vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2021-01-06T15:56:55+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4603Propriétaires vus dans le volume `results` sur Docker2021-01-06T15:56:55+01:00Mathieu GiraudPropriétaires vus dans le volume `results` sur DockerVu par @duez, sur une certaine installation les permissions sont curieuses, voir ensuite ce que fait `docker/vidjil-server/scripts/tools.sh`Vu par @duez, sur une certaine installation les permissions sont curieuses, voir ensuite ce que fait `docker/vidjil-server/scripts/tools.sh`https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4508Dans la table groupe, afficher une colonne `group_id`2021-01-04T09:59:38+01:00Mathieu GiraudDans la table groupe, afficher une colonne `group_id`marc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4456Docker installation: Check what the documentation says on volumes / mount poi...2021-01-06T15:56:55+01:00Mathieu GiraudDocker installation: Check what the documentation says on volumes / mount points / permissionsBy default, there are `/mnt/...` paths in `docker-compose.yml`. Do the people installing Vidjil need to create some folders / mount points on their host? A missing permission in `/vidjil/upload/uploads` ?
- check that the documentation ...By default, there are `/mnt/...` paths in `docker-compose.yml`. Do the people installing Vidjil need to create some folders / mount points on their host? A missing permission in `/vidjil/upload/uploads` ?
- check that the documentation http://www.vidjil.org/doc/server/#docker-installation is complete or update it
- make clear in `docker-compose.yml` the lines which should usually be changed for a first-time installationmarc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3993Flash et docker2020-09-21T09:22:31+02:00Mathieu GiraudFlash et dockerSuite à #3911.
Doit-on packager Flash ou pas ? Attention, même question que MiXCR...
Ou juste demander que Flash soit installé, puis `defs.DIR_FLASH`.
Voir #2759.Suite à #3911.
Doit-on packager Flash ou pas ? Attention, même question que MiXCR...
Ou juste demander que Flash soit installé, puis `defs.DIR_FLASH`.
Voir #2759.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3981On trouve un clone sur très peu d'identité.2019-09-16T16:58:44+02:00Thonier FlorianOn trouve un clone sur très peu d'identité.Suite à des demandes d'éclaircissement, je regarde pourquoi des clones n'ont pas d'identification VDJ. Je prends les séquences bruts de ce clone par l'identifiant, puis lance vidjil dessus avec `-K` pour voir l'affectation.
Je me rends...Suite à des demandes d'éclaircissement, je regarde pourquoi des clones n'ont pas d'identification VDJ. Je prends les séquences bruts de ce clone par l'identifiant, puis lance vidjil dessus avec `-K` pour voir l'affectation.
Je me rends alors compte que nous prédisons un clone, alors que sur 95nt, nous n'avons que 12 matchs de V au début de la séquence, et 6 matchs de J en fin de séquence, les 80nt intermédiaires étant vides.
De plus, comme nous avons des matchs à 100% sur ces portions, la evalue est assez élevé, à 1.78e-15 et 5e-21.
Le clone concerné est le premier de ce sample : https://app.vidjil.org/?set=33551&config=2&clone=41
```
>seq_identifie_vidjil
GAGACCCTGTCCCTCACCTGCGCTCCTGCGAGACCAGATATAAAACTAGCTGCCAACCCAGCCTGTGGCCAGGTCACCGTCTCCTCAGGTCCT
# 18 + VJ 1 24 72 93 seed IGH SEG_+ 2.087323e-16 4.085299e-22/2.087319e-16+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _+h+h+h+h+h+h _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _
```
Je pense que l'on est dans un cas limite, et on ne devrait probablement pas retourner de clone la dessus.
J'ai cherché une issue qui s'y rapporterait. Je ne sais pas si cela à un lien avec #1964, mais le fine pourrait déjà permettre de faire un filtre plus précis non ?
ping @magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3977Lymphotrack retourne un IGH que nous ne trouvons pas2019-09-10T15:29:03+02:00Thonier FlorianLymphotrack retourne un IGH que nous ne trouvons pasVoici l'extrait du `.affect`. Il y a seulement 11 nt qui pourrait correspondre au J. Pourtant, j'ai testé l'alignement, mais il ne concorde même pas de ce que j'ai vu avec des IGH J.
```
>seq_xxx
TCTCAGTGAAGGTTTCCTGCAAGGCTTCTGGATACACCTT...Voici l'extrait du `.affect`. Il y a seulement 11 nt qui pourrait correspondre au J. Pourtant, j'ai testé l'alignement, mais il ne concorde même pas de ce que j'ai vu avec des IGH J.
```
>seq_xxx
TCTCAGTGAAGGTTTCCTGCAAGGCTTCTGGATACACCTTCACCGGCTACTATATGCACTGGGTGCGACAGGCCCCTGGACAAGGGCTTGAGTGGATGGGATGGATCAACCCTAACAGTGGTGGCACAAACTATGCACAGAAGTTTCAGGGCAGGGTCACCATGACCAGGGACACGTCCATCAGCACAGCCTACATGGAGCTGAGCAGGCTGAGATCTGACGACACGGCCGTGTATTACTGTGCTCCGATG
# 231 ! seed IGH UNSEG only V/5' 4.500000e+01 0.000000e+00/4.500000e+01 _+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H ?+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _
```
cc @magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3921Avoir une image OVF/OVA2021-02-09T18:02:43+01:00Thonier FlorianAvoir une image OVF/OVAL'équipe IT de Bruxelles demande si nous avons une image vmware pour plus de simplicité.L'équipe IT de Bruxelles demande si nous avons une image vmware pour plus de simplicité.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2871"Voir" tous les clones2020-11-13T19:31:23+01:00Tatiana Rocher"Voir" tous les clonesDemandé lors du TP par Liu (Chine), Marleen (Belgique) et Simona (Italy).
@RyanHerb a plus d'infosDemandé lors du TP par Liu (Chine), Marleen (Belgique) et Simona (Italy).
@RyanHerb a plus d'infoshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2836Profils pour divers maladies/usages / Presets for different pathologies/uses2023-03-28T16:11:14+02:00Thonier FlorianProfils pour divers maladies/usages / Presets for different pathologies/uses(Voir #878.)
L'idée general de cette tâche est d'enregistrer les paramètre du setting directement pour ne pas avoir a modifier cela si on doit oouvrir 20 patient d'ffiler.
De plus, cela permettrait de retrouver pour point commun entre ...(Voir #878.)
L'idée general de cette tâche est d'enregistrer les paramètre du setting directement pour ne pas avoir a modifier cela si on doit oouvrir 20 patient d'ffiler.
De plus, cela permettrait de retrouver pour point commun entre les differents utilisateur d'un même groupe ( ~"LIL-Lille" compte inclure ces paramètre dans la descrition de leur protocole ! )
La solution la plus simple serait peut-être d'avoir un cookie qui gère les setting pour les enregistrer.Web 2023.10https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2830Faire une médiane sur une normalisation multiple2018-12-28T10:10:31+01:00Ryan HerbertFaire une médiane sur une normalisation multipleSi j'ai bien compris, Marlène à trois sortes de spike-ins sur lesquels elle voudrais pouvoir normaliser avec une médiane des trois.Si j'ai bien compris, Marlène à trois sortes de spike-ins sur lesquels elle voudrais pouvoir normaliser avec une médiane des trois.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2825Coût du FineSegmenter : est-on trop généreux avec les mismatches ?2018-06-26T10:41:27+02:00Mikaël SalsonCoût du FineSegmenter : est-on trop généreux avec les mismatches ?Il y a certains cas où le nombre de mismatches, proches d'une extrémité semble important par rapport au nombre de matches.Il y a certains cas où le nombre de mismatches, proches d'une extrémité semble important par rapport au nombre de matches.Algo -- Importanthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2526Discordance de productivité2024-02-06T16:46:02+01:00Mathieu GiraudDiscordance de productivitéAurélie ~"LIL-Lille" (par mail, réévoqué ce matin en direct) :
> Le clone majoritaire (...) est dit non productif par Vidjil alors que IMGT et IgBlast disent qu’il est productif.
>
> http://app.vidjil.org/?sample_set_id=23871&config=3...Aurélie ~"LIL-Lille" (par mail, réévoqué ce matin en direct) :
> Le clone majoritaire (...) est dit non productif par Vidjil alors que IMGT et IgBlast disent qu’il est productif.
>
> http://app.vidjil.org/?sample_set_id=23871&config=35
>
> Let's look on the following clones:
> >IGHV3-7*01 1/GGAAGCCC/21 IGHJ6*01 338 nt, 607 958 reads (89.48%)
> AGGAGTCGGGGGGAGGCTTGGTCCAGGCCGGGGGGTCCCTGAGACTCTCATGCGTCGGCCACGGATTGAGTTTGAAGAAGGATTGGATGAGTTGGGTCCGCCAGGCTCCAGGGGAGGGGCTGGAGTGGGTGGCCTACATAAAGGAAGATGGAAATGGGAAACACTATGTGGACTCTGTGAAGGGCCGATTCATCATCTTCAGAGACGACGCCAAGAACTCACTATATCTGGAAATGAACAGCCTGAGAGTCGAGGACACGGCTATGTATTATTGTGTGAGA
>
> GGGAAGCC
> CTGGGCGTTTGGGGGCCAAGGGACATCGGTCACCGTCTCCTCAGGTAAG
cc @flothoniLille-LAL-nexthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2150Voir le groupe dans la liste des sample_sets, pour les utilisateurs2017-03-16T15:14:55+01:00Mathieu GiraudVoir le groupe dans la liste des sample_sets, pour les utilisateursCe serait intéressant de voir à quel groupe est chaque sample_set dans la liste.
Même si cela ne répond pas complètement à #2146, cela le ferait en partie, si on reprend le message de Jona :
> When I see the patient list, would there b...Ce serait intéressant de voir à quel groupe est chaque sample_set dans la liste.
Même si cela ne répond pas complètement à #2146, cela le ferait en partie, si on reprend le message de Jona :
> When I see the patient list, would there be a possibility of only viewing the samples of for example VLK 2014. Now, I see all the patients - of both projects - and *can’t see which patient belongs to which project.*
Mais... n'est-ce pas ce que nous voyons déjà, en tant qu'admin ?
Bref, ne suffirait-il pas de mettre la colonne visible pour tous, quitte à retravailler un peu ce qu'il y a dedans (ne pas afficher les groupes uXX) ?
@RyanHerb @mikael-sMikaël SalsonMikaël Salsonhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2146Filtrer la liste des sample_sets par groupe2019-02-28T14:30:15+01:00Mikaël SalsonFiltrer la liste des sample_sets par groupeLorsqu'une personne appartient à plusieurs groupes, elle peut vouloir filtrer les résultats en fonction d'un groupe.
Demande de Jona, mais peut s'appliquer à d'autres.
cc @magiraud @RyanHerbLorsqu'une personne appartient à plusieurs groupes, elle peut vouloir filtrer les résultats en fonction d'un groupe.
Demande de Jona, mais peut s'appliquer à d'autres.
cc @magiraud @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2062Authentification par LDAP2021-10-22T11:07:25+02:00Thonier FlorianAuthentification par LDAPEvoqué au CHU de Rennes :
Possibilité de passer par un system d'authentification par LDAP.
Celui-ci permettrait de révoquer ou autoriser les accès plus simplement sans avoir à gérer la création de compte pour l'admin local.
D'après ...Evoqué au CHU de Rennes :
Possibilité de passer par un system d'authentification par LDAP.
Celui-ci permettrait de révoquer ou autoriser les accès plus simplement sans avoir à gérer la création de compte pour l'admin local.
D'après eux, relativement répandu comme système de gestion des accès. Cela dit, pas obligatoire du tout.
Pour l'application à Vidjil, il faudrait quand meme que l'ensemble des comptes pointent vers un meme groupe d'utilisateurs pour partager les données et résultats de patients.
@magiraud @mikael-s @RyanHerbmarc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1940Lorsque une partie des fichiers est runné, des métadata des mauvais fichiers ...2016-11-29T14:42:23+01:00Vidjil TeamLorsque une partie des fichiers est runné, des métadata des mauvais fichiers sont affichésJ'ai lancé le 2è et le 3è fichier (R2 et fichier mergé) mais les infos affichées (commentaires sur le fichier plus nom des fichiers) sont celles de R1 et R2 : http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?sample_set_id=7859&config=34
En reva...J'ai lancé le 2è et le 3è fichier (R2 et fichier mergé) mais les infos affichées (commentaires sur le fichier plus nom des fichiers) sont celles de R1 et R2 : http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?sample_set_id=7859&config=34
En revanche les résultats sont bien ceux de R2 et du fichier mergé. C'est donc un problème postérieur au lancement de Vidjil (fuse ou récupération des infos).
***
Ryan, Martin ne t'avait pas parlé d'un bug de ce genre ?
Confirmé par Jona. Ce sont les métadonnées des premiers fichiers qui sont affichés, alors que ce sont les derniers fichiers qui ont été analysés :
http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?sample_set_id=3447&config=30
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Si ! Et Marc l'a corrigé, mais on dirait que ce n'est pas encore dans prod-server.
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C'est bon, merci.
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@mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1899export fasta : retirer les point dans les séquences des germlines2018-07-24T15:57:13+02:00Vidjil Teamexport fasta : retirer les point dans les séquences des germlinesEst-ce que cela gênait quelqu'un ? Mais oui, on pourrait les enlever au moment de l'export. Tatiana ?
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Marleen et Jona ne comprenaient pas ce que c'était.
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Ok, mieux vaut supprimer les points.
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@CyanaelEst-ce que cela gênait quelqu'un ? Mais oui, on pourrait les enlever au moment de l'export. Tatiana ?
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Marleen et Jona ne comprenaient pas ce que c'était.
***
Ok, mieux vaut supprimer les points.
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@Cyanaelhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1891Après merge des séquences, les séquences ne sont plus clickables/comparables2018-04-18T08:59:51+02:00Vidjil TeamAprès merge des séquences, les séquences ne sont plus clickables/comparablesRemarqué par Bruxelles : elles voulaient comparer/aligner trois séquences mergées dans un clone. Quand on cliquer sur "+", les trois séquences s'affichent dans le scatterplot... mais pas dans le segmenter
***
Les clones restent cliquable...Remarqué par Bruxelles : elles voulaient comparer/aligner trois séquences mergées dans un clone. Quand on cliquer sur "+", les trois séquences s'affichent dans le scatterplot... mais pas dans le segmenter
***
Les clones restent cliquables (dans la liste ou le scatterplot) et donc on peut toujours les comparer.
***
Ah oui... pas pour moi (pas de sélection multiple). C'est donc un autre bug.
***
Effectivement, on peut faire cette sélection... mais ce n'est pas clair.
En fait, quand on ouvre un clone, tout est grisé, mais pas sélectionné, ce n'est pas facile de comprend pas que les sous-clones ne sont pas encore sélectionnés (le reste du temps, ce qui est grisé dans la liste est aussi sélectionné). Le rectangle noir autour du cluster n'est pas très cohérent.
Enlever ce grisé ?
(Au passage, les rectangles noirs ne sont pas très clairs : gris plus léger ?)
***
@magiraud @RyanHerb @mikael-s @Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1746Charger / Sauver les .analysis dans des vues autres que Patient2016-11-29T14:40:09+01:00Vidjil TeamCharger / Sauver les .analysis dans des vues autres que PatientQue ce soit avec la tâche "Run / SampleSet / Tags", ou même, dès maintenant, avec le "Compare Patients", on souhaite visualiser voire sauvegarder les .analysis.
C'est une demande explicite de XXX ("Peut-on sauver les analyses dans Compa...Que ce soit avec la tâche "Run / SampleSet / Tags", ou même, dès maintenant, avec le "Compare Patients", on souhaite visualiser voire sauvegarder les .analysis.
C'est une demande explicite de XXX ("Peut-on sauver les analyses dans Compare Patients ?"). Cas d'usage : dans une vue "Run", on identifie une contamination, qu'on targue, et on veut retrouver ce tag dans les différents Patients (et, pour un des patients, c'est le "main clone", pour les autres, "contamination")
Ce n'est pas facile
- que se passe-t-il si un clone est en rouge dans le patient A, mais pas en B / C ?
On voit la ligne rouge A-B-C, mais faut-il sauver du rouge dans B-C ?
- pire, si autre couleur dans B-C, warning à faire
(Cela ne doit pas nous bloquer pour faire Run/SampleSet/Tags...)
***
XXX c'est Jona Van der Straeten (mail du 23/11)
***
@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1727Export csv de la liste des clones en sortie de l'algo2020-06-19T10:28:20+02:00Vidjil TeamExport csv de la liste des clones en sortie de l'algoVoir aussi "export csv bar grid"
Marleen et Hélène veulent récupérer un fichier tableur avec autant de clones que possible, et leurs V/D/J... pour s'amuser de leur côté.
Ah oui, on l'a déjà, "export csv"... mais est-ce que cela fon...Voir aussi "export csv bar grid"
Marleen et Hélène veulent récupérer un fichier tableur avec autant de clones que possible, et leurs V/D/J... pour s'amuser de leur côté.
Ah oui, on l'a déjà, "export csv"... mais est-ce que cela fonctionne ?
Qui l'utilise ?
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Discuté lors du VW16.
***
Je viens de regarder ça deux minutes.
Je ne sais pas tout ce qu'il a été dit au VW, mais voici ce que j'ai vu.
Il vous faut une sortie complète pour faire des analyses bioinfo un peu comme j'ai pu en faire sur mes TCRD ?
Déjà, il faut susurrement mettre à jour avec la détection possible des 4a et 4b si ça devient courant.
De plus, tel quel, la dénomination de sortie est V, D ou J. Or, on peut avoir des D en V ou en J (recombo DJ ou DD par exemple). J'ai résolu pour ma part ce souci par une système de jonglage récursif (si DDx en 5, déplacer en 4, si déjà D en 4, déplacer en 4a, si déjà D en 4a ,...). La détection de l’appartenance aux V,D ou J se faisant uniquement sur la lecture des char en pos 3 du segment (pas idéal).
De plus, avoir une string avec le ratio inclut dedans n'est pas pratique. Soit le bioinfo derrière le recalcul, soit il faut qu'il soit inclut dans une colonne tierce. De même, le ratio n'est pas inclue à chaque fois car il y a une valeur seuil (5reads, suffisant pour les MRD, pas pour les répertoires). C'est compréhensible mais un peu embrouillant quand on a beaucoup de clones et que 90% ne passe pas le filtre.
Dernier point : pour le moment, on a "ratio_$i" en nom de colonne, mais ce n'est pas parlant, surtout si archivé. On gagne peut-être en compréhension si on avait le nom du point ? Bioinformatiquement, ce n'est peut-être pas non plus le plus pratique. Un mix "ratio_0 (prélèvement XXX)" ?
En bonus, possible d'inclure un outil de sélection des colonnes voulues, un peu comme l'obtention des refseq sur le table browser de ucsc ?
***
Rando 2016: Marc peut s'y coller, merci!
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@RyanHerb @Duez