vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2020-12-04T14:19:03+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4180Nouvelle vue dessinant les chromosomes et les locus2020-12-04T14:19:03+01:00Mathieu GiraudNouvelle vue dessinant les chromosomes et les locusÉvoqué avec @mikael-s et @duez
Probablement mauvaise idée ~"wont-fix": avoir une vue où serait dessinés les locus sur les chromosome, type figures des publis Biomed 2, pour mieux réaliser d'un coup d'oeil sur quels chromosomes/locus se ...Évoqué avec @mikael-s et @duez
Probablement mauvaise idée ~"wont-fix": avoir une vue où serait dessinés les locus sur les chromosome, type figures des publis Biomed 2, pour mieux réaliser d'un coup d'oeil sur quels chromosomes/locus se sont passés les recombinaisons.
(En utilisant les dessins qui auraient du être fait il y a quelques temps par un graphiste ?)
Mais comment représenter les recombinaisons ? Des points/bars à des positions ?
#3192 (et #1887) sont probablement plus réalisables.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1229N, autres nucléotides étendus2020-02-21T21:20:02+01:00Vidjil TeamN, autres nucléotides étenduscore/tools.cpp:complement_nucleotide(66-76) pourrait faire croire que l'on gère d'autres nucléotides que A, C, G, T. Il n'en est évidemment rien :
- KmerStore::get() ne renvoie qu'un seul kmer
- et même dans dynprog, Cost::substitution...core/tools.cpp:complement_nucleotide(66-76) pourrait faire croire que l'on gère d'autres nucléotides que A, C, G, T. Il n'en est évidemment rien :
- KmerStore::get() ne renvoie qu'un seul kmer
- et même dans dynprog, Cost::substitution fait seulement (a == b)
Si on y tient :
- autoriser des caractères étendus dans les reads > trop complexe à gérer, risque de ralentir
(****mais que se passe t-il actuellement ? si N ? il faudrait être clair***)
- autoriser des caractères étendus dans les germlines > pas plus simple, mais pour le coup cela ne ralentirait pas
Bofbof. Utiilité ?
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- en sortie : voir "representative"
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l'automate rendrait certaines choses possibles (en le faisant grossir, certes)
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1188API / URL persistantes : réfléchir à d'autres services utiles2020-11-20T21:11:37+01:00Vidjil TeamAPI / URL persistantes : réfléchir à d'autres services utiles- se logguer directement avec un token
- se logguer directement + ouvrir un patient ?
- se logguer directement (admin) + page monitor
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- fuse.py + affichage ?
- align.cgi ?
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Export
- `&export=html` (ou `pdf`)
...- se logguer directement avec un token
- se logguer directement + ouvrir un patient ?
- se logguer directement (admin) + page monitor
***
- fuse.py + affichage ?
- align.cgi ?
***
Export
- `&export=html` (ou `pdf`)
- `fasta` ? `svg` ?
- `igblast` ? `vquest` ?
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Préférences utilisateurs (#878)
- tout ce qui est dans le menu "settings"
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Sélection en cours
- "color by" et locus selectionnés
- graph : sample sélectionné
- `?plot=5` ou `?plot=gene_v,gene_v` ? : mode et axes sélectionnés
- `?clones=4,6,35` -> sélectionne des clones
- voire même search et/ou focus !
`?search=ACATCT`, `?focus=ACATCT` ?
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@RyanHerb @mikael-s @aurelBZH
https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/996k-mers interdits, distance 12021-04-06T14:59:34+02:00Vidjil Teamk-mers interdits, distance 1Ping. Une des plus anciennes tâches ouvertes (2014).
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@nobodyPing. Une des plus anciennes tâches ouvertes (2014).
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3783Une séquence vide peut générer un bad_alloc ?2019-03-07T18:37:06+01:00Mathieu GiraudUne séquence vide peut générer un bad_alloc ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2558Remettre l'amorce par patient dans le client2021-11-23T15:55:02+01:00Mathieu GiraudRemettre l'amorce par patient dans le clientUne fois qu'on désigne une amorce, la remettre dans le client ?
Nathalie : "Pour ne plus faire de TaqMan, montrer que amorce est dedans."
Ils vont déjà essayer de mettre l'amorce (20-25) dans le champ "search" #1693
#1253 #1681 #2557Une fois qu'on désigne une amorce, la remettre dans le client ?
Nathalie : "Pour ne plus faire de TaqMan, montrer que amorce est dedans."
Ils vont déjà essayer de mettre l'amorce (20-25) dans le champ "search" #1693
#1253 #1681 #2557https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1951Légende sur l'export svg2020-08-04T10:09:29+02:00Vidjil TeamLégende sur l'export svgRando 2016: suggéré par un anonyme. Des détails ?
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@nobodyRando 2016: suggéré par un anonyme. Des détails ?
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1318CSS : uniformiser les parties à mettre en couleur2016-11-29T14:34:41+01:00Vidjil TeamCSS : uniformiser les parties à mettre en couleurMême au survol ce sont les classes graph_select et circle_select qui sont utilisées (cf. test watir)
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En fait oui elles sont bien utilisées. Au temps pour moi. En revanche il n'y a pas de list_focus. La couleur pour le focus de la lis...Même au survol ce sont les classes graph_select et circle_select qui sont utilisées (cf. test watir)
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En fait oui elles sont bien utilisées. Au temps pour moi. En revanche il n'y a pas de list_focus. La couleur pour le focus de la liste est gérée dans updateColor() de clone.js. Ça serait bien d'avoir un truc uniforme entre les différentes parties à mettre en couleur (graph, scatterplot et liste) (et avoir une classe CSS est plus facilement testable qu'un changement de couleur).
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@Duez