vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2016-11-29T14:28:53+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/891export csv2016-11-29T14:28:53+01:00Vidjil Teamexport csv- questionner les formats des amis
- que garde-t-on dans le fichier ?
- clones
- pourcentage
- nombre absolu
- séquences (window + représentative + CRD3 ?)
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Les bios adorent faire des stats dans tous les se...- questionner les formats des amis
- que garde-t-on dans le fichier ?
- clones
- pourcentage
- nombre absolu
- séquences (window + représentative + CRD3 ?)
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Les bios adorent faire des stats dans tous les sens.
On doit leur donner l'occasion de récupérer facilement ce qu'il y a dans le browser.
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Début décembre, on devra envoyer de tels fichiers à Martin/Guillemette.
On en parle un jour voir ce qu'on veut mettre dedans.
D'ailleurs, on pourrait aussi exporter du data.vidjil plus léger pour être cohérent avec nos formats...
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merci Marc
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/898sort button2016-11-29T14:28:58+01:00Vidjil Teamsort button-bug css sur firefox
-réfléchir a d'autres tris ?
***
@Duez-bug css sur firefox
-réfléchir a d'autres tris ?
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/900sélection2016-11-29T14:29:02+01:00Vidjil Teamsélection
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#899
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#899https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/901renommage2016-11-29T14:29:02+01:00Vidjil Teamrenommage
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#899
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#899https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/902utilisation2016-11-29T14:29:02+01:00Vidjil Teamutilisation
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#899
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#899https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/899Icones, design2016-11-29T14:29:03+01:00Vidjil TeamIcones, designrefaire les icones star/info/system
***
- "warning"
- "sort"
- "merge" ?
- "play", "pause"
peut-être déjà faire une liste de tout ce qu'on aurait besoin...
***
- "search" / "X"
- "+/-" (merge des clones)
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http://thenounpro...refaire les icones star/info/system
***
- "warning"
- "sort"
- "merge" ?
- "play", "pause"
peut-être déjà faire une liste de tout ce qu'on aurait besoin...
***
- "search" / "X"
- "+/-" (merge des clones)
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http://thenounproject.com des gratos, d'autres non
https://useiconic.com 129$ !
https://icomoon.io
avant de choisir quelque chose, se mettre d'accord sur la liste de ce qu'on veut
***
Font Awesome. Libre !
http://fortawesome.github.io/Font-Awesome/icons/
http://fortawesome.github.io/Font-Awesome/examples/
fa-warning
fa-search
fa-star
fa-sort
+ spinner pour upload
+ play/pause/...
Et on pourrait leur demander s'il en manque...
merge ?
***
http://fontello.com/
On peut choisir les icônes de plusieurs sets (dont Font Awesome) et récupérer ce qu'il faut pile à la bonne taille
***
Avant d'utiliser, faire un renommage cohérent de l'ensemble
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à remettre à l'ordre du jour, on avait déjà fait une belle sélection...
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Il faut donc faire un "make" dans browser/css/icons
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#900, #901, #902
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@nobody @magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/914segmenter : intégrer / refaire PJI Loïc2016-11-29T14:29:11+01:00Vidjil Teamsegmenter : intégrer / refaire PJI Loïc- Aligner dynamique :OFFLINE:
- Segmenter dynamique :OFFLINE:
- igBlastSegmenter / IMGTSegmenter ?
- quelle partie intégrer ? :TODO:
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@Duez- Aligner dynamique :OFFLINE:
- Segmenter dynamique :OFFLINE:
- igBlastSegmenter / IMGTSegmenter ?
- quelle partie intégrer ? :TODO:
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/950.vdj : inclure (IMGT-)CDR3 ?2016-11-29T14:29:42+01:00Vidjil Team.vdj : inclure (IMGT-)CDR3 ?cela suppose qu'on sache le trouver...
***
Fait depuis longtemps (champ seg)
***
@nobodycela suppose qu'on sache le trouver...
***
Fait depuis longtemps (champ seg)
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/972segmenter : igBlastSegmenter / IMGTSegmenter2016-11-29T14:30:01+01:00Vidjil Teamsegmenter : igBlastSegmenter / IMGTSegmenter- récupérer les infos depuis page web
- ou bien les contacter, joli .json ?
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sera fait avec IMGT
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@nobody- récupérer les infos depuis page web
- ou bien les contacter, joli .json ?
***
sera fait avec IMGT
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1024export pdf - multisystèmes2016-11-29T14:30:45+01:00Vidjil Teamexport pdf - multisystèmesL'export ne fonctionne pas quand on sélectionne juste un système dans un multisystème. Basse priorité, il faut d'abord qu'on mette au clair l'affichage multi avant de réfléchir à l'export.
***
Si, cela fonctionne
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@DuezL'export ne fonctionne pas quand on sélectionne juste un système dans un multisystème. Basse priorité, il faut d'abord qu'on mette au clair l'affichage multi avant de réfléchir à l'export.
***
Si, cela fonctionne
***
@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1087'color by V/J' en mono et multisystème ne fait que le TRG2016-11-29T14:31:39+01:00Vidjil Team'color by V/J' en mono et multisystème ne fait que le TRGdevrait colorer le système actif dans le scatterPlot ?
mais que se passe-t-il si on change ?
- si cela change automatiquement, bizarre
- si on ne change pas, pas très intuitif
pas facile
***
ok, cela peut changer automatiquement....devrait colorer le système actif dans le scatterPlot ?
mais que se passe-t-il si on change ?
- si cela change automatiquement, bizarre
- si on ne change pas, pas très intuitif
pas facile
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ok, cela peut changer automatiquement...
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apparament cela fonctionne, système actif
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1194Algo: réorganiser/renommer les fichiers de sortie ?2016-11-29T14:33:02+01:00Vidjil TeamAlgo: réorganiser/renommer les fichiers de sortie ?Situation actuelle
out/clones.vdj.fa (principal)
out/vidjil.data (principal)
out/windows.fa
out/seq/clone.fa-* (plus détaillé si -a)
out/edges (...)
utiliser le nom du fichier de reads ?
homogénéiser les...Situation actuelle
out/clones.vdj.fa (principal)
out/vidjil.data (principal)
out/windows.fa
out/seq/clone.fa-* (plus détaillé si -a)
out/edges (...)
utiliser le nom du fichier de reads ?
homogénéiser les deux fichiers principaux ? clones.vdj.fa et clones.data ? (ou clones.vidjil pour le .data ?)
Autant le faire pour la release 2014.10 où on casse data.
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à discuter mercredi matin, avant release
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756ef3c, merci Mikaël
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1200Anonymisation des données2016-11-29T14:33:06+01:00Vidjil TeamAnonymisation des donnéesQui voit les noms/prénoms/birth ?
- soit seul le propriétaire (ceux qui ont les droits d'admin)
- soit ceux qui ont les droits d'écriture
(mais idéalement, il faudrait que le system admin ne voie pas tout cela...)
- ou bie...Qui voit les noms/prénoms/birth ?
- soit seul le propriétaire (ceux qui ont les droits d'admin)
- soit ceux qui ont les droits d'écriture
(mais idéalement, il faudrait que le system admin ne voie pas tout cela...)
- ou bien faire un autre droit (lourd, on risque de ne plus s'y retrouver)
$Pour tous les autres :
- pour l'instant 3 lettres prénom / 3 lettres nom
- et par la suite on fera quelque chose de mieux. Identifiant hopital ? Hash ? id vidjil ?
***
Pour l'instant trop flou, en rediscuter ensemble avant d'implémenter
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1203Fichiers compressés pour le c++2016-11-29T14:33:08+01:00Vidjil TeamFichiers compressés pour le c++Proposition pour faire simple : si un fichier est en .gz / .zip / .bz2, au moment où il est sauvegardé, on le décompresse.
(En fait ce n'est pas si simple, cela demande de vérifier qu'il ne fait bien qu'un seul fichier et qu'il ne va p...Proposition pour faire simple : si un fichier est en .gz / .zip / .bz2, au moment où il est sauvegardé, on le décompresse.
(En fait ce n'est pas si simple, cela demande de vérifier qu'il ne fait bien qu'un seul fichier et qu'il ne va pas pourrir le répertoire d'upload : est-ce que cela peut être vérifié)
(On pourrait ensuite réfléchir à une compression du reste et à tout sauvegarder, mais ce n'est pas urgent du tout.)
***
Bingo : Salamanca nous a envoyé deux fichiers en .gz.
Ce que j'ai fait, à la main : décompresser (dans /mnt/upload/uploads), puis un lien symbolique
ln -s xxxxx.fa xxxxx.fa.gz (la DB croit toujours que le fichier s'appelle .gz)
***
Rebelote, nouvel envoi de Salamanca
3a44cbc16e, gunzip-sequences.py, à lancer par www-data.
Quelle sera la bonne solution ? à discuter :
- soit le serveur lance gunzip-sequences.py
- ou bien décompression de chaque fichier
- soit traité par vidjil.cpp ?
***
se linker à <zlib.h> (optionnel, avec #ifdef)
***
gzstream : http://www.cs.unc.edu/Research/compgeom/gzstream/
***
header-only version of gstream : https://gist.github.com/piti118/1508048
peut-être trop confidentiel ?
***
27e8474..ef122da
***
@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1254Échec de l'upload : database is locked2016-11-29T14:33:49+01:00Vidjil TeamÉchec de l'upload : database is lockedParfois l'upload de fichier échoue. Exemple de ticket : https://rbx.vidjil.org/admin/default/ticket/vidjil/134.206.10.234.2014-11-13.14-22-22.5d2d0491-a1a0-4820-b599-1f760db3cfe5
On a un database locked. Est-ce dû aux limitations de sqli...Parfois l'upload de fichier échoue. Exemple de ticket : https://rbx.vidjil.org/admin/default/ticket/vidjil/134.206.10.234.2014-11-13.14-22-22.5d2d0491-a1a0-4820-b599-1f760db3cfe5
On a un database locked. Est-ce dû aux limitations de sqlite ? Peut-il y avoir plusieurs connexions en parallèle sur la base de données ?
***
Sur les gros fichiers (ou uploads longs) on a des « database is locked » qui semblent récurrents.
***
Exemple : https://rbx.vidjil.org/admin/default/ticket/vidjil/134.206.10.234.2014-12-16.12-39-46.3b1604d2-4155-4688-8ec9-15f37b79081e
***
http://www.motobit.com/help/scptutl/pa98.htm
la plupart des browsers sont limités a 2gb en upload (sauf chrome !!!!)
une solution serait d'utiliser l' API file de hml5 qui permet de slice un upload (mais c'est incompatible avec ie 10)
***
Mikaël, est-ce toujours d'actualité ?
***
Oui. Testé de chez moi avec un fichier de 900Mo. 1ère tentative échec : https://rbx.vidjil.org/admin/default/ticket/vidjil/109.190.80.52.2015-02-07.16-57-12.8b53effd-52a6-4e2b-ab20-c33798bc1a84
2è tentative : ok
***
Florian, des US, a essayé d'uploader... on a un (plusieurs) ticket(s) "Database is locked" :
https://rbx.vidjil.org/admin/default/ticket/vidjil/171.66.219.134.2015-03-09.17-49-31.93642c4b-06b2-44f7-8d4b-0fc8506d6376
***
Et aussi un "database is locked" ce matin du CBP
***
je reboote rbx, cela faisait > 1 semaine.
***
et ce matin, encore plein d'erreurs... aïe...
***
Florian a eu des soucis encore cette nuit... + on a eu des "No space left on device" ???
***
Trois "database locked" aujourd'hui, pour deux usagers différents
***
Plusieurs "<class 'sqlite3.OperationalError'> database is locked" encore aujourd'hui
***
Pas de 'database is locked' depuis quelque temps. Magie du MySQL ?
Priorité baissée, et on fermera courant mai si pas de soucis.
***
Le serveur a aussi été moins chargé ces derniers temps.
***
@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1399Calcul de la strand : améliorer, supprimer ?2016-11-29T14:35:47+01:00Vidjil TeamCalcul de la strand : améliorer, supprimer ?segment.cpp:206 : strand = affect_strand(it.affect);
1) Le calcul de la strand prend ici en compte *toutes* les affectations, même si il y a d'autres choses dans l'index considéré (ce n'est pas le cas actuellement, mais cela peut l'êtr...segment.cpp:206 : strand = affect_strand(it.affect);
1) Le calcul de la strand prend ici en compte *toutes* les affectations, même si il y a d'autres choses dans l'index considéré (ce n'est pas le cas actuellement, mais cela peut l'être avec use_index et ce le sera pour l'automate). Il ne devrait regarder que affect_5 et affect_3, c'est potentiellement un bug.
2) On pourrait même supprimer ce calcul, TRG/strand+ TRG/strand- n'étant que deux germlines différentes. (Si on le fait dès maintenant, il faudra lancer le KmerAffectAnalyser(*(germline->index), sequence) au bon moment pour ne pas répliquer les calculs).
***
Tiens, on en parle aussi ici.
***
@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1415Regrouper TRD et TRD+, ou les comptabiliser ensemble ?2016-11-29T14:36:01+01:00Vidjil TeamRegrouper TRD et TRD+, ou les comptabiliser ensemble ?(Yann, 10 février)
Dans certains cas, on souhaite regrouper IGH/IGH+, TRD/TRD+/VdJa, et IGK/IGK+.
Pour des questions d'axes, cela parait difficile de tout regrouper, surtout que de temps en temps on aime voir ce qui est complet et ce qui...(Yann, 10 février)
Dans certains cas, on souhaite regrouper IGH/IGH+, TRD/TRD+/VdJa, et IGK/IGK+.
Pour des questions d'axes, cela parait difficile de tout regrouper, surtout que de temps en temps on aime voir ce qui est complet et ce qui ne l'est pas.
Après discussion, on voit que ce qui est important est surtout de pouvoir calculer le pourcentage de chaque clone par rapport au total TRD/TRD+/VdJa. Ce pourcentage pourrait être affiché sous la forme
"30.0% (37.3% of TRD/TRD+/VaJa, 43.32% of TRD)", que ce soit dans les rapports ou dans l'export .csv ou fasta.
À discuter Marc/Mikaël/Mathieu avant de lancer l'implémentation.
***
7c3305b
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1418Sous-sélection des clones et segmenter2016-11-29T14:36:03+01:00Vidjil TeamSous-sélection des clones et segmenter(Yann, 10 février)
Quand on a plein de clones sélectionnés, on aimerait parfois pouvoir sélectionner une partie de ces clones, les mettre ensemble / les aligner, sans désélectionner le reste, et peut-être chosir de les merger.
Pas évid...(Yann, 10 février)
Quand on a plein de clones sélectionnés, on aimerait parfois pouvoir sélectionner une partie de ces clones, les mettre ensemble / les aligner, sans désélectionner le reste, et peut-être chosir de les merger.
Pas évident, bonne interaction à trouver, à réfléchir encore
***
Avec "focus", on a une bonne manière d'étudier plus en détail une sélection, quitte à changer les axes pour cette sélection ensuite.
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1425Remplacer sqlite par autre chose ?2016-11-29T14:36:08+01:00Vidjil TeamRemplacer sqlite par autre chose ?Il y a eu encore ce matin des workers qui ne travaillaient plus. Je ne suis pas sûr que cela vient de "database is locked"... mais en tout cas, cela n'a pas l'air sain de continuer avec sqlite.
Avant de décider d'une transition (par exe...Il y a eu encore ce matin des workers qui ne travaillaient plus. Je ne suis pas sûr que cela vient de "database is locked"... mais en tout cas, cela n'a pas l'air sain de continuer avec sqlite.
Avant de décider d'une transition (par exemple vers MySQL), il faudra bien sûr faire attention, et tester un serveur qui tournerait sur une autre bd (sur une autre branche)
Marc pourra l'essayer de son côté, puis on pourra l'essayer sur le serveur de dev...
***
Les problèmes des workers étaient probablement dus à la modification des scripts dans /etc/init suite à l'introduction du fuse_server (ou des modifications postérieures qu'on a pu faire sur ces fichiers). Les workers n'étaient pas proprement relancés en cas de problème. Maintenant les workers et le fuse sont lancés dans deux scripts indépendants. On verra bien si le problème se renouvelle.
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C'est donc acté, on remplace sqlite.
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@magiraud @mikael-s @Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1435Nomenclature : locus, chain ?2016-11-29T14:36:17+01:00Vidjil TeamNomenclature : locus, chain ?Utiliser "system" ou "germline" n'est pas très universel. On ne va pas changer les objets dans notre code, mais pour l'utilisateur (et éventuellement pour format-analysis.org)
Possibilités :
- "locus", "chain"
- "target" (mais confus, c...Utiliser "system" ou "germline" n'est pas très universel. On ne va pas changer les objets dans notre code, mais pour l'utilisateur (et éventuellement pour format-analysis.org)
Possibilités :
- "locus", "chain"
- "target" (mais confus, cela peut vouioir aussi dire autre chose)
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-> "Locus"
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@nobody