vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2021-10-08T11:28:52+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4305Les utilisateurs ne peuvent pas supprimer un set2021-10-08T11:28:52+02:00Thonier FlorianLes utilisateurs ne peuvent pas supprimer un setUn utilisateur me demande comment supprimer ses données (sets de quelques patients) depuis le serveur. Or quand je me mets en `impersonnate`, je me rends compte que je ne peux pas le faire. D'un autre côté, en admin je le peux.
Je ne ...Un utilisateur me demande comment supprimer ses données (sets de quelques patients) depuis le serveur. Or quand je me mets en `impersonnate`, je me rends compte que je ne peux pas le faire. D'un autre côté, en admin je le peux.
Je ne sais pas si c'est volontaire ou s'il s'agit d'une régression.
ps: c'est valable pour tous les usagers.Web 2021.11Thonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2442Afficher un échantillon sans l'impact des autres échantillons2022-05-17T11:59:25+02:00Mathieu GiraudAfficher un échantillon sans l'impact des autres échantillonsUn échange avec Aurélie ~"LIL-Lille" a fait ressortir que le même échantillon (par exemple de diagnostic) est affiché différemment lorsqu'il est accompagné d'autres échantillons (par exemple de suivi).
C'est un point attendu vu le fonct...Un échange avec Aurélie ~"LIL-Lille" a fait ressortir que le même échantillon (par exemple de diagnostic) est affiché différemment lorsqu'il est accompagné d'autres échantillons (par exemple de suivi).
C'est un point attendu vu le fonctionnement de ~"server-fuse" , mais cela peut être trompeur pour l'usager (en particulier sur la qualification "polyclonal" d'un échantillon). @RyanHerb, pourrais-tu mettre la capture transmise par Aurélie (je ne la retrouve pas) ?
Laisse-t-on cela ainsi ? Aurait-on un moyen simple de voir un échantillon sans l'influence des autres ? Recalculer un top local, avoir un autre fonctionnement du slider ? Marquer d'une certaine manière certains clones dans le fuse ?Web 2021.05marc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1693Recherche de séquence avec des caractères dégénérés2021-04-16T22:39:11+02:00Vidjil TeamRecherche de séquence avec des caractères dégénérésPermettre une recherche approchée par le search, par exemple à 1 ou 2 nucléotides près. Mais peut-être pas par défaut ?
***
list.js:710, fonction filter
1) Faire (ou récupérer) une fonction approximateIndexOf(seq, pattern, max_erreurs)...Permettre une recherche approchée par le search, par exemple à 1 ou 2 nucléotides près. Mais peut-être pas par défaut ?
***
list.js:710, fonction filter
1) Faire (ou récupérer) une fonction approximateIndexOf(seq, pattern, max_erreurs), ou bien même approximateMatch(...)
2) Avoir un bouton / préférence pour lancer cela sur les séquences quand on lance filter()
***
Quelques librairies pour « approximate matching javascript » :
http://glench.github.io/fuzzyset.js/ algo sérieuse, k-mers, vue « index »
https://gist.github.com/Yaffle/1336740 programmation dynamique
http://unamatasanatarai.github.io/FuzzyMatch/test/index.html RegExp de jquery ?
https://github.com/javve/list.fuzzysearch.js/blob/master/src/fuzzy.js ?
En utiliser une, ou bien réimplémenter un truc léger pour autoriser 1-2 erreurs ?
***
pas pour le workshop, mais pour info ça en était où ?
***
@Cyanaelhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3152Afficher les primers/amorces dans le client2021-10-08T11:45:30+02:00Mathieu GiraudAfficher les primers/amorces dans le clientDiscuté il y a un certain temps, je ne trouve pas l'issue.
Fait désormais par ArrEST.
Voir aussi #2235/#2875.Discuté il y a un certain temps, je ne trouve pas l'issue.
Fait désormais par ArrEST.
Voir aussi #2235/#2875.Web 2022.05Thonier FlorianThonier Florian2021-07-09https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2011Ne pas lancer fuse quand le nombre de samples est trop important ?2017-05-22T17:09:00+02:00Vidjil TeamNe pas lancer fuse quand le nombre de samples est trop important ?Discussion cet après-midi, suite aux problèmes de place sur /mnt/result : Mathieu propose de ne pas lancer fuse lorsque le nombre de samples est supérieur à un nombre (p. ex. 20). Cela permet d'économiser de la place (et du temps CPU : u...Discussion cet après-midi, suite aux problèmes de place sur /mnt/result : Mathieu propose de ne pas lancer fuse lorsque le nombre de samples est supérieur à un nombre (p. ex. 20). Cela permet d'économiser de la place (et du temps CPU : un fuse sur 100 fichiers prend du temps).
De plus le fuse est lancé autant de fois qu'il appartient à de sample sets (donc au moins 2, non ?).
***
753e78c : On ne garde que les 16 premiers. C'est peut-être un peu brutal de faire cela au niveau de fuse.py, mais bon, cela renvoie tout de même un .vidjil pour une visualisation sur les premiers échantillons.
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Ça me paraît un peu rapide. On n'a pas vraiment de solution pour « degrade gracefully ».
Garde les 16 premiers : est-ce que ça veut dire qu'on va fusionner toujours les mêmes sur le serveur s'il y a plus de 16 fichiers ? Comment on fait pour avoir les autres ? Le custom fuse ne permet pas de sauvegarder les analyses.
Côté serveur il faudrait avertir les utilisateurs qu'ils ne verront que 16 fichiers.
Il y a des utilisateurs avec plus de 16 fichiers, et ça peut faire sens : http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=790&config=25
Le problème est surtout avec les runs ou avec Kiel qui met plein d'échantillons différents dans un même patient. Les clones n'ont rien à voir d'un échantillon à l'autre et donc on se retrouve avec des dizaines de milliers de clones dans le fichier. Une autre solution peut être de réduire le top lorsque le nombre de fichier augmente.
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D'autant plus que l'utilisateur qui nous pause problème à ce sujet n'utilise pas le fuse automatique mais plutôt le custom_fuse, non ? Ne pourrait-ton pas simplement avoir des configs qui fusent et d'autres non ?
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Oui, effectivement ça serait une solution simple de proposer à Kiel une config sans fuse (on sait faire ça ?).
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Je pense qu'il y a un bout de code à changer pour que le run accepte de ne pas fuse, mais oui je pense que c'est possible.
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Oui, le coup de la config en plus, pourquoi pas !
Ou même... la config par défaut pourrit faire 16 fichiers au plus, et on a une config spéciale si quelques gens veulent avoir beaucoup de points.
> « degrade gracefully ».
> Garde les 16 premiers : est-ce que ça veut dire qu'on va fusionner toujours les mêmes sur le serveur s'il y a plus de 16 fichiers
C'est une bonne question. Mais que cela soit oui ou non, c'est un "degrade gracefully" si on montre 16 points... et si on dit qu'on a une autre config si vraiment on veut avoir d'autre chose.
Enfin, quitte à avoir une autre config, on pourrait aussi régler plus finement les paramètres du fuse (top et autres).
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Ça me semble plus simple de demander à Kiel d'utiliser une config sans fuse, plutôt que de mettre en place le nécessaire pour avertir les utilisateurs que quand il y a plus de X fichiers ils ne verront pas tous les résultats et qu'ils doivent lancer avec une autre config (en espérant qu'il y ait une config correspondante avec un fuse infini).
Autre exemple, si j'uploade 20 fichiers dans mon run (ce qui n'est pas délirant), j'ai envie de savoir si j'ai de la conta entre mes 20 fichiers pas entre 16 fichiers plus ou moins choisis aléatoirement (dont l'ordre dépendra de l'upload).
En fait plus j'y réfléchis, plus j'ai l'impression qu'un top qui diminue progressivement avec le nombre de fichiers fournit une solution plus satisfaisante (et même pas besoin de demander à Kiel d'utiliser une autre config, on peut mais ça n'est pas indispensable).
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> plutôt que de mettre en place le nécessaire pour avertir les utilisateurs
Je ne suis pas d'accord sur ce point, c'est très simple avec les notifications. Cela permet d'avoir, par défaut, un comportement correct pour la majorité des utilisateurs, et de les inciter à utiliser correctement les patients. (Et s'ils leur manquent quelque chose, c'est facile de rajouter une config pour un user, pour des bonnes raisons). Je préfère être sûr, dès maintenant, que tous les utilisateurs font ce qu'il faut (et traiter au cas par cas quelques cas comme Kiel) plutôt que de retomber dans quelques mois sur un autre utilisateur qui fera pareil.
> Autre exemple, si j'uploade 20 fichiers dans mon run (ce qui n'est pas délirant)
Oui, tout à fait ! 16 est un exemple, cela peut être 32 ou 42 :-) Dans tous les cas, au-delà de 8-10 simples, on devrait cacher sur le graphe (cf une autre tâche). Et encore plus si on fait des SampleSets : peut-être que quelqu'un aura un SampleSet de 100/200 patients correspondant à un truc particulier... (Mais lance-t-on les mêmes configs dans tous les SampleSet ? Ce n'est pas obligé.)
> En fait plus j'y réfléchis, plus j'ai l'impression qu'un top qui diminue progressivement avec le nombre de fichiers fournit une solution plus satisfaisante
Oui, c'est aussi possible, par exemple (1000 / #samples)... mais on a déjà du mal à expliquer ce qu'est notre top, alors là cela va être encore plus dur. Ou alors, 1000 tant que #samples < 8, puis ensuite cela descend.
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Par défaut, met-on le -f dans fuse.py à 0 et on fait une config pour Kiel où le -f est à 1 (ou X) ?
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Kiel vient d'ajouter une centaine de fichiers → –10 Go
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@magiraud @RyanHerb @mikael-sWeb 2017.05Mikaël SalsonMikaël Salsonhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2522Avoir un retour à l'utilisateur lorsqu'on choisit un fichier "network"2017-07-12T15:09:50+02:00Mathieu GiraudAvoir un retour à l'utilisateur lorsqu'on choisit un fichier "network"Discuté avec Aurélie ce matin.
En mode "network", la sélection d'un fichier dans la fenêtre jstree n'est pas suffisante. Ce serait intéressant (et cohérent avec ce qui se fait sur un fichier habiutel) de recopier le nom du fichier sélect...Discuté avec Aurélie ce matin.
En mode "network", la sélection d'un fichier dans la fenêtre jstree n'est pas suffisante. Ce serait intéressant (et cohérent avec ce qui se fait sur un fichier habiutel) de recopier le nom du fichier sélectionné quelque part.prod-server-lilRyan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2524Fichiers "network": 404 avec le lien "dl" dans sample_set/index.html2017-07-05T10:46:36+02:00Mathieu GiraudFichiers "network": 404 avec le lien "dl" dans sample_set/index.htmlÉvoqué avec Aurélie ce matin (qui voulait vérifier que son fichier était bien pris en compte, voir aussi #2523).
On a actuellement un 404 lorsqu'on souhaite télécharger un fichier "network".
À corriger, ou sinon retirer ce lien pour ce ...Évoqué avec Aurélie ce matin (qui voulait vérifier que son fichier était bien pris en compte, voir aussi #2523).
On a actuellement un 404 lorsqu'on souhaite télécharger un fichier "network".
À corriger, ou sinon retirer ce lien pour ce type de fichiers.prod-server-lilRyan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2523Fichiers "network": affichage de leur taille et de leur état dans sample_set/...2018-03-06T16:22:03+01:00Mathieu GiraudFichiers "network": affichage de leur taille et de leur état dans sample_set/index.htmlActuellement, on voit "0" comme "size" pour les fichiers sur le network.
L'utilisateur ne sait pas vraiment si il a bien sélectionné un fichier ou pas (Aurélie pensait que cela n'avait pas fonctionner).
Il faudrait la taille (si c'es...Actuellement, on voit "0" comme "size" pour les fichiers sur le network.
L'utilisateur ne sait pas vraiment si il a bien sélectionné un fichier ou pas (Aurélie pensait que cela n'avait pas fonctionner).
Il faudrait la taille (si c'est possible), et/ou une indication quelque part comme quoi ce fichier est "network" (si c'est possible).
prod-server-lilRyan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2281La génération des rapports : erreur JS, bloquage sur "Generating reports"2017-05-22T15:25:32+02:00Mikaël SalsonLa génération des rapports : erreur JS, bloquage sur "Generating reports"http://app.vidjil.org/index.html?sample_set_id=23110&config=25
Générer un rapport : sa génération ne termine pas.
Erreurs JS :
```
TypeError: seg[5] is undefined
var seqV = seq.substring(0, seg['5']['stop'] + 1)
```
En rev...http://app.vidjil.org/index.html?sample_set_id=23110&config=25
Générer un rapport : sa génération ne termine pas.
Erreurs JS :
```
TypeError: seg[5] is undefined
var seqV = seq.substring(0, seg['5']['stop'] + 1)
```
En revanche hors ligne je n'ai pas de souci (mais c'est peut-être une question d'âge du fichier .vidjil…).
cc @magiraud @flothoni @RyanHerbWeb 2017.03https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2016Charger des fichiers BAM2017-07-07T15:46:09+02:00Vidjil TeamCharger des fichiers BAMLes fichiers BAM sont directement générés par les séquenceurs Ion apparemment, cela éviterait de passer par le FASTQ. Le fichier BAM est une version compressée du fichier SAM. Il vaut mieux passer par une bibliothèque externe pour les li...Les fichiers BAM sont directement générés par les séquenceurs Ion apparemment, cela éviterait de passer par le FASTQ. Le fichier BAM est une version compressée du fichier SAM. Il vaut mieux passer par une bibliothèque externe pour les lire… Il existe par exemple htslib mais elle fait plein d'autres choses https://github.com/samtools/htslib (il y en a probablement d'autres)
***
@magiraud @mikael-sAlgo 2017.07Mikaël SalsonMikaël Salsonhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2268Compare patients : checkbox pour n'afficher que les analyses les plus récente...2019-02-28T14:30:15+01:00Thonier FlorianCompare patients : checkbox pour n'afficher que les analyses les plus récentes par configSeconde partie du mail d'Aurélie ~"LIL-Lille" du jour :
>>>
2 . Du coup, pour avoir quand même la comparaison avec ce 17ème échantillon, nous sommes passés par le Compare sample. Et là surprise, tous les échantillons sont dupliqués ...Seconde partie du mail d'Aurélie ~"LIL-Lille" du jour :
>>>
2 . Du coup, pour avoir quand même la comparaison avec ce 17ème échantillon, nous sommes passés par le Compare sample. Et là surprise, tous les échantillons sont dupliqués voire en 3 exemplaires. Nous avons effectivement relancé les analyses ce matin car nous avons fait des modifications dans les attributions fichiers FastQ-patients mais je n’avais pas remarqué les fois précédentes que Vidjil conservait les analyses précédentes. Est-ce normal ? N’alourdissons nous pas inutilement l’espace disque ? Nous avons volontairement écrasés l’analyse précédente et je trouve du coup que cela est plutôt source de confusion.
>>>
Pour ce point, à savoir le fait d'avoir plusieurs entrées lors d'un compare sample pour un même point, c'est exacte aussi.
Je ne sais pas si c'est un comportement souhaité ou non. En regardant dans la doc, il y a bien une mention d'un tel comportement, mais je ne sais pas si ça rentre dans cette catégorie, sachant que lorsque une nouvelle analyse est effectuée, l'ancienne reste.
> Note that even when the input sequences are deleted, the server is still able to display the results of previous analyses
Si c'est un comportement souhaité, ne peut-on pas imaginé un bouton filtre pour n'afficher que la dernière analyse pour un set de données et rendre la selection plsu aisé dans la majorité des cas ?
Dans le cas contraire, je n'ai pas encore cherché l'origine du bug.
cc @RyanHerb @magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2118Ascenseur manquant dans la liste des patients lors de l'ajout d'un fichier so...2018-10-18T10:47:47+02:00Mikaël SalsonAscenseur manquant dans la liste des patients lors de l'ajout d'un fichier sous ChromeLorsqu'on ajoute un fichier dans un run et qu'on clique sur le champ patient, pour avoir la liste complète, celle-ci ne présente pas d'ascenseur (sous Chrome, pas sous Firefox) ce qui la rend grandement inutilisable.
De plus sur l'ordina...Lorsqu'on ajoute un fichier dans un run et qu'on clique sur le champ patient, pour avoir la liste complète, celle-ci ne présente pas d'ascenseur (sous Chrome, pas sous Firefox) ce qui la rend grandement inutilisable.
De plus sur l'ordinateur d'Aurélie (Chrome 42) cela fait visiblement planter le thème de Windows.
@magiraud @RyanHerbWeb 2017.11Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2116Sélection avec un axe de la grille/histogramme : l'indiquer à l'utilisateur2018-06-04T10:24:06+02:00Mikaël SalsonSélection avec un axe de la grille/histogramme : l'indiquer à l'utilisateurExcellente suggestion d'Aurélie : le curseur de la souris lorsqu'on survole un label d'axe de la grille/histogramme ne se transforme pas ce qui n'aide pas à penser que ces labels sont cliquables. Il faut mettre un pointeur avec la petite...Excellente suggestion d'Aurélie : le curseur de la souris lorsqu'on survole un label d'axe de la grille/histogramme ne se transforme pas ce qui n'aide pas à penser que ces labels sont cliquables. Il faut mettre un pointeur avec la petite main (`cursor: pointer`).
Il me semble que c'est géré par D3. Je ne suis pas sûr que ce soit aussi simple que ça en a l'air.
@magiraud @RyanHerb @tydax @flothoni Web 2017.11Thonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1253Se souvenir des amorces/primers utilisées : comment ?2023-03-28T16:11:50+02:00Vidjil TeamSe souvenir des amorces/primers utilisées : comment ?On pourrait gérer plus proprement les amorces, avec
- des listes d'amorces (Biomed ? nouvelles EC ? d'autres ?)
- en fonction des amorces sélectionnées, les confisg (ou les stats) sont différents, ou d'autres features
- et certains...On pourrait gérer plus proprement les amorces, avec
- des listes d'amorces (Biomed ? nouvelles EC ? d'autres ?)
- en fonction des amorces sélectionnées, les confisg (ou les stats) sont différents, ou d'autres features
- et certains réglages permettraient de chosir directement un "kit" d'amorces
Ce n'est pas facile, que cela soit au niveau de la db, du browser derrière, et même de la conception / de ce qu'on veut. Vraiment pas la priorité pour l'instant.
***
mis dans la demande d'ADT, 2016Web 2023.10https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2491Segmenter : ordre des germlines/séquences2021-11-26T11:42:12+01:00Mathieu GiraudSegmenter : ordre des germlines/séquencesRemarque de @aurelBZH : dans quel ordre ?
Actuellement clones + tous les germlines.
Peut-être les V + clones + les J ? Les V/J autour de chaque clone ? Comment fait-on pour les clones qui partagent un même V/J ?
Remarque de @RyanHerb ...Remarque de @aurelBZH : dans quel ordre ?
Actuellement clones + tous les germlines.
Peut-être les V + clones + les J ? Les V/J autour de chaque clone ? Comment fait-on pour les clones qui partagent un même V/J ?
Remarque de @RyanHerb : une possibilité serait `.insertAfter` en prenant l'id du clone.
À voir plus tard, rien d'urgent.
cc @aurelBZH @RyanHerb @hetohttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2499Lignes des axes noires/grises2018-08-09T14:28:40+02:00Mathieu GiraudLignes des axes noires/grises> Bonjour,
>
> J’ai vu qu’hier vous avez effectué une maintenance et je ne sais pas si c’est en lien ou non mais je trouve que les lignes du graphe sont bizarres, grises ou noires. Est-ce lié ? Cela n’empêche évidemment pas l’analyse...> Bonjour,
>
> J’ai vu qu’hier vous avez effectué une maintenance et je ne sais pas si c’est en lien ou non mais je trouve que les lignes du graphe sont bizarres, grises ou noires. Est-ce lié ? Cela n’empêche évidemment pas l’analyse, ce n’est qu’esthétique J !
>
> Aurélie
cc @flothoniThonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2508Vh pas trouvé, uniquement Dh-Jh2018-06-27T18:53:42+02:00Mathieu GiraudVh pas trouvé, uniquement Dh-JhAurélie ~"LIL-Lille" :
> I have a question on the results I obtain on the following sample: http://app.vidjil.org/?sample_set_id=23852&config=25
>
> Let's look on the following clones:
> >IGHD2-2*02 2/TGA/5 IGHJ5*02 362 nt, 148 52...Aurélie ~"LIL-Lille" :
> I have a question on the results I obtain on the following sample: http://app.vidjil.org/?sample_set_id=23852&config=25
>
> Let's look on the following clones:
> >IGHD2-2*02 2/TGA/5 IGHJ5*02 362 nt, 148 525 reads (10.64%, 53.45% of IGH/IGH+, 2042% of IGH+)
> GGAGTCGGGGGAGGCTTGGTCCAGCCTGGGGGTCCCTGAGACTCTCCTGTGCAGCCTCTGGATTCACCTTCAGTGACTACTACATGAGCTGGGTCCGCCAGGCTCCCGGGAAGGGGCTGGAGTGGGTAGGTTTCATTAGAAACAAAGCTAATGGTGGGACAACAGAATAGACCACGTCTGTGAAAGGCAGATTCACAATCTCAAGAGATGATTCCAAAAGCATCACCTATCTGCAAATGAACAGCCTGAGAGCCGAGGACACGGCCGTGTATCAAGGGGCATTTATTGTAGTAGTACCAGCTGCTAT
>
> ATG
> ATGGTTCGACCCCTGGGGCCAGGGAACCCTGGTCACCGTCTCCTCAGGTAAG
>
>
>
> Bonjour,
>
> Ce clone est mal nommé, il ne reconnaît pas le VH, bien présent puisque nous avons pu merger des clones qui étaient VDJ. Cela m’embête car ce clone étant majoritaire, le merge ne permet pas de corriger la séquence.
>
> Pourriez-vous y regarder et me dire pourquoi le VH n’a pas été reconnu ?
>
> Merci
>
> AurélieAlgo -- Importanthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2525"Vidjil is loading": Le bouton login fonctionne-t-il du premier coup ?2018-04-13T15:56:03+02:00Mathieu Giraud"Vidjil is loading": Le bouton login fonctionne-t-il du premier coup ?Aurélie nous signale qu'elle doit parfois cliquer deux fois pour s'identifier... (et j'ai aussi parfois cette impression, sans être vraiment sûr). Est-ce en lien avec #1113 ?
Ou avec des lenteurs du serveur ? Dans ce cas, faire un reto...Aurélie nous signale qu'elle doit parfois cliquer deux fois pour s'identifier... (et j'ai aussi parfois cette impression, sans être vraiment sûr). Est-ce en lien avec #1113 ?
Ou avec des lenteurs du serveur ? Dans ce cas, faire un retour à l'utilisateur qu'un chargement est en cours ?
cc @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2526Discordance de productivité2024-02-06T16:46:02+01:00Mathieu GiraudDiscordance de productivitéAurélie ~"LIL-Lille" (par mail, réévoqué ce matin en direct) :
> Le clone majoritaire (...) est dit non productif par Vidjil alors que IMGT et IgBlast disent qu’il est productif.
>
> http://app.vidjil.org/?sample_set_id=23871&config=3...Aurélie ~"LIL-Lille" (par mail, réévoqué ce matin en direct) :
> Le clone majoritaire (...) est dit non productif par Vidjil alors que IMGT et IgBlast disent qu’il est productif.
>
> http://app.vidjil.org/?sample_set_id=23871&config=35
>
> Let's look on the following clones:
> >IGHV3-7*01 1/GGAAGCCC/21 IGHJ6*01 338 nt, 607 958 reads (89.48%)
> AGGAGTCGGGGGGAGGCTTGGTCCAGGCCGGGGGGTCCCTGAGACTCTCATGCGTCGGCCACGGATTGAGTTTGAAGAAGGATTGGATGAGTTGGGTCCGCCAGGCTCCAGGGGAGGGGCTGGAGTGGGTGGCCTACATAAAGGAAGATGGAAATGGGAAACACTATGTGGACTCTGTGAAGGGCCGATTCATCATCTTCAGAGACGACGCCAAGAACTCACTATATCTGGAAATGAACAGCCTGAGAGTCGAGGACACGGCTATGTATTATTGTGTGAGA
>
> GGGAAGCC
> CTGGGCGTTTGGGGGCCAAGGGACATCGGTCACCGTCTCCTCAGGTAAG
cc @flothoniLille-LAL-nexthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2536Faut-il maintenir un groupe vide2017-06-15T14:58:37+02:00Thonier FlorianFaut-il maintenir un groupe videVoilà le situation actuelle :
Un hôpital à 2 groupes, ingénieurs (avec l'ensemble des droits) et techniciens (sans le droits de sauvegarder les analyses)
Le premier comporte plusieurs membres, le second un seul.
On me demande de donne...Voilà le situation actuelle :
Un hôpital à 2 groupes, ingénieurs (avec l'ensemble des droits) et techniciens (sans le droits de sauvegarder les analyses)
Le premier comporte plusieurs membres, le second un seul.
On me demande de donner tous les droits à ce dernier membre. La question est donc de savoir si il vaut mieux que je déplace ce membre dans le groupe ingé qui ont tous les droits, et laisser un groupe vide derrière moi, ou bien de donner le droit manquant à ce second groupe, mais poser des soucis si un nouveau membre s'y rajoute.
Perso, je penche pour la première option. Vous êtes d'accord ?
@mikael-s @magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2059Légende générique : Filtrer / sélectionner / afficher les clones suivant un axe2021-09-15T19:19:47+02:00Mathieu GiraudLégende générique : Filtrer / sélectionner / afficher les clones suivant un axeMotivation venant de #2054 : on aimerait faire un toggle générique sur tout axe (#1471), de la même manière qu'on peut filtrer/afficher les tagsMotivation venant de #2054 : on aimerait faire un toggle générique sur tout axe (#1471), de la même manière qu'on peut filtrer/afficher les tagshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2002Configuration trop stringeante sur la recherche du D2022-05-12T11:42:47+02:00Vidjil TeamConfiguration trop stringeante sur la recherche du DExemple : http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=3837&config=2
On prend le gros clone et les petits clones autour. La moitié a un D trouvé, pas l'autre moitié. Le D fait 22bp il n'est pas trouvé dès qu'il y a une erreur/mutati...Exemple : http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=3837&config=2
On prend le gros clone et les petits clones autour. La moitié a un D trouvé, pas l'autre moitié. Le D fait 22bp il n'est pas trouvé dès qu'il y a une erreur/mutation.
***
Alors il y a bien un problème mais il n'a rien à voir. Voir « Le résultat de la segmentation change selon le contexte » #2003
***
Notons que toutes les séquences ici ont normalement le même "multiplier" de E-value (nb de clones analysés).
... et effectivement, il y a bien un problème (de calcul de p-valeur) : cela semble gros qu'une seule mutation sur 22pb fasse tout louper.
***
Surtout qu'il y a une séquence avec une mutation dans le D, où le D est bien trouvé...
***
Seuil de e-valeur pour le D : .05
J'imagine qu'il y a une raison pour cette faible valeur, mais les D sont courts et atteindre de très faibles e-valeur est compliqué (à l'inverse de ce qu'on a avec le kmer segmenteur). Pourquoi le seuil est-il à 0,05 ?
***
@magiraud @mikael-sThonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1546Rechercher sur le brin complémentaire aussi / revcomp2017-07-10T17:01:50+02:00Vidjil TeamRechercher sur le brin complémentaire aussi / revcompDans la box search sur la liste.
***
Relativement simple et utile !
***
list.js:704, fonction filter()
***
Je viens de faire la fonction. Je l'ai pusher sur master (je n'y ai pas repensé).
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ok... mais pourquoi une accolade a sauté dan...Dans la box search sur la liste.
***
Relativement simple et utile !
***
list.js:704, fonction filter()
***
Je viens de faire la fonction. Je l'ai pusher sur master (je n'y ai pas repensé).
***
ok... mais pourquoi une accolade a sauté dans list.js ? J'ai l'impression que cela ne passe plus tout à fait :)
Au fait, tu peux faire, pour revoir ton commit : git show 5c43ecaf
(Et c'est conseillé d'installer / utiliser gitk pour voir les commits)
***
un fausse manip sur un copié-collé.
Corrigé.
***
Super ! Idéalement, il faudrait faire un test.
Voir browser/test/QUnit/testFiles.list_test.js, ligne 85
list.filter("test2")
Le test est pour l'instant uniquement sur le nom du clone, il faudrait qu'il y en ait un sur la séquence, et un autre sur la séquence en revcomp (Les clones de test sont définis dans data_test.js).
***
@flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2557Intégrer ou lier Premier BioSoft2021-11-23T15:53:28+01:00Mathieu GiraudIntégrer ou lier Premier BioSoftPremier BioSoft accès gratuit à un outil : on donne amorce (sens, antisens), donne probabilités.
Aurélie ~"LIL-Lille" va nous envoyer cas d'utilisation. Voir si on peut lier ou intégrer (mais philosophie, on lie vers des trucs commercia...Premier BioSoft accès gratuit à un outil : on donne amorce (sens, antisens), donne probabilités.
Aurélie ~"LIL-Lille" va nous envoyer cas d'utilisation. Voir si on peut lier ou intégrer (mais philosophie, on lie vers des trucs commerciaux ?)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2558Remettre l'amorce par patient dans le client2021-11-23T15:55:02+01:00Mathieu GiraudRemettre l'amorce par patient dans le clientUne fois qu'on désigne une amorce, la remettre dans le client ?
Nathalie : "Pour ne plus faire de TaqMan, montrer que amorce est dedans."
Ils vont déjà essayer de mettre l'amorce (20-25) dans le champ "search" #1693
#1253 #1681 #2557Une fois qu'on désigne une amorce, la remettre dans le client ?
Nathalie : "Pour ne plus faire de TaqMan, montrer que amorce est dedans."
Ils vont déjà essayer de mettre l'amorce (20-25) dans le champ "search" #1693
#1253 #1681 #2557https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2602Ajouter un clone et relance de fuse2021-11-26T13:45:56+01:00Mathieu GiraudAjouter un clone et relance de fuseEn discutant de #1921 avec Aurélie ~"LIL-Lille", une motivation pour ajouter un clone serait de voir s'il n'est pas plus loin que le top 100... on voit bien l'intérêt côté bio, vérifier si un séquence Sanger est bien absente ou pas.
Cel...En discutant de #1921 avec Aurélie ~"LIL-Lille", une motivation pour ajouter un clone serait de voir s'il n'est pas plus loin que le top 100... on voit bien l'intérêt côté bio, vérifier si un séquence Sanger est bien absente ou pas.
Cela impliquerait de relancer ~"server-fuse" avec des séquences forcées. Pas facile... et surtout #1921 pouvait sinon se voir comme une fonctionnalité sans connexion à la ~"server-database".
Faire déjà #1921 sans cela ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2604Ajouter plusieurs clones virtuels d'un coup2017-09-08T11:29:48+02:00Mathieu GiraudAjouter plusieurs clones virtuels d'un coupAurélie ~"LIL-Lille" : "On voudra coller plusieurs séquences d'un coup".
#1921.
Aurélie ~"LIL-Lille" : "On voudra coller plusieurs séquences d'un coup".
#1921.
https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2605Admin: Liste des jobs en attente, en cours depuis l'interface admin2020-11-18T16:50:48+01:00Thonier FlorianAdmin: Liste des jobs en attente, en cours depuis l'interface adminJe vois à l'instant qu'il y a 30 jobs en attente.
De l'autre côté, Aurélie me dit que son job est long a se lancer, et qu'elle est préssée à cause de la fermeture du serveur lundi et mardi.
Cependant, je ne peux pas dire depuis l'inte...Je vois à l'instant qu'il y a 30 jobs en attente.
De l'autre côté, Aurélie me dit que son job est long a se lancer, et qu'elle est préssée à cause de la fermeture du serveur lundi et mardi.
Cependant, je ne peux pas dire depuis l'interface si son jobs va se lancer prochainement ou à la fin de la liste.
@magiraud @mikael-s @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2723Avoir des tests fonctionnels sur des jeux de démo complet2024-01-17T14:05:34+01:00Mathieu GiraudAvoir des tests fonctionnels sur des jeux de démo completNous devrions rajouter à la suite de tests algo des jeux complets de Démo #2635 vdj#195 avec une visée clinique. Ces tests pourraient être écrits par / validés avec nos utilisateurs. Ils seraient longs à lancer, et constitueraient un sta...Nous devrions rajouter à la suite de tests algo des jeux complets de Démo #2635 vdj#195 avec une visée clinique. Ces tests pourraient être écrits par / validés avec nos utilisateurs. Ils seraient longs à lancer, et constitueraient un stage après les ~"dev-tests-should-get" classiques.
Discuter au passage avec ~"KIE-Kiel" qui fait déjà des "re-certifications" sur nos releases ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2743Passer avec la souris sur les séquences du segmenteur supprime la vue des mut...2022-05-12T11:06:47+02:00Mathieu GiraudPasser avec la souris sur les séquences du segmenteur supprime la vue des mutationsRapporté par Aurélie ~"LIL-Lille" ce matin: lors d'un certain `:hover`, la couleur rouge s'enlève.
Je ne suis pas sûr d'avoir bien compris, je n'ai pas réussi à reproduire de mon côté.
@RyanHerb avait des idées à ce propos (update du se...Rapporté par Aurélie ~"LIL-Lille" ce matin: lors d'un certain `:hover`, la couleur rouge s'enlève.
Je ne suis pas sûr d'avoir bien compris, je n'ai pas réussi à reproduire de mon côté.
@RyanHerb avait des idées à ce propos (update du segmenteur et highlights ?)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4541Boucle infinie au chargement d'un fichier avec des samples cachés2021-03-03T12:18:28+01:00Thonier FlorianBoucle infinie au chargement d'un fichier avec des samples cachésUne nouvelle version d'une issue que j'ai déjà traité (mais pas retrouvé).
je suis tombé sur un patient pour lequel le fichier analyse provoque une erreur (boucle infinie) lorsqu'il y a des échantillons cachés.
Je vais rechercher où l...Une nouvelle version d'une issue que j'ai déjà traité (mais pas retrouvé).
je suis tombé sur un patient pour lequel le fichier analyse provoque une erreur (boucle infinie) lorsqu'il y a des échantillons cachés.
Je vais rechercher où la correction a été faite et si celle-ci a été correctement déployée (j'ai corrigé il me semble exactement cette erreur il y a quelques mois).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2767Vidjil-algo ne trouve pas la correspondance si déletion supérieur à 100nt.2021-01-26T13:29:14+01:00Thonier FlorianVidjil-algo ne trouve pas la correspondance si déletion supérieur à 100nt.Une séquence fournie par un utilisateur n'est pas correctement annotée par vidjil. Je met cette séquence dans le should-vdj.
J'ai fait un alignement entre les séquences `V4-39` (trouvé par vidjil, erroné), les `V4-59` (attendues) et la ...Une séquence fournie par un utilisateur n'est pas correctement annotée par vidjil. Je met cette séquence dans le should-vdj.
J'ai fait un alignement entre les séquences `V4-39` (trouvé par vidjil, erroné), les `V4-59` (attendues) et la sequence brut. On voit bien qu'effectivement la séquence avec une identité la plus forte est le V4-59 (enfin les, mais les variations sont minimes). Cependant, l'algo ne les considère même pas. Pire, si on lui fournit un jeu de séquences dans lequel l'ensemble des IGHV ne contient que les V4-59, il trouve la séquence en `unseg`.
Pensant aux evaleurs qui pourraient être faussées par le nombre de séquences, j'ai laissé les autres séquences mais remplacé les A par des G pour fausser la détéction sur les autres segments (solution barbare) : idem, il ne retrouve pas les V4-59.
Dernier point : un caractère inadéquate dans le header des séquences v4-59. A priori non. (J'ai testé d'intervertir avec le header du v4-39)
Je n'ai pas d'explications...
@mikael-s @magiraudAlgo 2017.11Mikaël SalsonMikaël Salsonhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2819Export : donner les informations d'IMGT dans le rapport ?2018-04-05T10:22:40+02:00Mikaël SalsonExport : donner les informations d'IMGT dans le rapport ?Évoqué par @Aurelie lors du Vidjil Workshop : il serait bien d'exporter dans le rapport le % d'identité donné par IMGTÉvoqué par @Aurelie lors du Vidjil Workshop : il serait bien d'exporter dans le rapport le % d'identité donné par IMGThttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2831bug lors des click sur les locus pour les switcher2019-01-10T15:21:23+01:00Thonier Florianbug lors des click sur les locus pour les switcherLorsque l'on click sur les locus (demo-lil3 , TP), les clones sont correctement caché, cependant, on n'a pas de retour sur la div du locus qui ne se grise pas.
En revanche, si on switch l'ensemble des locus (ds ce cas les TRG et les IG...Lorsque l'on click sur les locus (demo-lil3 , TP), les clones sont correctement caché, cependant, on n'a pas de retour sur la div du locus qui ne se grise pas.
En revanche, si on switch l'ensemble des locus (ds ce cas les TRG et les IGH), on a bien les div qui se grisent.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2832le graph timeline ne se remplit plus si on switch les locus2019-01-10T15:21:23+01:00Thonier Florianle graph timeline ne se remplit plus si on switch les locuslié à #2831 (possiblement).
Lorsque l'on switch tous les locus, on n'a plus de clones a afficher dnas la timeline.
*
si on click de nouveau pou ractiver un locus, le graph timeline ne se templit plus.
Verifier comment reproduire ce ...lié à #2831 (possiblement).
Lorsque l'on switch tous les locus, on n'a plus de clones a afficher dnas la timeline.
*
si on click de nouveau pou ractiver un locus, le graph timeline ne se templit plus.
Verifier comment reproduire ce bug car pas certain de la démarche.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2836Profils pour divers maladies/usages / Presets for different pathologies/uses2023-03-28T16:11:14+02:00Thonier FlorianProfils pour divers maladies/usages / Presets for different pathologies/uses(Voir #878.)
L'idée general de cette tâche est d'enregistrer les paramètre du setting directement pour ne pas avoir a modifier cela si on doit oouvrir 20 patient d'ffiler.
De plus, cela permettrait de retrouver pour point commun entre ...(Voir #878.)
L'idée general de cette tâche est d'enregistrer les paramètre du setting directement pour ne pas avoir a modifier cela si on doit oouvrir 20 patient d'ffiler.
De plus, cela permettrait de retrouver pour point commun entre les differents utilisateur d'un même groupe ( ~"LIL-Lille" compte inclure ces paramètre dans la descrition de leur protocole ! )
La solution la plus simple serait peut-être d'avoir un cookie qui gère les setting pour les enregistrer.Web 2023.10https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2840A quoi sert le bouton tag visibility ?2018-02-16T12:10:55+01:00Thonier FlorianA quoi sert le bouton tag visibility ?En dessous du slider de filter clone, nous avons un boutton `tag visibility`.
A priori il n'y a aucune action attachée à ce bouton, et aucun effet si on clique dessus.
S'agit-il d'une reminiscence du passé ou est-il sensé avoir une fo...En dessous du slider de filter clone, nous avons un boutton `tag visibility`.
A priori il n'y a aucune action attachée à ce bouton, et aucun effet si on clique dessus.
S'agit-il d'une reminiscence du passé ou est-il sensé avoir une fonction. Si tel est le cas, il n'est pas forcement très explicite.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2847Problème avec align quand on change de patient : `this.sequence` dans Segmen...2018-04-05T09:51:21+02:00Thonier FlorianProblème avec align quand on change de patient : `this.sequence` dans Segmenter n'est pas mise à jourUne remarque de ~"LIL-Lille" : de temps en temps, la fonction alignement ne fonctionne pas. Je présume qu'il doit s'agir d'un problème dnas l'accès au fichier CGI, ou bien d'un timeout dependant de leur réseau. Il faudrait avoir un log q...Une remarque de ~"LIL-Lille" : de temps en temps, la fonction alignement ne fonctionne pas. Je présume qu'il doit s'agir d'un problème dnas l'accès au fichier CGI, ou bien d'un timeout dependant de leur réseau. Il faudrait avoir un log qui correspond dans ce cas.
Sinon, rechercher l'origine de l'erreur, mais a priori completement aléatoire.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1588Récupérer des données par FTP/HTTP/NFS ou autre2017-11-22T12:48:32+01:00Vidjil TeamRécupérer des données par FTP/HTTP/NFS ou autreLe serveur doit pouvoir récupérer des fichiers à distance (par FTP/HTTP). La première étape est d'avoir un contrôleur qui permet ça (pour que des scripts puissent y accéder au moins). Ensuite on pourrait l'exposer dans l'interface (file/...Le serveur doit pouvoir récupérer des fichiers à distance (par FTP/HTTP). La première étape est d'avoir un contrôleur qui permet ça (pour que des scripts puissent y accéder au moins). Ensuite on pourrait l'exposer dans l'interface (file/edit_form).
***
Marc avait l'air motivé, merci :)
***
Et on peut avoir deux versions : une qui récupère le fichier à l'URL donnée et l'autre qui ne stocke que l'URL.
Ensuite Vidjil sera lancé directement avec l'URL : ça marche déjà en utilisant la puissance de bash (sh ?) :
./vidjil -e all -G germline/IGH <(wget -O - -q http://www.vidjil.org/seqs/Stanford_S22.fasta)
(le -e all est là pour éviter l'estimation du nombre de reads)
***
Discuté à l'instant : pour que l'e-value fonctionne, on pourrait
- soit wrapper dans un scipt shell pour vraiment avoir le fichier
- soit avoir un nb de reads par défaut (1 milllion)
- soit estimer ce nb de reads de l'extérieur (taille du fichier), et le passer en ligne de commande
L'estimation peut être à la louche, à un facteur 10 ou 100 près :)
***
@DuezWeb 2017.03Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2875Qualité de chaque échantillon dans un run, contrôles (vue spécifique)2024-02-14T10:49:13+01:00Mikaël SalsonQualité de chaque échantillon dans un run, contrôles (vue spécifique)Avoir l'information pour chaque échantillon uploadé (% de reads mergés, % de reads analysés…).
En lien avec #1362 et #2235.
Avoir l'information pour chaque échantillon uploadé (% de reads mergés, % de reads analysés…).
En lien avec #1362 et #2235.
https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2876Exporter l'alignement2019-02-28T16:46:15+01:00Mathieu GiraudExporter l'alignementÉvoqué par Fred ~"Paris-Pitié" : pourrait-on exporter l'alignement du segmenteur ?
(Et/ou jouer avec dans Vidjil ?)Évoqué par Fred ~"Paris-Pitié" : pourrait-on exporter l'alignement du segmenteur ?
(Et/ou jouer avec dans Vidjil ?)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2929Avoir l'abondance des clones dans les résultats de la CloneDB2018-07-26T13:58:33+02:00Mikaël SalsonAvoir l'abondance des clones dans les résultats de la CloneDBC'est @magiraud qui avait dit cela (de mémoire cela venait de Lille). Ce serait effectivement pertinent de savoir à quelle concentration était le clone vu dans un autre échantillon.C'est @magiraud qui avait dit cela (de mémoire cela venait de Lille). Ce serait effectivement pertinent de savoir à quelle concentration était le clone vu dans un autre échantillon.Alexia OmietanskiAlexia Omietanskihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2942Bug lors de la génération de rapport2018-03-05T17:16:25+01:00Mikaël SalsonBug lors de la génération de rapport~"Paris - St Louis"
>
je rencontre aujourd'hui des difficultés pour exporter les rapports de séquence depuis Vidjil. Quand j'exporte le rapport avec le mode "export report/sample", la fiche est incomplète, il manque la ou les séquences ...~"Paris - St Louis"
>
je rencontre aujourd'hui des difficultés pour exporter les rapports de séquence depuis Vidjil. Quand j'exporte le rapport avec le mode "export report/sample", la fiche est incomplète, il manque la ou les séquences sélectionnée-s (Cf pièces-jointes). Ensuite le logiciel reste figé avec le message "generating report".
>
Je dois alors me déconnecter pour revenir à la liste des patients. J'ai tout de même réussi à réaliser quelques report sans problème, mais cette anomalie revient souvent.
Problèmes remontés par ~"LIL-Lille" aussi.
La génération des rapports est normalement testée.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2948Conserver le chemin précédent lors du chargement d'un fichier 'network'2018-03-21T11:44:38+01:00Ryan HerbertConserver le chemin précédent lors du chargement d'un fichier 'network'Repartir de la racine du stockage peut impliquer beaucoup de clics peut être fastidieux, ce serait bien de se souvenir du dernier chemin emprunté.
Demande de @AurelieRepartir de la racine du stockage peut impliquer beaucoup de clics peut être fastidieux, ce serait bien de se souvenir du dernier chemin emprunté.
Demande de @AurelieRyan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2952My Account: informations sur les groupes2020-11-18T16:50:43+01:00Mathieu GiraudMy Account: informations sur les groupesExtrait de #1682.
Après #2951 :
@RyanHerb : Je pensais effectivement plus à une page fournie par un contrôleur du type "My Account", et l'idée d'afficher les permissions et donc aussi les appartenances aux groupes pourrait être une bon...Extrait de #1682.
Après #2951 :
@RyanHerb : Je pensais effectivement plus à une page fournie par un contrôleur du type "My Account", et l'idée d'afficher les permissions et donc aussi les appartenances aux groupes pourrait être une bonne idée, surtout avec les labos qui commencent à nous demander des groupes pour partager les données.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2997Pas d'avertissement lorsque la date rentrée pour un sample est incorrecte2018-03-21T19:04:39+01:00Mikaël SalsonPas d'avertissement lorsque la date rentrée pour un sample est incorrecteLorsqu'on ajoute un sample et qu'on rentre une date incorrecte (toto par exemple). Il n'y a pas d'avertissement, alors que dans nos logs on a bien une erreur. Ce n'est donc pas du tout intuitif pourquoi le formulaire n'est pas validé. De...Lorsqu'on ajoute un sample et qu'on rentre une date incorrecte (toto par exemple). Il n'y a pas d'avertissement, alors que dans nos logs on a bien une erreur. Ce n'est donc pas du tout intuitif pourquoi le formulaire n'est pas validé. De plus le spinner qui tourne donne l'impression qu'il se passe quelque chose.Web 2018.01Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1726Évolution clonale : changement de V (V switch), similarité VDJ-aware2022-06-17T12:39:29+02:00Vidjil TeamÉvolution clonale : changement de V (V switch), similarité VDJ-awareEuh ? Demander à Bruxelles ?
***
Je ne me souviens plus des détails, mais c'était venu à Zurich lors d'une discussion avec Marleen ~"BRU-Bruxelles" et Hélène ~"PAR-Debré". Les relancer avant, ou au pire en discuter lors du VW.
***
Disc...Euh ? Demander à Bruxelles ?
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Je ne me souviens plus des détails, mais c'était venu à Zurich lors d'une discussion avec Marleen ~"BRU-Bruxelles" et Hélène ~"PAR-Debré". Les relancer avant, ou au pire en discuter lors du VW.
***
Discuté au VW. Mail de Cristina ~"PAR-Debré" :
> voici l'URL correspondant au patient que nous avons regardé tout à l'heure (locus IgH oligoclonal), passé sur le Miseq en V3 avec le kit LymphoTrack FR1 : http://app.vidjil.org/browser/?patient=1292&config=25. Il s'agit d'un VH4DH3JH6 et d'un VH6DH3JH6, partageant donc le même D-J.
***
Faire un calcul de similarité V/D/J-aware, capable de dire : "oh, ces séquences sont très similaires avec une certaine e-valeur car N2/J similaire"... Et le lancer par exemple via le browser comme "plot by similarity"
(Problème: sera dépendant du seuil de détection de D.)
En lien aussi avec modèle de proba d'une recombinaison (Bristol fait cela).
***
- soit un calcul de similarité directement sur la représentation sortie du FineSegmenter
- soit, plus précis, on fait cela directement en programmation dynamique, aligner deux séquences en connaissant leur AligBox, et avoir un score différent pour les N.
***
@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3063conserver le path lors du chargement de plusieurs fichiers2018-03-05T16:54:28+01:00Thonier Florianconserver le path lors du chargement de plusieurs fichiersAurélie qui semble utiliser le chargement directement depuis le serveur ne conserve pas le chemin relatif précédent à ses anciens chargements. Plus précisément, lors du chargement de chaque fichier, elle doit dérouler l'ensemble de son a...Aurélie qui semble utiliser le chargement directement depuis le serveur ne conserve pas le chemin relatif précédent à ses anciens chargements. Plus précisément, lors du chargement de chaque fichier, elle doit dérouler l'ensemble de son arborescence pour retrouver le nouveau fichier à uploader (à priori 7 sous-dossiers a traverser).
Je ne sais pas quelle serait la meilleur solution.
* On peut conserver dans la session le chemin relative au chargement précédent et le précharger dans le `jstree` ?
* Autre point, si on connaît le dossier à partir duquel tous les fichiers sont chargés, on peut modifier le point de montage par défaut pour qu'il pointe dessus, mais pour ça il faut que tous les fichiers a charger proviennent de ce dossier.
cc @RyanHerb @mikael-s @magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3078L'application client se fige de manière aléatoire2018-04-05T09:51:09+02:00Mikaël SalsonL'application client se fige de manière aléatoireRemonté par @Aurelie :
> la page se fige, plus aucune fonction ne répond. Là il faut que je vide l’historique et que je me reconnecte à Vidjil pour que cela reparte.
Et :
>
Pour les pages qui se figent, c’est reproductible et je pens...Remonté par @Aurelie :
> la page se fige, plus aucune fonction ne répond. Là il faut que je vide l’historique et que je me reconnecte à Vidjil pour que cela reparte.
Et :
>
Pour les pages qui se figent, c’est reproductible et je pense que cela se passe uniquement sur les pages d’analyses. Je n’ai pas le souvenir que ce se soit produit quand on est sur la page de la base patients ou quand on crée un nouveau dossier patient.
Peut-être lié à #2847, à voir lorsqu'il sera résolu.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3100Autocomplete : vitesse/latence en production2018-06-26T15:01:25+02:00Mathieu GiraudAutocomplete : vitesse/latence en productionVu ensemble lors du test de déploiement : il y avait des reqûetes > 100 secondes pour l'autocomplete
- pour tous, 500 est quasi bon... quitte à attendre si on en veut plus, après quelques caractères ?
- pour les admins, limite spécifi...Vu ensemble lors du test de déploiement : il y avait des reqûetes > 100 secondes pour l'autocomplete
- pour tous, 500 est quasi bon... quitte à attendre si on en veut plus, après quelques caractères ?
- pour les admins, limite spécifique ?
Demande à chaque caractère ? Danger de lag ? Un truc asynchrone ?
Bloque vdj#626.
cc @flothoni @RyanHerbRyan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3126Rapport : date de naissance + autres infos du patient (run/set) ?2021-01-26T15:19:10+01:00Mathieu GiraudRapport : date de naissance + autres infos du patient (run/set) ?On a vu au moins un rapport de ~"LIL-Lille" sans infos du patient (date de naissance...)On a vu au moins un rapport de ~"LIL-Lille" sans infos du patient (date de naissance...)Lille-LAL-nexthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3128Point caché (dans l'épingle) qui apparaît malgré tout dans le graphique2022-05-12T11:12:09+02:00Mikaël SalsonPoint caché (dans l'épingle) qui apparaît malgré tout dans le graphiqueSignalé par ~"LIL-Lille".
Il y a 3 points pour un patient mais 1 a été caché manuellement. Après avoir fait un compare patients, en retournant voir les résultats de ce patient, le 3è apparait comme fantôme (ou une copie du 1er ?) à la 2è...Signalé par ~"LIL-Lille".
Il y a 3 points pour un patient mais 1 a été caché manuellement. Après avoir fait un compare patients, en retournant voir les résultats de ce patient, le 3è apparait comme fantôme (ou une copie du 1er ?) à la 2è position.
@Aurelie va nous envoyer le lien.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3199Bug lors de l'ajout de samples à plusieurs patients2018-06-13T09:33:58+02:00Mikaël SalsonBug lors de l'ajout de samples à plusieurs patientsRapporté par ~"LIL-Lille" :
>Hier j’ai chargé 2 runs de 20 éch dans le cadre d’un test et en regardant ce matin, j’ai constaté tout de suite qu’il y a eu un souci : le patient qui contient le 1er échantillon a eu aussi tous les autres al...Rapporté par ~"LIL-Lille" :
>Hier j’ai chargé 2 runs de 20 éch dans le cadre d’un test et en regardant ce matin, j’ai constaté tout de suite qu’il y a eu un souci : le patient qui contient le 1er échantillon a eu aussi tous les autres alors que j’ai bien attribué un éch = un patient. En regardant au niveau du run, je me suis aperçue qu’il conservait l’historique des patients et donc incrémente à chaque fois la liste. J’ai mis une impression écran pour mieux me faire comprendre.
J'ai aussi essayé :
1. Création d'un run vide
2. Création de 4 patients vides
3. Upload de 4 samples dans le run en attribuant chaque sample à un seul patient
Le premier patient se retrouve avec les 4 samples, le 2è avec 3, le 3è avec 2 et le dernier avec 1.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3214La recherche de recombinaisons inattendues n'utilise pas les version +up et +...2020-05-20T16:21:42+02:00Mikaël SalsonLa recherche de recombinaisons inattendues n'utilise pas les version +up et +down des germlinesDans un problème remonté par Aurélie (cf. https://serveur-vidjil.chrul.net/browser/index.html?set=32653&config=25) on a un réarrangement `+TRDV2 -TRDD2` ce qui devrait être trouvé comme étant unexpected. Sauf que, pour les unexpected, on...Dans un problème remonté par Aurélie (cf. https://serveur-vidjil.chrul.net/browser/index.html?set=32653&config=25) on a un réarrangement `+TRDV2 -TRDD2` ce qui devrait être trouvé comme étant unexpected. Sauf que, pour les unexpected, on n'utilise pas les parties amont et aval des gènes. Du coup il n'y a pas assez de signal pour détecter le TRDD2 (surtout qu'il n'y a que la partie intronique !).
Il faudrait donc les intégrer à la recherche de recombinaison unexepected. Dans ce cas j'imagine qu'il ne faudra prendre que les versions amont ou aval et pas du tout les versions restreintes aux gènes pour éviter des conflits (ce qui conduirait à des ambiguous).Algo -- Importanthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3240Exporter n'importe quelle vue de plot, avec axe changés2018-09-17T18:16:54+02:00Mathieu GiraudExporter n'importe quelle vue de plot, avec axe changésAurélie ~"LIL\-Lille" : On peut faire joujou avec les axes, c'est très bien... mais on aimerait le mettre dans le rapport. Au moins une copie d'écran (c'est ce qu'ils font).
Et aussi couleurs #1976.
"Cela fait qu'on n'utilise pas certa...Aurélie ~"LIL\-Lille" : On peut faire joujou avec les axes, c'est très bien... mais on aimerait le mettre dans le rapport. Au moins une copie d'écran (c'est ce qu'ils font).
Et aussi couleurs #1976.
"Cela fait qu'on n'utilise pas certaines analyses car... on ne peut rien faire de ces informations."
cc @flothoniCLL-2018-septembreMikaël SalsonMikaël Salsonhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3243Export des informations d'un clone2021-04-14T08:41:06+02:00Mikaël SalsonExport des informations d'un cloneLe tableau d'information d'un clone peut être affiché mais ne peut pas être exporté. Or beaucoup d'informations s'y trouvent (y compris provenant d'IMGT le cas échéant) et il serait intéressant de ne pas les perdre (cf. #3241).Le tableau d'information d'un clone peut être affiché mais ne peut pas être exporté. Or beaucoup d'informations s'y trouvent (y compris provenant d'IMGT le cas échéant) et il serait intéressant de ne pas les perdre (cf. #3241).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3330Affichage du CDR3 : le mettre en production2018-09-27T11:07:17+02:00Mathieu GiraudAffichage du CDR3 : le mettre en productionVoir aussi #2665.Voir aussi #2665.CLL-2018-septembreMikaël SalsonMikaël Salsonhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3334Stéréotypie CDR3 à un subset connu2021-11-19T11:06:56+01:00Mathieu GiraudStéréotypie CDR3 à un subset connuCas particulier de #3906.Cas particulier de #3906.CLL-2018-septembrehttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3400Pas de résultat visible avec des runs COMPLETED2018-07-19T13:01:10+02:00Ryan HerbertPas de résultat visible avec des runs COMPLETEDC'est un problème relevé par Lille.
Cas de figure: deux résultats COMPLETED, un RUNNING, et un QUEUED (plus quelques STOPPED).
Mais aucun lien n'est visible pour visionner l'analyse actuelle.C'est un problème relevé par Lille.
Cas de figure: deux résultats COMPLETED, un RUNNING, et un QUEUED (plus quelques STOPPED).
Mais aucun lien n'est visible pour visionner l'analyse actuelle.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3489L'édition d'un sample le retire du run2018-11-07T15:56:38+01:00Mikaël SalsonL'édition d'un sample le retire du runMail de AC du 21/09 ~"LIL\-Lille".
Un sample avait été créé et mis dans un run mais des infos avaient été oubliées. Il a été édité et n'apparaissait plus dans le run.
/cc @flothoniMail de AC du 21/09 ~"LIL\-Lille".
Un sample avait été créé et mis dans un run mais des infos avaient été oubliées. Il a été édité et n'apparaissait plus dans le run.
/cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3535Information progressive avant timeout plus long2019-11-04T11:10:02+01:00Mikaël SalsonInformation progressive avant timeout plus long(Utilité du timeout ?)
C'est plus frustrant pour l'utilisateur qu'autre chose. On pourrait éventuellement mettre un message au bout de 15/30 secondes distant que la requête semble prendre du temps ou qu'il y a un problème de réseau.
Ma...(Utilité du timeout ?)
C'est plus frustrant pour l'utilisateur qu'autre chose. On pourrait éventuellement mettre un message au bout de 15/30 secondes distant que la requête semble prendre du temps ou qu'il y a un problème de réseau.
Mais à l'heure actuelle je pense que ça a plus pour effet de surcharger le serveur qu'autre chose (car lorsque le timeout arrive la requête n'est pas arrêtée mais l'utilisateur va relancer la requête pour avoir sa réponse).Lille-LAL-next2019-03-06https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3617Rapport : le champ filename montre le nom du fichier sur le serveur pas le no...2019-02-28T13:33:56+01:00Mikaël SalsonRapport : le champ filename montre le nom du fichier sur le serveur pas le nom d'origineÀ modifier : en l'état c'est incompréhensible et ça occupe 4 lignes.À modifier : en l'état c'est incompréhensible et ça occupe 4 lignes.Lille-LAL-nexthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3657Pouvoir selectionner le clone support consensus lors d'un merge2018-12-12T11:45:40+01:00Thonier FlorianPouvoir selectionner le clone support consensus lors d'un merge~lille me fait part d'un problème lors d'un merge de multiples séquences.
source : https://serveur-vidjil.chrul.net/browser/?set=33007&config=35
Ils ont 10 clones qui sont identiques à part des G dans des stretchs d'homopolymères.
Le s...~lille me fait part d'un problème lors d'un merge de multiples séquences.
source : https://serveur-vidjil.chrul.net/browser/?set=33007&config=35
Ils ont 10 clones qui sont identiques à part des G dans des stretchs d'homopolymères.
Le souci est qu'ils n'arrivent pas à voir leur clones mergés comme productifs. Pourtant, si on fait le `color-by productif`, nous avons 4 clones productifs qui représentent 51.4% des reads du clone mergé. Mais malheureusement, nous avons un clone majoritaire à 31%, non productif, qui sert de support à la séquence/clone consensus.
Afin d'y remédier, nous pourrions proposer de choisir le clone qui servira de support consensus.
Je ne sais pas si c'est faisable/souhaitable.
ping @magiraud @mikael\-s @Aureliehttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3697Le top peut-il descendre en dessous de 50 sans l'intervention de l'utliisateur ?2019-02-28T13:34:27+01:00Mikaël SalsonLe top peut-il descendre en dessous de 50 sans l'intervention de l'utliisateur ?Une utilisatrice (AC) nous remonte que pour certaines personnes le top est passé à 16 par défaut. Or dans `model.js` on a bien
```javascript
setAll: function () {
this.reset();
this.system_selected = []
this...Une utilisatrice (AC) nous remonte que pour certaines personnes le top est passé à 16 par défaut. Or dans `model.js` on a bien
```javascript
setAll: function () {
this.reset();
this.system_selected = []
this.colorMethod = "Tag";
this.changeNotation("percent", false)
this.changeTimeFormat("name", false)
this.top = 50;
},
```
Le `top` est mis explicitement à 50 par défaut.
Mais se pourrait-il qu'en visitant un échantillon avec peu de clones (10, par exemple), le top passe à 10 puis en allant sur un autre sample (sans changer ni recharger la page) le top reste à 10 ?
Je ne pense pas que model.js soit rechargé dans ce cas et donc il se pourrait que la valeur du top ne soit pas changée non plus. Ce qui n'est pas délirant dans l'absolu (mais comme là cela s'est fait à l'insu de l'utilisateur, c'est plus gênant).
Pourrais-tu tester une telle situation @flothoni ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3702Plus rien n'apparaît dans la liste2019-03-25T13:11:51+01:00Mathieu GiraudPlus rien n'apparaît dans la listecc @flothonicc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3714Pouvoir supprimer les primers des séquences2021-11-22T13:49:42+01:00Thonier FlorianPouvoir supprimer les primers des séquencesEn lien plsu ou moins direct avec #1253, #2820 et #3152.
~"REN\-Rennes" me demande si il est possible de supprimer des séquences les portions correspondantes aux primers. La présence des primers fausse les observations d'homologie.
Pour...En lien plsu ou moins direct avec #1253, #2820 et #3152.
~"REN\-Rennes" me demande si il est possible de supprimer des séquences les portions correspondantes aux primers. La présence des primers fausse les observations d'homologie.
Pour ce faire , il faudrait déjà avoir accès aux primers. Pour le moment, les nouveaux primers ne sont pas publiques. On ne peux en théorie pas les inclure en dur dnas le code.
il faut donc imaginer un moyen de charger un fichier de primer non ?
Cela doit-il passer par le cpp ou bien uniquement par le serveur, en live sur les données ?
@magiraud et @mikael\-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3715CloneDB : afficher le nombre d'échantillons total2019-11-21T17:22:35+01:00Mikaël SalsonCloneDB : afficher le nombre d'échantillons totalAvoir une liste c'est bien, mais quand elle est longue, on aimerait bien savoir combien d'échantillons sont concernés.
Cela pourrait être pertinent d'avoir un axe sur le nombre d'échantillons également (et posera moins de problème que #3...Avoir une liste c'est bien, mais quand elle est longue, on aimerait bien savoir combien d'échantillons sont concernés.
Cela pourrait être pertinent d'avoir un axe sur le nombre d'échantillons également (et posera moins de problème que #3504).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3716CloneDB : afficher les tags2019-12-03T17:48:36+01:00Mikaël SalsonCloneDB : afficher les tagsIls sont récupérés et envoyés au client mais pour l'instant non affichés.Ils sont récupérés et envoyés au client mais pour l'instant non affichés.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3717CloneDB : les sample sets peuvent être redondants2019-02-11T19:20:59+01:00Mikaël SalsonCloneDB : les sample sets peuvent être redondantsUn échantillon d'un patient peut être présent dans un run également. Forcément l'échantillon apparaîtra à travers son patient et son run. Il n'y a pas vraiment de solution à cela : il n'y a pas vraiment de raison de privilégier un type d...Un échantillon d'un patient peut être présent dans un run également. Forcément l'échantillon apparaîtra à travers son patient et son run. Il n'y a pas vraiment de solution à cela : il n'y a pas vraiment de raison de privilégier un type de sample set par rapport à un autre mais on pourrait montrer les résultats par sample set, ce qui laisse l'utilisateur la possibilité d'aller voir ce qui les intéresse.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3759Les séquences ne sont plus triées par abondance dans le segmenteur2019-02-28T16:15:09+01:00Mikaël SalsonLes séquences ne sont plus triées par abondance dans le segmenteurRemonté par AC ~"LIL\-Lille".
[Exemple](http://app.vidjil.org/?set=25736&config=25&clone=0,2,4,7,9,10,11,13,14,18,21,23,24,28,29,30,39,40,41,42,44,47,54,58,59,68,74,75,82,88,96,98,101,102,108,109,111,116,118,120,121,123,128,129,134,138,...Remonté par AC ~"LIL\-Lille".
[Exemple](http://app.vidjil.org/?set=25736&config=25&clone=0,2,4,7,9,10,11,13,14,18,21,23,24,28,29,30,39,40,41,42,44,47,54,58,59,68,74,75,82,88,96,98,101,102,108,109,111,116,118,120,121,123,128,129,134,138,146,147,148,152,154,157,162,163,164,165,168,171,172,179,189,193,198,202,207,208,210,213,216)
Avant les séquences étaient correctement triées.
Quelles sont les modifications récentes au segmenteur ?
→ Test à ajouter.Mikaël SalsonMikaël Salsonhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3793A quoi sert la div data de la div liste2019-03-13T15:27:10+01:00Thonier FlorianA quoi sert la div data de la div listeIl semble que nous ayons en ce moment un souci avec la div data presente dans `list`. Je ne comprend pas à quoi elle sert.
~lille semble avoir un souci dans son rendu avec chrome. Elle prend toute la place. Il s'agit probablement d'une ...Il semble que nous ayons en ce moment un souci avec la div data presente dans `list`. Je ne comprend pas à quoi elle sert.
~lille semble avoir un souci dans son rendu avec chrome. Elle prend toute la place. Il s'agit probablement d'une erreur d'interpretation de règle CSS mais je n'arrive pas a reproduire le bug.
Cependant, dans mon cas, elle est toujours présente en fin de liste, mais toujours vide.
Peux-t-on envisager de la supprimer ou tout du moins de la mettre en hidden/dev tant qu'il n'y a pas d'informations à l'intérieur ?
cc @magiraud @mikael\-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3835Demander plusieurs alignement successifs fait planter le segmenteur2021-04-08T08:30:43+02:00Mikaël SalsonDemander plusieurs alignement successifs fait planter le segmenteurÉvoqué par ~"LIL\-Lille".
Apparemment spammer un peu le bouton align peut faire planter le segmenteur qui le laisse alors dans un état grisé avec spinner. L'application est encore utilisable.
Pas réussi à reproduire.Évoqué par ~"LIL\-Lille".
Apparemment spammer un peu le bouton align peut faire planter le segmenteur qui le laisse alors dans un état grisé avec spinner. L'application est encore utilisable.
Pas réussi à reproduire.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3867Seul les tableaux devrait être scrollables2020-03-30T13:41:59+02:00Thonier FlorianSeul les tableaux devrait être scrollablesJe me rend compte que l'on scrolle souvent les tableaux patients, run ou set, voir en admin les users/groupes.
On pourrait imaginer que les tableaux soient dans leur propres div et que nous n'ayons pas besoin de les scroller pour attei...Je me rend compte que l'on scrolle souvent les tableaux patients, run ou set, voir en admin les users/groupes.
On pourrait imaginer que les tableaux soient dans leur propres div et que nous n'ayons pas besoin de les scroller pour atteindre les boutons new patient/run/user/... ou même les paginations.
Le souci de la lisibilité peux être posé si on regarde une page vidjil sur un petit écran, mais je n'en suis même pas certain.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3906Stéréotypie CDR3, en général2020-11-20T17:04:06+01:00Mathieu GiraudStéréotypie CDR3, en généralExtrait de #3334 qui s'est spécialisée.
Avoir de meilleurs outils pour apprécier les séquences stéréotypiques.
Déjà #2056, #3334, et toutes les tâches %CLL-2018-septembre.
Pur ~client ? Et/ou une détection ~cpp des CDR3 identiques ave...Extrait de #3334 qui s'est spécialisée.
Avoir de meilleurs outils pour apprécier les séquences stéréotypiques.
Déjà #2056, #3334, et toutes les tâches %CLL-2018-septembre.
Pur ~client ? Et/ou une détection ~cpp des CDR3 identiques avec ~"client\-warning" ?
(Différent de #1726 !)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3917lien « to ARResT/AssignSubsets »2019-10-04T14:46:42+02:00Mikaël Salsonlien « to ARResT/AssignSubsets »cf #3334.
Où l'ajouter ? La barre du bas commence à avoir pas mal de « to … ».cf #3334.
Où l'ajouter ? La barre du bas commence à avoir pas mal de « to … ».Lille-LAL-nexthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3927Mounted files / network : docker, documentation2020-03-23T13:03:53+01:00Mathieu GiraudMounted files / network : docker, documentation@meidanis had a question on the "from my computer" / "from the network" choice when uploading.
- Is it normal that he sees this choice as this is not configured ?
- Did we document this feature ?@meidanis had a question on the "from my computer" / "from the network" choice when uploading.
- Is it normal that he sees this choice as this is not configured ?
- Did we document this feature ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3935Compare samples : trier par ordre chronologique2019-06-20T18:17:48+02:00Mikaël SalsonCompare samples : trier par ordre chronologiqueDemandé par NG ~"LIL-Lille" : elle fait un compare samples mais voudrait que les samples soient triés dans l'ordre chronologique (je pense que pour l'instant c'est fonction de l'ID).
Peut-être pas systématique ? Une case à cocher ?Demandé par NG ~"LIL-Lille" : elle fait un compare samples mais voudrait que les samples soient triés dans l'ordre chronologique (je pense que pour l'instant c'est fonction de l'ID).
Peut-être pas systématique ? Une case à cocher ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3936Rapports monitor : que sont les graphs « normalization » ?2019-06-20T18:22:40+02:00Mikaël SalsonRapports monitor : que sont les graphs « normalization » ?Aller sur un sample set avec plusieurs samples ([exemple](http://app.vidjil.org/?set=3241&config=32)) et faire un export monitor.
En tête du rapport on a deux graphs **identiques** côte à côte sous une en-tête « Normalization ». D'où ça...Aller sur un sample set avec plusieurs samples ([exemple](http://app.vidjil.org/?set=3241&config=32)) et faire un export monitor.
En tête du rapport on a deux graphs **identiques** côte à côte sous une en-tête « Normalization ». D'où ça vient ? Qu'est-ce que ça fait là ?
Au passage attention à #2944https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3937Rapport monitor : mettre les informations de chaque sample2019-06-21T10:14:14+02:00Mikaël SalsonRapport monitor : mettre les informations de chaque sampleDemande de NG ~"LIL-Lille" : elle veut avoir les infos de chaque sample sous les yeux. Il peut y avoir des informations pertinentes dans un sample pour le suivi.Demande de NG ~"LIL-Lille" : elle veut avoir les infos de chaque sample sous les yeux. Il peut y avoir des informations pertinentes dans un sample pour le suivi.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3938Rapport : avoir un champ de remarque/conclusion2020-01-23T17:22:53+01:00Mikaël SalsonRapport : avoir un champ de remarque/conclusionDemande de NG ~"LIL-Lille" : elle a envie d'avoir un champ pour rentrer des commentaires ou sa conclusion sur le patient qu'elle analyse. Pour elle c'est différent du champ plus factuel où est décrit le sample set ou l'échantillon.
Elle...Demande de NG ~"LIL-Lille" : elle a envie d'avoir un champ pour rentrer des commentaires ou sa conclusion sur le patient qu'elle analyse. Pour elle c'est différent du champ plus factuel où est décrit le sample set ou l'échantillon.
Elle dit que cela n'a pas nécessairement besoin d'être enregistré (ensuite elle imprime). Cela peut faciliter les choses pour une implémentation rapide.Lille-LAL-nextMathieu GiraudMathieu Giraud2019-09-25https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3993Flash et docker2020-09-21T09:22:31+02:00Mathieu GiraudFlash et dockerSuite à #3911.
Doit-on packager Flash ou pas ? Attention, même question que MiXCR...
Ou juste demander que Flash soit installé, puis `defs.DIR_FLASH`.
Voir #2759.Suite à #3911.
Doit-on packager Flash ou pas ? Attention, même question que MiXCR...
Ou juste demander que Flash soit installé, puis `defs.DIR_FLASH`.
Voir #2759.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4050Warning (algo puis client) quand un clone peut avoir plusieurs dénominations ...2020-06-22T15:17:20+02:00Mathieu GiraudWarning (algo puis client) quand un clone peut avoir plusieurs dénominations prochesNotamment pour #4048 ? Plus généralement quand deux scores proches ?
Mais #4049...
cc @duez Notamment pour #4048 ? Plus généralement quand deux scores proches ?
Mais #4049...
cc @duez https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4062Add germline gene : problème lorsqu'on change de clone2020-10-14T11:29:53+02:00Mikaël SalsonAdd germline gene : problème lorsqu'on change de cloneLorsqu'on sélectionne un clone, qu'on fait un add germline gene puis qu'on clique sur un autre clone (ce qui devrait l'afficher en bas, à la place du premier clone sélectionné) et, enfin, qu'on clique sur *align*, cela plante. Le *align*...Lorsqu'on sélectionne un clone, qu'on fait un add germline gene puis qu'on clique sur un autre clone (ce qui devrait l'afficher en bas, à la place du premier clone sélectionné) et, enfin, qu'on clique sur *align*, cela plante. Le *align* tourne en rond et ne rend pas la main.
Aurélie ~"LIL-Lille" nous demande à ce que les séquences germinales soient retirées lorsqu'on change de clone. Pourquoi pas, mais même si on ne les retirait pas, changer de clone ne devrait pas faire planter le segmenteur.Lille-LAL-nexthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4072Clones de distribution : le filtrage par locus ne fonctionne pas2022-03-08T11:42:14+01:00Mikaël SalsonClones de distribution : le filtrage par locus ne fonctionne pasSe rendre ici : http://app.vidjil.org/?set=25736&config=56&plot=averageLength,size,bar et choisir le 3è sample. Dans la distribution on a 2 jolies bosses : une due aux TRG et une aux IGH. En désactivant un des locus, la distribution ne s...Se rendre ici : http://app.vidjil.org/?set=25736&config=56&plot=averageLength,size,bar et choisir le 3è sample. Dans la distribution on a 2 jolies bosses : une due aux TRG et une aux IGH. En désactivant un des locus, la distribution ne se modifie pas : les clones de distribution sont rassemblées à partir d'une longueur partagée, mais sans égard pour leur locus.
Mais quand on filtre par locus, le nombre de reads change et, du coup, les pourcentages affichés pour les clones de distribution ne sont plus corrects (par exemple n'afficher que les TRG et tous les sélectionner), j'arrive à 167%.
/cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4100Des clones segEdited dans le analysis provoque une boucle infinies dans le se...2020-02-13T11:02:57+01:00Thonier FlorianDes clones segEdited dans le analysis provoque une boucle infinies dans le segmenter[Ici]( https://vlp004chr.chrul.net/browser/?set=32668&config=35).
Il semble, suite à un git bisect, que l'erreur se trouve dans le commit d36ca5022. Il se trouve que nous avons bien dans le fichier analysis des données de imgt.
Or, nou...[Ici]( https://vlp004chr.chrul.net/browser/?set=32668&config=35).
Il semble, suite à un git bisect, que l'erreur se trouve dans le commit d36ca5022. Il se trouve que nous avons bien dans le fichier analysis des données de imgt.
Or, nous avons une erreur dans le fichier segmenter.js (function `computeAAseq`).
Je cherche encore le mécanisme.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4115Vue des utilisateurs ayant accès à mes données2022-05-12T11:42:48+02:00Mathieu GiraudVue des utilisateurs ayant accès à mes donnéesDemande de ~"LIL-Lille" : voir, à tout instant, quels utilisateurs ou groupes ont accès à leurs données.Demande de ~"LIL-Lille" : voir, à tout instant, quels utilisateurs ou groupes ont accès à leurs données.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4182Points décalés dans le rapport2020-02-26T16:19:25+01:00Mathieu GiraudPoints décalés dans le rapportLes points du rapport sont parfois décalés.
![rapport](/uploads/e3b6b9643944b0dd71bdf92e17a29b47/rapport.jpg)
cc @flothoniLes points du rapport sont parfois décalés.
![rapport](/uploads/e3b6b9643944b0dd71bdf92e17a29b47/rapport.jpg)
cc @flothonimarc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4237Documenter les distributions + export all clones2021-02-03T19:46:59+01:00Mathieu GiraudDocumenter les distributions + export all clonesOn a eu #4020 pour le ~dev, mais pas encore de ~doc pour les usagers: nous devrions documenter les deux features "majeures" pour les usagers de %"Déploiement 2020.03" sur le répertoire.
S'inspirer par exemple des mails:
> Anyway, we wo...On a eu #4020 pour le ~dev, mais pas encore de ~doc pour les usagers: nous devrions documenter les deux features "majeures" pour les usagers de %"Déploiement 2020.03" sur le répertoire.
S'inspirer par exemple des mails:
> Anyway, we would like to share with you some news, in particular the availability of two long requested features for repertoire analysis that we began to present you at the last meeting. Vidjil displays the top 100 most abundant clones by default, and you know that we made this choice to keep an efficient interactivity. However behind the scenes, Vidjil-algo computes all the clones. We today offer two features to better interact and work with this full list of clones:
> Show distributions of the full repertoire (see attached image). We display the fragment length distribution for all clones instead of the most abundant ones. After tests with some users to ensure it was fitting their needs, we now make it the default configuration.
> Export all clones. We now give the possibility to retrieve them all under the AIRR format for further investigations. This is available through the "Export all clones (AIRR)" configuration.Déploiement 2020.062020-06-28https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2149Upload de gros fichiers impossible sur vda2017-02-14T22:56:53+01:00Mikaël SalsonUpload de gros fichiers impossible sur vdaL'upload de gros fichier échoue. Il semble qu'au cours de l'upload le fichier soit enregistré quelque part sur la partition de la racine. À la fin de l'upload le fichier semble déplacé/copié dans `/tmp` or comme la partition racine est p...L'upload de gros fichier échoue. Il semble qu'au cours de l'upload le fichier soit enregistré quelque part sur la partition de la racine. À la fin de l'upload le fichier semble déplacé/copié dans `/tmp` or comme la partition racine est petite il n'y a pas de place suffisante et c'est probablement ça qui fait échouer l'upload.
Je ne sais pas s'il faut paramétrer nginx ou web2py (ou les deux). J'ai essayé d'ajouter la directive
```
client_body_temp_path /mnt/data/tmp;
proxy_temp_path /mnt/data/tmp;
```
dans la config Nginx, mais sans succès.2017-02-22https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4355"Day after first sample" pas pertinent quand plusieurs échantillons à la même...2020-06-18T14:34:02+02:00Mathieu Giraud"Day after first sample" pas pertinent quand plusieurs échantillons à la même dateEst-ce notre setting par défaut dans certains cas ?
Oui s'il y a des dates ?
En tout cas pas pertinent si on a 2+ échantillons de la même date, on voit des "+0" peu informatifs.
cc @duezEst-ce notre setting par défaut dans certains cas ?
Oui s'il y a des dates ?
En tout cas pas pertinent si on a 2+ échantillons de la même date, on voit des "+0" peu informatifs.
cc @duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4361Pouvoir choisir plusieurs fichiers de reads pour un sample avec un disque réseau2021-04-23T13:42:35+02:00Mikaël SalsonPouvoir choisir plusieurs fichiers de reads pour un sample avec un disque réseauNotre mode de sélection de fichier via le réseau ne permet pas de sélectionner plusieurs fichiers de reads et donc ne permet pas de lancer de pre-process.
Cela devrait être rectifié (cf. vdj#1081).Notre mode de sélection de fichier via le réseau ne permet pas de sélectionner plusieurs fichiers de reads et donc ne permet pas de lancer de pre-process.
Cela devrait être rectifié (cf. vdj#1081).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4373Prendre en compte l'ordre des gènes dans le locus, en particulier pour les DD ?2020-06-23T10:58:15+02:00Mathieu GiraudPrendre en compte l'ordre des gènes dans le locus, en particulier pour les DD ?
Suggéré par A. ~"LIL-Lille" : prendre en compte les positions quand on met un deuxième (troisième) D.
On avait à un moment exclu cela (dans le contexte VkVk, pour ne pas chercher que des choses attendues). Mais bon, on pourrait aussi m...
Suggéré par A. ~"LIL-Lille" : prendre en compte les positions quand on met un deuxième (troisième) D.
On avait à un moment exclu cela (dans le contexte VkVk, pour ne pas chercher que des choses attendues). Mais bon, on pourrait aussi mettre un ~"client-warning".
Sur la position des gènes, voir aussi #3192 #4180https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2018L'alignement multiple ne se fait pas nécessairement par rapport à la première...2016-11-29T14:43:17+01:00Vidjil TeamL'alignement multiple ne se fait pas nécessairement par rapport à la première séquencecf. mail d'Aurélie 24/10 8h55
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2998886
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@mikael-scf. mail d'Aurélie 24/10 8h55
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@mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1310compléter germlines.data2016-11-29T14:34:36+01:00Vidjil Teamcompléter germlines.data
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#1309
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#1309https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1979Titre du rapport exporté faux quand "compare patients" et runs2018-04-16T15:49:37+02:00Vidjil TeamTitre du rapport exporté faux quand "compare patients" et runsAurélie : On voit le titre du dernier patient.
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Confirmé.
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1. Ouvrir un patient
2. Faire « open patient list »
3. Compare patients
4. Sélectionner des patients (autres)
5. Export report (monitor). Le titre est celui du pati...Aurélie : On voit le titre du dernier patient.
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Confirmé.
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1. Ouvrir un patient
2. Faire « open patient list »
3. Compare patients
4. Sélectionner des patients (autres)
5. Export report (monitor). Le titre est celui du patient ouvert au 1.
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Idem pour les runs : il n'affiche pas le nom du run mais le nom du dernier patient ouvert.
(this.m.patient_name dans export.js, rempli directement par ce que renvoie le serveur)
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@Duez @magiraud @RyanHerb Web 2017.03Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1304Réarrangements incomplets2016-11-29T14:34:29+01:00Vidjil TeamRéarrangements incompletsPatient MAQ : en lançant Vidjil en ligne de commande ./vidjil -V germline/IGK-INTRON.fa -J germline/IGK-KDE.fa -c clones data.fastq on trouve un clone en Intron-KDE qui ressort fortement (35987 reads)
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Pour le patient MAQ en DD2/DD3 :...Patient MAQ : en lançant Vidjil en ligne de commande ./vidjil -V germline/IGK-INTRON.fa -J germline/IGK-KDE.fa -c clones data.fastq on trouve un clone en Intron-KDE qui ressort fortement (35987 reads)
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Pour le patient MAQ en DD2/DD3 : rien. Mais ça vient des germlines. Le DD2 fait 9nt et on utilise une graine qui s'étend sur 11. Il faudrait récupérer la séquence en amont du DD2 et en aval du DD3.
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|13+0=13| |rev-compl|
actgggggatacgcacagtgctacaaaacctacagagacctgtac
En utilisant ces séquences-là (en local) on a un clone à 44584 reads.
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|
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|9+0=9| |rev-compl|
tatactgatgtgtttcattgtgccttcctac
et cette séquence-là pour le DD3 :
>M22152|TRDD3*01|Homo sapiens|F|D-REGION|214..226|13 nt|1|
***
|
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Sur bioinfo-inria on a cette séquence-là pour le DD2 :
>M22153|TRDD2*01|Homo sapiens|F|D-REGION|34..42|9 nt|1|
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Pour récupérer automatiquement les séquences amonts on peut peut-être utiliser l'API du NCBI (pour le faire automatiquement). Sinon on peut les stocker quelque part :)
***
Pour TRDD2*01 :
http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi?db=nuccore&id=M22153&rettype=fasta&retmode=text&to=42
Pour TRDD3*01 :
http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi?db=nuccore&id=M22152&rettype=fasta&retmode=text&from=214&to=258
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b43f867 pour récupérer les fichiers avec les séquences amont/aval
et cffcd74, 7aaa26f pour gérer les réarrangements incomplets (merci Mathieu)
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@magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/878Stockage des préférences2020-09-23T17:37:53+02:00Vidjil TeamStockage des préférences- dans un cookie ? (verifier que l'on puisse retrouver le cookie sur un domain local)
- sur le serveur ? (obliger de se loguer)
- conf.js ?
le plus possible dans .analysis ?
Toujours très intéressant... mais pas urgent vu le reste
@Ry...- dans un cookie ? (verifier que l'on puisse retrouver le cookie sur un domain local)
- sur le serveur ? (obliger de se loguer)
- conf.js ?
le plus possible dans .analysis ?
Toujours très intéressant... mais pas urgent vu le reste
@RyanHerb @Duezmarc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/945pseudo-germlines2016-11-29T14:29:38+01:00Vidjil Teampseudo-germlines
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@mikael-s
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@mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1295Gros clones au milieu2017-11-21T19:14:03+01:00Vidjil TeamGros clones au milieuMartin ~"LIL-Lille" , novembre 2014:
> Bonjour,
>
> A propos de la vue V/J, je me demande s'il ne faudrait pas (si possible bien sûr) jouer au niveau du placement des clones avec leur poids (la taille du cercle). Je m'explique : sur l...Martin ~"LIL-Lille" , novembre 2014:
> Bonjour,
>
> A propos de la vue V/J, je me demande s'il ne faudrait pas (si possible bien sûr) jouer au niveau du placement des clones avec leur poids (la taille du cercle). Je m'explique : sur le fichier joint, le rond rouge V3-30/J6 ne va pas au bon endroit car il y a trop d'autres clones. ne faudrait-il pas qu'il soit centré et les autres répartis autour ? Plus le clone est majoritaire, plus il doit être bien placé.
>
>
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Vive le forward de mail à task@producteev.com !
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>> 3a9a6bb913fdfcac
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Joli ! Ce change ce a quoi on est habitué, mais c'est mieux ainsi.
Et c'est aussi un peu plus rapide, ce qui est mieux quand on switche rapidement entre plusieurs systèmes.
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1309LEG: Vd2Ja292016-11-29T14:34:36+01:00Vidjil TeamLEG: Vd2Ja297bde694
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Sur la DB.
LEG a un Vd-Ja minuscule, et je ne trouve pas de Ja29 (et même en agrep -3)
ROU a un Vd-Ja plus impressionnant, mais toujours pas de Ja29.
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mail envoyé le 4 déc
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Préparer cela avant notre réunion au CBP le 8....7bde694
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Sur la DB.
LEG a un Vd-Ja minuscule, et je ne trouve pas de Ja29 (et même en agrep -3)
ROU a un Vd-Ja plus impressionnant, mais toujours pas de Ja29.
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mail envoyé le 4 déc
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Préparer cela avant notre réunion au CBP le 8.
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Remis à plus tard. Notre Ja54 serait douteux.
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Mikaël, c'est fermable ?
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On va dire que c'est bon, Ja29.
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#1310, #1311, #1312
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@magiraud @mikael-s