vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2021-10-22T11:07:25+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2062Authentification par LDAP2021-10-22T11:07:25+02:00Thonier FlorianAuthentification par LDAPEvoqué au CHU de Rennes :
Possibilité de passer par un system d'authentification par LDAP.
Celui-ci permettrait de révoquer ou autoriser les accès plus simplement sans avoir à gérer la création de compte pour l'admin local.
D'après ...Evoqué au CHU de Rennes :
Possibilité de passer par un system d'authentification par LDAP.
Celui-ci permettrait de révoquer ou autoriser les accès plus simplement sans avoir à gérer la création de compte pour l'admin local.
D'après eux, relativement répandu comme système de gestion des accès. Cela dit, pas obligatoire du tout.
Pour l'application à Vidjil, il faudrait quand meme que l'ensemble des comptes pointent vers un meme groupe d'utilisateurs pour partager les données et résultats de patients.
@magiraud @mikael-s @RyanHerbmarc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3921Avoir une image OVF/OVA2021-02-09T18:02:43+01:00Thonier FlorianAvoir une image OVF/OVAL'équipe IT de Bruxelles demande si nous avons une image vmware pour plus de simplicité.L'équipe IT de Bruxelles demande si nous avons une image vmware pour plus de simplicité.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2871"Voir" tous les clones2020-11-13T19:31:23+01:00Tatiana Rocher"Voir" tous les clonesDemandé lors du TP par Liu (Chine), Marleen (Belgique) et Simona (Italy).
@RyanHerb a plus d'infosDemandé lors du TP par Liu (Chine), Marleen (Belgique) et Simona (Italy).
@RyanHerb a plus d'infoshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1727Export csv de la liste des clones en sortie de l'algo2020-06-19T10:28:20+02:00Vidjil TeamExport csv de la liste des clones en sortie de l'algoVoir aussi "export csv bar grid"
Marleen et Hélène veulent récupérer un fichier tableur avec autant de clones que possible, et leurs V/D/J... pour s'amuser de leur côté.
Ah oui, on l'a déjà, "export csv"... mais est-ce que cela fon...Voir aussi "export csv bar grid"
Marleen et Hélène veulent récupérer un fichier tableur avec autant de clones que possible, et leurs V/D/J... pour s'amuser de leur côté.
Ah oui, on l'a déjà, "export csv"... mais est-ce que cela fonctionne ?
Qui l'utilise ?
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Discuté lors du VW16.
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Je viens de regarder ça deux minutes.
Je ne sais pas tout ce qu'il a été dit au VW, mais voici ce que j'ai vu.
Il vous faut une sortie complète pour faire des analyses bioinfo un peu comme j'ai pu en faire sur mes TCRD ?
Déjà, il faut susurrement mettre à jour avec la détection possible des 4a et 4b si ça devient courant.
De plus, tel quel, la dénomination de sortie est V, D ou J. Or, on peut avoir des D en V ou en J (recombo DJ ou DD par exemple). J'ai résolu pour ma part ce souci par une système de jonglage récursif (si DDx en 5, déplacer en 4, si déjà D en 4, déplacer en 4a, si déjà D en 4a ,...). La détection de l’appartenance aux V,D ou J se faisant uniquement sur la lecture des char en pos 3 du segment (pas idéal).
De plus, avoir une string avec le ratio inclut dedans n'est pas pratique. Soit le bioinfo derrière le recalcul, soit il faut qu'il soit inclut dans une colonne tierce. De même, le ratio n'est pas inclue à chaque fois car il y a une valeur seuil (5reads, suffisant pour les MRD, pas pour les répertoires). C'est compréhensible mais un peu embrouillant quand on a beaucoup de clones et que 90% ne passe pas le filtre.
Dernier point : pour le moment, on a "ratio_$i" en nom de colonne, mais ce n'est pas parlant, surtout si archivé. On gagne peut-être en compréhension si on avait le nom du point ? Bioinformatiquement, ce n'est peut-être pas non plus le plus pratique. Un mix "ratio_0 (prélèvement XXX)" ?
En bonus, possible d'inclure un outil de sélection des colonnes voulues, un peu comme l'obtention des refseq sur le table browser de ucsc ?
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Rando 2016: Marc peut s'y coller, merci!
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@RyanHerb @Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1899export fasta : retirer les point dans les séquences des germlines2018-07-24T15:57:13+02:00Vidjil Teamexport fasta : retirer les point dans les séquences des germlinesEst-ce que cela gênait quelqu'un ? Mais oui, on pourrait les enlever au moment de l'export. Tatiana ?
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Marleen et Jona ne comprenaient pas ce que c'était.
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Ok, mieux vaut supprimer les points.
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@CyanaelEst-ce que cela gênait quelqu'un ? Mais oui, on pourrait les enlever au moment de l'export. Tatiana ?
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Marleen et Jona ne comprenaient pas ce que c'était.
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Ok, mieux vaut supprimer les points.
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@Cyanaelhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1891Après merge des séquences, les séquences ne sont plus clickables/comparables2018-04-18T08:59:51+02:00Vidjil TeamAprès merge des séquences, les séquences ne sont plus clickables/comparablesRemarqué par Bruxelles : elles voulaient comparer/aligner trois séquences mergées dans un clone. Quand on cliquer sur "+", les trois séquences s'affichent dans le scatterplot... mais pas dans le segmenter
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Les clones restent cliquable...Remarqué par Bruxelles : elles voulaient comparer/aligner trois séquences mergées dans un clone. Quand on cliquer sur "+", les trois séquences s'affichent dans le scatterplot... mais pas dans le segmenter
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Les clones restent cliquables (dans la liste ou le scatterplot) et donc on peut toujours les comparer.
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Ah oui... pas pour moi (pas de sélection multiple). C'est donc un autre bug.
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Effectivement, on peut faire cette sélection... mais ce n'est pas clair.
En fait, quand on ouvre un clone, tout est grisé, mais pas sélectionné, ce n'est pas facile de comprend pas que les sous-clones ne sont pas encore sélectionnés (le reste du temps, ce qui est grisé dans la liste est aussi sélectionné). Le rectangle noir autour du cluster n'est pas très cohérent.
Enlever ce grisé ?
(Au passage, les rectangles noirs ne sont pas très clairs : gris plus léger ?)
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@magiraud @RyanHerb @mikael-s @Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1362Upload de plusieurs fichiers via des formulaires web2018-03-21T19:04:38+01:00Vidjil TeamUpload de plusieurs fichiers via des formulaires webTâche spécialisée depuis la tâche originale déplacée dans #2891.
Tâche spécialisée depuis la tâche originale déplacée dans #2891.
Web 2018.01Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2150Voir le groupe dans la liste des sample_sets, pour les utilisateurs2017-03-16T15:14:55+01:00Mathieu GiraudVoir le groupe dans la liste des sample_sets, pour les utilisateursCe serait intéressant de voir à quel groupe est chaque sample_set dans la liste.
Même si cela ne répond pas complètement à #2146, cela le ferait en partie, si on reprend le message de Jona :
> When I see the patient list, would there b...Ce serait intéressant de voir à quel groupe est chaque sample_set dans la liste.
Même si cela ne répond pas complètement à #2146, cela le ferait en partie, si on reprend le message de Jona :
> When I see the patient list, would there be a possibility of only viewing the samples of for example VLK 2014. Now, I see all the patients - of both projects - and *can’t see which patient belongs to which project.*
Mais... n'est-ce pas ce que nous voyons déjà, en tant qu'admin ?
Bref, ne suffirait-il pas de mettre la colonne visible pour tous, quitte à retravailler un peu ce qu'il y a dedans (ne pas afficher les groupes uXX) ?
@RyanHerb @mikael-sMikaël SalsonMikaël Salsonhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1940Lorsque une partie des fichiers est runné, des métadata des mauvais fichiers ...2016-11-29T14:42:23+01:00Vidjil TeamLorsque une partie des fichiers est runné, des métadata des mauvais fichiers sont affichésJ'ai lancé le 2è et le 3è fichier (R2 et fichier mergé) mais les infos affichées (commentaires sur le fichier plus nom des fichiers) sont celles de R1 et R2 : http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?sample_set_id=7859&config=34
En reva...J'ai lancé le 2è et le 3è fichier (R2 et fichier mergé) mais les infos affichées (commentaires sur le fichier plus nom des fichiers) sont celles de R1 et R2 : http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?sample_set_id=7859&config=34
En revanche les résultats sont bien ceux de R2 et du fichier mergé. C'est donc un problème postérieur au lancement de Vidjil (fuse ou récupération des infos).
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Ryan, Martin ne t'avait pas parlé d'un bug de ce genre ?
Confirmé par Jona. Ce sont les métadonnées des premiers fichiers qui sont affichés, alors que ce sont les derniers fichiers qui ont été analysés :
http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?sample_set_id=3447&config=30
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Si ! Et Marc l'a corrigé, mais on dirait que ce n'est pas encore dans prod-server.
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C'est bon, merci.
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@mikael-s