommandations ? A-t-on des choses à implémenter/corriger dans le ~"client-segmenter" ?
cc @flothoniWeb 2023.10https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1589API des controlleurs : documenter2023-06-29T10:23:44+02:00Vidjil TeamAPI des controlleurs : documenterPour que Martin puisse faire ce qu'il veut, il faudrait documenter quelques controlleurs.Pour que Martin puisse faire ce qu'il veut, il faudrait documenter quelques controlleurs.Web 2023.10https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1253Se souvenir des amorces/primers utilisées : comment ?2023-03-28T16:11:50+02:00Vidjil TeamSe souvenir des amorces/primers utilisées : comment ?On pourrait gérer plus proprement les amorces, avec
- des listes d'amorces (Biomed ? nouvelles EC ? d'autres ?)
- en fonction des amorces sélectionnées, les confisg (ou les stats) sont différents, ou d'autres features
- et certains...On pourrait gérer plus proprement les amorces, avec
- des listes d'amorces (Biomed ? nouvelles EC ? d'autres ?)
- en fonction des amorces sélectionnées, les confisg (ou les stats) sont différents, ou d'autres features
- et certains réglages permettraient de chosir directement un "kit" d'amorces
Ce n'est pas facile, que cela soit au niveau de la db, du browser derrière, et même de la conception / de ce qu'on veut. Vraiment pas la priorité pour l'instant.
***
mis dans la demande d'ADT, 2016Web 2023.10https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5145Upload by network; merge create hard file and no symlink2024-01-19T19:03:58+01:00THONIER FlorianUpload by network; merge create hard file and no symlinkIf you use a network to load data and choose a preprocess with merge, the resulting file will be store as a real file and no as a symlink. In this case, it will take more space.If you use a network to load data and choose a preprocess with merge, the resulting file will be store as a real file and no as a symlink. In this case, it will take more space.Web 2024.04https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1382top par système : fuse.py2024-01-22T15:24:43+01:00Vidjil Teamtop par système : fuse.pySuite à la réunion du CBP et la discussion dans le métro, ce serait bien de récupérer plus de séquences par systèmes.
- une solution serait d'avoir, dans fuse, un `--top-by-system`, par exemple à 30, qui laisse passer (en plus du top 100...Suite à la réunion du CBP et la discussion dans le métro, ce serait bien de récupérer plus de séquences par systèmes.
- une solution serait d'avoir, dans fuse, un `--top-by-system`, par exemple à 30, qui laisse passer (en plus du top 100) les 30 tops par système *à condition* que le système apparaisse dans le top 100 normal.
- mais cela demande aussi, dans le c++, de faire en sorte que ce top 30 soit segmenté. Pas ultra-prévu pour, à voir.
- ~~ou bien on en profite pour chambouler l'ensemble et lancer une partie du c++ (FineSegmenter, et bientôt CDR3/AA) après le fuse.~~ non
Bref, ce n'est pas si facile. Aussi une crainte : que cela ramène des choses trop basses, de bruit comparables à d'autres clones qu'on affiche pas car caché par de plus gros clones.
À réfléchir ensemble, attendre retour du CBP de début février. (En attendant, solution simple est de relancer sur autre config,)
***
Demandé aussi par Rennes : top 100 + top 10 par système ?
***
Mais attention, certains systèmes où on n'a pas grand chose on va ramener des clones très faibles…
***
On mettra des gros warnings pour les trop faibles globaux
***
Voir le mail à McGill d'aujourd'hui... En RNA-Seq, ils ont (peut-être) du TR, mais caché par un Ig beaucoup plus gros :
```
reads clones
IGH -> 49714 100.0 5930 0.119
IGK -> 214250 100.0 8250 0.039
IGL -> 67030 100.0 4375 0.065
TRA -> 796 100.0 442 0.555
TRB -> 1158 100.0 586 0.506
TRD -> 61 100.0 43 0.705
TRG -> 126 100.0 80 0.635
```
Mais il y a toujours la question du bruit.
***
Évoqué lors du VW16
***
Ping : on est peut-être sur le point de modifier le fuse, penser aussi au top par système (ou au top 1000 + 100 par système)Web 2024.04https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4305Les utilisateurs ne peuvent pas supprimer un set2021-10-08T11:28:52+02:00Thonier FlorianLes utilisateurs ne peuvent pas supprimer un setUn utilisateur me demande comment supprimer ses données (sets de quelques patients) depuis le serveur. Or quand je me mets en `impersonnate`, je me rends compte que je ne peux pas le faire. D'un autre côté, en admin je le peux.
Je ne ...Un utilisateur me demande comment supprimer ses données (sets de quelques patients) depuis le serveur. Or quand je me mets en `impersonnate`, je me rends compte que je ne peux pas le faire. D'un autre côté, en admin je le peux.
Je ne sais pas si c'est volontaire ou s'il s'agit d'une régression.
ps: c'est valable pour tous les usagers.Web 2021.11Thonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3214La recherche de recombinaisons inattendues n'utilise pas les version +up et +...2020-05-20T16:21:42+02:00Mikaël SalsonLa recherche de recombinaisons inattendues n'utilise pas les version +up et +down des germlinesDans un problème remonté par Aurélie (cf. https://serveur-vidjil.chrul.net/browser/index.html?set=32653&config=25) on a un réarrangement `+TRDV2 -TRDD2` ce qui devrait être trouvé comme étant unexpected. Sauf que, pour les unexpected, on...Dans un problème remonté par Aurélie (cf. https://serveur-vidjil.chrul.net/browser/index.html?set=32653&config=25) on a un réarrangement `+TRDV2 -TRDD2` ce qui devrait être trouvé comme étant unexpected. Sauf que, pour les unexpected, on n'utilise pas les parties amont et aval des gènes. Du coup il n'y a pas assez de signal pour détecter le TRDD2 (surtout qu'il n'y a que la partie intronique !).
Il faudrait donc les intégrer à la recherche de recombinaison unexepected. Dans ce cas j'imagine qu'il ne faudra prendre que les versions amont ou aval et pas du tout les versions restreintes aux gènes pour éviter des conflits (ce qui conduirait à des ambiguous).Algo -- Importanthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3152Afficher les primers/amorces dans le client2021-10-08T11:45:30+02:00Mathieu GiraudAfficher les primers/amorces dans le clientDiscuté il y a un certain temps, je ne trouve pas l'issue.
Fait désormais par ArrEST.
Voir aussi #2235/#2875.Discuté il y a un certain temps, je ne trouve pas l'issue.
Fait désormais par ArrEST.
Voir aussi #2235/#2875.Web 2022.05Thonier FlorianThonier Florian2021-07-09https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2997Pas d'avertissement lorsque la date rentrée pour un sample est incorrecte2018-03-21T19:04:39+01:00Mikaël SalsonPas d'avertissement lorsque la date rentrée pour un sample est incorrecteLorsqu'on ajoute un sample et qu'on rentre une date incorrecte (toto par exemple). Il n'y a pas d'avertissement, alors que dans nos logs on a bien une erreur. Ce n'est donc pas du tout intuitif pourquoi le formulaire n'est pas validé. De...Lorsqu'on ajoute un sample et qu'on rentre une date incorrecte (toto par exemple). Il n'y a pas d'avertissement, alors que dans nos logs on a bien une erreur. Ce n'est donc pas du tout intuitif pourquoi le formulaire n'est pas validé. De plus le spinner qui tourne donne l'impression qu'il se passe quelque chose.Web 2018.01Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2767Vidjil-algo ne trouve pas la correspondance si déletion supérieur à 100nt.2021-01-26T13:29:14+01:00Thonier FlorianVidjil-algo ne trouve pas la correspondance si déletion supérieur à 100nt.Une séquence fournie par un utilisateur n'est pas correctement annotée par vidjil. Je met cette séquence dans le should-vdj.
J'ai fait un alignement entre les séquences `V4-39` (trouvé par vidjil, erroné), les `V4-59` (attendues) et la ...Une séquence fournie par un utilisateur n'est pas correctement annotée par vidjil. Je met cette séquence dans le should-vdj.
J'ai fait un alignement entre les séquences `V4-39` (trouvé par vidjil, erroné), les `V4-59` (attendues) et la sequence brut. On voit bien qu'effectivement la séquence avec une identité la plus forte est le V4-59 (enfin les, mais les variations sont minimes). Cependant, l'algo ne les considère même pas. Pire, si on lui fournit un jeu de séquences dans lequel l'ensemble des IGHV ne contient que les V4-59, il trouve la séquence en `unseg`.
Pensant aux evaleurs qui pourraient être faussées par le nombre de séquences, j'ai laissé les autres séquences mais remplacé les A par des G pour fausser la détéction sur les autres segments (solution barbare) : idem, il ne retrouve pas les V4-59.
Dernier point : un caractère inadéquate dans le header des séquences v4-59. A priori non. (J'ai testé d'intervertir avec le header du v4-39)
Je n'ai pas d'explications...
@mikael-s @magiraudAlgo 2017.11Mikaël SalsonMikaël Salsonhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2508Vh pas trouvé, uniquement Dh-Jh2018-06-27T18:53:42+02:00Mathieu GiraudVh pas trouvé, uniquement Dh-JhAurélie ~"LIL-Lille" :
> I have a question on the results I obtain on the following sample: http://app.vidjil.org/?sample_set_id=23852&config=25
>
> Let's look on the following clones:
> >IGHD2-2*02 2/TGA/5 IGHJ5*02 362 nt, 148 52...Aurélie ~"LIL-Lille" :
> I have a question on the results I obtain on the following sample: http://app.vidjil.org/?sample_set_id=23852&config=25
>
> Let's look on the following clones:
> >IGHD2-2*02 2/TGA/5 IGHJ5*02 362 nt, 148 525 reads (10.64%, 53.45% of IGH/IGH+, 2042% of IGH+)
> GGAGTCGGGGGAGGCTTGGTCCAGCCTGGGGGTCCCTGAGACTCTCCTGTGCAGCCTCTGGATTCACCTTCAGTGACTACTACATGAGCTGGGTCCGCCAGGCTCCCGGGAAGGGGCTGGAGTGGGTAGGTTTCATTAGAAACAAAGCTAATGGTGGGACAACAGAATAGACCACGTCTGTGAAAGGCAGATTCACAATCTCAAGAGATGATTCCAAAAGCATCACCTATCTGCAAATGAACAGCCTGAGAGCCGAGGACACGGCCGTGTATCAAGGGGCATTTATTGTAGTAGTACCAGCTGCTAT
>
> ATG
> ATGGTTCGACCCCTGGGGCCAGGGAACCCTGGTCACCGTCTCCTCAGGTAAG
>
>
>
> Bonjour,
>
> Ce clone est mal nommé, il ne reconnaît pas le VH, bien présent puisque nous avons pu merger des clones qui étaient VDJ. Cela m’embête car ce clone étant majoritaire, le merge ne permet pas de corriger la séquence.
>
> Pourriez-vous y regarder et me dire pourquoi le VH n’a pas été reconnu ?
>
> Merci
>
> AurélieAlgo -- Importanthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2281La génération des rapports : erreur JS, bloquage sur "Generating reports"2017-05-22T15:25:32+02:00Mikaël SalsonLa génération des rapports : erreur JS, bloquage sur "Generating reports"http://app.vidjil.org/index.html?sample_set_id=23110&config=25
Générer un rapport : sa génération ne termine pas.
Erreurs JS :
```
TypeError: seg[5] is undefined
var seqV = seq.substring(0, seg['5']['stop'] + 1)
```
En rev...http://app.vidjil.org/index.html?sample_set_id=23110&config=25
Générer un rapport : sa génération ne termine pas.
Erreurs JS :
```
TypeError: seg[5] is undefined
var seqV = seq.substring(0, seg['5']['stop'] + 1)
```
En revanche hors ligne je n'ai pas de souci (mais c'est peut-être une question d'âge du fichier .vidjil…).
cc @magiraud @flothoni @RyanHerbWeb 2017.03https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2118Ascenseur manquant dans la liste des patients lors de l'ajout d'un fichier so...2018-10-18T10:47:47+02:00Mikaël SalsonAscenseur manquant dans la liste des patients lors de l'ajout d'un fichier sous ChromeLorsqu'on ajoute un fichier dans un run et qu'on clique sur le champ patient, pour avoir la liste complète, celle-ci ne présente pas d'ascenseur (sous Chrome, pas sous Firefox) ce qui la rend grandement inutilisable.
De plus sur l'ordina...Lorsqu'on ajoute un fichier dans un run et qu'on clique sur le champ patient, pour avoir la liste complète, celle-ci ne présente pas d'ascenseur (sous Chrome, pas sous Firefox) ce qui la rend grandement inutilisable.
De plus sur l'ordinateur d'Aurélie (Chrome 42) cela fait visiblement planter le thème de Windows.
@magiraud @RyanHerbWeb 2017.11Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2116Sélection avec un axe de la grille/histogramme : l'indiquer à l'utilisateur2018-06-04T10:24:06+02:00Mikaël SalsonSélection avec un axe de la grille/histogramme : l'indiquer à l'utilisateurExcellente suggestion d'Aurélie : le curseur de la souris lorsqu'on survole un label d'axe de la grille/histogramme ne se transforme pas ce qui n'aide pas à penser que ces labels sont cliquables. Il faut mettre un pointeur avec la petite...Excellente suggestion d'Aurélie : le curseur de la souris lorsqu'on survole un label d'axe de la grille/histogramme ne se transforme pas ce qui n'aide pas à penser que ces labels sont cliquables. Il faut mettre un pointeur avec la petite main (`cursor: pointer`).
Il me semble que c'est géré par D3. Je ne suis pas sûr que ce soit aussi simple que ça en a l'air.
@magiraud @RyanHerb @tydax @flothoni Web 2017.11Thonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2016Charger des fichiers BAM2017-07-07T15:46:09+02:00Vidjil TeamCharger des fichiers BAMLes fichiers BAM sont directement générés par les séquenceurs Ion apparemment, cela éviterait de passer par le FASTQ. Le fichier BAM est une version compressée du fichier SAM. Il vaut mieux passer par une bibliothèque externe pour les li...Les fichiers BAM sont directement générés par les séquenceurs Ion apparemment, cela éviterait de passer par le FASTQ. Le fichier BAM est une version compressée du fichier SAM. Il vaut mieux passer par une bibliothèque externe pour les lire… Il existe par exemple htslib mais elle fait plein d'autres choses https://github.com/samtools/htslib (il y en a probablement d'autres)
***
@magiraud @mikael-sAlgo 2017.07Mikaël SalsonMikaël Salsonhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1979Titre du rapport exporté faux quand "compare patients" et runs2018-04-16T15:49:37+02:00Vidjil TeamTitre du rapport exporté faux quand "compare patients" et runsAurélie : On voit le titre du dernier patient.
***
Confirmé.
***
1. Ouvrir un patient
2. Faire « open patient list »
3. Compare patients
4. Sélectionner des patients (autres)
5. Export report (monitor). Le titre est celui du pati...Aurélie : On voit le titre du dernier patient.
***
Confirmé.
***
1. Ouvrir un patient
2. Faire « open patient list »
3. Compare patients
4. Sélectionner des patients (autres)
5. Export report (monitor). Le titre est celui du patient ouvert au 1.
***
Idem pour les runs : il n'affiche pas le nom du run mais le nom du dernier patient ouvert.
(this.m.patient_name dans export.js, rempli directement par ce que renvoie le serveur)
***
@Duez @magiraud @RyanHerb Web 2017.03Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1921Créer un nouveau clone artificiel / ajouter une séquence (modèle)2018-01-10T10:45:58+01:00Vidjil TeamCréer un nouveau clone artificiel / ajouter une séquence (modèle)Michaela voudrait parfois ajouter une séquence dans le browser, pour l'analyser VDJ/CDR3 (voir "Avoir une interface pour le FineSegmenter d'un petit nombre de clones"), mais aussi pour pouvoir l'aligner avec les séquences de Vidjil. Typi...Michaela voudrait parfois ajouter une séquence dans le browser, pour l'analyser VDJ/CDR3 (voir "Avoir une interface pour le FineSegmenter d'un petit nombre de clones"), mais aussi pour pouvoir l'aligner avec les séquences de Vidjil. Typiquement une vérification Sanger ou une séquence qui vient d'ailleurs.
On pourrait avoir quelque part dans le browser un truc "add virtual clones", qui lance Vidjil sur un petit nombre de clones... et rajoute le résultat au sample courant (avec un flag type "virtual"). À voir si cela ne perturbe pas trop le reste (et serait-ce sauvé dans le .analysis ?)
Autre solution (mais pas dans le même sample) : créer un sample à partir d'une séquence copiée/collée, sans avoir à uploader un fichier.
À discuter.
***
Aurélie et Nathalie seraient aussi très contentes si on pouvait faire cela.
***
→ sujet projet Armand
* [ ] isQuantifiable()
* [ ] éventuellement nettoyer isVirtual()
* [ ] modifier les différentes vues (pas de graphe, scatterplot différent)
***
@nobodyWeb 2018.012017-08-27https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1588Récupérer des données par FTP/HTTP/NFS ou autre2017-11-22T12:48:32+01:00Vidjil TeamRécupérer des données par FTP/HTTP/NFS ou autreLe serveur doit pouvoir récupérer des fichiers à distance (par FTP/HTTP). La première étape est d'avoir un contrôleur qui permet ça (pour que des scripts puissent y accéder au moins). Ensuite on pourrait l'exposer dans l'interface (file/...Le serveur doit pouvoir récupérer des fichiers à distance (par FTP/HTTP). La première étape est d'avoir un contrôleur qui permet ça (pour que des scripts puissent y accéder au moins). Ensuite on pourrait l'exposer dans l'interface (file/edit_form).
***
Marc avait l'air motivé, merci :)
***
Et on peut avoir deux versions : une qui récupère le fichier à l'URL donnée et l'autre qui ne stocke que l'URL.
Ensuite Vidjil sera lancé directement avec l'URL : ça marche déjà en utilisant la puissance de bash (sh ?) :
./vidjil -e all -G germline/IGH <(wget -O - -q http://www.vidjil.org/seqs/Stanford_S22.fasta)
(le -e all est là pour éviter l'estimation du nombre de reads)
***
Discuté à l'instant : pour que l'e-value fonctionne, on pourrait
- soit wrapper dans un scipt shell pour vraiment avoir le fichier
- soit avoir un nb de reads par défaut (1 milllion)
- soit estimer ce nb de reads de l'extérieur (taille du fichier), et le passer en ligne de commande
L'estimation peut être à la louche, à un facteur 10 ou 100 près :)
***
@DuezWeb 2017.03Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5151Exports tableur des patients/runs/sets2023-06-30T11:03:14+02:00Mathieu GiraudExports tableur des patients/runs/sets
Demande de @Aurelie : récupérer la liste des patients (nom/prénom/date), en particulier pour de temps en temps regarder les doublons. Plus généralement, pouvoir récupérer toute requête patient/run/set
@fthonier : "Pas de soucis de perf...
Demande de @Aurelie : récupérer la liste des patients (nom/prénom/date), en particulier pour de temps en temps regarder les doublons. Plus généralement, pouvoir récupérer toute requête patient/run/set
@fthonier : "Pas de soucis de performance s'il n'y pas de requêtes croisées"https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5065Warning si deux clonotype sont similaire hors primers + Mieux afficher primers2022-10-12T12:03:08+02:00Thonier FlorianWarning si deux clonotype sont similaire hors primers + Mieux afficher primers~"LIL-Lille" nous montre un sample avec 2 clonotypes identiques à un nucléotide près. Ce nucléotide est en fait une divergence présente dans les primers JH et ne devrait donc pas mener a voir deux clonotypes différents.
* [x] Il faudrai...~"LIL-Lille" nous montre un sample avec 2 clonotypes identiques à un nucléotide près. Ce nucléotide est en fait une divergence présente dans les primers JH et ne devrait donc pas mener a voir deux clonotypes différents.
* [x] Il faudrait déjà pouvoir les détecter et indiquer que les séquences sont extrêmement similaires. Probablement déjà la cas, mais nous n'avons pas accès aux données pour le moment. -> Il y a déjà bien le warning W53 (highly similar).
* [ ] Être plus spécifique en indiquant que la variation est située au niveau du primer. Pour ça, il faut être capable d'exploiter les données des primers.
* [ ] À terme, pouvoir en faire un merge automatique depuis l'algo, mais dans ce cas il faut trancher sur le nucléotide à privilégier. Dans le cas présent, les deux clonotypes sont présent dans la même proportion. S'appuyer sur la séquence germline ?