vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2017-05-22T15:26:06+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2381La page de modification d'un utilisateur n'existe plus2017-05-22T15:26:06+02:00Mikaël SalsonLa page de modification d'un utilisateur n'existe plusLe contrôleur `/user/edit` renvoie une 404 (similaire à #2350 ?). On y accède via la liste des utilisateurs, avec l'icône de modification présente sur chaque ligne.
Est-il testé ?Le contrôleur `/user/edit` renvoie une 404 (similaire à #2350 ?). On y accède via la liste des utilisateurs, avec l'icône de modification présente sur chaque ligne.
Est-il testé ?Web 2017.05Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2371Les groupes vides ne s'affichent pas dans la liste des groupes2017-05-22T15:26:06+02:00Ryan HerbertLes groupes vides ne s'affichent pas dans la liste des groupesTout est dans le titre.Tout est dans le titre.Web 2017.05Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2341Des pre-process pensent être QUEUED… sans l'être réellement2017-05-22T15:26:06+02:00Mikaël SalsonDes pre-process pensent être QUEUED… sans l'être réellementPatient 5438 : 3 pré-process apparaissent QUEUED (depuis hier soir) alors qu'aucun ne l'est selon l'interface d'admin…
cc @magiraud @flothoniPatient 5438 : 3 pré-process apparaissent QUEUED (depuis hier soir) alors qu'aucun ne l'est selon l'interface d'admin…
cc @magiraud @flothoniWeb 2017.05Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2325La suppression d'un sample set ramène sur une « None » list2017-05-22T15:26:06+02:00Mikaël SalsonLa suppression d'un sample set ramène sur une « None » list1. Supprimer un sample set
2. Observer qu'on arrive sur une page blanche.
Le log indique :
```
2017-04-04 19:25:27 <Mikaël> 109.190.80.52 DEBUG sample_set.py:197 None list (0.090s)
2017-04-04 19:25:27 <Mikaël> 109.190.80.52 I...1. Supprimer un sample set
2. Observer qu'on arrive sur une page blanche.
Le log indique :
```
2017-04-04 19:25:27 <Mikaël> 109.190.80.52 DEBUG sample_set.py:197 None list (0.090s)
2017-04-04 19:25:27 <Mikaël> 109.190.80.52 INFO sample_set.py:445 sample set (18165) deleted
2017-04-04 19:25:25 <Mikaël> 109.190.80.52 DEBUG sample_set.py:408 request sample_set deletion
```
cc @magiraudWeb 2017.05Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2279Blocage d’une requête multi-origines (Cross-Origin Request) lors du login2017-06-09T11:20:08+02:00Thonier FlorianBlocage d’une requête multi-origines (Cross-Origin Request) lors du login>>>
Blocage d’une requête multi-origines (Cross-Origin Request) : la politique « Same Origin » ne permet pas de consulter la ressource distante située sur https://vda.vidjil.org/vidjil/default/user/login?_next=https%3A%2F%2Fvda.vidjil.or...>>>
Blocage d’une requête multi-origines (Cross-Origin Request) : la politique « Same Origin » ne permet pas de consulter la ressource distante située sur https://vda.vidjil.org/vidjil/default/user/login?_next=https%3A%2F%2Fvda.vidjil.org%2Fvidjil%2Frun%2Findex. Raison : l’en-tête CORS « Access-Control-Allow-Origin » est manquant. (source inconnue)
callUrl: error - run/index? database.js:1075:33
Blocage d’une requête multi-origines (Cross-Origin Request) : la politique « Same Origin » ne permet pas de consulter la ressource distante située sur https://vda.vidjil.org/vidjil/run/index. Raison : l’en-tête CORS « Access-Control-Allow-Origin » est manquant.
>>>
Lors de la connexion au serveur, il faut cliquer 2x fois sur le bouton.
La première fois, en regardant le contenu de la console, j'obtiens ce message d'erreur.
Un simple clique resout le souci, mais ça oblige a cliquer 2 fois.Web 2017.05https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2176Sauvegarder et utiliser l'id des samples dans les fichiers .analysis2017-05-18T10:06:17+02:00Thonier FlorianSauvegarder et utiliser l'id des samples dans les fichiers .analysisBug aperçu sur Rennes, et d'origine connue.
Un point est inversé avec un autre (notemment un contrôle et un échantillion patient).
Avant le chargement de l'analyse, le contenu des analyses est correctement fourni. Ensuie, lorsque l'a...Bug aperçu sur Rennes, et d'origine connue.
Un point est inversé avec un autre (notemment un contrôle et un échantillion patient).
Avant le chargement de l'analyse, le contenu des analyses est correctement fourni. Ensuie, lorsque l'analysis est chargé, il y a une inversion du nom entre plusieurs samples.
![bug_ordre_liste](/uploads/2e7bbe44e1babc09f9e5eacca48df698/bug_ordre_liste.png)
![bug_ordre_liste2](/uploads/a0aace27f9957e28bb589afe01f04d3c/bug_ordre_liste2.png)
L'origine du bug est reproductible, d'ailleurs observable sur un second patient.
Lors de la création du patient, 5 samples ont été chargés, 3 ech réels, et deux "témoins", avec les bonnes date d'analyses renseignées.
Suite a une inversion entre deux patients, le point sample 3 de ces deux patients a été retiré et remplacé par le nouveau fichier.
Maintenant, lorsque l'on recharge l'analyse, on a dans un premier temps le bon affichage.
Je n'ai pas encore eu le temps de localiser l'origine de l'erreur, ni de la reproduire moi-même. Je présume cela dit qu'il y a une réassignation du titre dasn l'axe sur une liste non sorted par la date d'analyse (supposition)
@magiraud @mikael-s @RyanHerb
PS : le bug est assez grave car on peux ainsi intervertir les observations entre deux dates, et n'est pas forcement facilement visualisable et a déjà pu passer inaperçu.Web 2017.05Thonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1671Mettre à disposition les reads segmentés2017-05-23T15:36:21+02:00Vidjil TeamMettre à disposition les reads segmentésAvec certaines options, on peut avoir des fichiers intéressants à donner à l'utilisateur.
Évidemment `-u` / `-U`, mais potentiellement d'autres choses. Le log complet (euh, on l'a déjà ailleurs) par exemple.
De plus, d'autres program...Avec certaines options, on peut avoir des fichiers intéressants à donner à l'utilisateur.
Évidemment `-u` / `-U`, mais potentiellement d'autres choses. Le log complet (euh, on l'a déjà ailleurs) par exemple.
De plus, d'autres programmes ont sûrement des fichiers de sortie aussi intéressant.
Bref, trouver un mécanisme flexible pour transmettre $n$ fichiers à l'utilisateur.
Cela permet d'avoir toute la puissance de l'algo même si certains trucs ne sont pas exploités par le browser.
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@nobodyWeb 2017.05Mathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2011Ne pas lancer fuse quand le nombre de samples est trop important ?2017-05-22T17:09:00+02:00Vidjil TeamNe pas lancer fuse quand le nombre de samples est trop important ?Discussion cet après-midi, suite aux problèmes de place sur /mnt/result : Mathieu propose de ne pas lancer fuse lorsque le nombre de samples est supérieur à un nombre (p. ex. 20). Cela permet d'économiser de la place (et du temps CPU : u...Discussion cet après-midi, suite aux problèmes de place sur /mnt/result : Mathieu propose de ne pas lancer fuse lorsque le nombre de samples est supérieur à un nombre (p. ex. 20). Cela permet d'économiser de la place (et du temps CPU : un fuse sur 100 fichiers prend du temps).
De plus le fuse est lancé autant de fois qu'il appartient à de sample sets (donc au moins 2, non ?).
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753e78c : On ne garde que les 16 premiers. C'est peut-être un peu brutal de faire cela au niveau de fuse.py, mais bon, cela renvoie tout de même un .vidjil pour une visualisation sur les premiers échantillons.
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Ça me paraît un peu rapide. On n'a pas vraiment de solution pour « degrade gracefully ».
Garde les 16 premiers : est-ce que ça veut dire qu'on va fusionner toujours les mêmes sur le serveur s'il y a plus de 16 fichiers ? Comment on fait pour avoir les autres ? Le custom fuse ne permet pas de sauvegarder les analyses.
Côté serveur il faudrait avertir les utilisateurs qu'ils ne verront que 16 fichiers.
Il y a des utilisateurs avec plus de 16 fichiers, et ça peut faire sens : http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=790&config=25
Le problème est surtout avec les runs ou avec Kiel qui met plein d'échantillons différents dans un même patient. Les clones n'ont rien à voir d'un échantillon à l'autre et donc on se retrouve avec des dizaines de milliers de clones dans le fichier. Une autre solution peut être de réduire le top lorsque le nombre de fichier augmente.
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D'autant plus que l'utilisateur qui nous pause problème à ce sujet n'utilise pas le fuse automatique mais plutôt le custom_fuse, non ? Ne pourrait-ton pas simplement avoir des configs qui fusent et d'autres non ?
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Oui, effectivement ça serait une solution simple de proposer à Kiel une config sans fuse (on sait faire ça ?).
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Je pense qu'il y a un bout de code à changer pour que le run accepte de ne pas fuse, mais oui je pense que c'est possible.
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Oui, le coup de la config en plus, pourquoi pas !
Ou même... la config par défaut pourrit faire 16 fichiers au plus, et on a une config spéciale si quelques gens veulent avoir beaucoup de points.
> « degrade gracefully ».
> Garde les 16 premiers : est-ce que ça veut dire qu'on va fusionner toujours les mêmes sur le serveur s'il y a plus de 16 fichiers
C'est une bonne question. Mais que cela soit oui ou non, c'est un "degrade gracefully" si on montre 16 points... et si on dit qu'on a une autre config si vraiment on veut avoir d'autre chose.
Enfin, quitte à avoir une autre config, on pourrait aussi régler plus finement les paramètres du fuse (top et autres).
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Ça me semble plus simple de demander à Kiel d'utiliser une config sans fuse, plutôt que de mettre en place le nécessaire pour avertir les utilisateurs que quand il y a plus de X fichiers ils ne verront pas tous les résultats et qu'ils doivent lancer avec une autre config (en espérant qu'il y ait une config correspondante avec un fuse infini).
Autre exemple, si j'uploade 20 fichiers dans mon run (ce qui n'est pas délirant), j'ai envie de savoir si j'ai de la conta entre mes 20 fichiers pas entre 16 fichiers plus ou moins choisis aléatoirement (dont l'ordre dépendra de l'upload).
En fait plus j'y réfléchis, plus j'ai l'impression qu'un top qui diminue progressivement avec le nombre de fichiers fournit une solution plus satisfaisante (et même pas besoin de demander à Kiel d'utiliser une autre config, on peut mais ça n'est pas indispensable).
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> plutôt que de mettre en place le nécessaire pour avertir les utilisateurs
Je ne suis pas d'accord sur ce point, c'est très simple avec les notifications. Cela permet d'avoir, par défaut, un comportement correct pour la majorité des utilisateurs, et de les inciter à utiliser correctement les patients. (Et s'ils leur manquent quelque chose, c'est facile de rajouter une config pour un user, pour des bonnes raisons). Je préfère être sûr, dès maintenant, que tous les utilisateurs font ce qu'il faut (et traiter au cas par cas quelques cas comme Kiel) plutôt que de retomber dans quelques mois sur un autre utilisateur qui fera pareil.
> Autre exemple, si j'uploade 20 fichiers dans mon run (ce qui n'est pas délirant)
Oui, tout à fait ! 16 est un exemple, cela peut être 32 ou 42 :-) Dans tous les cas, au-delà de 8-10 simples, on devrait cacher sur le graphe (cf une autre tâche). Et encore plus si on fait des SampleSets : peut-être que quelqu'un aura un SampleSet de 100/200 patients correspondant à un truc particulier... (Mais lance-t-on les mêmes configs dans tous les SampleSet ? Ce n'est pas obligé.)
> En fait plus j'y réfléchis, plus j'ai l'impression qu'un top qui diminue progressivement avec le nombre de fichiers fournit une solution plus satisfaisante
Oui, c'est aussi possible, par exemple (1000 / #samples)... mais on a déjà du mal à expliquer ce qu'est notre top, alors là cela va être encore plus dur. Ou alors, 1000 tant que #samples < 8, puis ensuite cela descend.
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Par défaut, met-on le -f dans fuse.py à 0 et on fait une config pour Kiel où le -f est à 1 (ou X) ?
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Kiel vient d'ajouter une centaine de fichiers → –10 Go
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@magiraud @RyanHerb @mikael-sWeb 2017.05Mikaël SalsonMikaël Salsonhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2141Donner accès aux fichiers produit par les logiciels RepSeq utilisés par Vidjil2017-05-22T18:24:36+02:00Mikaël SalsonDonner accès aux fichiers produit par les logiciels RepSeq utilisés par VidjilDiscuté avec @magiraud et @RyanHerb : on veut pouvoir donner accès aux différents fichiers produits par les softs que nous lançons (c'est-à-dire pour l'instant Vidjil et MiXCR). Il n'y a a priori rien à cacher dans ces fichiers.Discuté avec @magiraud et @RyanHerb : on veut pouvoir donner accès aux différents fichiers produits par les softs que nous lançons (c'est-à-dire pour l'instant Vidjil et MiXCR). Il n'y a a priori rien à cacher dans ces fichiers.Web 2017.05Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1679Avoir un paramètre pour afficher dans la liste / dans le status des clones le...2017-04-14T17:16:50+02:00Vidjil TeamAvoir un paramètre pour afficher dans la liste / dans le status des clones le nom sans allèles ou pas- au moins quand il y en a un seul (*01) (gain de place, gain de lecture)
- quand il y en a plusieurs, option ? Que signifie alors 4//5 ? Par rapport au *01 ?
***
Trois réglages dans "settings > allele names"
- always
- when ...- au moins quand il y en a un seul (*01) (gain de place, gain de lecture)
- quand il y en a plusieurs, option ? Que signifie alors 4//5 ? Par rapport au *01 ?
***
Trois réglages dans "settings > allele names"
- always
- when not *01
- never
***
On les garde dans le exportFasta ? dans le rapport ?
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@CyanaelWeb 2017.05https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2428Export de la jonction AA en csv2017-05-22T14:08:26+02:00Mathieu GiraudExport de la jonction AA en csvDemande de Michael Svatoň ~"PRA-Prague" :
> Do you think, it would be possible, when exporting a csv report of clones, to include the AA junction sequence, when present?
cc @flothoniDemande de Michael Svatoň ~"PRA-Prague" :
> Do you think, it would be possible, when exporting a csv report of clones, to include the AA junction sequence, when present?
cc @flothoniWeb 2017.05Thonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2405Streamer directement les fichiers de résultats qu'on propose de télécharger2017-05-12T14:57:59+02:00Mikaël SalsonStreamer directement les fichiers de résultats qu'on propose de téléchargerDepuis #2141 on peut récupérer les fichiers de résultats produits par les logiciels.
Voici le bout de code qui se charge de l'envoyer à l'utilisateur :
```python
with open(filepath) as f:
file_content = f.rea...Depuis #2141 on peut récupérer les fichiers de résultats produits par les logiciels.
Voici le bout de code qui se charge de l'envoyer à l'utilisateur :
```python
with open(filepath) as f:
file_content = f.read()
return response.stream(StringIO.StringIO(file_content), attachment = True, filename = request.vars['filename'])
```
On stocke donc la totalité du fichier dans une variable `file_content`. Or les fichiers de sortie peuvent être assez gros (plusieurs centaines de Mo, on doit pouvoir en trouver de quelques Go). Il vaudrait mieux directement les streamer, sans avoir à les stocker dans une variable, pour éviter d'utiliser de la mémoire (potentiellement beaucoup).Web 2017.05Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2403jshint doit-il planter le build ?2017-05-23T13:56:20+02:00Mikaël Salsonjshint doit-il planter le build ?On en a discuté un peu avec @RyanHerb pendant l'audio. Depuis 25c2c31 le build ne plante plus si `jshint` détecte des erreurs. Est-ce souhaitable ? Le risque est qu'on passe à côté de problèmes ([potentiellement graves](e0c80df5)) car pa...On en a discuté un peu avec @RyanHerb pendant l'audio. Depuis 25c2c31 le build ne plante plus si `jshint` détecte des erreurs. Est-ce souhaitable ? Le risque est qu'on passe à côté de problèmes ([potentiellement graves](e0c80df5)) car pas vraiment avertis de régression.
Perso je suis pour. Ça risque de nous embêter un peu au début (et encore…) mais à la longue ça va nous permettre d'améliorer la qualité du code.Web 2017.05Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2390Désélection du clone lors d'un clic sur la taille dans le segmenteur2017-06-15T13:13:03+02:00Ghost UserDésélection du clone lors d'un clic sur la taille dans le segmenteurRemarqué il y a quelques temps ; c'est un comportement assez étrange mais manifestement volontaire puisque le code qui en est la cause est assez explicite :
```js
div_elem.getElementsByClassName("sizeBox")[0]
.onclick = function (...Remarqué il y a quelques temps ; c'est un comportement assez étrange mais manifestement volontaire puisque le code qui en est la cause est assez explicite :
```js
div_elem.getElementsByClassName("sizeBox")[0]
.onclick = function (e) {
clone.unselect();
}
```
et identique à celui de la `delBox` (la croix à gauche).
Deux questions donc :
- est-ce bien un fonctionnement prévu ?
- si oui, faut-il le maintenir sur toutes les `axisBox` qui vont se trouver à cet endroit ?Web 2017.05https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2383Presser Ctrl et un chiffre change la vue sur la grille2017-05-22T17:30:21+02:00Mikaël SalsonPresser Ctrl et un chiffre change la vue sur la grilleLa grille possède des raccourcis pour changer de vue (avec les chiffres de 0 à 9, puis avec Shift puis les chiffres). Or, faire un Ctrl+Shift+0 (remettre le zoom à 100% sous FF) lance la vue correspondant à Shift+0 (t-SNE) ce qui est trè...La grille possède des raccourcis pour changer de vue (avec les chiffres de 0 à 9, puis avec Shift puis les chiffres). Or, faire un Ctrl+Shift+0 (remettre le zoom à 100% sous FF) lance la vue correspondant à Shift+0 (t-SNE) ce qui est très lourd (dans tous les sens du terme).
Bref si la touche Ctrl ou Alt est enfoncée on ne devrait pas lancer les raccourcis si ces touches ne sont pas attendues.Web 2017.05Mikaël SalsonMikaël Salsonhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2336Renommer « merge » ou « cluster »2019-04-08T14:13:20+02:00Mathieu GiraudRenommer « merge » ou « cluster »Nous avons deux mots différents pour la même chose : « merge » (le bouton favori de nos utilisateurs) et « cluster » (le menu, changé par #2335).
Ce serait bien d’uniformiser, et cela aiderait à comprendre que le menu fait des choses si...Nous avons deux mots différents pour la même chose : « merge » (le bouton favori de nos utilisateurs) et « cluster » (le menu, changé par #2335).
Ce serait bien d’uniformiser, et cela aiderait à comprendre que le menu fait des choses similaires au bouton.
- remplacer « merge » par « cluster » : cohérent, mais risque de perturber les utilisateurs. Il faudra une notification.
- remplacer « cluster » par « merge » : un peu plus bizarre « merge by J’ », mais on peut s’y faire. Mvouais.
cc @mikael-s @flothoni @RyanHerb Web 2017.05https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2335A more joyful clustering experience2017-04-14T17:16:08+02:00Mathieu GiraudA more joyful clustering experienceLe comportement du « reset user clones » est un peu curieux et source d’erreurs : si on fait par exemple « cluster by similarity » puis qu’on merge/splite à la main, on est dans un état peu clair ensuite et non sauvé. Corrigé par !13.
...Le comportement du « reset user clones » est un peu curieux et source d’erreurs : si on fait par exemple « cluster by similarity » puis qu’on merge/splite à la main, on est dans un état peu clair ensuite et non sauvé. Corrigé par !13.
cc @mikael-s @flothoni @RyanHerbWeb 2017.05https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2304Mettre une taille minimale pour les bar plots2017-05-22T17:00:37+02:00Mathieu GiraudMettre une taille minimale pour les bar plotshttp://app.vidjil.org/browser/index.html?sample_set_id=22960&config=25
Premier échantillon, preset 4
On a deux clones dominants qui écrasent tout. Si on fait une multi-sélection à la souris, en bas de l'histogramme, on arrive bien à sél...http://app.vidjil.org/browser/index.html?sample_set_id=22960&config=25
Premier échantillon, preset 4
On a deux clones dominants qui écrasent tout. Si on fait une multi-sélection à la souris, en bas de l'histogramme, on arrive bien à sélectionner des petits clones... qu'on ne voyait pas avant.
On pourrait mettre une taille minimale (comme dans la grid). Attention, on n'a pas envie de changer la somme (beaucoup de petits clones ajoutés pourraient donner une somme fausse) : la taille minimale pourrait être uniquement sur l'épaisseur de la boîte, pas sur son `y` absolu qui dépend de la somme réelle de l'histogramme.
cc @mikael-s @RyanHerb @flothoniWeb 2017.05https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/903Voir le nom d'origine des clones2017-04-11T06:41:31+02:00Vidjil TeamVoir le nom d'origine des clonesSi on a renommé un clone, on n'a pas si facilement que cela accès au clone original
* une option pour toggle entre `.c_name` et `.name` ?
* afficher le nom d'origine dans la barre d'état et/ou en `:hover` ?
Si on a renommé un clone, on n'a pas si facilement que cela accès au clone original
* une option pour toggle entre `.c_name` et `.name` ?
* afficher le nom d'origine dans la barre d'état et/ou en `:hover` ?
Web 2017.05https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3617Rapport : le champ filename montre le nom du fichier sur le serveur pas le no...2019-02-28T13:33:56+01:00Mikaël SalsonRapport : le champ filename montre le nom du fichier sur le serveur pas le nom d'origineÀ modifier : en l'état c'est incompréhensible et ça occupe 4 lignes.À modifier : en l'état c'est incompréhensible et ça occupe 4 lignes.Lille-LAL-next