vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2024-03-27T14:21:24+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5216Roadmap hiver/printemps 2024 suite au CST 2023-122024-03-27T14:21:24+01:00Mathieu GiraudRoadmap hiver/printemps 2024 suite au CST 2023-12
Discuté à l'AG puis affiné entre @mikael-s @fthonier @clement.chesnin @magiraud en janvier
Fenêtre de dev: 3 mois, fév/mars/avril
- mi-mai: déploy sur app
- juste avant le workshop
- mi-juin: déploy health
## Priorités
### Points ...
Discuté à l'AG puis affiné entre @mikael-s @fthonier @clement.chesnin @magiraud en janvier
Fenêtre de dev: 3 mois, fév/mars/avril
- mi-mai: déploy sur app
- juste avant le workshop
- mi-juin: déploy health
## Priorités
### Points majeurs décidés par le CST
- [Bioinformatics] Better tools for quality assessment and massification of analyses ==> statsQC, API
- [Bioinformatics] Better tools for full repertoire analysis (including app-stats)
- [Technical] Technical foundations (Py4web, more flexible workflows, CI, librairies)
### Points que l'on fait tout de même
- [Technical] Tools to improve support, admin, and monitoring
- Better communication with the community (documentation, feature tours, Vidjil Workshop)
- Better communication with developers/bioinformaticians
### Autres points
- [Bioinformatics] Better sequence and recombination analysis [Research in algorithms] ==> on reparle dans 6 mois, sauf éventuellement merge Aho XXXX et tranlocation
- [Bioinformatics] Profiles/scenarios ==> pas d'intérêt fort, on en reparle dans 6 mois
## Concrètement
### Tâches majeures février-mars-(avril)
- [ ] [ensemble] Finir py4web, suivi deploy prod #5073
- [x] [C] NSX
- [ ] [C] QCstats ~"server-qc-stats"
- [ ] [F] app-stats (démo en février) ~"app-stats"
- [ ] [F] bioinfo (lecture, support, recherche) :)
- [ ] [Ensemble] MySQL 8 ? #3582
### Tâches continues
[Ensemble] vie du consortium
- Feature Tour
- Vidjil Workshop vdj#1392
- EuroClonality-NGS
- Com
- Panel beta: début avril (statsQC + autres choses) (séparé du Tour ? à voir)
### Autres tâches
ensemble
- [ ] [ensemble] Nettoyer web2py
- [ ] [ensemble] Documenter py4web
- [ ] [ensemble] Article 2024 sur la plateforme vdj#1180
F
- [ ] [F] Merger première MR à QCstats, transférer à Clément !1224
- [ ] [F] Promotheus/Grafana: passer à Clément !1343
- [ ] [F] Premier vendredi du mois, présentation biblio
- [ ] [F] Créer vijdil-community-bioinfo
- [ ] [F] API: Lille, Nantes, Strasbourg?
C
- [ ] [C] Promotheus/Grafana !1343 vdj#1073
- [ ] [C] task.py, workflows #2358
- [ ] [C] Création de compte, avec vérification de mail
- [ ] [C] Config SMTP (reçoit-on les mails ?)
- [ ] [C] Autres updates de frameworks/librairies Python3, Ubuntu 24.04 LTS, Cypress 14, ..., fixer version…Web 2024.04https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5043Roadmap été/automne 2022 suite au CST2023-03-28T16:29:19+02:00Mathieu GiraudRoadmap été/automne 2022 suite au CSTDiscuté ensemble @mikael-s @flothoni @duez, complété un peu
**More tags/colors.** Done
**API / Demo.** TODO
**Initial work towards tools for Clonal evolution (one month, first tools)**
- usages de tSNE, rafraîchir cela, documenter...Discuté ensemble @mikael-s @flothoni @duez, complété un peu
**More tags/colors.** Done
**API / Demo.** TODO
**Initial work towards tools for Clonal evolution (one month, first tools)**
- usages de tSNE, rafraîchir cela, documenter...
- :zap: **faire un point et documenter tSNE #5083**
- tSNE 1D (avec par exemple axe V) ? #5042
- extensions de tSNE
- tSNE sur toute la séquence ? sur les V ? (avec threshold si fenêtre proche ?) #5084 (pas la priorité ?)
- tSNE sur d'autres distances #3158 #4093 ~"repseq-IMGT" **CDR3/AA #5111**
- **aussi alignements #3332**
- pour tSNE comme alignements, ~"client-speed" back (ou .js): update cgi ? #2786 #5041 ?
- *On ne rentre pas dans #1726 et autres: bien trop complexe pour un mois*
**Contamination (one month)**. See and export how clonotypes may be common in several stages
- stats-qc #4539/#3171
- et/ou post-process
- affichage dans le rapport ? (afficher stats-qc dans rapport ?)
- :zap: en pur client, **#5082 et #5054**
- en pur client, via warnings **#4133, va avec #5080 / !1240**
**Profiles for diseases (one month).** This will begin by stabilizing/enhancing the reports for different diseases
- en septembre, après retours sur nouveaux rapports ~"client-rapport", rajout d'éléments...
- :zap: **#5012 serait déjà fantastique**Web 2023.10https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4600Réflexion sur l'ensemble du client, page blanche, nouvelles vues2020-12-04T22:17:28+01:00Mathieu GiraudRéflexion sur l'ensemble du client, page blanche, nouvelles vuesDiscuté lors de la réunion ~"+-roadmap" cc @flothoni @duez.
Si Vidjil n'exisitait pas, que faudrait-il concevoir pour répondre aux besoins des usagers en hémato et en client ?
En partant d'une page blanche, que pourrions-nous imaginer ?
...Discuté lors de la réunion ~"+-roadmap" cc @flothoni @duez.
Si Vidjil n'exisitait pas, que faudrait-il concevoir pour répondre aux besoins des usagers en hémato et en client ?
En partant d'une page blanche, que pourrions-nous imaginer ?
Au final, cette réflexion *pourrait* donner lieu à de nouvelles vues
(comparaison répertoires, beaucoup échantillons, tables...) ou à d'autres changements.
Voir #2245, #4139, #1975, #4165, #2589, #4180, #1887...
Brainstorming à faire, par exemple en février ou mars 2021.2021-03-04https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4511Utiliser un framework javascript ?2022-02-19T14:21:20+01:00Mathieu GiraudUtiliser un framework javascript ?Mentionné ces derniers temps à la fois avec @duez et @flothoni, et discussion qui date de plusieurs années : prend-on un jour une décision d'utiliser un framework ? (curieux qu'il n'y ait pas déjà d'autres issues là-dessus).
- Bootstra...Mentionné ces derniers temps à la fois avec @duez et @flothoni, et discussion qui date de plusieurs années : prend-on un jour une décision d'utiliser un framework ? (curieux qu'il n'y ait pas déjà d'autres issues là-dessus).
- Bootstrap (a priori non)
- Angular
- React
- Vue
- ...
Pourquoi pas, mais décision lourde à débattre / comparer les possibilités / ...
Les choses déjà actées :
- chart.js est en cours d'évaluation par ~"app-stats", on verra si on l'utilise plus largement
- pour le côté responsive/gestion des vues, en ce moment ~"vmi-responsive"https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2174Features de séquences et axes : concepts et liens2020-10-14T11:29:54+02:00Mathieu GiraudFeatures de séquences et axes : concepts et liensDiscussion débutée avec @RyanHerb.
Nous avons deux concepts dont nous souhaitons améliorer la généricité :
* les "features" ~"client-segmenter" (quelque chose sur une portion de la séquence) #2136 #2137
* les "axes" ~"client-ax...Discussion débutée avec @RyanHerb.
Nous avons deux concepts dont nous souhaitons améliorer la généricité :
* les "features" ~"client-segmenter" (quelque chose sur une portion de la séquence) #2136 #2137
* les "axes" ~"client-axis" (une valeur pour un clone) #1471 #2175
Déjà, sommes-nous cohérents dans notre vocabulaire, entre *"feature"* et *"axe"* ? (Meilleur nom que "axe" ?) (#2136 parle-t-il de feature ou d'axes ?)
Est-ce que ce sont toujours deux concepts bien séparés ? Il y a parfois des liens entre ces concepts. C'est le cas de #2043 @flothoni : on peut calculer un axe à partir de feature. Longueur de N, entre deux primers... on pourrait en avoir d'autres (nombre de D, ...).
Et des features sur toute la séquence sont naturellement des axes... la description du format `.vidjil` indique :
```
// any feature to be highlighted in the sequence, with optional fields related to this feature:
// - "start"/"stop" : positions on the clone sequence (starting at 1)
// - "seq" : a sequence
// - "val" : a numerical value
// - "info" : a textual vlaue
"somefeature": { "start": 56, "stop": 61, "seq": "ACTGTA", "val": 145.7, "info": "analyzed with xyz" },
// Numerical or textual features concerning all the sequence or its analysis (such as 'evalue')
// can be provided by omitting "start" and "stop" elements.
"someotherfeature": {"val": 0.004521},
```
Ici on aimerait clairement pouvoir afficher `someotherfeature` comme un axe.
Mais ces deux concepts sont tout de même fort différents. Que nous évoquent-ils ? Quelque part, le ~client Vidjil n'est-il pas principalement un affichage de clones avec des features et des axes (et des samples) ?
cc @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1382top par système : fuse.py2024-01-22T15:24:43+01:00Vidjil Teamtop par système : fuse.pySuite à la réunion du CBP et la discussion dans le métro, ce serait bien de récupérer plus de séquences par systèmes.
- une solution serait d'avoir, dans fuse, un `--top-by-system`, par exemple à 30, qui laisse passer (en plus du top 100...Suite à la réunion du CBP et la discussion dans le métro, ce serait bien de récupérer plus de séquences par systèmes.
- une solution serait d'avoir, dans fuse, un `--top-by-system`, par exemple à 30, qui laisse passer (en plus du top 100) les 30 tops par système *à condition* que le système apparaisse dans le top 100 normal.
- mais cela demande aussi, dans le c++, de faire en sorte que ce top 30 soit segmenté. Pas ultra-prévu pour, à voir.
- ~~ou bien on en profite pour chambouler l'ensemble et lancer une partie du c++ (FineSegmenter, et bientôt CDR3/AA) après le fuse.~~ non
Bref, ce n'est pas si facile. Aussi une crainte : que cela ramène des choses trop basses, de bruit comparables à d'autres clones qu'on affiche pas car caché par de plus gros clones.
À réfléchir ensemble, attendre retour du CBP de début février. (En attendant, solution simple est de relancer sur autre config,)
***
Demandé aussi par Rennes : top 100 + top 10 par système ?
***
Mais attention, certains systèmes où on n'a pas grand chose on va ramener des clones très faibles…
***
On mettra des gros warnings pour les trop faibles globaux
***
Voir le mail à McGill d'aujourd'hui... En RNA-Seq, ils ont (peut-être) du TR, mais caché par un Ig beaucoup plus gros :
```
reads clones
IGH -> 49714 100.0 5930 0.119
IGK -> 214250 100.0 8250 0.039
IGL -> 67030 100.0 4375 0.065
TRA -> 796 100.0 442 0.555
TRB -> 1158 100.0 586 0.506
TRD -> 61 100.0 43 0.705
TRG -> 126 100.0 80 0.635
```
Mais il y a toujours la question du bruit.
***
Évoqué lors du VW16
***
Ping : on est peut-être sur le point de modifier le fuse, penser aussi au top par système (ou au top 1000 + 100 par système)Web 2024.04https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1253Se souvenir des amorces/primers utilisées : comment ?2023-03-28T16:11:50+02:00Vidjil TeamSe souvenir des amorces/primers utilisées : comment ?On pourrait gérer plus proprement les amorces, avec
- des listes d'amorces (Biomed ? nouvelles EC ? d'autres ?)
- en fonction des amorces sélectionnées, les confisg (ou les stats) sont différents, ou d'autres features
- et certains...On pourrait gérer plus proprement les amorces, avec
- des listes d'amorces (Biomed ? nouvelles EC ? d'autres ?)
- en fonction des amorces sélectionnées, les confisg (ou les stats) sont différents, ou d'autres features
- et certains réglages permettraient de chosir directement un "kit" d'amorces
Ce n'est pas facile, que cela soit au niveau de la db, du browser derrière, et même de la conception / de ce qu'on veut. Vraiment pas la priorité pour l'instant.
***
mis dans la demande d'ADT, 2016Web 2023.10