vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2020-07-29T18:36:20+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3857Comparaison / overlap de répertoires via le client vidjil2020-07-29T18:36:20+02:00Mathieu GiraudComparaison / overlap de répertoires via le client vidjil(séparé depuis #3855)
@mikael-s : "savoir les clones qu'on retrouve, mais aussi les gènes V".
Très clairement certaines des réponses pourraient être via app-stats, dès qu'on est plus sur des distributions. stats#242.
Ici on parle des ...(séparé depuis #3855)
@mikael-s : "savoir les clones qu'on retrouve, mais aussi les gènes V".
Très clairement certaines des réponses pourraient être via app-stats, dès qu'on est plus sur des distributions. stats#242.
Ici on parle des possibilités du client, donc des comparaisons basées sur un nombre raisonnable de clones (mais attention à #2506 : discussion dans #3855). Nos solutions actuelles sont l'observation du ~client-graph et le préset ~client-log-log #998.
- Créer des samples virtuels ? `A\B` et `B\A`, `A or B`, `A and B`, voire `A xor B` ? Permet ensuite d'étudier pleinement ce sample virtuel selon des axes au choix.
- Modifier des samples existants ? (hum)
- Avoir un filtre pour, sans toucher aux samples, n'afficher que les clones avec une certaine relation avec un sample particulier ? ~"client-filter"
- autres idées ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3855Comparaison / overlap de répertoires : combien de clones ?2019-04-08T14:13:20+02:00Mathieu GiraudComparaison / overlap de répertoires : combien de clones ?@mikael\-s : "savoir les clones qu'on retrouve, mais aussi les gènes V".
Très clairement certaines des réponses pourraient être via ~"app\-stats", dès qu'on est plus sur des distributions stats#242. Discussion sur l'aspect client dans #...@mikael\-s : "savoir les clones qu'on retrouve, mais aussi les gènes V".
Très clairement certaines des réponses pourraient être via ~"app\-stats", dès qu'on est plus sur des distributions stats#242. Discussion sur l'aspect client dans #3857, ici discussion sur le nombre de clones : combien en faut-il pour étudier `A\B` et `B\A`, `A or B`, `A and B`, voire `A xor B` ?
https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3853Comment calculer les informations à stocker pour des données pairées ou singl...2019-03-20T18:10:54+01:00Mikaël SalsonComment calculer les informations à stocker pour des données pairées ou single-cell ?Dans #2344 on parle de la manière de stocker les données. Mais qui produit ce fichier ? et comment ?
Pour un fuse sur ce type de données que veut dire un `-t 100` ? Si on a des chaines pairées on n'a pas envie de ne se retrouver qu'avec...Dans #2344 on parle de la manière de stocker les données. Mais qui produit ce fichier ? et comment ?
Pour un fuse sur ce type de données que veut dire un `-t 100` ? Si on a des chaines pairées on n'a pas envie de ne se retrouver qu'avec un seul clone de la paire (parce que le second ne serait pas dans le top 100). En gros on voudrait les 100 meilleures paires.
Mais avec du single cell, c'est différent. On ne veut pas les clones des 100 "meilleures" cellules. Que veut-on ? Le top X de toutes les cellules ?
Et qui produit le fichier ? Si on a 1000 cellules, c'est 1000 lancement de Vidjil-algo. Et donc c'est le fuse qui se charge de produire un fichier .vidjil final à partir des 1000 .vidjil ? (je ne parle volontairement pas des données pairées ici car je ne sais même pas sous quelle forme sont les données)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3846User interface for entering spikes2023-06-28T17:35:35+02:00Mathieu GiraudUser interface for entering spikes~"priority\-1\-low", we want to do #3838 first and to configure it by the ~"server\-admin".~"priority\-1\-low", we want to do #3838 first and to configure it by the ~"server\-admin".https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3836pouvoir composer les preprocess à la carte2020-07-28T11:54:45+02:00Thonier Florianpouvoir composer les preprocess à la carteUne idée venu en parlant avec Joao, mais peut-être compliqué et pas si intéréssante.
On pourrait imaginer que l'on puisse ajouter des preprocess d'après une liste de divers pre/post-process.
Dasn ce cas, on ajoute une ligne ou l'on peux...Une idée venu en parlant avec Joao, mais peut-être compliqué et pas si intéréssante.
On pourrait imaginer que l'on puisse ajouter des preprocess d'après une liste de divers pre/post-process.
Dasn ce cas, on ajoute une ligne ou l'on peux parametre ce preprocess (par exemple choisir le R1 ou R2, le fichier de spike-in, la longueur minimum pour un filtre, ...).
On ne saurait pas comment ensuite conserver ou affichier le résultat de ces différentes étapes.
Encore beaucoup de réfléxion nécessaire pour ce faire.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3832Upload puis lancement multiple via .csv2021-12-21T11:17:34+01:00Mathieu GiraudUpload puis lancement multiple via .csvSuggestion de Naïs ~"TOU\-Toulouse" qui va au-delà de #2891 : pouvoir même lancer, via un `.csv`, toutes les analyses, éventuellement avec une colonne spécifiant la ~"server\-config" voulue.
Faire déjà #2891.Suggestion de Naïs ~"TOU\-Toulouse" qui va au-delà de #2891 : pouvoir même lancer, via un `.csv`, toutes les analyses, éventuellement avec une colonne spécifiant la ~"server\-config" voulue.
Faire déjà #2891.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3826Événements pour un patient : vue dans le client2019-03-19T11:10:38+01:00Mathieu GiraudÉvénements pour un patient : vue dans le clientVoir #1361.
À supposer qu'on aie de telles données, comment les représenter ?
#1361 :
> des marqueurs sur le graphe (et sur les rapports .html / .pdf)
@flothoni, #3823:
> Soit faire un fond coloré entre deux dates, soit avoir un graph...Voir #1361.
À supposer qu'on aie de telles données, comment les représenter ?
#1361 :
> des marqueurs sur le graphe (et sur les rapports .html / .pdf)
@flothoni, #3823:
> Soit faire un fond coloré entre deux dates, soit avoir un graph secondaire avec une ligne pour chaque traitement qui suivrait les dates.
Cela me fait penser aussi à ~"bio\-external\-data", #1367...https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3810filtrer pour ne conserver que les clones taggés2019-03-19T09:20:45+01:00Thonier Florianfiltrer pour ne conserver que les clones taggésOn pourrait imaginer ce système de filtration pour faire resortir une relapseOn pourrait imaginer ce système de filtration pour faire resortir une relapsehttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3803Passer en HTML52019-03-15T17:04:14+01:00Thonier FlorianPasser en HTML5En recherchant comment renommer le nom du fichier obtenu par get_reads, je me suis creusé la tête, avant de comprendre que nous n'étions pas en html5 (d'après le doctype).
Or, l'attribut pour changer le nom du fichier n'est compatible q...En recherchant comment renommer le nom du fichier obtenu par get_reads, je me suis creusé la tête, avant de comprendre que nous n'étions pas en html5 (d'après le doctype).
Or, l'attribut pour changer le nom du fichier n'est compatible qu'avec le html5.
Je souhaiterais donc en faire l'usage, mais je ne sais aps encore si cela change beaucoup de chose.
A évaluer, pas forcement nécessaire pour une première itération de get_reads.
cc @magiraud @mikael\-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3799Que se passe-t-il si on supprime une config ?2019-03-14T14:45:17+01:00Mikaël SalsonQue se passe-t-il si on supprime une config ?J'ai souvenir que ce n'est pas à faire mais sans en retrouver trace.
Perd-t-on l'accès à tous les résultats avec cette config ?
À clarifier et à documenter.J'ai souvenir que ce n'est pas à faire mais sans en retrouver trace.
Perd-t-on l'accès à tous les résultats avec cette config ?
À clarifier et à documenter.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3786Combos ?2019-03-11T04:45:55+01:00Mathieu GiraudCombos ?Est-ce que d'autres combos type #1582 seraient utiles ?
Par exemple des choses toute prêtes pour préfiltrage d'autre outils #xxx ?Est-ce que d'autres combos type #1582 seraient utiles ?
Par exemple des choses toute prêtes pour préfiltrage d'autre outils #xxx ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3765Tester d'anciens navigateurs sur un slave à part ?2019-10-04T18:24:40+02:00Mathieu GiraudTester d'anciens navigateurs sur un slave à part ?@mikael\-s, depuis https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/3695#note_178691 :
> Pour éviter #3694 on aimerait tester d'anciennes versions de Chrome. Cependant l'installation ne semble pas aisée. Peut-être sur un slave (ancien) à pa...@mikael\-s, depuis https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/3695#note_178691 :
> Pour éviter #3694 on aimerait tester d'anciennes versions de Chrome. Cependant l'installation ne semble pas aisée. Peut-être sur un slave (ancien) à part ?
Pourquoi pas, mais cela me semble délicat à faire un ~"dev\-ci" global. Ou bien un stage `old_browser` séparé ?
(et ping #1077)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3764SampleReads : échantillon aléatoire des reads.2020-07-28T19:39:52+02:00Mikaël SalsonSampleReads : échantillon aléatoire des reads.@Anne m'a parlé de problèmes de séquences consensus qui ne représentent pas vraiment l'ensemble des reads du clone.
C'est dû à notre manière de conserver les reads : quand il y en a trop on n'en conserve qu'un échantillon composé des re...@Anne m'a parlé de problèmes de séquences consensus qui ne représentent pas vraiment l'ensemble des reads du clone.
C'est dû à notre manière de conserver les reads : quand il y en a trop on n'en conserve qu'un échantillon composé des reads les plus longs et de meilleure qualité. Dans certains cas cela peut entraîner un biais, comme favoriser les séquences qui possèdent des insertions.
On pourrait essayer de ne conserver qu'un échantillon aléatoire des reads qui, selon la statistique, devrait être représentatif de l'ensemble des reads. Si les reads ainsi conservés sont de mauvaise qualité ou trop courts… hé bien on n'aurait pas fait mieux avec l'échantillon complet.
@Anne n'hésite pas à nous pointer vers un ou deux exemples pour qu'on puisse tester si cela changerait effectivement quelque chose.Mikaël SalsonMikaël Salsonhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3745Gestion des erreurs client (et serveur ?)2021-09-09T18:42:05+02:00Mathieu GiraudGestion des erreurs client (et serveur ?)Gitlab s'interface désormais à Sentry : https://sentry.io/welcome/
On peut avoir une vue tel que : https://docs.gitlab.com/ce/user/project/operations/error_tracking.html#error-tracking-list...
Est-ce que cela vaurait le coup d'utiliser...Gitlab s'interface désormais à Sentry : https://sentry.io/welcome/
On peut avoir une vue tel que : https://docs.gitlab.com/ce/user/project/operations/error_tracking.html#error-tracking-list...
Est-ce que cela vaurait le coup d'utiliser quelque chose de ce type ?
Pour mémoire, on ramène bien les erreurs client par des appels à `database.js`, mais... on ne fait pas grand chose de cela.
cc @flothoni
https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3737Afficher dans la grid des clones en carrés ou autre2019-02-14T20:14:03+01:00Mathieu GiraudAfficher dans la grid des clones en carrés ou autreExtrait de #3735 et #2603. Pas de discussion bio ici, uniquement graphique.
Saurait-on afficher des clones différemment dans le ~"client\-grid" ? En gardant la couleur mais en changeant la forme ?
Par exemple :
- carré pivoté à 45°
- c...Extrait de #3735 et #2603. Pas de discussion bio ici, uniquement graphique.
Saurait-on afficher des clones différemment dans le ~"client\-grid" ? En gardant la couleur mais en changeant la forme ?
Par exemple :
- carré pivoté à 45°
- carré
- rond évidé
- triangle
- hexagone
- étoile avec beaucoup de branches
Pas sûr qu'on voie toutes ces choses quand les clones sont petits...
Et que pourrait-on imaginer de similaire lorsqu'on est en ~"client\-bar", voire sur le ~"client\-graph" ?
Utilisation des pointillés dans un trait ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3736FineSegmenter et séquences revcomp ?2020-05-28T12:09:12+02:00Mathieu GiraudFineSegmenter et séquences revcomp ?Le `FineSegmenter` est bien capable de recevoir des séquences dans un sens ou dans l'autre (et cela doit être testé, #2259). Mais le traitement "`reversed` ou pas" me semble finalement assez externe au `FineSegmenter` (notamment avec `se...Le `FineSegmenter` est bien capable de recevoir des séquences dans un sens ou dans l'autre (et cela doit être testé, #2259). Mais le traitement "`reversed` ou pas" me semble finalement assez externe au `FineSegmenter` (notamment avec `sequence_or_rc = revcomp(sequence, reversed);`)...
Peut-être qu'un ~"dev\-refactor" permettrait de séparer cela avec
- un `FineSegmenter` qui ne traite que des séquences dans le bon sens
- un wrapper qui fonctionne pour les deux senshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3734Réflexion sur chart.js2019-02-13T13:11:46+01:00Mathieu GiraudRéflexion sur chart.jsÉvoqué à l'occasion de stats#233/stats#235 : utilisera-t-on un jour chart.js à la place de d3.js dans vidjil ?
Pas du tout à l'ordre du jour pour l'instant, à discuter dans 6-12 mois en fonction de l'expérience qui aura été acquise sur ...Évoqué à l'occasion de stats#233/stats#235 : utilisera-t-on un jour chart.js à la place de d3.js dans vidjil ?
Pas du tout à l'ordre du jour pour l'instant, à discuter dans 6-12 mois en fonction de l'expérience qui aura été acquise sur ~"app\-stats".
cc @flothoni 2020-02-13https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3732Output files depuis client ?2019-02-13T10:49:20+01:00Mathieu GiraudOutput files depuis client ?De @flothoni : ajouter sous le menu "download output files", en pensant notamment à #1469.
On n'est pas sûr de l'utilité, à voir.De @flothoni : ajouter sous le menu "download output files", en pensant notamment à #1469.
On n'est pas sûr de l'utilité, à voir.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3724Supprimer KMER_INDEX ?2019-02-12T22:26:33+01:00Mathieu GiraudSupprimer KMER_INDEX ?Faudra-t-il un jour supprimer `KMER_INDEX` ?
Attendre déjà de voir !78 et les conséquences. Proposition : même si on décide de supprimer, attendre minimum 6 mois, si ce n'est 12, après la release incluant !78.Faudra-t-il un jour supprimer `KMER_INDEX` ?
Attendre déjà de voir !78 et les conséquences. Proposition : même si on décide de supprimer, attendre minimum 6 mois, si ce n'est 12, après la release incluant !78.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3721Mécanisme plus souple d'affichage dans getHtmlInfo de clone.js2020-12-04T14:13:40+01:00Mikaël SalsonMécanisme plus souple d'affichage dans getHtmlInfo de clone.jsDans #3717 on a un problème pour afficher les résultats de CloneDB dans l'ordre qu'on souhaiterait (et même, plus généralement, les afficher de manière peut-être plus souple).
Le code qui gère cela dans `getHtmlInfo` est :
```javascript...Dans #3717 on a un problème pour afficher les résultats de CloneDB dans l'ordre qu'on souhaiterait (et même, plus généralement, les afficher de manière peut-être plus souple).
Le code qui gère cela dans `getHtmlInfo` est :
```javascript
html += header("Results of "+other_infos[external_tool])
for (var item in this.seg[external_tool]) {
if (! (this.seg[external_tool][item] instanceof Object) &&
! (this.seg[external_tool][item] instanceof Array)) {
html += row_1(item, this.seg[external_tool][item])
}
}
```
On itère sur les propriétés de l'objet `this.seg[external_tool]`, et il n'y a pas de garantie sur l'ordre de l'itération.
Avant de faire le `for` on pourrait tester si l'objet possède une méthode `toHTML()` et le cas échéant y faire appel.
Dans ce cas pour les résultats de CloneDB on pourrait faire une méthode `toHTML` qui s'occupe de trier les résultats en fonction de leur sample sets.