vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2018-03-05T17:16:25+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2942Bug lors de la génération de rapport2018-03-05T17:16:25+01:00Mikaël SalsonBug lors de la génération de rapport~"Paris - St Louis"
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je rencontre aujourd'hui des difficultés pour exporter les rapports de séquence depuis Vidjil. Quand j'exporte le rapport avec le mode "export report/sample", la fiche est incomplète, il manque la ou les séquences ...~"Paris - St Louis"
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je rencontre aujourd'hui des difficultés pour exporter les rapports de séquence depuis Vidjil. Quand j'exporte le rapport avec le mode "export report/sample", la fiche est incomplète, il manque la ou les séquences sélectionnée-s (Cf pièces-jointes). Ensuite le logiciel reste figé avec le message "generating report".
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Je dois alors me déconnecter pour revenir à la liste des patients. J'ai tout de même réussi à réaliser quelques report sans problème, mais cette anomalie revient souvent.
Problèmes remontés par ~"LIL-Lille" aussi.
La génération des rapports est normalement testée.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2847Problème avec align quand on change de patient : `this.sequence` dans Segmen...2018-04-05T09:51:21+02:00Thonier FlorianProblème avec align quand on change de patient : `this.sequence` dans Segmenter n'est pas mise à jourUne remarque de ~"LIL-Lille" : de temps en temps, la fonction alignement ne fonctionne pas. Je présume qu'il doit s'agir d'un problème dnas l'accès au fichier CGI, ou bien d'un timeout dependant de leur réseau. Il faudrait avoir un log q...Une remarque de ~"LIL-Lille" : de temps en temps, la fonction alignement ne fonctionne pas. Je présume qu'il doit s'agir d'un problème dnas l'accès au fichier CGI, ou bien d'un timeout dependant de leur réseau. Il faudrait avoir un log qui correspond dans ce cas.
Sinon, rechercher l'origine de l'erreur, mais a priori completement aléatoire.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2832le graph timeline ne se remplit plus si on switch les locus2019-01-10T15:21:23+01:00Thonier Florianle graph timeline ne se remplit plus si on switch les locuslié à #2831 (possiblement).
Lorsque l'on switch tous les locus, on n'a plus de clones a afficher dnas la timeline.
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si on click de nouveau pou ractiver un locus, le graph timeline ne se templit plus.
Verifier comment reproduire ce ...lié à #2831 (possiblement).
Lorsque l'on switch tous les locus, on n'a plus de clones a afficher dnas la timeline.
*
si on click de nouveau pou ractiver un locus, le graph timeline ne se templit plus.
Verifier comment reproduire ce bug car pas certain de la démarche.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2831bug lors des click sur les locus pour les switcher2019-01-10T15:21:23+01:00Thonier Florianbug lors des click sur les locus pour les switcherLorsque l'on click sur les locus (demo-lil3 , TP), les clones sont correctement caché, cependant, on n'a pas de retour sur la div du locus qui ne se grise pas.
En revanche, si on switch l'ensemble des locus (ds ce cas les TRG et les IG...Lorsque l'on click sur les locus (demo-lil3 , TP), les clones sont correctement caché, cependant, on n'a pas de retour sur la div du locus qui ne se grise pas.
En revanche, si on switch l'ensemble des locus (ds ce cas les TRG et les IGH), on a bien les div qui se grisent.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2767Vidjil-algo ne trouve pas la correspondance si déletion supérieur à 100nt.2021-01-26T13:29:14+01:00Thonier FlorianVidjil-algo ne trouve pas la correspondance si déletion supérieur à 100nt.Une séquence fournie par un utilisateur n'est pas correctement annotée par vidjil. Je met cette séquence dans le should-vdj.
J'ai fait un alignement entre les séquences `V4-39` (trouvé par vidjil, erroné), les `V4-59` (attendues) et la ...Une séquence fournie par un utilisateur n'est pas correctement annotée par vidjil. Je met cette séquence dans le should-vdj.
J'ai fait un alignement entre les séquences `V4-39` (trouvé par vidjil, erroné), les `V4-59` (attendues) et la sequence brut. On voit bien qu'effectivement la séquence avec une identité la plus forte est le V4-59 (enfin les, mais les variations sont minimes). Cependant, l'algo ne les considère même pas. Pire, si on lui fournit un jeu de séquences dans lequel l'ensemble des IGHV ne contient que les V4-59, il trouve la séquence en `unseg`.
Pensant aux evaleurs qui pourraient être faussées par le nombre de séquences, j'ai laissé les autres séquences mais remplacé les A par des G pour fausser la détéction sur les autres segments (solution barbare) : idem, il ne retrouve pas les V4-59.
Dernier point : un caractère inadéquate dans le header des séquences v4-59. A priori non. (J'ai testé d'intervertir avec le header du v4-39)
Je n'ai pas d'explications...
@mikael-s @magiraudAlgo 2017.11Mikaël SalsonMikaël Salsonhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2743Passer avec la souris sur les séquences du segmenteur supprime la vue des mut...2022-05-12T11:06:47+02:00Mathieu GiraudPasser avec la souris sur les séquences du segmenteur supprime la vue des mutationsRapporté par Aurélie ~"LIL-Lille" ce matin: lors d'un certain `:hover`, la couleur rouge s'enlève.
Je ne suis pas sûr d'avoir bien compris, je n'ai pas réussi à reproduire de mon côté.
@RyanHerb avait des idées à ce propos (update du se...Rapporté par Aurélie ~"LIL-Lille" ce matin: lors d'un certain `:hover`, la couleur rouge s'enlève.
Je ne suis pas sûr d'avoir bien compris, je n'ai pas réussi à reproduire de mon côté.
@RyanHerb avait des idées à ce propos (update du segmenteur et highlights ?)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2508Vh pas trouvé, uniquement Dh-Jh2018-06-27T18:53:42+02:00Mathieu GiraudVh pas trouvé, uniquement Dh-JhAurélie ~"LIL-Lille" :
> I have a question on the results I obtain on the following sample: http://app.vidjil.org/?sample_set_id=23852&config=25
>
> Let's look on the following clones:
> >IGHD2-2*02 2/TGA/5 IGHJ5*02 362 nt, 148 52...Aurélie ~"LIL-Lille" :
> I have a question on the results I obtain on the following sample: http://app.vidjil.org/?sample_set_id=23852&config=25
>
> Let's look on the following clones:
> >IGHD2-2*02 2/TGA/5 IGHJ5*02 362 nt, 148 525 reads (10.64%, 53.45% of IGH/IGH+, 2042% of IGH+)
> GGAGTCGGGGGAGGCTTGGTCCAGCCTGGGGGTCCCTGAGACTCTCCTGTGCAGCCTCTGGATTCACCTTCAGTGACTACTACATGAGCTGGGTCCGCCAGGCTCCCGGGAAGGGGCTGGAGTGGGTAGGTTTCATTAGAAACAAAGCTAATGGTGGGACAACAGAATAGACCACGTCTGTGAAAGGCAGATTCACAATCTCAAGAGATGATTCCAAAAGCATCACCTATCTGCAAATGAACAGCCTGAGAGCCGAGGACACGGCCGTGTATCAAGGGGCATTTATTGTAGTAGTACCAGCTGCTAT
>
> ATG
> ATGGTTCGACCCCTGGGGCCAGGGAACCCTGGTCACCGTCTCCTCAGGTAAG
>
>
>
> Bonjour,
>
> Ce clone est mal nommé, il ne reconnaît pas le VH, bien présent puisque nous avons pu merger des clones qui étaient VDJ. Cela m’embête car ce clone étant majoritaire, le merge ne permet pas de corriger la séquence.
>
> Pourriez-vous y regarder et me dire pourquoi le VH n’a pas été reconnu ?
>
> Merci
>
> AurélieAlgo -- Importanthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2149Upload de gros fichiers impossible sur vda2017-02-14T22:56:53+01:00Mikaël SalsonUpload de gros fichiers impossible sur vdaL'upload de gros fichier échoue. Il semble qu'au cours de l'upload le fichier soit enregistré quelque part sur la partition de la racine. À la fin de l'upload le fichier semble déplacé/copié dans `/tmp` or comme la partition racine est p...L'upload de gros fichier échoue. Il semble qu'au cours de l'upload le fichier soit enregistré quelque part sur la partition de la racine. À la fin de l'upload le fichier semble déplacé/copié dans `/tmp` or comme la partition racine est petite il n'y a pas de place suffisante et c'est probablement ça qui fait échouer l'upload.
Je ne sais pas s'il faut paramétrer nginx ou web2py (ou les deux). J'ai essayé d'ajouter la directive
```
client_body_temp_path /mnt/data/tmp;
proxy_temp_path /mnt/data/tmp;
```
dans la config Nginx, mais sans succès.2017-02-22https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2119Pas d'assigation VDJ lorsqu'il y a de grosses délétions2024-01-31T17:25:11+01:00Mikaël SalsonPas d'assigation VDJ lorsqu'il y a de grosses délétionsVoici [un exemple](http://app.vidjil.org/?patient=4601&config=25) où il y a 2 ou 3 centaines de nucléotides délétés dans le V. Le FIneSegmenter échoue à proposer une solution. Il me semblait qu'on avait déjà une issue sur le sujet, mais ...Voici [un exemple](http://app.vidjil.org/?patient=4601&config=25) où il y a 2 ou 3 centaines de nucléotides délétés dans le V. Le FIneSegmenter échoue à proposer une solution. Il me semblait qu'on avait déjà une issue sur le sujet, mais je ne l'ai pas retrouvée (lorsqu'à Lille on avait un patient dans une situation comparable). IgBlast trouve sans problème des solutions pour le V (avec 19 nucléotides dans le V c'est un peu juste pour déterminer duquel il s'agit), le D et le J.
Serait-ce dû à des optimisations pour ne chercher que sur la diagonale ? Peut-on la désactiver si on ne trouve pas de segmentation ?
@magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2041L'alignement multiple plante quand la première séquence est retirée2019-04-03T14:23:12+02:00Mikaël SalsonL'alignement multiple plante quand la première séquence est retiréeAllons sur le [jeu de démo](http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=68&config=32). On sélectionne tous les clones en TRGV2–TRGJ1. On supprime le premier de la sélection et on aligne le tout. ~~L'alignement devient complètement f...Allons sur le [jeu de démo](http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=68&config=32). On sélectionne tous les clones en TRGV2–TRGJ1. On supprime le premier de la sélection et on aligne le tout. ~~L'alignement devient complètement foireux à partir du N, avec quasiment tous les nucléotides qui sont soulignés.~~
~~Il semble y avoir deux bugs (dans l'alignement CGI, puisque l'alignement devient foireux) et dans le JS, puisque la coloration est foireuse. Mais je penche pour une explication plus parcimonieuse d'un seul bug qui causerait les deux problèmes.~~
@magiraud @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2018L'alignement multiple ne se fait pas nécessairement par rapport à la première...2016-11-29T14:43:17+01:00Vidjil TeamL'alignement multiple ne se fait pas nécessairement par rapport à la première séquencecf. mail d'Aurélie 24/10 8h55
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2998886
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@mikael-scf. mail d'Aurélie 24/10 8h55
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2998886
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@mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2002Configuration trop stringeante sur la recherche du D2022-05-12T11:42:47+02:00Vidjil TeamConfiguration trop stringeante sur la recherche du DExemple : http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=3837&config=2
On prend le gros clone et les petits clones autour. La moitié a un D trouvé, pas l'autre moitié. Le D fait 22bp il n'est pas trouvé dès qu'il y a une erreur/mutati...Exemple : http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=3837&config=2
On prend le gros clone et les petits clones autour. La moitié a un D trouvé, pas l'autre moitié. Le D fait 22bp il n'est pas trouvé dès qu'il y a une erreur/mutation.
***
Alors il y a bien un problème mais il n'a rien à voir. Voir « Le résultat de la segmentation change selon le contexte » #2003
***
Notons que toutes les séquences ici ont normalement le même "multiplier" de E-value (nb de clones analysés).
... et effectivement, il y a bien un problème (de calcul de p-valeur) : cela semble gros qu'une seule mutation sur 22pb fasse tout louper.
***
Surtout qu'il y a une séquence avec une mutation dans le D, où le D est bien trouvé...
***
Seuil de e-valeur pour le D : .05
J'imagine qu'il y a une raison pour cette faible valeur, mais les D sont courts et atteindre de très faibles e-valeur est compliqué (à l'inverse de ce qu'on a avec le kmer segmenteur). Pourquoi le seuil est-il à 0,05 ?
***
@magiraud @mikael-sThonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1979Titre du rapport exporté faux quand "compare patients" et runs2018-04-16T15:49:37+02:00Vidjil TeamTitre du rapport exporté faux quand "compare patients" et runsAurélie : On voit le titre du dernier patient.
***
Confirmé.
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1. Ouvrir un patient
2. Faire « open patient list »
3. Compare patients
4. Sélectionner des patients (autres)
5. Export report (monitor). Le titre est celui du pati...Aurélie : On voit le titre du dernier patient.
***
Confirmé.
***
1. Ouvrir un patient
2. Faire « open patient list »
3. Compare patients
4. Sélectionner des patients (autres)
5. Export report (monitor). Le titre est celui du patient ouvert au 1.
***
Idem pour les runs : il n'affiche pas le nom du run mais le nom du dernier patient ouvert.
(this.m.patient_name dans export.js, rempli directement par ce que renvoie le serveur)
***
@Duez @magiraud @RyanHerb Web 2017.03Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1552Une représentative, plusieurs clones2016-11-29T14:37:49+01:00Vidjil TeamUne représentative, plusieurs clonesCe sont des exemples donnés par Yann, par exemple sur ce patient http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=444&config=11
Le cas a été clusterisé par Yann, mais il suffit d'aller en TRD (il y a un seul clone). Ce clone correspond ...Ce sont des exemples donnés par Yann, par exemple sur ce patient http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=444&config=11
Le cas a été clusterisé par Yann, mais il suffit d'aller en TRD (il y a un seul clone). Ce clone correspond à un cluster de deux clones, l'un en VdJa et l'autre en TRD.
On ne voit plus ce cas-là avec la e-valeur, mais c'est peut-être pour une raison différente…
***
Cas ici aussi (même procédé pour le repérer) http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=169&config=11
ou encore ici (gros clone en TRD+ avec du Vd2/Dd3 repéré sans le Ja29) : http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=167&config=11 → on n'a plus le fichier de séquences
***
impressionnant, joli bug en effet
***
commit 07adde3
> Author: Mikael Salson <mikael.salson@univ-lille1.fr>
> kmerstore.h: Insert properly the revcomp kmers with unsymmetrical seeds.
> If the seed is not symmetrical (as with TRA and VdJa), we can't just reverse the seed.
> We need to take back the original substring, reverse it and then take the seed.
Impressionnant que cela ait passé tous les tests jusqu'à maintenant !
***
@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3535Information progressive avant timeout plus long2019-11-04T11:10:02+01:00Mikaël SalsonInformation progressive avant timeout plus long(Utilité du timeout ?)
C'est plus frustrant pour l'utilisateur qu'autre chose. On pourrait éventuellement mettre un message au bout de 15/30 secondes distant que la requête semble prendre du temps ou qu'il y a un problème de réseau.
Ma...(Utilité du timeout ?)
C'est plus frustrant pour l'utilisateur qu'autre chose. On pourrait éventuellement mettre un message au bout de 15/30 secondes distant que la requête semble prendre du temps ou qu'il y a un problème de réseau.
Mais à l'heure actuelle je pense que ça a plus pour effet de surcharger le serveur qu'autre chose (car lorsque le timeout arrive la requête n'est pas arrêtée mais l'utilisateur va relancer la requête pour avoir sa réponse).Lille-LAL-next2019-03-06https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1557V-D-D-J2016-11-29T14:37:53+01:00Vidjil TeamV-D-D-Jà traiter uniquement en FineSegmenter ?
***
M.: (IMGT le fait, nananèreuh)
***
Ce n'est pas M qui a écrit ça mais T ;)
Ça change aussi des choses dans le .vidjil On ne sait pas gérer plusieurs D à l'heure actuelle (mais je fais une autr...à traiter uniquement en FineSegmenter ?
***
M.: (IMGT le fait, nananèreuh)
***
Ce n'est pas M qui a écrit ça mais T ;)
Ça change aussi des choses dans le .vidjil On ne sait pas gérer plusieurs D à l'heure actuelle (mais je fais une autre tâche)
***
Ça a aussi des conséquences sur nos options (delta_max) et… sur la taille de la fenêtre
***
C'est quoi, au fait, l'exemple ?
VDDJ dans google donne quelques publis
***
Yann nous a envoyé le 11 août des séquences VDDJ et DDJ.
À voir, pas si facile à traiter. On pourrait lancer une détection d'un deuxième D lorsqu'on a au moins 5-6 nucléotides en N1 ou N2. Mais cela implique de raffiner ensuite beaucoup de bornes.
***
Dans les Vd1 - Jd1 c'est assez fréquent d'après Patrick
***
Mis en haut de la pile, 1/3 des données de Florian, à faire d'ici mi-février.
***
Quasi bon. En attente des commentaires de Florian.
Sur le reste des tests, uniquement deux petits trucs à vérifier :
should-vdj-tests/0118-lil-IGH-TRG.should-vdj.fa
IGHV3-9*01 11/A/5 IGHD2-2*02 1/GGAA/4 IGHD3-9*01 7//10 IGHJ6*03
--> yeah, un deuxième D trouvé, bonne solution, à vérifier
segment_simul.should_get *et* should-vdj-tests/segment_simul.should-vdj.fa
IGHV5-10-1*01 2/CTTC/3 IGHD1-14*01 1//23 IGHD3-16*01 8//7 IGHJ5*01
--> à vérifier, 6nt, limite
***
Les deux petits trucs ont été vérifiés et mis à jour.
***
Cela sort donc dans 2016.02. Il y aura des choses à régler par la suite, mis dans d'autres tâches.
***
@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1352export html: diagnostic2016-11-29T14:35:08+01:00Vidjil Teamexport html: diagnosticPourrait-on ajouter des infos quand on seul point ? On doit réfléchir à ce qu'on voudrait pour le pdf du diagnostic, si possible avant la rencontre à Necker.
- Pie montrant la répartition par système ?
- Scatterplots ?
***
C'est bien sca...Pourrait-on ajouter des infos quand on seul point ? On doit réfléchir à ce qu'on voudrait pour le pdf du diagnostic, si possible avant la rencontre à Necker.
- Pie montrant la répartition par système ?
- Scatterplots ?
***
C'est bien scatterplot*s* au pluriel, on pense au diagnostic multi-système
***
Excellent, cela commence à être très beau !
Pour le rapport diag, on s'attendrait à voir aussi un div float-left avec les read statistics
***
Sur le rapport diagnostic, pour chaque clone, on n'a pas à voir les % de chaque timepoint, ni la mini-icône avec l'évolution
(Et la remarque ci-dessous vaut-toujours.)
***
merci
***
@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1304Réarrangements incomplets2016-11-29T14:34:29+01:00Vidjil TeamRéarrangements incompletsPatient MAQ : en lançant Vidjil en ligne de commande ./vidjil -V germline/IGK-INTRON.fa -J germline/IGK-KDE.fa -c clones data.fastq on trouve un clone en Intron-KDE qui ressort fortement (35987 reads)
***
Pour le patient MAQ en DD2/DD3 :...Patient MAQ : en lançant Vidjil en ligne de commande ./vidjil -V germline/IGK-INTRON.fa -J germline/IGK-KDE.fa -c clones data.fastq on trouve un clone en Intron-KDE qui ressort fortement (35987 reads)
***
Pour le patient MAQ en DD2/DD3 : rien. Mais ça vient des germlines. Le DD2 fait 9nt et on utilise une graine qui s'étend sur 11. Il faudrait récupérer la séquence en amont du DD2 et en aval du DD3.
***
|13+0=13| |rev-compl|
actgggggatacgcacagtgctacaaaacctacagagacctgtac
En utilisant ces séquences-là (en local) on a un clone à 44584 reads.
***
|
***
|9+0=9| |rev-compl|
tatactgatgtgtttcattgtgccttcctac
et cette séquence-là pour le DD3 :
>M22152|TRDD3*01|Homo sapiens|F|D-REGION|214..226|13 nt|1|
***
|
***
Sur bioinfo-inria on a cette séquence-là pour le DD2 :
>M22153|TRDD2*01|Homo sapiens|F|D-REGION|34..42|9 nt|1|
***
Pour récupérer automatiquement les séquences amonts on peut peut-être utiliser l'API du NCBI (pour le faire automatiquement). Sinon on peut les stocker quelque part :)
***
Pour TRDD2*01 :
http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi?db=nuccore&id=M22153&rettype=fasta&retmode=text&to=42
Pour TRDD3*01 :
http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi?db=nuccore&id=M22152&rettype=fasta&retmode=text&from=214&to=258
***
b43f867 pour récupérer les fichiers avec les séquences amont/aval
et cffcd74, 7aaa26f pour gérer les réarrangements incomplets (merci Mathieu)
***
@magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/945pseudo-germlines2016-11-29T14:29:38+01:00Vidjil Teampseudo-germlines
***
@mikael-s
***
@mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1546Rechercher sur le brin complémentaire aussi / revcomp2017-07-10T17:01:50+02:00Vidjil TeamRechercher sur le brin complémentaire aussi / revcompDans la box search sur la liste.
***
Relativement simple et utile !
***
list.js:704, fonction filter()
***
Je viens de faire la fonction. Je l'ai pusher sur master (je n'y ai pas repensé).
***
ok... mais pourquoi une accolade a sauté dan...Dans la box search sur la liste.
***
Relativement simple et utile !
***
list.js:704, fonction filter()
***
Je viens de faire la fonction. Je l'ai pusher sur master (je n'y ai pas repensé).
***
ok... mais pourquoi une accolade a sauté dans list.js ? J'ai l'impression que cela ne passe plus tout à fait :)
Au fait, tu peux faire, pour revoir ton commit : git show 5c43ecaf
(Et c'est conseillé d'installer / utiliser gitk pour voir les commits)
***
un fausse manip sur un copié-collé.
Corrigé.
***
Super ! Idéalement, il faudrait faire un test.
Voir browser/test/QUnit/testFiles.list_test.js, ligne 85
list.filter("test2")
Le test est pour l'instant uniquement sur le nom du clone, il faudrait qu'il y en ait un sur la séquence, et un autre sur la séquence en revcomp (Les clones de test sont définis dans data_test.js).
***
@flothoni