vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2020-03-09T12:48:30+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3894Roadmap à long terme2020-03-09T12:48:30+01:00Mathieu GiraudRoadmap à long terme#1, #2, #3, #4, #5 et #6 n'étaient pas particulièrement des choses précises à faire, mais une ~"+\-roadmap". Si cela est pertinent, reprendre et/ou mettre à jour ces textes dans quelque chose comme `doc/roadmap.md` et/ou sur la page web.#1, #2, #3, #4, #5 et #6 n'étaient pas particulièrement des choses précises à faire, mais une ~"+\-roadmap". Si cela est pertinent, reprendre et/ou mettre à jour ces textes dans quelque chose comme `doc/roadmap.md` et/ou sur la page web.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3696Message d'avertissement si la version du browser n'est pas officiellement sup...2024-01-19T18:58:01+01:00Mathieu GiraudMessage d'avertissement si la version du browser n'est pas officiellement supportéeExtrait de #1077 (ouverte sur ce sujet il y a au moins 3 ans, mais qui a divergé en une réflexion)
Au tout démarrage, faire un test et afficher un message d'avertissement si le navigateur n'est pas supporté.
(avertissement, on ne bloque...Extrait de #1077 (ouverte sur ce sujet il y a au moins 3 ans, mais qui a divergé en une réflexion)
Au tout démarrage, faire un test et afficher un message d'avertissement si le navigateur n'est pas supporté.
(avertissement, on ne bloque pas).
Ici on ne discute pas de la version que les utilisateurs devraient avoir : quoique soit cette décision, nous avons besoin d'avertir les utilisateurs quand il le faut
cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3624Garder les fichiers bruts tels qu'uploadés ?2021-03-17T09:35:49+01:00Mikaël SalsonGarder les fichiers bruts tels qu'uploadés ?Beaucoup de tâches FAILED ces derniers temps : une hypothèse serait des problèmes avec Pear. Le problème c'est qu'après le pre-process on n'a plus accès aux fichiers d'origine pour reproduire un éventuel problème.
Faudrait-il conserver ...Beaucoup de tâches FAILED ces derniers temps : une hypothèse serait des problèmes avec Pear. Le problème c'est qu'après le pre-process on n'a plus accès aux fichiers d'origine pour reproduire un éventuel problème.
Faudrait-il conserver les fichiers tels qu'ils ont été uploadés ? Au moins quelques jours pour éviter de saturer l'espace disque ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3605Utiliser une version fixe de web2py2019-08-22T09:57:53+02:00Mathieu GiraudUtiliser une version fixe de web2pyWeb2py peut introduire des bugs par une nouvelle version... On devrait probablement se fixer à une version en dur (qu'on met à jour régulièrement, comme toute librairie).
vdj#727
cc @RyanHerbWeb2py peut introduire des bugs par une nouvelle version... On devrait probablement se fixer à une version en dur (qu'on met à jour régulièrement, comme toute librairie).
vdj#727
cc @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3201Tests unitaires serveur sur le multi-upload2021-10-15T09:38:08+02:00Mikaël SalsonTests unitaires serveur sur le multi-uploadIl n'y a actuellement pas de tests unitaires sur le multi-upload, notamment pour vérifier que les fichiers sont affectés au bon sample set (cf. #3199).
Cela serait nécessaire.Il n'y a actuellement pas de tests unitaires sur le multi-upload, notamment pour vérifier que les fichiers sont affectés au bon sample set (cf. #3199).
Cela serait nécessaire.Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2988Le paramètre patient fonctionne-t-il toujours dans l'URL ?2018-02-23T12:05:04+01:00Mikaël SalsonLe paramètre patient fonctionne-t-il toujours dans l'URL ?L'accès à cette URL ne m'affiche pas de résultat : http://app.vidjil.org/browser/index.html?patient=4265&config=35
Alors que celle-ci : http://app.vidjil.org/browser/index.html?set=17944&config=35 m'en affiche bien une… celle du patient ...L'accès à cette URL ne m'affiche pas de résultat : http://app.vidjil.org/browser/index.html?patient=4265&config=35
Alors que celle-ci : http://app.vidjil.org/browser/index.html?set=17944&config=35 m'en affiche bien une… celle du patient 4265.
Pourquoi le paramètre `patient` ne semble-t-il pas fonctionnel ? cc @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2881Tests fonctionnels sur un serveur2018-08-30T13:15:50+02:00Mathieu GiraudTests fonctionnels sur un serveurDiscuté hier: #2323 est débattu, par contre il y a consensus sur la nécessité de faire des tests de la chaîne d'un bout à l'autre, y compris de fonctionnalités serveur, en visant par exemple `dev`. Un scénario possible (mais peut-être fa...Discuté hier: #2323 est débattu, par contre il y a consensus sur la nécessité de faire des tests de la chaîne d'un bout à l'autre, y compris de fonctionnalités serveur, en visant par exemple `dev`. Un scénario possible (mais peut-être faut-il être plus modulaire et casser cela en plusieurs bouts indépendants) :
- se logguer
- créer un patient (en utilisant par exemple le sha1 du commit)
- créer un run
- uploader un sample, en le mettant dans le patient
- éditer le sample, le mettre aussi dans le run
- lancer une analyse sur une certaine config
- regarder le résultat COMPLETED, voir la stdout du job
- ouvrir dans le client le résultat
- changer quelque chose, vérifier l'URL et s'en souvenir
- modifier quelque chose et faire un save analysis
- refaire un chargement du client sur l'URL et vérifier que l'API a fonctionné
- revenir sur la db, aller dans le run
- ouvrir dans le client le résultat, vérifier que c'est bien le fichier fusé
- revenir sur la db, faire un compare sample, vérifier
- revenir sur la db, vérifier que l'analysis sauvé se récupère lorsqu'on charge dans le client
- supprimer patient/run/sample, vérifier que c'est bien supprimé ou pas #2163
(ou ne pas supprimer, cela fait un artefact/trace intéressante)
- se délogguer
Même sur `dev`, de tels tests auraient permis de détecter #2849, https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/2323#note_25712, et potentiellement d'autres choses. D'autres tests pourraient concerner les ~"server-pre-process", les ~"server-auth" et ~"server-groups", les ~"server-config", la recherche, les tags...
Même si des tests utilisant les controlleurs/API pourraient être possible, des tests complets fonctionnel ~"dev-tests-watir" pourraient être pertinents et testent la chaine d'un bout à l'autre. À voir si on arrivera à faire des tests déterministes qui marcheront quasi tout le temps :-)
cc @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2767Vidjil-algo ne trouve pas la correspondance si déletion supérieur à 100nt.2021-01-26T13:29:14+01:00Thonier FlorianVidjil-algo ne trouve pas la correspondance si déletion supérieur à 100nt.Une séquence fournie par un utilisateur n'est pas correctement annotée par vidjil. Je met cette séquence dans le should-vdj.
J'ai fait un alignement entre les séquences `V4-39` (trouvé par vidjil, erroné), les `V4-59` (attendues) et la ...Une séquence fournie par un utilisateur n'est pas correctement annotée par vidjil. Je met cette séquence dans le should-vdj.
J'ai fait un alignement entre les séquences `V4-39` (trouvé par vidjil, erroné), les `V4-59` (attendues) et la sequence brut. On voit bien qu'effectivement la séquence avec une identité la plus forte est le V4-59 (enfin les, mais les variations sont minimes). Cependant, l'algo ne les considère même pas. Pire, si on lui fournit un jeu de séquences dans lequel l'ensemble des IGHV ne contient que les V4-59, il trouve la séquence en `unseg`.
Pensant aux evaleurs qui pourraient être faussées par le nombre de séquences, j'ai laissé les autres séquences mais remplacé les A par des G pour fausser la détéction sur les autres segments (solution barbare) : idem, il ne retrouve pas les V4-59.
Dernier point : un caractère inadéquate dans le header des séquences v4-59. A priori non. (J'ai testé d'intervertir avec le header du v4-39)
Je n'ai pas d'explications...
@mikael-s @magiraudAlgo 2017.11Mikaël SalsonMikaël Salsonhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2756Docker: Avoir un volume pour les certificats SSL2019-11-22T13:42:37+01:00Ryan HerbertDocker: Avoir un volume pour les certificats SSLA l'installation de vidjil, on génère un certificat SSL "self-signed" mais ce n'est pas désirable pour un environnement de production. Actuellement le seul moyen de mettre les certificats dans le container nginx est de s'y connecter pour...A l'installation de vidjil, on génère un certificat SSL "self-signed" mais ce n'est pas désirable pour un environnement de production. Actuellement le seul moyen de mettre les certificats dans le container nginx est de s'y connecter pour l'importer, ou rebuild l'image avec le certificat "baked in" (cf. vdj#521).
Avec un volume monté vers l'extérieur, l'opération deviendrait bien plus simple.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2722Écrire un document sur la qualité logicielle2019-03-19T11:16:06+01:00Mathieu GiraudÉcrire un document sur la qualité logicielleNotre doc de dev détaille déjà les tests. Nous devrions cependant avoir un document à destination des utilisateurs décrivant la qualité et liant si possible vers des résultats de tests.
vdj#500Notre doc de dev détaille déjà les tests. Nous devrions cependant avoir un document à destination des utilisateurs décrivant la qualité et liant si possible vers des résultats de tests.
vdj#500https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/6Agile development, continuous integration and delivery2019-04-03T07:49:46+02:00Mathieu GiraudAgile development, continuous integration and deliveryWe develop with systematic testing and continuous integration. We always want to extend the test coverage and to improve our development policy. We aim to provide regular releases and to deliver continuously.We develop with systematic testing and continuous integration. We always want to extend the test coverage and to improve our development policy. We aim to provide regular releases and to deliver continuously.