vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2024-02-06T16:46:02+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2526Discordance de productivité2024-02-06T16:46:02+01:00Mathieu GiraudDiscordance de productivitéAurélie ~"LIL-Lille" (par mail, réévoqué ce matin en direct) :
> Le clone majoritaire (...) est dit non productif par Vidjil alors que IMGT et IgBlast disent qu’il est productif.
>
> http://app.vidjil.org/?sample_set_id=23871&config=3...Aurélie ~"LIL-Lille" (par mail, réévoqué ce matin en direct) :
> Le clone majoritaire (...) est dit non productif par Vidjil alors que IMGT et IgBlast disent qu’il est productif.
>
> http://app.vidjil.org/?sample_set_id=23871&config=35
>
> Let's look on the following clones:
> >IGHV3-7*01 1/GGAAGCCC/21 IGHJ6*01 338 nt, 607 958 reads (89.48%)
> AGGAGTCGGGGGGAGGCTTGGTCCAGGCCGGGGGGTCCCTGAGACTCTCATGCGTCGGCCACGGATTGAGTTTGAAGAAGGATTGGATGAGTTGGGTCCGCCAGGCTCCAGGGGAGGGGCTGGAGTGGGTGGCCTACATAAAGGAAGATGGAAATGGGAAACACTATGTGGACTCTGTGAAGGGCCGATTCATCATCTTCAGAGACGACGCCAAGAACTCACTATATCTGGAAATGAACAGCCTGAGAGTCGAGGACACGGCTATGTATTATTGTGTGAGA
>
> GGGAAGCC
> CTGGGCGTTTGGGGGCCAAGGGACATCGGTCACCGTCTCCTCAGGTAAG
cc @flothoniLille-LAL-nexthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1382top par système : fuse.py2024-01-22T15:24:43+01:00Vidjil Teamtop par système : fuse.pySuite à la réunion du CBP et la discussion dans le métro, ce serait bien de récupérer plus de séquences par systèmes.
- une solution serait d'avoir, dans fuse, un `--top-by-system`, par exemple à 30, qui laisse passer (en plus du top 100...Suite à la réunion du CBP et la discussion dans le métro, ce serait bien de récupérer plus de séquences par systèmes.
- une solution serait d'avoir, dans fuse, un `--top-by-system`, par exemple à 30, qui laisse passer (en plus du top 100) les 30 tops par système *à condition* que le système apparaisse dans le top 100 normal.
- mais cela demande aussi, dans le c++, de faire en sorte que ce top 30 soit segmenté. Pas ultra-prévu pour, à voir.
- ~~ou bien on en profite pour chambouler l'ensemble et lancer une partie du c++ (FineSegmenter, et bientôt CDR3/AA) après le fuse.~~ non
Bref, ce n'est pas si facile. Aussi une crainte : que cela ramène des choses trop basses, de bruit comparables à d'autres clones qu'on affiche pas car caché par de plus gros clones.
À réfléchir ensemble, attendre retour du CBP de début février. (En attendant, solution simple est de relancer sur autre config,)
***
Demandé aussi par Rennes : top 100 + top 10 par système ?
***
Mais attention, certains systèmes où on n'a pas grand chose on va ramener des clones très faibles…
***
On mettra des gros warnings pour les trop faibles globaux
***
Voir le mail à McGill d'aujourd'hui... En RNA-Seq, ils ont (peut-être) du TR, mais caché par un Ig beaucoup plus gros :
```
reads clones
IGH -> 49714 100.0 5930 0.119
IGK -> 214250 100.0 8250 0.039
IGL -> 67030 100.0 4375 0.065
TRA -> 796 100.0 442 0.555
TRB -> 1158 100.0 586 0.506
TRD -> 61 100.0 43 0.705
TRG -> 126 100.0 80 0.635
```
Mais il y a toujours la question du bruit.
***
Évoqué lors du VW16
***
Ping : on est peut-être sur le point de modifier le fuse, penser aussi au top par système (ou au top 1000 + 100 par système)Web 2024.04https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2836Profils pour divers maladies/usages / Presets for different pathologies/uses2023-03-28T16:11:14+02:00Thonier FlorianProfils pour divers maladies/usages / Presets for different pathologies/uses(Voir #878.)
L'idée general de cette tâche est d'enregistrer les paramètre du setting directement pour ne pas avoir a modifier cela si on doit oouvrir 20 patient d'ffiler.
De plus, cela permettrait de retrouver pour point commun entre ...(Voir #878.)
L'idée general de cette tâche est d'enregistrer les paramètre du setting directement pour ne pas avoir a modifier cela si on doit oouvrir 20 patient d'ffiler.
De plus, cela permettrait de retrouver pour point commun entre les differents utilisateur d'un même groupe ( ~"LIL-Lille" compte inclure ces paramètre dans la descrition de leur protocole ! )
La solution la plus simple serait peut-être d'avoir un cookie qui gère les setting pour les enregistrer.Web 2023.10https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1726Évolution clonale : changement de V (V switch), similarité VDJ-aware2022-06-17T12:39:29+02:00Vidjil TeamÉvolution clonale : changement de V (V switch), similarité VDJ-awareEuh ? Demander à Bruxelles ?
***
Je ne me souviens plus des détails, mais c'était venu à Zurich lors d'une discussion avec Marleen ~"BRU-Bruxelles" et Hélène ~"PAR-Debré". Les relancer avant, ou au pire en discuter lors du VW.
***
Disc...Euh ? Demander à Bruxelles ?
***
Je ne me souviens plus des détails, mais c'était venu à Zurich lors d'une discussion avec Marleen ~"BRU-Bruxelles" et Hélène ~"PAR-Debré". Les relancer avant, ou au pire en discuter lors du VW.
***
Discuté au VW. Mail de Cristina ~"PAR-Debré" :
> voici l'URL correspondant au patient que nous avons regardé tout à l'heure (locus IgH oligoclonal), passé sur le Miseq en V3 avec le kit LymphoTrack FR1 : http://app.vidjil.org/browser/?patient=1292&config=25. Il s'agit d'un VH4DH3JH6 et d'un VH6DH3JH6, partageant donc le même D-J.
***
Faire un calcul de similarité V/D/J-aware, capable de dire : "oh, ces séquences sont très similaires avec une certaine e-valeur car N2/J similaire"... Et le lancer par exemple via le browser comme "plot by similarity"
(Problème: sera dépendant du seuil de détection de D.)
En lien aussi avec modèle de proba d'une recombinaison (Bristol fait cela).
***
- soit un calcul de similarité directement sur la représentation sortie du FineSegmenter
- soit, plus précis, on fait cela directement en programmation dynamique, aligner deux séquences en connaissant leur AligBox, et avoir un score différent pour les N.
***
@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2062Authentification par LDAP2021-10-22T11:07:25+02:00Thonier FlorianAuthentification par LDAPEvoqué au CHU de Rennes :
Possibilité de passer par un system d'authentification par LDAP.
Celui-ci permettrait de révoquer ou autoriser les accès plus simplement sans avoir à gérer la création de compte pour l'admin local.
D'après ...Evoqué au CHU de Rennes :
Possibilité de passer par un system d'authentification par LDAP.
Celui-ci permettrait de révoquer ou autoriser les accès plus simplement sans avoir à gérer la création de compte pour l'admin local.
D'après eux, relativement répandu comme système de gestion des accès. Cela dit, pas obligatoire du tout.
Pour l'application à Vidjil, il faudrait quand meme que l'ensemble des comptes pointent vers un meme groupe d'utilisateurs pour partager les données et résultats de patients.
@magiraud @mikael-s @RyanHerbmarc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3921Avoir une image OVF/OVA2021-02-09T18:02:43+01:00Thonier FlorianAvoir une image OVF/OVAL'équipe IT de Bruxelles demande si nous avons une image vmware pour plus de simplicité.L'équipe IT de Bruxelles demande si nous avons une image vmware pour plus de simplicité.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4456Docker installation: Check what the documentation says on volumes / mount poi...2021-01-06T15:56:55+01:00Mathieu GiraudDocker installation: Check what the documentation says on volumes / mount points / permissionsBy default, there are `/mnt/...` paths in `docker-compose.yml`. Do the people installing Vidjil need to create some folders / mount points on their host? A missing permission in `/vidjil/upload/uploads` ?
- check that the documentation ...By default, there are `/mnt/...` paths in `docker-compose.yml`. Do the people installing Vidjil need to create some folders / mount points on their host? A missing permission in `/vidjil/upload/uploads` ?
- check that the documentation http://www.vidjil.org/doc/server/#docker-installation is complete or update it
- make clear in `docker-compose.yml` the lines which should usually be changed for a first-time installationmarc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4603Propriétaires vus dans le volume `results` sur Docker2021-01-06T15:56:55+01:00Mathieu GiraudPropriétaires vus dans le volume `results` sur DockerVu par @duez, sur une certaine installation les permissions sont curieuses, voir ensuite ce que fait `docker/vidjil-server/scripts/tools.sh`Vu par @duez, sur une certaine installation les permissions sont curieuses, voir ensuite ce que fait `docker/vidjil-server/scripts/tools.sh`https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4508Dans la table groupe, afficher une colonne `group_id`2021-01-04T09:59:38+01:00Mathieu GiraudDans la table groupe, afficher une colonne `group_id`marc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2871"Voir" tous les clones2020-11-13T19:31:23+01:00Tatiana Rocher"Voir" tous les clonesDemandé lors du TP par Liu (Chine), Marleen (Belgique) et Simona (Italy).
@RyanHerb a plus d'infosDemandé lors du TP par Liu (Chine), Marleen (Belgique) et Simona (Italy).
@RyanHerb a plus d'infoshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3993Flash et docker2020-09-21T09:22:31+02:00Mathieu GiraudFlash et dockerSuite à #3911.
Doit-on packager Flash ou pas ? Attention, même question que MiXCR...
Ou juste demander que Flash soit installé, puis `defs.DIR_FLASH`.
Voir #2759.Suite à #3911.
Doit-on packager Flash ou pas ? Attention, même question que MiXCR...
Ou juste demander que Flash soit installé, puis `defs.DIR_FLASH`.
Voir #2759.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1727Export csv de la liste des clones en sortie de l'algo2020-06-19T10:28:20+02:00Vidjil TeamExport csv de la liste des clones en sortie de l'algoVoir aussi "export csv bar grid"
Marleen et Hélène veulent récupérer un fichier tableur avec autant de clones que possible, et leurs V/D/J... pour s'amuser de leur côté.
Ah oui, on l'a déjà, "export csv"... mais est-ce que cela fon...Voir aussi "export csv bar grid"
Marleen et Hélène veulent récupérer un fichier tableur avec autant de clones que possible, et leurs V/D/J... pour s'amuser de leur côté.
Ah oui, on l'a déjà, "export csv"... mais est-ce que cela fonctionne ?
Qui l'utilise ?
***
Discuté lors du VW16.
***
Je viens de regarder ça deux minutes.
Je ne sais pas tout ce qu'il a été dit au VW, mais voici ce que j'ai vu.
Il vous faut une sortie complète pour faire des analyses bioinfo un peu comme j'ai pu en faire sur mes TCRD ?
Déjà, il faut susurrement mettre à jour avec la détection possible des 4a et 4b si ça devient courant.
De plus, tel quel, la dénomination de sortie est V, D ou J. Or, on peut avoir des D en V ou en J (recombo DJ ou DD par exemple). J'ai résolu pour ma part ce souci par une système de jonglage récursif (si DDx en 5, déplacer en 4, si déjà D en 4, déplacer en 4a, si déjà D en 4a ,...). La détection de l’appartenance aux V,D ou J se faisant uniquement sur la lecture des char en pos 3 du segment (pas idéal).
De plus, avoir une string avec le ratio inclut dedans n'est pas pratique. Soit le bioinfo derrière le recalcul, soit il faut qu'il soit inclut dans une colonne tierce. De même, le ratio n'est pas inclue à chaque fois car il y a une valeur seuil (5reads, suffisant pour les MRD, pas pour les répertoires). C'est compréhensible mais un peu embrouillant quand on a beaucoup de clones et que 90% ne passe pas le filtre.
Dernier point : pour le moment, on a "ratio_$i" en nom de colonne, mais ce n'est pas parlant, surtout si archivé. On gagne peut-être en compréhension si on avait le nom du point ? Bioinformatiquement, ce n'est peut-être pas non plus le plus pratique. Un mix "ratio_0 (prélèvement XXX)" ?
En bonus, possible d'inclure un outil de sélection des colonnes voulues, un peu comme l'obtention des refseq sur le table browser de ucsc ?
***
Rando 2016: Marc peut s'y coller, merci!
***
@RyanHerb @Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3981On trouve un clone sur très peu d'identité.2019-09-16T16:58:44+02:00Thonier FlorianOn trouve un clone sur très peu d'identité.Suite à des demandes d'éclaircissement, je regarde pourquoi des clones n'ont pas d'identification VDJ. Je prends les séquences bruts de ce clone par l'identifiant, puis lance vidjil dessus avec `-K` pour voir l'affectation.
Je me rends...Suite à des demandes d'éclaircissement, je regarde pourquoi des clones n'ont pas d'identification VDJ. Je prends les séquences bruts de ce clone par l'identifiant, puis lance vidjil dessus avec `-K` pour voir l'affectation.
Je me rends alors compte que nous prédisons un clone, alors que sur 95nt, nous n'avons que 12 matchs de V au début de la séquence, et 6 matchs de J en fin de séquence, les 80nt intermédiaires étant vides.
De plus, comme nous avons des matchs à 100% sur ces portions, la evalue est assez élevé, à 1.78e-15 et 5e-21.
Le clone concerné est le premier de ce sample : https://app.vidjil.org/?set=33551&config=2&clone=41
```
>seq_identifie_vidjil
GAGACCCTGTCCCTCACCTGCGCTCCTGCGAGACCAGATATAAAACTAGCTGCCAACCCAGCCTGTGGCCAGGTCACCGTCTCCTCAGGTCCT
# 18 + VJ 1 24 72 93 seed IGH SEG_+ 2.087323e-16 4.085299e-22/2.087319e-16+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _+h+h+h+h+h+h _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _
```
Je pense que l'on est dans un cas limite, et on ne devrait probablement pas retourner de clone la dessus.
J'ai cherché une issue qui s'y rapporterait. Je ne sais pas si cela à un lien avec #1964, mais le fine pourrait déjà permettre de faire un filtre plus précis non ?
ping @magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3977Lymphotrack retourne un IGH que nous ne trouvons pas2019-09-10T15:29:03+02:00Thonier FlorianLymphotrack retourne un IGH que nous ne trouvons pasVoici l'extrait du `.affect`. Il y a seulement 11 nt qui pourrait correspondre au J. Pourtant, j'ai testé l'alignement, mais il ne concorde même pas de ce que j'ai vu avec des IGH J.
```
>seq_xxx
TCTCAGTGAAGGTTTCCTGCAAGGCTTCTGGATACACCTT...Voici l'extrait du `.affect`. Il y a seulement 11 nt qui pourrait correspondre au J. Pourtant, j'ai testé l'alignement, mais il ne concorde même pas de ce que j'ai vu avec des IGH J.
```
>seq_xxx
TCTCAGTGAAGGTTTCCTGCAAGGCTTCTGGATACACCTTCACCGGCTACTATATGCACTGGGTGCGACAGGCCCCTGGACAAGGGCTTGAGTGGATGGGATGGATCAACCCTAACAGTGGTGGCACAAACTATGCACAGAAGTTTCAGGGCAGGGTCACCATGACCAGGGACACGTCCATCAGCACAGCCTACATGGAGCTGAGCAGGCTGAGATCTGACGACACGGCCGTGTATTACTGTGCTCCGATG
# 231 ! seed IGH UNSEG only V/5' 4.500000e+01 0.000000e+00/4.500000e+01 _+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H ?+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _
```
cc @magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2146Filtrer la liste des sample_sets par groupe2019-02-28T14:30:15+01:00Mikaël SalsonFiltrer la liste des sample_sets par groupeLorsqu'une personne appartient à plusieurs groupes, elle peut vouloir filtrer les résultats en fonction d'un groupe.
Demande de Jona, mais peut s'appliquer à d'autres.
cc @magiraud @RyanHerbLorsqu'une personne appartient à plusieurs groupes, elle peut vouloir filtrer les résultats en fonction d'un groupe.
Demande de Jona, mais peut s'appliquer à d'autres.
cc @magiraud @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2830Faire une médiane sur une normalisation multiple2018-12-28T10:10:31+01:00Ryan HerbertFaire une médiane sur une normalisation multipleSi j'ai bien compris, Marlène à trois sortes de spike-ins sur lesquels elle voudrais pouvoir normaliser avec une médiane des trois.Si j'ai bien compris, Marlène à trois sortes de spike-ins sur lesquels elle voudrais pouvoir normaliser avec une médiane des trois.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1899export fasta : retirer les point dans les séquences des germlines2018-07-24T15:57:13+02:00Vidjil Teamexport fasta : retirer les point dans les séquences des germlinesEst-ce que cela gênait quelqu'un ? Mais oui, on pourrait les enlever au moment de l'export. Tatiana ?
***
Marleen et Jona ne comprenaient pas ce que c'était.
***
Ok, mieux vaut supprimer les points.
***
@CyanaelEst-ce que cela gênait quelqu'un ? Mais oui, on pourrait les enlever au moment de l'export. Tatiana ?
***
Marleen et Jona ne comprenaient pas ce que c'était.
***
Ok, mieux vaut supprimer les points.
***
@Cyanaelhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2825Coût du FineSegmenter : est-on trop généreux avec les mismatches ?2018-06-26T10:41:27+02:00Mikaël SalsonCoût du FineSegmenter : est-on trop généreux avec les mismatches ?Il y a certains cas où le nombre de mismatches, proches d'une extrémité semble important par rapport au nombre de matches.Il y a certains cas où le nombre de mismatches, proches d'une extrémité semble important par rapport au nombre de matches.Algo -- Importanthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1891Après merge des séquences, les séquences ne sont plus clickables/comparables2018-04-18T08:59:51+02:00Vidjil TeamAprès merge des séquences, les séquences ne sont plus clickables/comparablesRemarqué par Bruxelles : elles voulaient comparer/aligner trois séquences mergées dans un clone. Quand on cliquer sur "+", les trois séquences s'affichent dans le scatterplot... mais pas dans le segmenter
***
Les clones restent cliquable...Remarqué par Bruxelles : elles voulaient comparer/aligner trois séquences mergées dans un clone. Quand on cliquer sur "+", les trois séquences s'affichent dans le scatterplot... mais pas dans le segmenter
***
Les clones restent cliquables (dans la liste ou le scatterplot) et donc on peut toujours les comparer.
***
Ah oui... pas pour moi (pas de sélection multiple). C'est donc un autre bug.
***
Effectivement, on peut faire cette sélection... mais ce n'est pas clair.
En fait, quand on ouvre un clone, tout est grisé, mais pas sélectionné, ce n'est pas facile de comprend pas que les sous-clones ne sont pas encore sélectionnés (le reste du temps, ce qui est grisé dans la liste est aussi sélectionné). Le rectangle noir autour du cluster n'est pas très cohérent.
Enlever ce grisé ?
(Au passage, les rectangles noirs ne sont pas très clairs : gris plus léger ?)
***
@magiraud @RyanHerb @mikael-s @Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1362Upload de plusieurs fichiers via des formulaires web2018-03-21T19:04:38+01:00Vidjil TeamUpload de plusieurs fichiers via des formulaires webTâche spécialisée depuis la tâche originale déplacée dans #2891.
Tâche spécialisée depuis la tâche originale déplacée dans #2891.
Web 2018.01Ryan HerbertRyan Herbert